明朝唐王去世后，众人在肇庆拥立桂王朱由榔为帝。桂王是明神宗的孙子，世封梧州。明朝兵部尚书丁魁楚、兵部侍郎瞿式耜奉桂王为帝，改年永历，颁诏湖南、云贵等省。湖广总督何腾蛟与湖南巡抚堵胤锡，奉诏称臣，愿意拥护。
此时，清降将李成栋奉贝勒博洛的命令，从福建赶到广东，一连攻下潮州、惠州，灭掉唐王的弟弟，得到广州后，分兵攻高、雷各州，并亲自率军进攻肇庆。在峡口的瞿式耜立即奏请增兵，要与清军决一死战。偏偏桂王的亲近的大臣中，有个司礼监王坤，屡次劝桂王向西逃走。丁魁楚也附和王坤，于是桂王连夜出逃。瞿式耜听到消息后，急忙回军护驾。到了肇庆，才知道桂王已走了几天，瞿式耜赶到梧州，又听说桂王已奔到平乐，等到了平乐见到桂王，那时肇庆、梧州都已失陷。王坤又提议去桂林。瞿式耜想出言劝阻，转念一想桂林道通湖广，可与何腾蛟相倚，也不是不行，于是护驾前行。
只有丁魁楚迟迟不走，秘密派人向李成栋求降。几天后没有得到回音，只得收拾财帛，带着妻妾子女出城。到城外雇了四十艘船，装载眷属及行李，直达岑溪，恰巧与李成栋相遇，丁魁楚便求见李成栋。上船之后，李成栋端坐不动，忽然拍案大叫一声：“快给我把他拿下！”丁魁楚还想进言，无奈两手已被反绑。又见有几十人被绑过来，仔细一望，不是别人，正是自己的娇妻美妾，宠子爱女，不由得心如刀割，连忙跪下，哀求饶命。李成栋问：“你的主子到哪儿去了？”丁魁楚说：“已去了桂林。”李成栋又问：“你为什么不跟着他去？”丁魁楚回答：“我听说将军到此，所以特来投诚。”李成栋说：“我这里不想收留你这贪婪狡诈的贼子。”丁魁楚忙说：“我并没有贪诈什么！”李成栋笑着说：“你不贪诈，哪里会有这么多的金帛？你今天不用狡辩，吃我一刀好了。”丁魁楚哭诉：“我愿献出船中所有的东西来赎我老命！”李成栋说：“你的金帛已在我这里了，还劳烦你献什么？”丁魁楚大哭：“请留我儿子一条性命！”李成栋不由分说，喝令随从，将丁魁楚的儿子斩了，接连又将他妻女斩首，四名小妾斩了两个，留了两个。丁魁楚吓得魂飞天外，跌倒在船中，随后凄然一声，被砍为两段。
李成栋立即入据平乐，过了一夜又进攻桂林。桂王听到消息大为惊恐，正好武冈镇将刘承胤奉何腾蛟之命率兵到全州。王坤又请桂王前去投靠，瞿式耜留不住桂王，便自愿留守桂林。桂王于是任命焦琏为总兵，令他协助瞿式耜守城，当下带着王坤等人前往全州。不到两天，清兵已到桂林城下，瞿式耜仗着一片忠心，击退清兵，并乘势收复平乐、梧州，然后派人向桂王报捷。
那时，桂王已到全州，镇将刘承胤开城迎进他，起初还毕恭毕敬，后来渐渐跋扈起来，强迫桂王迁到武冈州。到武冈后，刘承胤愈加恣意妄为，桂王不堪忍受胁迫，秘密派人向何腾蛟求救。此时，清廷已任命孔有德为平南大将军，令他与耿仲明、尚可喜等人进兵湖南，所到之处都被攻克。何腾蛟从长沙逃到衡州，又被清兵追逼，逃到白牙市，得知桂王受胁迫的消息后，忙去向瞿式耜求救。此时，瞿式耜正计划收复广西全省。见面后，两人意见一致，稍稍安心。又听说刘承胤已投降清兵，武冈被陷，免不了一番惊惶，瞿式耜更加着急。随后探知桂王已偷偷地去了象州，于是联名奏请桂王回驾。桂王一回到桂林，就立即令湖南诸将分路出守，互相接应，诸将领命离开。
清将军孔有德攻陷武冈后，进军梧州，正打算向桂林进攻，忽然听说金声桓、李成栋都已归附明朝，江西、广东两省又成为明朝所有，不禁大惊，忙引兵回湖南。途中孔有德接到朝廷催促他回京的谕旨，另派尚可喜、耿仲明移军救江西，他乐得半途歇息，匆匆北上去了。
金声桓原是左良玉的部将，清师南下时，他从九江前来投降，清廷任他为总兵，令他攻取江西全省。江西被拿下后，金声桓自恃功高，想做巡抚。没想到清廷却任命章于天为抚赣，一场大功化作流水，金声桓免不了怏怏失望，随即绑了章于天，号召全省为桂王效命，又做回明朝臣子。
此事传到广东，广东提督李成栋的境遇与金声桓大略相似。李成栋原是高杰部将，在徐州降清后，成为清朝的走狗；桂林败退后，他又杀掉许多明朝遗老，驻扎广州，结果不但没得到重赏，后来还被清廷压制，愤恨得不得了。一天，李成栋接到金声桓密函，约他反清复明，他踌躇不定。当晚，到爱妾珠圆那里，却一直闷闷不乐。珠圆是民间歌伎，被李成栋掳掠而来，一双慧眼很是厉害，窥破李成栋的心思，便喁喁细问。李成栋将金声桓的密函，递给她看。珠圆看完，问道：“据将军看来，反清复明的事情，应该不应该？”李成栋沉吟不语。珠圆说：“清朝是满族，我们是汉人，为什么为了满清，我们同种自相残杀？我看反清复明是对的。况且将军曾是明臣，为什么甘心投降异族？我实在难以理解。”李成栋不觉站起来说：“看不出来你竟有这样的见识，我不是不想反清复明，只是怕这一举之后，清兵到来，胜负难料，万一战败，像你这样玉质娉婷的美人，恐怕也会被殃及。”珠圆也起来站在一旁，柳眉微蹙说：“将军为了我，甘心遗臭万年，这样反而是我连累将军了，我就用一死来成全将军之志。”说完，将李成栋身上的佩剑拔出，刺入颈中。李成栋连忙拦阻，已是鲜血四溅，遗躯委地。李成栋只能抱着尸体大哭一场，喊着：“我听你的！我听你的！”随即拿出前明的冠服，对着珠圆的尸首拜了四拜。
第二天早晨，李成栋令部兵齐集教场，说要光复明朝，为桂王效命。此报一传，四方骚动，中原各地的明朝遗老纷纷响应，顿时风云变色，弄得清廷遣将调兵，忙个不停。
当下摄政王多尔衮召开军事会议，因汉将大多不可靠，就派亲贵重臣，分地征剿。便命都统谭泰为征南大将军，与都统和洛辉从江宁奔赴九江，会合耿仲明、尚可喜，专攻江西、广东；又恢复济尔哈朗亲王原爵，封勒克德浑为顺承郡王，会合孔有德，专攻湖南、广西；升博洛为端重郡王，尼堪为敬谨郡王，令两人攻打大同；令吴三桂、李国翰出征川陕，洪承畴仍留镇江宁，统率沿海各地。大兵四出，昼夜兼行。
谭泰等人到了江西，接连拿下九江、南康、饶州诸府，直达南昌。金声桓刚进攻赣州，听到消息后急忙返回。谭泰令精兵四伏，另率羸弱的兵卒将敌兵引入埋伏圈，霎时伏兵尽起，四面放箭，将金声桓射下马来。清兵刚想拥上前去砍杀金声桓，忽然闪出一员丑将，面目漆黑，发有五色，手执一柄大刀，盘旋左右，把清兵吓得个个倒退。眼睁睁地看着金声桓被救下，跑入城中。这丑将又与清兵酣斗一场，从容回城。清兵打听这丑将姓名，叫做王得仁，因此呼他为“王杂毛”。谭泰令军士遍筑土垒，打算久攻，金声桓大为窘迫。王得仁请求袭击九江，斩断敌军的饷道，金声桓不依，只派人溜出城向李成栋求救。谁知等了一个多月，杳无音信，城中粮食又将告尽，不由得焦急万分。
王杂毛日夜巡城，始终不懈，清兵知道他的厉害，不敢猛攻。可巧城东武都司署内，有一年轻女子，身容窕窈，楚楚动人，被王杂毛窥见，立即到都司署内求为继室，不管武都司肯不肯，马上成婚，大开筵宴。金声桓的部下都去贺喜，尽欢而散。三更将尽的时候，城外炮声大震，金声桓立即登城探视，见清兵群集德胜门，忙率众抵御。不料有一队清兵，偷偷从进贤门攀梯而上，城池很快被攻陷。金声桓率众巷战，身中两箭，旧时的箭疮也发作，转身投水而死。清兵立即搜剿余众，到了王杂毛署内，见他还是闭门高卧。当即破门而入，王杂毛光着身子跑出来，清兵晓得他的厉害，一阵乱箭，把王杂毛射成了刺猬，可惜武都司的女儿也死于乱军之中。原来清兵侦察得知王杂毛要在这一晚娶亲，于是在这之前故意缓攻，到了王杂毛娶亲这一晚，才猛攻城池，却又假装进攻德胜门，暗地里令精兵从进攻贤门攻入，于是得了南昌城。
南昌被拿下后，清军继续进取赣州。李成栋之前因攻打赣州失败，只得逃往信丰，不料清兵又从赣州追过来。众人建议拔营回广州，李成栋不愿意，部下大半战死。那时李成栋进退两难，只是举杯痛饮，喝得醺然大醉，随从扶他上马。到了河边，李成栋不辨水陆，策马渡河，渡到河中间，人马俱沉，部兵四散，清兵于是攻陷广州。
这时，郑亲王济尔哈朗率兵来到湖南，湖南诸镇将望风而逃。何腾蛟得到警讯后，立即从衡州赶往长沙，到了湘潭，探悉清兵将到，便入湘潭城据守。城内空无一人，正想招集兵马，忽然旧部将徐勇求见，何腾蛟开城迎入，徐勇带几个从骑入城，见了何腾蛟，低头便拜。拜完之后，劝何腾蛟降清。何腾蛟说：“你已降清了吗？”徐勇刚刚吐出一个“是”字。何腾蛟已拔剑出鞘，欲杀徐勇，徐勇一跃而起，夺去何腾蛟手中的剑，招呼从骑，押何腾蛟出城，直达清营。何腾蛟不说话，也不吃饭，七天后便死去了。湘、粤诸将听到何腾蛟的死讯，多半逃入桂林。桂王又想南奔，瞿式耜一再劝阻，他都不肯听，然后逃往南宁。
此时，清恭顺王孔有德已转战南下，攻克衡、永各州，进逼桂林。瞿式耜下令诸将出战，结果没有人回应；再下令催促时，他们竟都逃跑了。桂林城中，只有明朝兵部张同敞从灵州前来。瞿式耜说：“我有留守城池的责任，理应战死。你没有守城责任，为什么不离开？”张同敞正色道：“先人以苟且偷生为耻辱，您却不许我同您一起为国效忠吗？”瞿式耜于是叫来酒菜与他共饮。到天明时，清兵已经入城。清将冲进瞿式耜的房间，瞿式耜从容说：“我俩等死已久，你们来了，就正好跟你们走。”到了清营，两人端坐地上。孔有德对他们拱手说：“哪位是瞿阁部先生？”瞿式耜回答说：“我就是，要杀就杀吧。”孔有德说：“崇祯殉难，阁下不要再固执。我掌管兵马，阁下掌管粮饷，与前朝一样，怎么样？”瞿式耜说：“我是明朝大臣，怎么会与你共事？”孔有德说：“我原是先圣后裔，时势所迫，以至于此。”张同敞接口大骂：“你不过是毛文龙家的走狗，递手本、倒夜壶，也配假冒先圣后裔？”孔有德大怒，给了张同敞几个耳光，并喝令随从杖责。瞿式耜斥责道：“这位是张司马，也是明朝大臣，死则同死，为什么这样无礼？”孔有德这才下令停下，又说：“我知道你们孤忠，实在不忍心杀你们。你们这是何苦，今天降清，明天马上封王拜爵，跟我一样。还请你们好好想想。”瞿式耜大声说：“你身为男子汉，既不能尽忠本朝，又不能自起逐鹿，只知道做人家的鹰犬，你还敢自夸荣耀吗？”孔有德知道不能降服他们，于是顺从两人求死的心意，令人牵出两人就刑，瞿式耜说：“不必牵缚，我们自己走过去。”走到独秀岩，两人一起英勇赴死。张同敞直立不仆，首级坠地后，猛跃三下。当时正是隆冬时节，空中竟有三声霹雳。瞿式耜的长孙瞿昌文，逃入山中，被清降将王陈策搜获，魏元翼劝孔有德杀瞿昌文，话还没说完，魏元翼忽然倒在地上说：“你不忠不孝，还想害我长孙吗？”不一会儿，便七窍流血而死，只听到一片铁索声。孔有德大惊，忙伏地请罪，答应保全瞿昌文。一天，孔有德到城隍庙上香，忽然见到张同敞朝南而坐，凛凛可畏，孔有德奔回，下令在独秀岩下建立双忠庙。