江阴被攻陷后，明遗臣已亡了一半，只有宜兴、太湖、吴江、徽州等地方还有抗清的明臣。洪承畴正好到江南，又灭掉宜兴的瑞昌王盛沥和通城王盛澄。至此，江南士兵已被消灭干净，洪承畴派都统叶臣与总兵张天璜进攻徽州。明朝佥都御史金声招募义勇之士，分驻要塞。随后联络巡抚邱祖德、职方郎中尹民兴、推官温璜等人互为援应，并派人将奏章送到福州。那时唐王在福州称帝，年号隆武，看过金声的奏章后，喜不自禁，任命金声为右都御史，兼兵部右侍郎，总管各部兵马。金声也感恩图报，取旌德、拔宁国，声威颇震。不料清兵从小路进丛山关，直扑绩溪，绕到金声背后，金声急忙派兵回援，与清兵相持。这时候，来了贼心贼肝的黄澍。他口口声声说要恢复大明，金声便以为他是明朝忠臣，可以共患难，没想到他竟暗通清将，乘夜开城，放入清兵。一群遗老只有一个尹民兴脱逃。城内有个江天一，是金声的弟子，也被清兵擒住。他见到洪承畴后，说大明的洪承畴已经死了，然后将崇祯帝祭奠洪承畴的文章背诵起来。洪承畴听得面红耳赤，不禁恼羞成怒，将擒住的人全部斩首。
此时，建昌、抚州已被清降将金声桓率兵攻克，益王朱由本、永宁王朱慈炎都已经死了。长江上下游略微安定，捷报纷纷传到京城，提心吊胆的摄政王稍稍有些高兴起来。只是鲁、唐二王还据守浙闽，不得不再次进攻，多尔衮正想派豪格前去。没想到流贼张献忠盘踞四川，任意屠掠，难民流徙他处，纷纷哭诉清廷。多尔衮趁机任命豪格为靖远大将军，令他和平西王吴三桂等人进军四川。浙闽的军事，仍令博洛前往，封他为征南大将军，与都统图赖、贝子屯齐一起南下杭州。
博洛奉命南下，到了杭州，听说鲁、唐二王水火不容，不禁大喜。原来唐王是叔，鲁王是侄，唐王想让鲁王做他的藩属，曾派人送饷银十万两犒劳浙东军士，鲁王不收。这饷银却被方国安劫走，浙、闽从此成了仇敌。博洛得到这个消息后，正好乘隙进攻，率兵渡过钱塘江。正渡了一半，东南风起，来了一只乘风破浪的大舰，舰首站着一位盔甲鲜明的主将，正是明朝兵部尚书张国维。当下两军开战，不一会儿，博洛的坐船被明军击出一个大窟窿。博洛大惊，连忙驶回岸边，清兵也跟着跑回来，登岸回城。张国维乘胜追到城下，竭力攻打，忽然士兵来报，方国安陪着鲁王已到东岸，张国维只得退回去迎驾，暂时休兵。正巧马士英、阮大铖二人也投奔到方国安的大营，方国安与他们臭味相投，便在鲁王面前全力推荐他们，又请求调遣张国维去守义乌。张国维一去，清兵便运舟载炮，大举渡江。方国安不敢全力抗拒，便带着鲁王逃回绍兴。清兵渡江后继续进军，方国安深为恐慌，马、阮二人劝他降清，并让他将鲁王献给清军。幸亏鲁王察觉，自己逃跑了。跑到石浦后，遇着原定西侯张名振，就坐船航海东去。方国安率同马士英、阮大铖等人去清营投降。
阮大铖又引着清兵进攻金华，很快金华失陷。清兵转攻义乌，张国维抵死守御，无奈势孤力弱，最后投水而死。义乌、衢州相继沦陷。浙东已定，博洛接着下令移师福建，眼看着唐王也保不住了。
唐王据守福建，颇思振作，不像弘光帝那么昏庸。宫内也没有什么嬖宠，只有王妃曾氏，知书达理，是一位贤内助。当时长江下游的民兵都已沦亡，只有杨廷麟还固守赣州，被唐王封为兵部尚书，而湖广总督何腾蛟收降李闯的部众，与湖南巡抚堵胤锡联名上奏，力谋复明大计。唐王封何腾蛟为定兴，堵胤锡为兵部右侍郎。
何腾蛟请唐王移都湖南，被郑芝龙阻止。郑芝龙是海盗出身，崇祯初年投降明朝，代朝廷平定海寇，明朝封他为南安伯。他仗着自己曾立大功，不久便手握重权，挟制唐王。唐王看局势日益穷蹙，决定冒险赴湘，从福州出发，直抵延平。此时杨廷麟派部下迎驾，没想到郑芝龙唆使军民，强行把唐王留在福建，还说自愿出关拒敌。不料，郑芝龙一出关就遇到洪承畴派来招降他的使者，利诱之下，郑芝龙立即撤军。守关将士几乎都随他去了，仙霞岭二百余里空无一人。清朝贝勒博洛从衢州出发，率兵过岭，长驱入关。方国立、马士英、阮大铖三人将清军带入金衢后，因未得褒赏，怏怏不快，不愿随行。清兵迫令他们速行，阮大铖稍有些迟慢，就被清兵推到悬崖下了。方国安、马士英刚到建宁，还和福建有书信来往，结果博洛搜出他们的私信，将二人双双斩首。
博洛攻陷建宁后，直指延平。唐王听到消息后急忙召亲信商议，延平知府王士和请唐王速速逃往汀州。唐王想要王士和一同前往，王士和说：“我有守城的责任，应该与城共存亡。只要您安然无恙，我死也瞑目了。”唐王急忙带着曾妃仓皇逃走。王士和听说清兵将到，便指挥百姓出去避难，自己退入府邸自缢。清兵入城后，向西追拿唐王。唐王奔到汀州，总兵姜正希率兵将他迎入城中。清军前锋统领努山七天后抵达汀州城下，姜正希初战不利，退回城中。忽然士兵来报，说城西面有支军队打着明朝的旗帜前来。姜正希还以为是遗老赶来支援，忙开城迎接，没想到来的都是敌兵，他急忙挥众抗敌，但已经来不及了。清兵蜂拥入城，霎时将唐王、曾妃掳去。姜正希还想截夺，无奈箭如飞蝗，不能上前，部兵多被射伤。清兵掳了唐王等人，东渡九泷江，刚渡到一半，忽然听到一声呜咽：“陛下就要殉国，臣妾先去了。”清兵急忙阻止，无奈曾妃已跃入水中，来不及捞救，只落得汪汪碧水，渺渺贞魂。曾妃已死，清兵监守愈严，唐王屡思自尽，苦于没有寻死的地方，便想绝食。到了福州，城内外已都是清兵，贝勒博洛早袭占了福州。努山押着唐王去见博洛，博洛也不细问，下令将唐王幽禁在别室。这唐王已经绝食了好几天，奄奄一息，傍晚时滴下几行血泪，长叹一声，合目而逝。博洛分兵攻占漳泉诸郡，转眼间，福建全境便成了满清的国土。郑芝龙马上向清军投降，郑芝龙的儿子郑成功蒙受唐王的恩遇，不肯侍奉二主，竟约同郑鸿逵、郑彩逃往海岛去了。博洛在福建休养几天，还想发兵南下，突然接到洪承畴的消息，说已派降将金声攻打吉安和赣州，明守将杨廷麟投水自尽，江西郡县已纷纷效命大清了。博洛便上疏告捷，静待后命。
与此同时，肃亲王豪格和平西王吴三桂发兵西行，到了陕西，正碰上明朝旧将孙守法起兵兴安、汉中，进据西安。豪格令总督孟乔芳和洛辉率兵攻破西安，接连攻下兴安、汉中。孙守法逃走后，豪格留下贝子满达等人继续搜寻陕西余孽，自己与吴三桂进军四川。
此时，四川百姓已被张献忠杀死大半。张献忠自从得到四川后，便称自己为大西国王，天天屠杀百姓，将卒也以杀人的多少论功。小孩多被蒸着吃了，妇女被掳后，令部众轮流奸淫，并割下她们的脚，聚成一堆，号称莲峰。伪府中养了几千条大狗，部下来朝会时，便放狗嗅闻他们，被嗅的人立刻处斩，叫做天杀；又发明一种剥皮刑，如果皮还没剥尽，犯人先死，就将行刑的人剥皮抵罪。伪都督张君用、王明等几十人因杀人最少，被施以剥皮刑，全家被屠杀。因此兵民交愤，常想暗杀张献忠。张献忠知道后，也不问是谁的主意，一律屠戮。他又毁掉成都宫室，拆了城墙，率部众前往川北，想杀尽川北守兵。伪将刘进忠逃入陕西，在汉中遇着清兵，下马乞降，愿为向导。豪格就让刘进忠在前面带路，部兵尾随其后，日夜赶路，直达四川西边的充县。安营扎寨后，派前哨去探察敌情。士兵回来报告说，张献忠正在西充屠城，豪格立刻下令拔营。到了凤凰山，正是大雾漫天，晓色迷蒙，随即翻山前进。刚好张献忠屠尽西充，率众出城，两军相遇，被清兵冲杀过去，一阵乱劈。张献忠不知清兵有多少人，还拿着刚刚杀人的手段左抵右挡。霎时间日光微漏，大雾渐开，张献忠左右四顾，手下所剩无几，连义子孙可望、刘文秀、李定国等人都不知去向，这才着急起来，大吼一声，杀开血路，向西逃去。清朝章京雅布兰见张献忠逃跑，忙抽弓搭箭，瞄住张献忠头颅，射了过去，张献忠随即翻身落马。雅布兰立即纵马上前，拔刀去杀张献忠，清兵踊跃随上，刀斩枪戳，把这穷凶极恶的乱贼剁成肉酱。豪格马上分兵四剿，共计破了一百三十多座贼营，四川平定。
吴三桂忙向豪格贺喜，没想到豪格却闷闷不乐。吴三桂问怎么回事。豪格只是不答，反滴下几点泪来。吴三桂越发奇怪，呆看着豪格。过了半晌，才听豪格说：“兔死狗烹，也是常事，但我又不在此例。”吴三桂惊奇地问：“难道功高招忌吗？”豪格叹道：“并不是功高招忌，而是色上有刀。”说到此，便又停住了。吴三桂猛然间醒悟，不敢再提此事，只谈论上奏报捷的事。豪格说：“那就有劳你嘱咐文稿员写一份奏折了。”吴三桂应声退出，与豪格联衔报捷。
过了一个月，谕旨已下，令豪格回朝，吴三桂留下镇守汉中，特派总兵李国英为四川巡抚。豪格把一切政务交给李国英后，和吴三桂回到汉中，与吴三桂话别。临别时握着吴三桂的手说：“你要好好保重！咱们恐怕不能再见面了。”吴三桂劝慰一番，并托豪格捎口信给家人，择日迁移家眷。豪格答应后，带了本旗人马，回京复命。
顺治帝御殿慰劳，并赐酒宴。宴席结束后，豪格回到府中，还没睡稳，缇骑忽然来府将他牵入宗人府，捆入监狱，说他克扣军饷，谎报兵费。豪格想要上奏申辩，偏偏奏章被人扣留，好似哑巴吃黄连，说不尽的苦恼。又听说福晋博尔济锦氏竟日夜留住摄政王府中，豪格顿时羞愤交加，免不得恹恹成病。不到一个月，生龙活虎的英雄就变成了骨瘦形枯的病鬼。
当时，郑亲王济尔哈朗与英亲王阿济格都在议论摄政王的过失，连他兄弟多铎也有意见。没想到贝子屯齐竟诬告郑亲王，朝廷随后降旨革去济尔哈朗的亲王爵，将他降为郡王。英亲王还没出午门，便坐轿回府，犯下大不敬的罪名，也被降为郡王。豫亲王把一袭黄纱衣赠给吴三桂的儿子吴应熊，朝廷又说他私馈礼物，罚交两千银两。这几个豪贵勋戚为了一点儿小的事，不是被贬就是被罚，这时还有什么人敢忤逆摄政王？自然人人吹牛，个个拍马，今天上一本奏章说，摄政王有什么大功，应免去对皇帝的跪拜礼；明天又上一本奏章，说摄政王视帝如子，帝也当视王如父。此时顺治帝不过是一个十岁的孩童，外事都由摄政王主持，内事都由太后吉特氏处理，这几本奏折呈入，太后不由得欢喜满怀，当即降下两道懿旨，免去摄政王的跪拜礼，又让皇上尊摄政王为皇父。从此摄政王多尔衮做事毫无拘忌，随意挪用府库财帛。白天在宫中与太后叙旧，夜间在府邸与肃亲王的福晋取乐，真算是满清皇亲内的第一个福星了。