扬州被清兵攻入后，警报跟雪片似的传到南京。马士英急忙派总兵郑鸿逵、副使杨文骢率军堵截江上。郑、杨两人都是马士英的党羽，只会阿谀奉承，哪懂得兵法，他们隔江乱放炮弹，而且谎传捷报。清兵故意避开锋芒，等到炮弹声落下去后，乘着黑夜渡江而来。等明营反应过来，清兵已经杀入营中，郑、杨二人不知所措，只得率兵逃走。清兵接着攻陷镇江。那时，弘光皇帝正在饮酒作乐，镇江失守的消息报入宫中后，他还拥着美人，不停地饮酒。第二天，太监进来报告，清兵从丹阳、句容，迤逦前来，弘光帝这才有些着急，连连说着“怎么办”。太监说：“听说黄得功此时驻守芜湖，请皇上赶紧传他保驾。”弘光帝忙收拾行装，带了爱妃，从通济门悄悄溜走。第二天早晨，马士英入朝，听说弘光帝已经逃去，忙入宫中，只看到太后、皇后哭得跟泪人儿似的。马士英令侍卫备驾出宫，与阮大铖率几千名亲兵，带着太后、皇后匆匆逃去。
南京城内，人心惶惶，总督京营圻城伯赵之龙束手无策，只好向清军投降。多铎受降后入城安民。休息一天之后，多铎马上派贝勒尼堪、贝子屯齐进兵芜湖，捉拿弘光帝。正巧赶上明将刘良佐奉旨前来支援南京，途中遇着清兵，他却并不抵御，只是投降。尼堪令刘良佐做前锋，直达芜湖江口。
那时，江南四镇总兵中，高杰被杀，二刘降清，单剩下一个黄得功。前些日子黄得功奉命去攻打左良玉，得胜后回到芜湖。忽然见弘光帝狼狈奔来，大吃一惊，问：“陛下为什么突然到此？”弘光帝流泪回答：“南京无人可依，只有你秉性忠诚，所以朕冒死前来，请你保护。”黄得功说：“我刚和敌军打完仗，元气大伤，并没什么能力保护皇上。”弘光帝不禁大哭。黄得功没有办法，只得留住弘光帝。
没几天，清兵已到江口，黄得功戎装披挂，拿了佩刀，坐上小舟，率部下渡江迎战。远远听见对岸有人大声说：“黄将军不如早点投降！”黄得功定睛一看，正是刘良佐，不禁怒叱道：“你甘心投降吗？”话还没说完，忽然飞来一箭，正中咽喉，顿时鲜血直喷，黄得功疼痛难忍，将佩刀扔掉，拔去箭镞，大叫一声，死在舟中。总兵田雄见黄得功已死，起了坏心，竟将弘光帝以及弘光帝的爱妃送到对岸的清营。尼堪令人将弘光帝及爱妃推入囚车，押到南京，然后多铎立即派使者将囚犯押往燕京。可怜这位风流天子只享了一年的艳福，最后与爱妃一同毙命。
江南安定后，范文程、洪承畴忙着撰写颂词和贺章。过了几天，又传来两个捷报：一则是英亲王阿济格，称已经消灭李闯及其残军；一则是豫亲王多铎，称安庆、宁国、常州、苏州、松江各府都已降顺，已经派贝勒博洛、新授援浙闽总督张存仁南下杭州去了。此时佳音迭至，喜气盈廷，皇太后吉特氏和摄政王多尔衮都高兴得不得了。两人私下商议，南征西讨的各位将帅，在外劳累多时，应将他们召回来休养，再作打算，便令英、豫两亲王班师回朝。
当时，英亲王阿济格正从武昌顺流东下，到江西后，降服左良玉的儿子左梦庚。随后听说圣旨召他回朝，便从江西回到湖北，处理好全省的事务后，马上挥军回京。豫亲王多铎接到谕旨后，收拾金银财宝，并选了些江南美人，班师回朝。
英、豫两位亲王回朝后，都受到摄政王多尔衮的盛情款待；只有肃亲王豪格从山东回京后，见了摄政王，却碰了许多钉子，他自己也不知到底是怎么回事儿。摄政王欢喜中总带着三分愁闷，一群攀龙附凤的功臣从旁窥测，无从捉摸。这时贝勒博洛的捷报传到北京。原来马士英带着弘光帝的母亲和妃子离开南京，前往杭州，竟遇到流落在杭州的潞王常淓，马士英就劝他监国。潞王还没答应，清贝勒博洛已率兵抵达余杭，马士英与总兵方国安忙上前迎敌，连战连败，便向西窜逃。清兵渡过钱塘江继续攻城，潞王无兵无饷，哪儿还能守得住？只好与巡抚张秉贞等人开门乞降。没想到摄政王看了捷报也不怎么高兴，只是将捷报淡淡地搁到一边。他的心思，无非是苦于无法除去豪格。忽然有人来报：明朝兵部尚书张国维等人追奉鲁王朱以海在绍兴监国；明朝礼部尚书黄道周等人追捧唐王朱聿键在福建称帝。多尔衮皱了一下眉，召来范文程、洪承畴商议，问道：“鲁、唐二王是不是明朝的嫡系子孙？”洪承畴回答：“鲁王是明太祖十世孙，世封山东；唐王是明太祖九世孙，世封南阳。”多尔衮说：“明朝的子孙怎么这么多呢？刚除掉一个弘光，怎么又来了两个？”
话还没说完，又有警报传到，多尔衮看过警报后，愤然而起说：“这些起兵的人，东边几支，南边几支。看来，东南一带还不容易到手。”范文程说：“星星之火还不足以遮蔽日月，我们可以派兵将它一概荡平。”多尔衮说：“英、豫二王刚回朝，不好让他们出战。现在派谁去好呢？”范文程说：“不如让洪老先生去吧，他能文能武，请他督管南方军务，定能奏效。”洪承畴一听，推让了一番。多尔衮不答应，洪承畴只好听令。多尔衮又并令贝勒博洛仍驻守杭州，贝勒勒克德浑、都统叶臣驻守江南。
过了一晚，朝廷降下一道谕旨，令百姓剃发易服，违者立斩。原来清帝入关时，政策放宽，是否剃发，悉听民便。这次谕旨一下，怕死的人，哪个敢用脑袋来换头发？自然奉旨遵行。
这时勒克德浑率兵南下，沿途所过之处，南方各地多望风迎降。苏州巡抚王国宝、松江提督吴兆胜、吴淞总兵李成栋都派人送来投降信，愿效旗下。勒克德浑用以汉攻汉的计策，令降臣做前锋，出兵略地。到了常州，击败黄蜚、吴志葵率领的松江水军，进略昆山，战胜王佐才，攻陷崇明，又破了荆本彻，乘胜进军嘉定。到了嘉定城下，清军久攻不下。这时，为虎作伥的李成栋运来几尊大炮，轰破城墙，引着清兵，一拥入城。击败城中的明朝将士后，李成栋又下令屠杀城中的兵民，接连三天，共杀死了几万人。幸好勒克德浑派李成栋转攻松江，他才罢手，率兵离城。
李成栋离开嘉定后，便与清将马喇希恩格图会合，攻陷松江。紧接着李成栋又出军攻打江阴，正准备发兵，忽然有清兵来报，已抓获松江水军统领黄蜚、吴志葵二人。原来吴、黄二人从常州退到松江，被马喇希恩格图分兵追袭，连战连败，最后在金山被擒。李成栋看他们是人才，便带着二人来到江阴。江阴典史阎应元深谙兵法，被城中士绅推举，率领众人抗清。勒克德浑已派降将刘良佐前往进攻。那城上的防守武器有三种：一是毒箭，一是火砖，一是木铳。毒箭射人即死，火砖着人即燃，木铳中储火药，投下时，机发木裂，火药猛爆，无往不及，这些都是阎应元监工造成，用来抵御敌军的。刘良佐的部队围攻几天，清兵们大多烧得体无完肤。刘良佐便想到一个攻城方法，用牛皮帐遮着兵士，让他们在城墙上挖洞，没想到城上掷下巨石，将牛皮洞穿。良佐又将牛皮帐做成三层，用九梁八柱，支撑起来，挡住巨石。这时城上又将烧得滚烫的桐油泼下去，帐篷又破了。左良佐正急得不得了，李成栋赶到，率生力军猛扑一顿，也被守兵击退。李成栋大怒，将黄蜚、吴志葵推到城下，让他们劝降。黄蜚缄口不语，吴志葵只是说了几句。阎应元回敬道：“大明有降将军，没有降典史。”左良佐也拍马向前，远远地回应阎应元说：“小小的江阴，能守多久，如果转为降清，爵位不在我之下，请您三思！”阎应元说：“大明养兵三百年，没想到竟出了你这种败类，贪生怕死、毫无廉耻。我宁愿为义而死，也不为利苟活。”说完，一声梆响，万箭齐发，慌得左良佐连忙倒退，拍马而逃。黄蜚、吴志葵已被箭射伤，由军士抬回清营，没过多久就死了。李成栋从江宁运到几十尊大炮，马喇希恩格图也率兵赶到，四面夹攻，城上守兵死伤无数，仍然拼死守城。无奈老天连日淫雨，把城墙冲坏几处，守兵防不胜防，竟被清兵攻入后门。阎应元血战一场，身中数箭，便下马跳入水中。清兵追来，将阎应元拽出，牵到刘良佐、李成栋面前，阎应元骂不绝口，最后被杀死了。满城男女，没有一个投降的人。李成栋又提议屠城，将城内外居民全部杀掉，尸积如山，城内杀了九万七千多人，城外死了七万五千多人。后来江阴遗民只剩下五十三人，躲到寺观塔上，才得以保全性命。清兵南下以来，杀戮最惨的地方，扬州、嘉定除外，就算江阴了。