清摄政王多尔衮看到史可法的回信，不禁十分惊叹。这史可法的来信，洋洋洒洒写了两大篇。看完信后，洪承畴随口说：“看来史可法是不肯降顺我朝，但照陈洪范所说，现在明福王任用马士英、阮大铖等人入阁办事，恐怕南朝很快就要灭亡了。”多尔衮问他是怎么回事。洪承畴说：“马士英向来贪婪卑鄙，阮大铖是魏忠贤的干儿子。这种人执掌朝纲，还有什么好说的？”多尔衮说：“有史可法在啊。”洪承畴又说：“单靠这史老头儿也不管用。”多尔衮问：“来使还有没有别的事？”洪承畴回答说：“来使左懋第却是有四个要求：第一，厚葬崇祯帝；第二件，索回北京；第三件，只许称可汗，不能称帝；第四件，来使不用屈膝。”多尔衮勃然大怒：“左懋第是什么人？敢说这样的话！”洪承畴说：“听说他是兵部右侍郎，兼右佥都御史。”多尔衮想了一下，说：“先把他们三人安排在鸿胪寺。”
歇了几天，洪承畴因患病请假，没去上朝。忽然听说朝廷已让南使回去了，不禁大吃一惊，急忙去见多尔衮，问道：“王爷让南使都回去了吗？”多尔衮说：“两国相争，不斩来使，当然放他们回去。”洪承畴说：“我想招降江南的将士。陈洪范愿意回去招降，可以放他回去，但不该放左懋第、马士英二人回去。”多尔衮说：“你不早说，我已经放走他们了，怎么办？”洪承畴提议：“请速派得力人员追回左、马二人，只放陈洪范回南朝。”多尔衮点头，立即派人追回左、马二人。
多尔衮正想派军南下，忽然接到西征的捷报，说西安已被攻下了，不禁大喜。原来李闯率众进入陕西，攻陷长安，又令部众分别侵犯四川、河南等省。听说清豫王多铎已经到了黄河南岸，他连忙调兵遣将，惊慌得不得了。没想到清英王阿济格又率兵直逼西安。两军前后夹攻，李闯急上加急，率着几百个残卒仍像在京城时一样放火而逃。
赶走李闯后，阿济格与多铎立即联名报捷。多尔衮大喜过望，马上奏请顺治帝御殿受贺。此时已是顺治二年春天了。庆贺完，多尔衮主持军机会议，令阿济格仍然追剿李闯，多铎移师下江南。
南朝的福王是明神宗的孙子，福恭王常洵的长子，崇祯十六年袭封。因流寇四扰，便跟着叔叔潞王常淓，跑到淮安避难。崇祯帝殉国后，凤阳总督马士英想奉福王为明帝，南京兵部尚书史可法却说福王不是帝王之才，不能立为皇帝，应该立潞王常淓为帝。马士英硬要坚持己见，勾结四名总兵备齐甲杖，护送福王来到仪真。史可法无奈，只得与百官将福王迎入南京，继承帝位，改第二年为弘光元年。马士英带兵进入南京，与史可法同为东阁大学士，两人见解不同，屡次冲突。史可法恳请亲自镇守淮、扬，率总兵刘肇基、于永绥一同到江北，并建议让四位总兵分别驻守徐泗、淮海、滁和、凤寿四镇。四位总兵表面上归史可法管制，其实都是马士英的羽翼，哪个肯听史可法的号令？史可法驻守扬州时，多次上疏请求统率军士夺取中原，奏章却都被马士英私下扣留。弘光皇帝信任马士英，将一切政务交给他，自己则沉迷于酒色。谁知春宵苦短，好事多磨，霓裳之曲未终，鼙鼓之声已起，北朝的豫亲王多铎已分军南下了。
多铎自从奉了移军南下的圣谕，便别了阿济格，把军士分成三支，向河南进发。一支出虎牢关，一支出龙门关，一支出南阳，约定在归德府会师。那时，河南还是南朝属地，巡按御史陈潜夫向福王推荐汝宁宿将刘洪起，希望让他做统领，号召两河义军阻截清兵。马士英却不肯答应，反而召回陈潜夫。清兵长驱河上，如入无人之境。史可法听到警讯后，马上令总兵高傑出兵徐州，全力防御。想到清兵已拿下河南府，忙去催促高杰前往归德。高杰正想与雎州总兵许定国联络，希望能互相照应，不料许定国已被清军贿赂。高杰还被蒙在鼓中，带着几个人马从归德赶往雎州，许定国接他入城，设宴接风，召妓饮酒。高杰喝得烂醉如泥，连随从也都醉得不省人事，搂着美人正在酣睡。突然一声鼓号，伏兵齐起，高杰从醉梦中惊醒，被四名歌伎用手按住，手脚动弹不得，刀锋一下，身首两分。他的随从也都被杀死。一班风流鬼都到森罗殿去了。
许定国向多铎报功，多铎接着进取归德，三路兵陆续会集。正逢清都统准塔随豪格到山东，因山东已平，奉命接应多铎，也到归德与多铎军会合。多铎令准塔率本部军出淮北，自己率部队出淮南。准塔军连战连胜，一举拿下徐州、宿迁、淮安，淮北一带的明朝守将纷纷望风降清。多铎又由归德进攻泗州，明淮河守将李际遇焚毁桥梁后逃走。清兵安安稳稳地渡了淮河。
那时，赤胆忠心的史可法听说高杰被杀，不禁流泪叹息，忙令高杰外甥李本身前去召回高杰的部下，又立高杰的儿子元爵为世子，以安定军心。忽然听说清兵已渡淮河，史可法急忙出军抵御，走到半路上，又听说泗州紧急，于是又移师泗州；还没走几里，南京又召他回去，说是左良玉谋反，让他赶紧回京护卫。风声鹤唳，四面楚歌，史可法因勤王的事情迫在眉睫，只好放弃泗州，回到江南。
左良玉为什么谋反呢？左良玉曾有战功，福王封他为宁南侯，驻守武昌，统辖长江上游，作为南都屏障。马士英嫉贤妒能，不秉公处理公务，恼得左良玉性起，索性带兵来清君侧。左良玉引兵东下，从汉口到蕲州，三百多里的河道全是他的水兵。马士英大惊，一面令阮大铖人联合总兵黄得功防堵，一面急召大学士史可法、总兵刘良佐前来支援。史可法刚刚渡江抵达燕子矶，就接到南京谕旨，说总兵黄得功已攻破左良玉，让史可法速回淮扬。史可法忙赶回泗州，探知泗州已失，于是急忙回到扬州。谁知清兵已从天长、六合长驱而来，距扬州城只有三十里。扬州守兵多半逃窜，等史可法入城时，城中已经没有人再守。史可法马上写信给各镇，要求他们前来支援。只有一个刘肇基总兵从白洋河赶来报告，说：“军心大变，刘泽清已向清军投降。”史可法只得决计死守。
当时，清室降将李世春奉多铎之命入城劝降。你想这位宁愿效死也不事二主的史督师，肯心甘情愿地投降吗？李世春还没详说，已被史可法叱逐出城。李世春离开后，史可法急忙令总兵李栖凤监军、副使高岐凤在城外扎营，作为援应，自己则率刘肇基登城巡阅。看到清兵如江潮海浪一样奔涌前来，史可法倒也不慌不忙，等清兵临进城下时，一声号令，炮弹矢石都向清兵飞去。两军相持了两天两夜，史可法望见城外前来援应的两营毫无动静，只有虚晃晃两座营帐；过了一晚，却连营帐都没有了。史可法无奈地叹道：“文官三只手，武官四只脚，无奈！无奈啊！”刘肇基献计说：“城内地高，城外地低，我们不如引进淮河水淹死敌军！”史可法回答：“民为贵，社稷次之。敌军未必丧亡，淮扬先成汪洋，我于心不忍啊。”便没有使用刘肇基的计策，只是一味固守。
清兵攻打了好多天，城池依然没有被拿下，兵士也死伤无数。多铎怒不可遏，亲自督兵猛扑几次，结果都被守兵击退。史可法检点守兵，也有一多半的人受了伤，料想城孤援绝，终难持久，便咬破手指，写血书劝弘光皇帝远离小人和女色，勉力图存。又写信给母亲和妻子，不说别的，只说：“我死后，将我葬在高皇帝陵旁。”写完后，请副将史得威出城送信。到了第七天，城内的炮弹矢石所剩无几，史可法正在着急，猛地听到一声炮响，城墙随崩塌。史督师已是无计可施，只好与清兵展开肉搏。两军激战许久，城内外尸体堆积如山。清兵踩着尸首入城，刘肇基率兵民巷战，最后殉难。史可法见清兵已经入城，刘肇基阵亡，便要拔剑自刎。忽然，参将张友福一把夺去宝剑，拥着史可法逃出小东门。史可法大呼：“我就是史督师！”此时，城内外都是清兵，一听到史可法的呼声，不问真伪，一阵乱剁。可怜一代忠臣已成碧血，从此精诚浩气直上青云。第二年，家人用袍笏招魂，把他葬在扬州城外的梅花岭。