刘铤全军覆灭，众将士进了枉死城中，还是莫名其妙。其实，半路杀入的杜军是满洲军假冒的。满洲大贝勒代善杀尽杜军，便装扮成杜军的模样赶来呼应太祖，恰巧碰着两军恶战，他便竖起杜字旗帜，混入刘铤军中。刘铤还不知道杜军惨败的消息，以为来的是杜军，因此中计被杀。
那时，元帅杨镐接到马林情报后，急召刘铤、李如柏两军，过了几天，只有李如柏领军回来。马林逃回开原后，在满洲军的追击下，开原失守，铁岭也没保住。明廷御史弹劾杨镐，朝廷派人将他捉拿回京，令兵部侍郎熊廷弼代任元帅。
熊廷弼是湖北江夏人，身材高大，素有胆略，奉命出京任职时，听说开原失守，便叹道：“朝中大臣不知边疆形势，一味主战，才导致今天这种结局。”便立即写奏折，恳请皇上在粮草、器械、兵力等方面全力支持。神宗皇帝准奏。
熊廷弼刚出山海关，就看到百姓纷纷逃难而来，停车仔细询问，才知铁岭已经失守，沈阳也快沦陷了，想要逃命就只有西奔。熊廷弼耐心地劝服百姓跟自己回辽阳。入城后，他又将百姓安抚了一番。然后斩杀逃将，严整军纪，勤修战备，渐渐巩固了辽沈的边防。接着又奏请皇帝拨给他十八万大军，分守要地。这时，就算是智勇双全的满洲太祖，也拿他毫无办法。
满洲太祖见辽沈无机可乘，便转而去攻打叶赫。这时叶赫主纳林布禄已死，其弟金台石袭位，听说满洲军要来侵犯，忙集兵戍守东城，并通知西城贝勒布扬古赶紧守御，互相援应。没几天满洲军直逼东城，击败西城来的叶赫援兵，攻陷东城。金台石冒死突围，因身负重伤，被满洲军活捉。全城已破，满洲太祖入城升旗，让军士带进金台石。金台石出言不逊，惹得太祖勃然大怒，下令将他斩首。只听金台石厉声说道：“我生前敌不过你满洲，死后泉下有知，一定不会让叶赫绝种，将来就算只传下一子一女，也要报仇雪恨。”话还没说完，头就落地了。太祖马上令多尔衮捡起来，挑在竿上，前往西城招降。
西城贝勒布扬古是布塞的儿子。他听说东城已破，急得不得了。多尔衮在城下一招降，布扬古就投降了。西城一降，叶赫便彻底灭亡了，满洲太祖的心里大感快慰，把之前的碑文撇在脑后，哪里想到二百年后竟又生出一场大祸呢。
熊廷弼驻守辽沈三年，百姓安居乐业。偏偏神宗、光宗相继驾崩，新即位的熹宗不理朝政，任凭宦官魏忠贤专权，小人姚宗文当道。熊廷弼最终只好辞官回乡。朝廷换了袁应泰接替熊廷弼。
袁应泰为人聪敏，却不善用兵。到了辽东，他见熊廷弼对部下管教甚严，就把规矩放宽。满洲太祖灭了叶赫，正愁没法攻占辽沈，得了这个消息，喜不自禁，立即发兵进攻沈阳。袁应泰忙率领总兵侯世禄、姜弼、梁仲善等人赶到沈阳，出城五里迎战。结果不敌满洲大军，袁应泰只得退回城中固守，军士已丧失三分之一，侯、姜二将身负重伤，梁仲善下落不明，想必是阵亡了。
袁应泰仗着城壕深广，便分段固守。谁知到了第二天，满洲军将城西大闸掘开，把壕中的水放得一干二净，军士渡壕攻城，奋勇直上。这时天已经黑了，袁应泰举着火把守城，从天黑杀到天亮，守城兵士多半伤亡，将领牛维曜、高出等人不知去向，城中大乱。第二天早晨，满洲军陆续登城。袁应泰躲到城北镇远楼，把巡按御史张铨叫过来，哭着说：“我是统兵的元帅，城亡了我就得跟着死。您是文官没有守城的责任，应该离开，退保河西，以后再图大事。”张铨回答说：“您都知道效忠国家，我怎么能不效忠国家？”袁应泰听了，也不再说什么，随即悬梁自尽。张铨见袁应泰已死，也解带自缢。满洲军上镇远楼，见两人高悬梁上，就将他们解下，抬到满洲太祖面前。太祖惊叹：“真是两个忠臣！”话还没说完，看到张铨两眼转动，还有一丝生气，急忙让军士用姜汤灌救。张铨徐徐醒来，看到上面坐着一位大人物，料想他是满洲主子，便问道：“你为什么不杀了我？”太祖劝他归降，张铨道：“我生是大明的臣子，死是大明的鬼。”太祖说：“我怎么能忍心杀掉忠臣呢？”便下令放他回去。张铨回到官邸后，向北拜了拜朝廷，向西拜了拜父母，再次自缢。太祖命军士好好将他埋葬。
辽阳既被拿下，辽东附近五十寨及河东大小七十余城也都纷纷投降。这消息传到明廷，明朝的众位大臣便想起熊廷弼了，熹宗也有悔意，将姚宗文贬职，仍让熊廷弼出任辽东元帅。
熊廷弼出山海关，到了广宁，文武各官都出城迎接。辽东巡抚王化贞也来拜见他，寒暄过后，共商战事。王化贞打算分兵防河，熊廷弼想固守广宁，两人意见不合，便争执起来。熊廷弼慨叹道：“到了今天这个地步，只有固守广宁这一个办法。广宁能守住，关内外自然就没什么可担忧的，如果分兵防河，势单力薄，一支营队抵挡不住敌军，整个营队都将溃散，分兵防河怎么可行？”王化贞始终不以为然，怏怏不乐地走了。熊廷弼上奏朝廷，奏请实行固守广宁、天津、登莱三个关口的策略，王化贞也奏请皇上批准自己沿河分守的提议。明廷实行了熊廷弼策略，把王化贞的奏议放到一边，王化贞更加不高兴了。熊廷弼写信给王化贞，再次给他分析沿河分守的利弊关系，王化贞并不理会。
过了几天，辽阳都司毛文龙传捷报到广宁，说已经攻下镇江堡。王化贞大喜，提议乘胜进军，熊廷弼说不妥。王化贞径自上奏，说：“东江有毛文龙做前锋，叛徒李永芳现在悔恨不已，愿意做内应，蒙古国也答应借我四十万人马，此时不夺回辽沈，还等什么时候？望皇上给我六万精兵，让我一举荡平辽沈，只请朝廷让熊廷弼不要再阻拦我。”此奏一上，熊廷弼已得知消息，立即从广宁回山海关。王化贞就等朝旨一下，立马进军。没过几天朝使来到，让王化贞全力以赴，不必受熊廷弼的制约。熊廷弼也接到朝命，让他进驻广宁，做王化贞的后援。王化贞带着广宁十四万兵士渡河西进，熊廷弼不得已，也前往右屯驻守。此时熊廷弼只有五千兵马，徒有元帅的虚名，心中愤懑不已，便向朝廷呈上抗议奏章，要求朝廷让他全力抵敌。奏折呈上去后，明廷置之不理。熊廷弼又上了几次奏折，感叹朝政失和，国家大事无人做主。言辞激烈，触怒了皇帝。明廷就想罢免熊廷弼，任王化贞为帅，没想到王化贞却在这时大败而回。
原来，王化贞率领大兵渡河，满心想着凯旋而归。第一次出兵，走了几十里，并不见敌兵，只得打道回府，第二、三次也是这样，直到第五次，依旧不见一人。李永芳毫无消息，蒙古兵也没有来支援，王化贞安安稳稳地过了一年。熹宗二年正月，满洲军西渡辽河，进攻西平堡。守堡副将罗一贯飞报王化贞，王化贞马上派游击孙得功、参将祖大寿、总兵祁秉忠带兵前往支援。走到半路，遇到总兵刘渠，他奉熊廷弼之命也赶来支援西平堡，四将会师前进。到了平阳桥，听说西平堡失守，副将罗一贯阵亡，孙得功便想退回广宁，刘渠、祁秉忠二人是热血男儿，不肯就这样回去，还想夺回西平堡，孙得功勉强相随。没走几里，见前面尘埃满天，满洲军已整队杀来。刘渠、祁秉忠等人忙率兵抵敌，只有孙得功按兵不动。刘、祁二将，正与满洲军厮杀，忽然听到梆子声响，敌军万箭齐发，伤了明军几百人。明军刚准备拿盾挡箭，忽然听到后面大声叫道：“我们已经战败了，弟兄们为什么不逃？难道都不要命了吗？”这一嗓子喊得人人惊慌，明军霎时间逃跑了一半。刘渠、祁秉忠全力拦截逃兵，已是截留不住，眼看着兵残力竭，只有以死报国。那一嗓子出自何人之口？一猜就知道是那狼心狗肺的孙得功。孙得功本是王化贞的心腹，王化贞万分地信赖他，没想到他见了满兵，却吓得失魂丧胆，又恨刘、祁二人硬要争先杀敌，因此未败叫败，扰乱军心。他自己早早逃了回去，还谣传敌兵将要杀过来。百姓听说后十分惊惶，互相搀扶着逃出城。孙得功暗想，一不做二不休，干脆捉了王化贞，将他作为礼物献给满洲，自己做个满洲的大官倒也威风。于是就在城内扎兵，专等满洲兵到了好做内应。
王化贞对这一切全然不知。忽然有人闯进屋来说：“情况危急，请您速速离开！”王化贞仓皇失措，也不知是怎么回事，只是抖个不停。那人也来不及细讲，竟拉王化贞上马，策鞭出城。走了几里，王化贞回头一看，紧跟着的是总兵江朝栋和他的一个仆役。王化贞莫名其妙，摸不着头脑。直到到了大凌河，才有一支人马疾驱而来，为首的一员大帅，威风凛凛，正是辽东元帅熊廷弼。王化贞这时才明白到底是怎么一回事，仔细一想，惭愧得不得了，顿时下马大哭。熊廷弼笑道：“六万大军全军覆灭，现在你感觉怎么样？”王化贞听了这话，越发号啕不止。熊廷弼又说：“哭有什么用？我现在只有五千人马，都给你，请你抵挡追兵，护民入关。”王化贞此时进退两难，想与熊廷弼回去解救广宁。熊廷弼说：“迟了，迟了。”话还没说完，探马来报，孙得功已将广宁献给满洲，锦州、大小凌河、松山、杏山等城都已失陷。熊廷弼忙让王化贞尽快烧了关外囤积的粮草，护送十万难民进入山海关。广宁失陷的消息传到北京，给事中侯震暘等人奏请皇上，将熊廷弼、王化贞拿下。熹宗不辨是非，马上下令将王化贞、熊廷弼打入监狱。
熹宗任命东阁大学士孙承宗为兵部尚书。孙承宗是高阳人，善于用兵。接受兵部一职后，立即上奏，分析军队的利弊，并恳请皇上放心，自己必定全力以赴。熹宗读完奏章后很是赞赏，令他率军前往蓟辽，照例赐他一把上方宝剑。
孙承宗到了宁远，立即制订军制，明确各人的职责。任命马世龙为总兵官，让游击祖大寿守觉华岛，副将赵率教守前屯。接着就在宁远附近筑堡修城，勤练十一万士兵，造铠甲、兵器数百万件，开屯田五十顷，兵精粮足，壁垒森严。孙承宗在辽地坐镇四年，关内外固若金汤，不失一草一木。偏偏妒贤嫉能的魏忠贤，又在皇帝面前说三道四。魏忠贤起初想巴结孙承宗，没想到孙承宗不仅疏远他，还弹劾他。这魏忠贤怎肯善罢甘休？第一步，进谗言，杀了熊廷弼，将他的首级传遍边疆；第二步，诬陷孙承宗，说他兵权太重，将来有可能谋反。从此，孙承宗写的很多奏章大半被束之高阁。