另一方面，由于连年战争，经济支出庞大，虽然满清政府下令免除明末的加派，但是一些“杂费”的征派还是逐年增加。沉重的税赋导致抗税逃役的事件时有发生。
这三大矛盾叠加起来，满清的统治就不那么稳定了。根据《清世祖实录》的不完全统计，从顺治二年（1645）7月起到五年7月止的三年中，关于反清斗争及清兵攻击农民军的记录就达一百二十条左右，官书未载的小规模斗争更是不计其数。
一旦满清统治不太稳定，官僚们也就不一定跟着他们混了。比如当时就有明朝降将金声桓、李成栋、姜瓖等人各自怀着不同的目的在江西、广东和山西宣告反清。官僚集团的特点就是摇摆不定，如果有其他政权比满清更能保护他们的利益，那么他们会毫不犹豫地抛弃满清。
显然，少数民族如何统治汉人的古老难题摆在了满清统治者的面前。解决不了这个问题，满清就难以在中原站稳脚跟。从历史的结果上看，他们比较好地解决了这个问题。这个问题的解决，始于顺治，成于康熙。
最初遇上这个问题的人，并不是顺治和康熙父子，而是摄政王多尔衮。虽然他提出了实行“以汉治汉”政策，多次宣称“满汉一家”。但在施行起来，却不是那么回事，尤其是执行了“剃发”、“圈地”、“逃人”等不得人心的政策后。再加上当时南明的势力还比较强大，因此多尔衮执政时期，是清朝中前期以上三大矛盾最为激烈的时期。前面所说的那些例子基本上都出现在多尔衮执政时期。虽然多尔衮政治才能不俗，军事才能也很高，但直到顺治七年去世，他也没能看到一个他所希望的“太平”天下。
多尔衮一死，顺治皇帝自己当政。由于顺治皇帝从小受到摄政王多尔衮的威胁，因此顺治皇帝一直在努力寻找摆脱傀儡地位的方法。怎么找？读书。史载他“发愤读书”以至“呕血”。在书中他得到最有力的支持：皇权至高无上的中华政治文化。相反，八旗贵族共议国政的满清政治文化，使得皇帝大权旁落，对皇帝非常不利。这就导致他从内心里认同儒家经典，完全接受汉族文化，并且要将这种有利于他自己统治的文化推广到全族、全天下。
所以，从顺治皇帝正式执掌朝政开始，他就向整个满族、整个天下灌输有利于自己的汉族文化。同时，由于他深受儒家思想的影响，因此对平民也相对宽厚，从一定程度上对缓和阶级矛盾作出了贡献。顺治皇帝当政期间主要做了以下几件事情。
其一，以“阴谋篡逆”的罪名重处满清文化的代表人物多尔衮及其党羽。
多尔衮本人被从墓里“挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众”，他雄伟壮丽的陵墓化为尘土，家产全部充公，以前所得的封典全部被追回。此后，他又先后下令处死多尔衮的党羽刚林、祁充格、固山额真、谭泰、阿济格等人，沉重打击了不服从皇权的满清贵族势力。
其二，尊孔尊儒。
顺治九年，顺治皇帝亲率诸王大臣等到太学隆重祭奠孔子。作为皇帝的顺治，亲行两跪六叩之礼。同时还下谕学官、诸生说：“圣人之道如日中天，讲究服膺，用资治理。尔师生其勉之。”与此同时，顺治皇帝大力提倡学习儒家经典。他命内院诸臣翻译五经，并赞美说：“天德王道备载于书，真万世不易之理也。”他认为“治平天下莫大乎教化之广宣，鼓动人心莫先于观摩之有象”。于是，他主持编修《资政要览》、《劝善要言》、《顺治大训》、《范行恒言》、《人臣儆心录》等，均亲自撰写序言。
顺治十二年春，顺治皇帝又下旨给主管教育文化的礼部道：“朕惟帝王敷治，文教是先，臣子致君，经术为本。”“今天下渐定，朕将兴文教、崇经术以开太平，尔部即传谕直省学臣训督士子，凡六经诸史有关于道德经济者，必务研求通贯，明体达用。”号召全国读经。
其三，大力提倡忠孝节义。
顺治皇帝认为“自古平治天下莫大乎孝”。因此，命大学士冯铨为总裁官编《孝经衍义》，推崇孝道。顺治皇帝为了提倡忠孝节义，还于顺治九年敕封关羽为“忠义神武关圣大帝”，以关羽为忠义的楷模。同时顺治皇帝还一再下令旌表各省的“忠孝节烈”之人，并注重实行满汉一致。比如就在敕封关羽的同年，他“命诸王宗室内有孝友义顺及守节贞烈者，宗人府核实具奏，礼部照例旌表”，开始在八旗中旌表忠孝节烈。第二年4月又决定满洲部院各官与汉官一样实行“离任丁忧”制（即父母去世要离职守孝）。
此外，顺治皇帝还表彰北京被李自成攻陷时故明朝臣之“殉君死难”者，赞扬其“幽忠难泯，大节可风”，下令礼部“详访确察死节职名并实迹具奏”，“给谥赐祭”。比如“从君殉节”的明司礼监太监王承恩，就被顺治皇帝称为“目击艰危，从容就义”，“即古之忠臣烈士何以加焉？”甚至特为他立碑致祭，并赐谥号为“忠”，以“使尽忠者以为劝，不忠者以为戒”。
其四，重用汉人官僚。
官僚受不受重用，一看有没有实权，二看能不能参与决策。满清入关以后，虽然也重用了一些汉人官僚，但是只限于个体，从制度上对汉人官僚还是有防范措施的。比如，中央政府各部委的一把手都是满人，汉人基本上是二把手以下，没有实权。
到顺治皇帝这儿，情况发生了变化。顺治十六年，顺治皇帝下诏吏部：“向来各衙门印务，俱系满官掌管，以后各部尚书、侍郎及院寺堂官受事在先者，即著掌印，不必分别满汉。尔部即传谕各衙门一体遵行。”这就大大提高了汉人官僚的地位，使汉人也能当上衙门的一把手了。
再比如，原先高层议事，不让汉人参与。庭议的时候，“各衙门奏事，但有满臣未见汉臣”。顺治皇帝把这个地方也改了。顺治十年（1653）的正月，顺治皇帝下令：“嗣后凡奏进本章”，要“满汉侍郎、卿以上参酌公同来奏”。除此之外，对于洪承畴、吴三桂、党崇雅、孙承恩等人更是恩赏有加。
其五，积极推行宽松和招抚政策以缓和矛盾。
一是对当时造成社会极度恐慌混乱的逃人法、投充法作了一些改变，缓和了矛盾。顺治皇帝下令允许原来满清入关时俘获的汉人奴隶回乡探亲，“其父母兄弟妻子有愿投入旗下同归一处者，”“准其完聚。以示朕满汉一视之仁”。又谕示户部：“数年以来投充汉人生事害民，民不能堪，甚至有为盗、窝盗者，朕闻之不胜痛恨。”他下令“今后各地方官如遇投充之人犯罪，与属民一体从公究治”。
二是对各地出现的反抗斗争以抚为主。他说：“朕思各处土寇本皆吾民，或为饥寒所迫，或为贪酷官吏所驱，年来屡经扑剿，荡平无期。皆因管兵将领纵令所部杀良冒功”，“真贼未必剿杀，良民先受荼毒，朕甚痛之”。因而下令“不得轻动大兵，使玉石俱焚”。并颁敕江南等处，公开声明改变多尔衮在世时凡因抗拒后来降者多被诛戮的作法，而“大开生路，许其自新”。
其六，澄清吏治。
一是加强考核。顺治皇帝采纳吏科给事中魏象枢的建议，实行京察“大计”，对各地官员普遍进行考核。从顺治十年开始，三年一大计，定为制度。顺治朝的“大计”相当严格，比如在顺治十年的第一次大计中就共有九百六十九名官员受到了革职、降调、致仕的处罚。
二是重视都察院和御史的监察作用。他以“都察院为朝廷耳目官”，一再要求他们“上自诸王下至诸臣，孰为忠勤，孰为不忠勤，及内外官员之勤惰，各衙门政事之修废，皆令尽言”，“分别参奏”。与此同时，还向各地派出大量御史，作为皇帝的“耳目”以“简任巡方”、“察吏安民”。
其七，推行屯田垦荒政策。
一是在受战争破坏严重的四川及北方各省，由政府发给耕牛、农具和种子，招民开垦，实行三年起科，也就是头两年免税。
二是鼓励垦荒。在辽东一带实行招民垦荒授官令，鼓励人们赴辽东开发。后来又将这个政策加以推广，“如有殷实人户，能开至二千亩以上者，照辽阳招民事例，量为录用。”
三是将垦荒作为官吏的考核内容。顺治十四年夏天，顺治皇帝公布督垦荒地劝惩则例。则例中规定督抚按及道府、州县、卫所等各级官员在一年内，按垦荒数量给以记录或加升一级的奖励，同时还规定了文武乡绅及贡、监生民人等垦荒的奖励办法。并规定“若开垦不实及开过复荒，新旧官员俱分别治罪”。
此外，在私生活上，顺治皇帝无视“后妃之选，例不得及汉人”的旧制，先是爱上了定南王孔有德的女儿孔四贞，后来又爱上了董鄂妃。而对于几位基于满蒙联姻祖制而入宫的蒙古族博尔济吉特氏皇后、皇妃则不是想尽办法把她们废掉就是晾在一边理都不理。其中固然有个人感情在里面，但也表现出顺治皇帝对满族传统的反感。
所有这一切政策，都有利于缓和民族矛盾、官与民的矛盾，有利于巩固满清帝国的统治。但是，顺治皇帝并不是一个优秀的政治家。
一方面，他在排斥满文化、推行汉文化的同时，顽固地维护满人的利益，也就是维护奴隶主的利益。这突出表现在他一再强调不许放宽“逃人令”，对于满族贵族威胁皇权的活动他固然不能容忍，但对于其他不法行为，则往往网开一面。比如满洲学士麻勒吉因索贿逼死直隶、山东、河南三省总督张悬锡，麻勒吉竟然只被“革去所加之级，再降二级，仍留原任”，这等于没有处分。
另一方面，他刚愎自用，政治谋略不足，一旦遇到挫折就心灰意冷。他在将汉文化向全满族推行的过程中，不可能不受到本族人的反对。比如他的遗诏中就有：“喜用文臣，又多委任汉官，致满臣无心任事，精力懈弛，其罪一”之语，可见当时满族官僚采取了消极怠工的办法来对抗皇帝。特别是当董鄂妃死后，顺治皇帝万念俱灰，一度想到弃国出家。只是在玉林绣禅师的劝导下才暂时作罢。不久后，顺治帝病逝（也有说真去了五台山出家。这是一宗疑案，没人说得清楚）。无论他自己到底是什么结局，但可以肯定的是，他在满汉两种文化的对抗中倒下了。
他一死，满族贵族势力就立即重掌朝纲，索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜等人以仰法祖宗为借口，恢复了一些满族旧制。
就在这种背景下，康熙皇帝一天天地长大了。
这个时候满文化与汉文化的冲突主要表现在三个方面，其一是民族风俗的冲突，比如服饰、发型；其二是奴隶制与封建制的冲突，主要表现在圈地、追捕逃人这些方面；其三是贵族联合执政与皇权至高无上的冲突。
康熙和顺治一样，作为年幼登基的皇帝，随着年龄的增长切实地感受到大权旁落的痛苦，再加上汉文化本身就比满文化先进，因此很自觉地接受了皇权至高无上的汉文化。而比他的父亲更具政治眼光的康熙皇帝，很明智地站在了封建制这一边，在通过政变除掉了鳌拜集团之后，康熙皇帝掌握了政权。不久，他就接连下令：“朕缵承丕业、乂安天下，满汉军民原无异视。比年以来，复将民间房地圈给旗下，以致民生失业，深为可悯。自后圈占民间房地永行停止，其今年所已圈者，悉令给还”、“满兵有规占民间房地者，永行禁止，仍还诸民。”
到康熙二十四年（1685），康熙皇帝再次下令民间田地“自后永不许圈”。而逃人法虽然没有明令废止，但是也逐渐放宽，直到最后“终岁不劾一失察之官，不治一窝隐之罪”，逃人法无疾而终。落后的奴隶制度终于转化为较为先进的封建制度。
康熙皇帝努力地向汉文化靠拢，出台了一系列符合儒家传统文化的政策，比如停止圈地、重视民生等，缓和了阶级矛盾又缓和了民族矛盾。可以说，康熙皇帝是中国历史上第一个（恐怕也是唯一一个）符合儒家文化中“贤君”标准的少数民族皇帝。
但是，还有一个问题，即在其他人的眼里，他本人是满人这个客观事实是改变不了的。康熙皇帝本人没有意识到这个问题，他认为自己就是真命天子，自己勤政爱民，理应得到人民的支持。然而，这个时期发生的一件事狠狠地搧了他一个耳光。
这就是著名的“三藩之乱”。
三、仅仅汉化是不行的
康熙皇帝汉化了，但光是他自己汉化并不足以消除两个民族之间的矛盾。年轻的康熙皇帝并没有意识到这一点。于是就有了三藩之乱。三藩之乱是纯粹因为康熙皇帝的不成熟而引发的一场战乱。这么说，有以下几条理由。
其一，康熙皇帝自我感觉太好。
康熙皇帝万万没有料到，一个被世人所不齿的汉奸吴三桂振臂一呼，竟然乱了半个中国，竟然有那么多汉人反清。在谈到除鳌拜的时候就有人指出：“决定十六岁康熙具有这些优良品质、卓越才能的基础，是他在汉文化的氛围中，自信为‘天子’、唯我独尊的心理状态。”当他除掉了鳌拜集团之后，这种心态毫无疑问地得到了强化。康熙皇帝在决定是否撤藩之时就认为：“撤亦反，不撤亦反，不若先发制之”。这就体现出他此时根本不担心吴三桂等人造反。
那么是不是他真的准备好了呢？从现在的史料中我们没有发现康熙皇帝在吴三桂造反之前有什么很高明的部署。最主要的原因恐怕是康熙帝对吴三桂的能量估计不足。康熙皇帝在撤藩之前的确已经预料到吴三桂可能造反，但是他绝对没有料到会有那么多人响应吴三桂。吴三桂轻而易举地就取得了四川、贵州、湖南，不到数月吴三桂的军队便已饮马长江。各地反清武装也纷纷响应。可见三藩之乱初期清政府处于劣势的状况正是因为康熙皇帝自我感觉太好，没把吴三桂放在眼里。