另外一方面，慈禧等人对地方实权人物有所猜忌，根本不可能放手让他们来办事，不可能真心支持他们的发展。相反，还加以监视，时时给他们使绊子，随时有打压其势力的可能。比如新成立的海军衙门中并无什么海军专业人才，主要领导除傅云龙一人是李鸿章系列的以外，全是旗人。
结果，二比一，皇帝败下阵来。虽然李鸿章也因此而丢官，但一则他虽失北洋，淮军仍在，政治资本没有打光；二则，这主要是地方官僚们之间的竞争，无论换上来的是谁，都不会拿着自己的家当为清政府拼命，所以并不能改变政治格局。
《马关条约》的签订，震惊了全国。从上到下都在要求发愤图强。正如光绪帝在批准《马关条约》后所写的：“君臣上下，惟当艰苦一心、痛除积弊，于练兵筹饷两大端，尽力研求，详筹兴革，勿存懈志，勿骛空名，勿忽远图，勿沿故习，勿期事事核实，以收自强之效。”一场新的变法图强运动展开了。
在政权结构没有发生变化之前，这种变法注定会失败。尤其是当变法所依赖的是光绪这个在政治上相对比较幼稚的皇帝和康有为、梁启超等在地方上没有根基又不懂政治策略的官场新贵时，变法更是输得一干二净。
事实证明，无论是光绪皇帝还是康有为、梁启超等人都没有充足的政治经验，对于改革中可能遇到的种种困难，估计不足、办法不多。因此改革从一开始就弥漫着一股急躁的气氛。他们的一味蛮干，结果只能是激化矛盾。
首先，光绪皇帝主导改革必然引发慈禧太后对失去政治权力的担心。无论是光绪皇帝还是他的谋臣都不知道如何处理好帝后两者之间的关系。到后来，康有为、梁启超等人甚至想以政变的方式除掉慈禧，这显然太小看对手了。
其次，光绪皇帝支持变法，提拔了一大批维新派的官僚。这就侵害了原来官僚的利益。对于阻碍变法的官僚，光绪、康有为、梁启超等人的办法简单而粗暴，康有为甚至认为：“杀二品以上阻挠新法大臣一二人，则新法行矣。”这纯属毫无政治头脑。当年商鞅变法、赵武灵王变法也没有杀朝中的贵戚重臣，特别是赵武灵王对于拒绝穿胡服的元老还亲自去做思想工作说服他们支持改革。康、梁等人这样做的结果是树敌太多。比如荣禄，在变法前他曾经策划恳请太后归政，但在变法之后转而支持慈禧。
最终激烈地变法导致以慈禧为首的后党和以地方实权派为主的官僚为了保住自己的既得利益而联合起来反抗。
仅一百零三天，又是一个二比一，皇帝再败。这一次，光绪输得精光，若不是他的民主化改革政策得到西方国家的肯定，皇位必定不保。
从后来事态发展的情况来看，慈禧和各路官僚也不是完全反对新法。仅仅三年之后，慈禧就宣布实行新政，其内容与戊戌变法时相差无几，许多内容都是戊戌变法内容的具体化和延伸。当日光绪帝和维新派若好自为之，恐怕情况会有很大的不同。
然而，时间就是生命，就是这短短的三年时间，让大清帝国丧失了最后一丝起死回生的希望。正是由于这三年中发生了义和团运动和八国联军入侵，满清政府失去了作为中央政府的最后一点威严和臣民们对它的最后一点信任。1901年，新政虽然开始了，但是满清政府事实上已经丧失了对地方豪强等实力派的控制。在这些地方豪强势力之中，一位最终摧毁大清帝国的枭雄逐渐崭露头角。这个人就是袁世凯。
袁世凯是随着清帝国军事现代化的进程崛起的。
最初，他只不过是淮军中的一个小官。甲午战争失败以后，清政府开始看手筹建新式陆军。袁世凯根据他在甲午战争中亲眼目睹清朝陆军惨败的经历，向光绪帝上书痛陈旧式军队的诸多弊端，强调要向西方列强学习，要求建立新军。他的建议得到了光绪皇帝的认同，而由于袁世凯本人出身官宦世家，深谙官场之道，所以也得到了朝中重臣李鸿章、翁同龢、刘坤一、张之洞等人的支持。
有了这些重量级人物的支持，袁世凯很快就被派到天津的小站镇负责训练新军。在这里，袁世凯聘请汉纳根等十几位来自欧美日的教官主持训练，很快就组建了一支七千人的新式陆军。他们武器装备全部使用从德国购置的先进枪炮，还配备行军电台、怀表、双筒望远镜、雨衣、帆布帐篷等装备。军官都要求熟练掌握新式的战法、枪械知识、测绘、地理等现代军事知识。
袁世凯在小站训练新军可不是为了报效国家，而是为了自己的飞黄腾达。他从接手小站新军的那一天起就是把这支部队当作自己的政治资本来培养的。对于这支新军中的军事骨干，无论来自哪个派系，袁世凯都以拜把子、结亲戚等手段尽力拉拢。比如冯国璋是由满族权贵荫昌推荐到新军中来的，是满洲贵族的人。但是，袁世凯并没有防着他，而是将自己的家庭教师周小姐许配给了他。这样，一下子就拉近了两人之间的距离。后来，冯国璋成为袁世凯手下的一员虎将，与王士珍、段祺瑞并称“北洋三杰”。再比如，有一次袁世凯和张之洞谈论如何练兵。袁世凯说：“练兵的事情，看起来复杂，其实很简单，主要的是练成‘绝对服从命令’。我们一手拿着官和钱，一手拿着刀，服从就有官有钱，不服从就吃刀。”可见袁世凯使用胡萝卜加大棒的政策，将手下的这支新军训练成绝对服从与自己的武装力量。
在戊戌变法中，袁世凯靠出卖维新派保住了自己的性命和政治前途，但是肯定也已经失去了清政府的绝对信任。为了加强对军队的控制，清政府将北方地区的新军加以整合，成立了武卫军。武卫军分前、后、左、右、中五军，直隶总督荣禄为全军统帅并直接统领中军。袁世凯的小站新军，被编为武卫右军。
也许是因为清廷还是不放心让袁世凯的部队驻防北京，正好又赶上山东义和团闹得凶，所以在1900年，清廷任命袁世凯为山东巡抚，让他带着自己的军队到山东去镇压义和团去了。当时谁也没想到，这一次调动，让袁世凯躲过了一劫。
就在袁世凯去山东后不久，慈禧太后准备借义和团的力量来对抗西方列强，结果导致八国联军入侵。面对八国联军的进攻，武卫军的前、后、左、中四军均受到重创，有的几乎全军覆没。唯有袁世凯统率的武卫右军躲在山东参加了“东南互保”，不但没受损失，反而在镇压义和团的过程中壮大了实力。
到1901年，北方的乱局逐渐平息的时候，袁世凯的武卫右军已成为中国北方最强大的一支军队，成为清政府不得不依靠的一支武装力量。
有了这样的武装力量作后盾，袁世凯很快就被任命为直隶总督兼北洋大臣。袁世凯一升官，就立即进一步扩充自己的军事力量。到1904年，袁世凯将武卫右军扩充为北洋新军，兵力扩充到两万五千人。第二年，又在北洋新军的基础上组建北洋常备军，军队人数扩充到八万人。军队共分六个镇，除第一镇由满人铁良统率以外，其余五镇都是袁世凯的嫡系，主要将领基本都在小站练过兵。
至此，袁世凯及其手下的北洋军事集团已经成为清帝国内部最强大的政治势力之一。
这个时期，大清帝国内部的政治势力一共有三支。
一是以慈禧为核心的满人贵族集团，其主要代表人物除了慈禧以外，还有端方、铁良、载泽、奕匡、载沣等人。对于他们而言，最重要的一条是要保证帝制的延续，保住贵族们的利益。因此，他们主张像英国或者日本那样实行君主立宪制。他们这支势力控制着中央政府和不少地方政府，但是却没有军事力量作为后盾。
二是普通地方官僚。这些人已经对皇帝不抱什么希望，但又不关心采取什么样的政治制度，他们的根本利益在于保住其政治地位。
三是以袁世凯为代表的军事将领集团，他们以手中的军事力量为后盾，时刻准备夺取更多的财富和权力。
这样的政权结构是极其不稳定的，三股势力根本无法形成统治的合力。
在他们的对立面，是孙中山领导的革命党人。革命党人主张用暴力推翻满清帝国，走共和制的道路，受到很多中下层人士的支持，尤其是在南方的新军中支持率很高。
当1911年10月10日，武昌新军发动武昌起义之后，由地方官僚和军事将领势力控制的大多数省份采取了观望的态度。既没有积极地参与革命，又不镇压革命。一些新军先后起义，但却又都只是成立军政府，并没有积极向北京进军，以实现解放全国的目标。可见这些起义的新军不过是新的地方军阀而已。
在所有军阀中实力最强的袁世凯则非常清楚地看到：满洲贵族集团无力镇压革命党人，而革命党人同样无力推翻满清帝国。他倾向于哪方，哪方就能取得胜利。同时，各地军阀纷纷独立，以自己北洋一支力量想要统一天下，难度也非常大。于是，他首先是以脚疾未愈为借口向清廷要权。满人贵族无奈之下，将军国大权完全交给袁世凯。
得到了军国大权的袁世凯，迅速派军队攻占汉阳，向革命党人展示了一下自己的实力。然后就又开始向革命党人要权了。几番讨价还价下来，袁世凯以逼清帝逊位为代价，换取了革命党人的支持。
1912年2月12日，清帝国隆裕太后以宣统皇帝的名义发布诏书宣布退位。自此，清帝国灭亡。