可是，一味退让不能真正解决问题，尤其是制度性的难题，不是官员妥协和退让能解决的。最后，吉庆和瑚图礼因为关税盈余问题爆发了正面冲突。
清朝的地方财政很紧张，财政亏空普遍存在，官员们常常拆东墙补西墙，长期缺钱。但是，清朝的关税是一个例外。这是因为清朝不重视对外贸易，把对外贸易集中在少数几个口岸，广东是当时最大的对外贸易合法口岸。而清朝的关税管理又非常机械、僵化，它给每个外贸口岸规定上缴的关税金额是固定的。广东地区对外贸易发达，每年征收的关税比较多，除了上缴朝廷外地方留存的盈余也比较多。这笔钱怎么用，广东地方官员都很关心。这笔钱拨给哪个地方，或者拨给哪个项目，就能解决那里部分官员的财政难题。
瑚图礼是广东巡抚，他肯定有自己想用钱的地方，所以盯上了关税盈余。吉庆是两广总督，也有他自己想用钱的地方。这两个人需要解决的难题并不相同，就在关税盈余的支配上产生了冲突。根据《清史稿》的记载，吉庆想把广东太平关关税盈余“归公”，估计是想平摊到各处。瑚图礼估计是想投到特定的地区或者领域。在这个问题上，吉庆没有再妥协退让，而是利用自己“官大一级”的优势，强硬地把关税盈余归公。
因为这事，瑚图礼和吉庆的关系进一步恶化。《清史稿》用了两个字来表述瑚图礼对吉庆的态度：忌恨。瑚图礼觉得，自己和吉庆，有他没我，有我没他，不扳倒吉庆，自己就没有好日子过。但是，吉庆毕竟是瑚图礼的上司，官衔和级别都比瑚图礼要高。瑚图礼唯恐先遭到吉庆的弹劾攻击，决定先发制人，抢占先机。瑚图礼觉得只有先攻击吉庆，自己才有取胜的机会。
那么，弹劾攻击吉庆什么问题呢？
《清史稿》评价吉庆“居官廉而察吏疏”，也就是说吉庆这个人过于忠厚，对下属官吏疏于管理，造成了不少疏漏，产生了不少问题。《清史稿》明确记载的有两件事情。第一件事情是广东省博罗县重犯越狱逃跑，州县官员掩盖问题，按察使和知府徇私舞弊，大家都摁住问题不报。第二件事情是，清朝政府对地方官员的过错往往采取罚银的惩罚，谁做错了事情，就罚谁的银子；犯的错误越大，罚的银子也越多。这原本是赏罚分明的一项制度，但是广东省却把官员的罚银摊派到各县去征收。这样就大家干好干坏一个样，失去了赏罚的本意。这是广东省的一项“潜规则”。这两件事情，后来都被嘉庆皇帝知道了，他很生气，专门下了一道诏书，斥责吉庆“因循”，要吉庆对广东官场的腐败、保守负责。
嘉庆皇帝对吉庆的不满被瑚图礼探听到了。他揣测嘉庆皇帝的心思，秘密弹劾吉庆处理政务疲软不利。这种行为俗称“打小报告”。就在这个时候，广东地方局势开始动荡，这也帮了瑚图礼的忙。
嘉庆七年（1802年）八月，广东博罗县的民间帮会天地会起义。消息传到北京，嘉庆帝大为震惊，严厉申斥地方官员。吉庆率兵围剿，进度缓慢，迟迟不能平定起义，最后不得不请求朝廷调派援军支援。嘉庆皇帝更生气了，先是下诏斥责吉庆张皇失措、草率糊涂，革去他的协办大学士职务；几天后又指责吉庆对地方起义事先失察，事后无能，解除吉庆的两广总督职务。在吉庆被解职这件事情上，瑚图礼之前的“小报告”可以说起到了推波助澜的作用。
嘉庆命令瑚图礼和钦差大学士那彦成会同审讯吉庆，还命令瑚图礼署理两广总督。这下瑚图礼成了赢家。
吉庆很了解瑚图礼，知道自己落到瑚图礼的手中，绝对没有好结果。
所以，他在被解职后就给嘉庆皇帝上了一道奏折，其中说道“患病月余，恐瑚图礼作践，唯愿病不能痊”，表达出了对瑚图礼的强烈不信任和一股子厌世情绪。
当年十一月十九日，吉庆回到广州。当时，钦差大臣那彦成尚未抵达。
瑚图礼迫不及待，在吉庆回广州的第二天就传他到巡抚衙门。瑚图礼要单独审讯吉庆。二十日当天，吉庆来到了瑚图礼的巡抚衙门，结果就离奇地暴毙。吉庆是一了百了了，但瑚图礼的麻烦却开始了。
瑚图礼在钦差大臣抵达之前，独自审讯吉庆，逼死了吉庆。而吉庆虽然被解职了，但是他到底有没有罪，应该得到什么样的处罚，都还没有定论。
现在，瑚图礼必须要为吉庆死在自己的衙门提供一个解释。
瑚图礼显然不知道怎么处理。他在吉庆自杀的当天就慌慌张张地上了一道奏折。奏折说：“总督吉庆二十日来到巡抚衙门。我看到他形容憔悴，精神委顿，询问得知他患病未愈，就嘱咐他赶紧医治，希望能早日痊愈。后来，我听说吉庆回到总督衙门后，突然得了急症，连话都说不了了，当天就死在了总督衙门。我闻讯立刻赶到总督衙门查看，把总督等相关关防和一切文卷都接收过来，暂时署理总督职务。”
这份奏折有两个要点，第一是，瑚图礼说吉庆是在总督衙门死的，而不是巡抚衙门；第二是，瑚图礼说吉庆是自己生病死的，是正常死亡。瑚图礼希望这样能瞒天过海，撇清自己和吉庆之死的关系。
但是，吉庆毕竟是在众目睽睽之下死在了广东巡抚衙门，而不是瑚图礼说的总督衙门。同时，吉庆是暴毙而亡，不是正常死亡。这些情况，都有众多的目击者。瑚图礼深知，真相是掩盖不了的，总有一天会传到北京。
经过深刻的思想斗争，瑚图礼在二十天后，不得不给嘉庆皇帝写了第二道奏折。在奏折里，瑚图礼对自己的说法做了重大修改。
第二道奏折说：“总督吉庆于十一月十九日回到广州，我前往迎接，看到他精神委顿，形容憔悴，询问得知他患病未愈，就嘱咐他赶紧医治，希望能早日痊愈。二十日，吉庆到巡抚衙门回拜。我和他谈了没几句话，吉庆突然变得语言恍惚，拔出随身携带的小刀，要自杀。我赶紧叫他的随从和我的家丁上前抱住他，把小刀夺下。吉庆忽然又把桌上的鼻烟壶塞进嘴里，用力吞下去，导致气管隔绝。我和随从等人无力解救，就把司、道、府、县等官员叫进来，把情况告诉他们，同时派人把吉庆扶进轿子，抬回总督衙门，嘱咐他们迅速寻找解救的办法。想不到吉庆医治无效，当天就死亡了。”
在这份奏折中，瑚图礼承认了吉庆是在巡抚衙门出的事，同时，瑚图礼费尽心机地强调了两方面的内容。一方面强调吉庆原来就患病，强调自己努力救治吉庆，完全隐瞒了自己是如何羞辱吉庆的。另一方面强调吉庆有自杀行为，强调是吉庆自己吞下了鼻烟壶，导致气管隔绝。
那么，嘉庆皇帝对瑚图礼的两道奏折有什么样的看法呢？嘉庆皇帝接到第二道奏折后，为吉庆自杀的惨烈程度感到吃惊。在瑚图礼的第二道奏折上朱批“大奇之事”。嘉庆看到瑚图礼前后两道奏折有重大差别，又联想到吉庆之前曾上奏说“恐瑚图礼作践，唯愿病不能痊”的话，他怀疑瑚图礼与吉庆的死有重大关系，下令钦差大臣那彦成迅速赶到广州调查。那彦成原本是调查吉庆的罪行的，现在却开始调查吉庆的死因。
估计当时很多人都把调查真相的希望寄托在了钦差大臣那彦成的身上。那么，那彦成能发挥钦差大臣的作用吗？
钦差大臣就是皇帝为了调查特定事务，派往地方的办事官员。钦差大臣在理论上最大的优势是突破现有体制束缚，能够做到专事专办、特事特办。在古代，皇帝一般派钦差去查办大案、要案，比如封疆大吏的贪污腐败、地方疑难大案等，或者处理突发事件，比如镇压地方骚乱与反叛、重大工程建设、抢险赈灾，等等。不论哪种情况，都是最高统治者对现有机制和人员失去了信任，所以才要加派钦差大臣处理。
钦差大臣发挥功效的关键有两点，一是对钦差的派遣要保密。比如，派往甲地的钦差往往对外宣布派往乙地，具体事由常常语焉不详，防止相关人员揣测圣意，预作准备。二是钦差大臣要突破既有束缚，办案时做到独立、公平、公正，等等。
但是，理论是一回事，现实又是另外一回事。钦差大臣是官僚系统中的一分子，不可能摆脱盘根错节的官僚系统和人际关系网络，不可能置现有的游戏规则于不顾。他们和办案对象有着千丝万缕的联系，不可能真正做到独立办事、公平办差。
在清朝，往往钦差大臣还没有出北京城，被调查的地方和对象就知道了消息，开始做准备。往往是，各省地方官员在北京有眼线，州县官员在省城有眼线。有钱的安排随从亲信在省城常驻，打探消息，叫作“坐省家人”，没钱的就收买各衙门的书吏和消息灵通的人做内线。有一些地方的衙门，信息搜集工作做得特别好，常常是钦差大臣前脚刚走，后脚就有人把银子送到他家了。总之，每个省份都发展出了一套应付钦差大臣的办法。
那彦成到了广州后，迅速成了瑚图礼笼络的对象。一方面，那彦成难以摆脱官僚系统和人情网络的影响。那彦成这个人，和瑚图礼一样也是满洲正白旗人，家庭背景显赫，是乾隆时期著名大学士阿桂的孙子，又是乾隆五十四年（1789年）的进士，在仕途上的发展非常顺利，甚至比瑚图礼都要快。他不断得到破格提拔，考中进士十年就进入了军机处，兼任尚书、都统、内务府大臣等重要职务。他前往广州的时候还不到四十岁，可以说前途远大。面对瑚图礼的笼络、恭维和诱惑，那彦成心里肯定有过思想斗争。吉庆已死，从现实的角度来说，为一个死人主持正义，肯定不如和一个活人联合，多一个朋友多一条路。
另一方面，那彦成此时刚好处于仕途发展的低谷期。之前，他因为在陕西等地镇压白莲教起义不力，受到嘉庆皇帝的斥责，被赶出了军机处。
那彦成肯定想重返军机处。而返回军机处，必须重新赢得嘉庆皇帝的信任。
为此，那彦成必须揣摩嘉庆皇帝的心思，照着嘉庆的心思去办差。很显然，吉庆已经失去了嘉庆的好感，即使他是冤枉的，那彦成也犯不着为了洗刷吉庆的冤情而忤逆圣意。
所以，那彦成很快就在心理上站到了瑚图礼那边。那么，那彦成到了广州会怎么处理这件差事呢？
当务之急，就是查清楚吉庆死亡的真相。这并不难，因为吉庆死在巡抚衙门的时候，官吏、差役等目击者众多。那彦成只要询问目击者，然后筛选、归纳、总结他们的证言，就能确定吉庆死亡的真相。于是那彦成很快就把真相调查清楚了。
原来，二十日当天，吉庆离开总督衙门的时候，就吩咐家人把总督印信送往巡抚衙门，又嘱咐家丁把家眷护送到北京去。吉庆到了巡抚衙门后，瑚图礼高高在上，宣读完上谕，就给他穿上囚服，系上铁链，下令差役审讯、侮辱他。吉庆严肃地对瑚图礼说：“某虽不才，曾备位政府，不可甘受其辱，有伤国体。”意思是，我现在虽然是罪人了，可也曾经是朝廷的封疆大吏，不能接受这样的侮辱。说完，吉庆突然抢过一把佩刀，拔出刀来就要自刎。
瑚图礼连忙命令家人上前抱住吉庆，把刀夺下来。双方扭成一团。情急之下，吉庆一把抓起桌上的一个鼻烟壶，塞入嘴里，用力吞了下去。鼻烟壶堵塞了吉庆的气管，差役们来不及抢救，吉庆很快气绝身亡。
吉庆的确是自杀的，但他是被瑚图礼给逼死的。瑚图礼拼命想掩饰自己逼死总督的事实。真相，并不复杂。关键是，那彦成会怎么向嘉庆帝汇报吉庆的死因呢？吉庆自杀案又会怎样收场呢？