靠近江阴城时，已近四更时分。但见清军营帐层层叠叠，连绵数里，除了巡逻的清兵在营中走动，营内悄无声息。阎应元带领众人来到清军大营边缘，选了处没有灯火的角落，在壕沟上铺了木板，扒开栅栏，打开一处缺口。
众人进入清军营盘后，取下火把灯笼，扔到帐篷上。须臾，清军大营里火光四起，浓烟弥漫，鸣锣报警声随即响起。清兵们衣衫不整地冲出营帐，惊慌失措地向没有火光处跑去。
阎应元手持长竹竿在前，带领众人排成战斗队形，如同疾风暴雨般向军营内杀去。众人借着马的冲力，用竹竿横扫清兵，所过之处一片狼藉。清兵们不清楚来了多少人马，胆战心惊，没命地逃跑。有些拿刀的清兵迎上前，挥刀削断竹竿头，可是竹竿力道不减，仍能刺中清兵。
众人打马飞驰，如同风卷残云般掠过清军营盘，杀开一条血路，迅速奔驰到城墙下。陈明遇在城上见到清军大营混乱，猜想阎应元到来，亲领一队人马出城，扎住阵脚，接应众人进入城中。
入城后，陈明遇端来一碗酒，激动地说道：“阎兄不畏艰险来到江阴，我代表全城父老感谢您！”阎应元接过酒碗，一饮而尽，慷慨地说道：“陈兄，在此国难民危之际，让我们共同担起拯救江阴的重任。”接着详细询问城中情况。
待陈明遇讲罢，阎应元当仁不让地接过兵符，连夜调兵遣将，安排人员清点人口和物资，颁布军规，清查奸细和意志动摇者，放出邵康公等蒙冤入狱的官兵。又挑选精壮男丁，得兵四万余人。城中防守力量加强，民心振奋，士气旺盛。
七月初十日，江阴城墙上高高竖起“大明中兴”旗号。阎应元祭旗发令，派武举人王公略负责防守东门，汪把总负责防守南门，陈明遇负责防守西门，阎应元自守北门，并和陈明遇总督四门，昼夜巡查。北门的城防设施最薄弱，黄毓祺、葛明帮助阎应元防守。
阎应元安排义军士兵分班上城，每个城垛十名，按时换班，并配备了火器。义军对城中过往行人严加盘查，肃清内奸，消除隐患。为了解决军械粮饷供应，阎应元与绅士商议后，委任训导冯厚敦负责管理财物，将城内公私物资分类征集，统一调配使用。在阎应元的指挥下，人尽其才，物尽其用，城中调度皆井然有序。
阎应元调集瓦石匠修理城墙，建造防御工事。又调集工匠加工修理武器，造出木铳、火球、火砖，内装火药，将其点燃投下，即可烧杀敌人；造出弓弩，用足踏上弦，瞄准后发射，命中率甚高；又造出毒箭、炮子及火药等武器。
冯厚敦领人把征集到的物资集中存放，并列出清单，送交阎应元审阅。阎应元阅毕，赞道：“冯训导收集物资器械甚多，并且所列帐目清楚明白，真是个好总管啊！”
冯厚敦急切地说道：“城中还缺少箭矢，这可怎么办？”阎应元对黄毓祺说道：“黄先生可有何办法筹集箭矢？”黄毓祺道：“前些时日，清狗向城中射箭时，义军士兵们拿锅盖遮蔽，用手接箭，日可得羽箭三四百枝。”阎应元摇头道：“如此取箭，实乃杯水车薪。”
葛明猛然想起清军攻打孙受寨之时，戚玉想出草人取箭计策，急忙说道：“阎典史，我军可仿效诸葛亮草船借箭之计，做草人引诱清虏射箭。”阎应元鼓掌道：“我正有此意，今夜即用此计。”
当夜，月黑风高，伸手不见五指。义军士兵们捆扎稻草人，外披义军服装，放置于城墙上。在稻草人旁边放着长矛，竖起竹竿，上面挂着灯笼。士兵们隐藏在城墙后，敲锣打鼓，大声呐喊，还不时向清军营盘发射火铳。
清军主将刘良佐得报大惊，急忙走出帐篷观察，只见城墙上挂着灯笼，义军士兵站立在城头上，密密麻麻。刘良佐以为义军要来进攻，命令清兵集合起来，向城墙上射箭。尽管清军箭矢如雨，可是城头上的义军士兵刚倒下，接着又有人站起来。清兵们大骇，轮换射箭，直至天明。义军士兵们从稻草人身上收集箭矢，共得箭矢数万支。
十一日，清军攻打江阴城北门。先是放了一轮大炮后，清兵们呐喊着冲到城下。城上矢石如冰雹般落下，打得清军死伤遍地。清兵们不敢前进，竟然有人掉头逃跑。
刘良佐大怒，派出亲兵督战，砍杀逃跑的清兵，又选了九员上将领兵冲锋。清兵们冲到城下，架起了云梯。在箭矢的掩护下，清将当先向城上爬来。
葛明把短剑插入铁棍，把首先爬上城墙的清将刺落。阎应元大吼一声，手中钢刀挥出，把一个刚在城墙上露头的清将头颅砍去。城上义军士兵或者向云梯上射箭，或者用长枪刺杀爬梯清将，打退了清军的进攻。清军上将五死四伤，有人身中三箭，有人被砍去头颅，有人落下摔成肉泥，有人被火箭烧死。
有个满州将领被激怒，用刀拨开箭矢，飞身爬上云梯，来势甚猛。义军士兵刘耐用短枪刺去。清将张开大口，咬住短枪，拔刀砍来。刘耐只好松开短枪，避开钢刀。清将吐掉短枪，跳到城墙上。葛明快步冲上前，急挺铁棍刺出，刺中清将咽喉，清将掉下城摔死。城下清兵四散逃走，皆失声痛哭。
刘良佐大发雷霆，怒道：“我大清兵攻占扬州、镇江、南京，未尝惧怯害怕，没费吹灰之力。想不到江阴拳头大的地方，竟然如此费力？”遂传令军营内选猛将十员，步军三万，扎云梯十张，来日分十处登城，如有退者立斩。
次日清晨，清军号炮响起，清兵们呐喊着冲到护城河边，架起十座浮桥。三万清兵过了护城河，向城下杀来。阎应元指挥义军远用大炮，近用铳箭，打得清兵行进艰难。清兵冲至城下后，分十处登云梯上城。义军士兵们合力抬起条石掷下，有的打断云梯，有的落入清军队伍中，清兵死伤不计其数。
一个满州大将自恃勇猛，穿着三层铠甲，腰悬两把长刀，背背两把短刀，手执大砍刀，亲登云梯，跨上城垛，执刀乱砍。城上义军士兵们用棺木抵挡，以枪刺其身，竟不能入。有个士兵喊道：“刺他的脸！”于是士兵们纷纷用枪刺其面。满将挥刀砍断枪杆，狞笑着向众人杀来。
眼见两个士兵倒在血泊中，葛明抡棍迎上，架开清将钢刀，与满将打斗在一起。二人打斗甚是激烈，周围的士兵们插不上手。葛明猛然一棍打去，满将闪身避开，铁棍打在城墙砖头上。
满将狂笑一声，挥刀向葛明砍来。一个明军士兵见机会难得，手持铁钩镰来到满将身后，出其不意地出刀，割断了满将的喉管。另有一个士兵跳上前，用刀割下满将头颅。葛明飞起一脚，把满将的身体踢落城下。
清兵们拥上前来，想把满将的尸体抢走。城上梆子声响，砖石箭矢如雨注下，清军又伤亡了千余人。过了良久，清军用牛皮帐挡住矢石，方才拖回满将的尸体。
刘良佐令军士索要满将的头颅，阎应元未答应。刘良佐愿意用银子赎买，命人把银子当面装入银鞘，请义军士兵吊上城。又命军士在城下跪拜，高声喊道：“还我将军的头来！”