不多久，秦孝公就接见了卫鞅。这一次，秦孝公对卫鞅的印象很好，只是并没有重用卫鞅。事后，秦孝公对景监说：“你的门人很好，我现在可以很好地和他交谈了。”景监把这些话告诉了卫鞅，卫鞅就说：“这一次，我是用春秋时期五位霸主的治国方略来劝说大王的，应该能符合大王的心意了。如果大王再次接见我的话，我就知道怎么和大王交谈了。”
果然不久之后，秦孝公又召见了卫鞅。这一次，两人相谈甚欢。而且交谈的时候，秦孝公不自觉地向前挪动膝盖，一直谈了好几天都没有感觉到疲惫。景监就问卫鞅：“你用什么办法让大王那么高兴呢？”卫鞅回答道：“我曾经劝说大王采纳古代帝王的治国方略，成就夏商周那样的霸业。不料，大王却认为那样需要很久的时间，自己没有那么多的时间等待。大王说：‘所有的君主都希望在位的时候能够受天下人的尊敬和爱戴，我也做不到等到几十年甚至更久的时间以后才成就霸业的。’”卫鞅接着说：“于是我就用富国强兵的治国方略来说服大王。果然，大王非常高兴。只不过，这样也就不能与殷周那样的美德相提并论了。”
从此，秦孝公就重用了卫鞅，并听从卫鞅的建议，决定改变秦国的法令。但是，秦孝公却害怕百姓们指责自己修改法令。卫鞅就劝谏说：“做事的时候千万不要瞻前顾后。如果不能做到果决，那么很容易把事情搞砸。何况，超越一般人的行为，大多会遭到人们的议论的。大凡有远见有卓识的人，极容易被普通人所不齿。因此，即便很多事情成功了以后，有一些愚笨的人仍然无法理解；而有些智慧超常的人在事情成功之前就能预料到结果。所以，成就大事的人，往往不能与凡夫俗子策划新生事物，而只能与他们一起享受成果。也就是说，一个人若想研究道德的最高境界，就不能与世俗同流合污；如果一个人想要成就一番大事，就不能与一般人一起筹划。故此，圣明的君主只要能使国家强大就好，不必在意是否按照古制；圣明的君主只要能使百姓安居乐业就是真正的明君，不必在意是否依照以前的礼制。”
听到卫鞅这样说，秦孝公非常高兴，就决定实行变法。不过，这一决定却遭到了秦国的其他贵族和大臣们的极力反对。大臣甘龙对秦孝公说：“卫鞅说的并不对啊。圣明的君主往往按照旧有的礼法治理国家，并对百姓进行教化；睿智的人也常常不变更国家的法制，从而将国家治理得很好。因此，只有顺应百姓的习俗并对百姓进行教化，这样不用耗费多少精力就能教化百姓；依据以前的法令治理国家，臣民都会得到很好的教化，这样国家也会稳定。”卫鞅反驳说：“大王，甘龙说的话是世俗人所持的观点。普通人常常会有因循守旧的思想，而书生更是照搬书卷中的逸闻轶事。这两种人虽说都是奉公守法的人，但却不能被用来探讨旧法以外的事情。夏商周三个朝代的礼法制度并不相同，却分别成就了一番霸业；春秋五霸所采用的治国之道也不一样，但都能成为一方霸主。这说明，有智慧的人制定礼法制度，愚笨的人只能遵守礼制；贤德的人变革礼法，普通人只能受到礼法的制约。”
这时候，秦国的大臣杜挚站出来说：“假如不能获得上百倍的利益，我们就不能变革旧法；假如不能收到十倍的效用，我们就不可以变更现有礼制。因此，沿袭古代的法令，就不会犯错；依照旧有的礼制，也不会出现任何的差错。”卫鞅就反驳说：“自古以来，治理朝政就没有任何固定不变的法制。只要新法能够造福于国家，我们就不能因循守旧。因此，商朝的周武王因为没有依循旧法而称王，夏桀和殷纣只是因循古制而导致了亡国。也就是说，我们不应该苛责变法的人，也不赞赏因循守旧的人。”听到这儿，秦孝公就说：“卫鞅讲得非常好。”
于是公元前359年，卫鞅被任命为左庶长（官名），掌管秦国的变法。
立木为信
卫鞅担任左庶长不久之后，就草拟了一份变革的法令。法令规定，十家为一什，五什为一伍。而且，大家互相监督。只要有一家触犯了法令，那么这十家都要受到牵连。对于奸邪之徒，告发他们的人就会受到和杀死敌人一样的奖赏；不告发他们的人就会被处以腰斩；藏匿他们的人就会受到和卖国投敌一样的处罚。同时，家中有两个以上的壮丁的话，必须分开居住；否则，就要加倍收取赋税。对于军队，卫鞅也制定了一定的制度，实行论功行赏。对于滋生是非的人，视其情节轻重进行处罚。从事农作物耕种的人，如果能够使作物丰收与布帛产量增加，国家就会免去他们的劳役与赋税。但是，如果有人因为经商而导致倾家荡产的，国家就会把他们的妻子儿女贬为官府的奴婢。对于没有在军营中立功的王族，家族的名册中就不会记载他们的名字。整个国家的等级要严格区分，尊卑固定。每个人按照等级的高低来决定拥有土地和房屋的多少。对于侯爵家中的家臣和仆人们所穿的衣服，要根据侯爵的等级来决定。因此，立军功的人就会官居显赫，没有立功的人即便很有钱也不能光宗耀祖。
一切准备妥当之后，卫鞅担心有人不相信自己的变法，也担心有的人不遵照新法做事，于是卫鞅就对秦孝公说：“如果哪个国家想要变得强大，就必须重视农业生产，并犒赏军队。如果国君向要使国家政治清明，就要赏罚分明。这样，朝廷的威严和信用就会深入民心。那么，所有的变革也就是很容易的事情了。”秦孝公觉得很有道理，就对卫鞅说：“很好，我非常相信你的能力，变革的事情就由你全权负责吧。”
为了取信于民，卫鞅就命人在都城的南门附近立了一块高达三丈的木头。卫鞅说：“能够把这块木头扛到北门的人就可以得到十两金子。”不大一会，南门就聚集了很多人，大伙都议论这件事情。其中有人说：“谁都可以搬得动这块木头，至于赏赐十两金子吗？”也有人说：“这可能是左庶长和大家说笑呢。”于是，这群人面面相觑，但仍然没有人上前搬这块木头。
卫鞅明白大家还是在怀疑他的命令，就命人把赏赐提高到了五十两金子。哪知赏金越高，大家就越觉得不可思议，依然没有人搬木头。就在这时，突然有一个人冲出人群，并大声说：“左庶长，我来试一下。”说完，这个人果真把木头搬到了北门。然后，卫鞅也信守承诺，派人上给了那个搬木头的人五十两金子。很快，全国都知道了这件事情，一时间引起了人们的议论。百姓们都说：“看来左庶长的命令是千真万确的，一点都没有骗我们啊。”于是，全国知道了卫鞅言出必行、信守承诺的为人。
这时，卫鞅明白自己的命令有了一定的效用了。于是，卫鞅就在全国公布了已经草拟好的新法令。新法没有实施多久，太子就违反了法令。大臣们都认为，太子是未来的国君，即便犯了错也不能进行惩罚。卫鞅就对秦孝公说：“其实，新法令实行得顺利与否，关键看上层的达官贵人们是否可以遵守。全国的臣民都要遵守国家法令，如果国家的上层人士没有遵守法令，那么下层的人也就不会信任朝廷了。既然太子触犯了法令，那么他的师父就要受到惩罚。”就这样，太子的两个师傅公孙虚和公孙贾都受到了惩罚，一个被割掉了鼻子，另一个人脸上被刻了字。
卫鞅的这个变革规模很大，在全国引起了强烈的反响，也遭到了许多人的极力反对。其中，许多达官贵族们都极力抵制新法，纷纷议论新法的颁布与实施。卫鞅就说：“这些反对新法的人也是干扰国家教化的人啊。”于是，卫鞅就命人把这些人放逐到了边疆地区。从这以后，再也没有人敢议论新法令了，百姓都遵守新法令了。
新法令颁布的第二年，卫鞅下令废除井田制度，实行开垦阡陌的制度。于是，卫鞅命人铲平比较宽阔的阡陌地区，并且种植农作物。过去被用来划定疆界的土堆、荒地、树林、沟地等，也被开垦出来了。卫鞅还规定，开垦的土地属于开垦者拥有。而且，朝廷允许土地买卖。同时，卫鞅还下令统一全国的度量衡。
新法实施的第三年，卫鞅规定，不准百姓中的父子兄弟们住在一个大家庭里。而且，卫鞅下令将零散的乡村合并成县，并设立县丞与县令管辖这些县。全国共有三十一个县，这些县的官员由朝廷统一派遣。这样一来就加强了秦国的中央集权。因为卫鞅变革有功，秦孝公就让他担任了大良造的职位。也就是在这一年，太傅公子虔触犯了新法令，被卫鞅施以割鼻之刑。
新法实施后的第四年，卫鞅劝秦孝公在咸阳建造宫阙。不久，为了进一步向东发展国土，秦国就把都城由雍城（今陕西凤翔县）迁往渭水北面的咸阳（今陕西咸阳市东北）。在这一年中，齐国与魏国在马陵展开激战，魏国战败。魏国的太子申被俘，将军庞涓被射死。
新法实施后的第五年，卫鞅就对秦孝公说：“秦国和魏国的关系，好比人患了心腹疾病一样。要么是魏国占领秦国，要么是秦国占领了魏国。原因是这样的，魏国和秦国以黄河为界，魏国都城在安邑，全国处于群山地势险隘的西面，占据着崤山以东的地方。如果局势对魏国有利，魏国就会西进侵扰秦国，若形势不利，魏国就可以向东发展实力。秦国因为有了圣明的君主才得以国富民强，但现在的魏国则刚刚被齐国战败，许多诸侯也不再依附它了，大王可以借此机会攻打魏国。以魏国现在的实力，必定抵挡不住大王的，肯定会向东后撤。一旦魏国东撤，秦国就可以占领黄河和崤山的有利地形。这样，秦国向东就可以牢牢掌控所有的诸侯国了，这是您一统天下的时机啊。”
听了卫鞅的话，秦孝公觉得很有道理。于是，秦孝公就命卫鞅带兵进攻魏国。魏国派出公子昂迎敌，双方形成对峙局面。卫鞅就让人送了一封信给公子昂，卫鞅在信里说：“我和公子曾经相谈甚欢，现在我们却成了敌对的人。我不想看到我们互相残杀，想和公子当面交谈并签订盟约。我们可以尽情地喝酒，然后相约退兵。秦国和魏国都能得到安宁，这样不是很好吗？”公子昂觉得有道理，就同意了。两军会盟的时候，公子昂被卫鞅事先埋伏好的将士抓住了。同时，卫鞅又命秦军乘胜进攻魏国的军队，魏国惨败。魏国接连遭到齐国和秦国的侵扰，国势渐衰。为此，魏惠王十分后悔没有听从公叔座的建议。不久，卫鞅带兵攻打魏国西部，从河西一直攻到河东，最后魏国都城安邑也被攻陷了。所以，魏国只好把河西割让给秦国，并迁都大梁（今河南开封）。
卫鞅打败魏军以后，秦孝公就把於、商等地的十五个邑赏赐给了他，称他为商君。从这以后，卫鞅就被称为商鞅。
经过商鞅变法，秦国的实力大增，农业生产日渐增加，军事力量逐渐增强，社会安定，百姓安居乐业。秦国的臣民勇于为国献身，也没有惹是生非的人。为此，周朝天子派人送来祭肉赐给秦孝公，并封秦孝公为“方伯”。而且，中原的许多诸侯国也都来祝贺秦孝公。
作法自毙
公元前338年，赵良前去拜见商鞅。商鞅对赵良说：“我们是通过孟兰皋的介绍才得以相见的，我们做朋友，好吗？”赵良却说：“我从没有奢求能和您成为朋友。孔子曾经说：‘人们喜欢投奔引荐贤才并受百姓爱戴的人。如果一个人结交狐朋狗友，即便能让国君成就霸业，人们也不会投奔他。’我没有才能，所以不敢和你做朋友。我还听人说过：‘占有不应该拥有的位置称为贪位，拥有不应该拥有的名声称为贪名。’如果我和您结交，那么我不但贪名，而且贪位了。因此，请原谅我不能听从您的建议。”
商鞅就问赵良说：“难道是您对我的所作所为不满意吗？是我没有将秦国治理好吗？”赵良回答说：“聪指善于采纳别人的建议，明指善于自我反省，强指善于自我控制。虞舜曾经说：‘自谦的人就能够得到别人的敬重。’您只需要按照虞舜的说法去做，根本不用询问我。”
商鞅就说：“秦国的居住习俗曾经和戎狄一样，父子同住，男女老幼也住在一起。现在，我让他们懂得男女之别并分开居住，改善了秦国的教化。同时，我建议大王建造宫室，就像鲁国和魏国那样华丽。您觉得我和五羖大夫相比，谁比较有才能呢？”赵良回答说：“即使是一千张羊皮，也不如一领狐腋金贵。即便是一千个人同时附和，也不如一个人的仗义执言有用。周武王曾经允许朝廷大臣大胆进谏，因而国家能够繁荣昌盛。纣王则不允许大臣们进谏，最终导致亡国。假如您同意武王的做法，就请让我直言相告而不受责备，可以吗？”
商鞅就说：“古语说，表面上中听的话语好像是花儿，而真正至诚的话语则是果实。极力劝解却中听的话是治疗疾病的良药，而阿谀奉承则是恼人的病痛。假如您能够每天劝诫我，那对我是再好不过了。并且我打算奉您为我的老师，您怎么不答应和我做朋友呢？”
