1941年6月，在纳粹德国国防军对苏联进攻的时候，他们享受到了前所未有的战争乐趣。多数苏联红军和边防战士因为没有接到有计划的反击命令而对眼前发生的袭击不知所措，甚至在德国拉开攻击序幕后的12个小时，斯大林仍旧寄希望于最后的和解机会，而只是让自己的军队进行消极的被动还击。当一个官员走进前线总指挥官D.G.帕夫罗夫上将的办公室时，上将正在生气地对着电话那头另外一名向他汇报边界德军活动情况的前线指挥官大叫：“我知道！这些早已汇报过了！上级领导比我们更清楚这些情况！”依照斯大林的命令，部署在边境的三支苏联军队一直都没有占据到有利地位，而在他们后方的坦克旅，早在有机会被调用之前就被德军摧毁了。18世纪建造的巨大城堡布列斯特-立陶夫斯克（1918年凯泽就是在此向列宁和托洛茨基递交了耻辱的投降书）在几个小时内就被包围了，由霍特将军和古德里安将军指挥的中央集团军群的两支装甲车旅，以最快的速度将苏联军队团团包围了起来。在过去的五天之内，德军已经在离边界200英里的明斯克成功地会师。超过30万苏军战士被捕，大约2500辆坦克被摧毀和收缴。
在北部战线上，从东普鲁士入境的第四坦克师，已经成功渡过了尼门河，并且不费吹灰之力地粉碎了苏联的边防线。五天后，冯·曼施泰因将军率领的第46装甲军团，以每天大约55英里的速度向前推进，他们差不多前进到了距离列宁格勒只有一半路程的地方，并且成功地占据了德维纳河的渡口。“这个成功的挺进，”曼施泰因后来写道，“足以满足任何一个坦克指挥官的梦想。”与此同时，德国空军继续对苏联空军飞机实行毁灭性的攻击，在结束第二天战斗前，德国空军已经成功的击毁了2000架苏联飞机。苏联政府可以制造更多的飞机，并且训练更多的飞行员，但是让这些毫无实战经验的新飞行员直接上前线的送死行为，在很长一段时间里，使得苏联空军的士气处于低潮。“我们的飞行员认为，当他们一起飞，他们就和一具死尸毫无差别了。”在15个月后，当斯大林格勒战役处于最高潮的时候，一个空军中队长向一位人民委员这样说道，“损失就是从这里来的。”在苏联军事力量相对强大的南部战线上，德国军队前进的速度并没有那么快。基尔波诺斯将军设法在后方建立了一个防御工事，以此来代替将军队分散在整个边境线上。尽管他的军队给予了德军沉重的打击，但是他们自己的损失也是非常惨重的。基尔波诺斯将军把他的坦克分散到有利地形上，以便能及时有效地调用。第二天，也就是6月23日，埃瓦尔特·冯·克莱斯特将军的第一装甲军团遭遇了苏联重型坦克KV的攻击，也就是在这场战斗中，德国军队第一次认识到了T-34型坦克（第二次世界大战中最好的坦克）的威力。
攻克从普里皮亚特沼泽到喀尔巴阡山山脉之间的南部战线所花费的时间比预期的长了许多。陆军元帅冯·赖歇瑙率领的第6集团军负责南部战线战役，但是他们的左翼军队，却在长满树木的沼泽地里不断受到苏联红军的攻击。赖歇瑙希望被俘的苏联红军能充当敌后游击队，不管他们是否仍旧穿原来的制服。而红军部队则将被俘的德国士兵杀死，尤其是那些跳伞的纳粹德国空军飞行员们。因为根本没有机会将这些俘虏送到后方去，更何况德国人也根本不希望自己的士兵由于苏联红军的友好待遇而活下来。
在加利西亚的首府利沃夫，NKVD残忍地杀害了被俘的政治犯人，因为他们不希望看到这些人被德国人解救。这些疑心重重的暴行，使得整个城市处于一种混乱的状态之中，到处都是醉酒和抢劫。利沃夫不仅是德国空军的轰炸目标，同时也是德国组织的乌克兰民族主义者们破坏的目标。在德国入侵之前，极端的恐惧已经充满人心，人们被非俄国人的行为所困扰着：“德国人就要来抓你们了。”希特勒认为苏维埃社会主义共和国联盟是一个“腐朽的体制”，而且这个“建筑物”不久将会“彻底被粉碎”。这样一个言论，甚至得到了许多国家的观察家和情报机构的认同。自1937年以来，斯大林就在努力地开脱，但是这个由多疑的混乱状态和妄自尊大的暴政措施所支撑的团体，更多唤起的却是人们对俄罗斯内战和俄罗斯与波兰之间战争的回忆。
在苏联，总共有36671名官员被处死、关押或者是被免职，而在这其中，共有706人是旅或者旅以上的指挥官，其他幸免于难，未受到任何怀疑的仅仅只有303人。借着捏造的荒唐理由而随意逮捕官员的情况时有发生，K.K.罗科索夫斯基上校，这位曾在斯大林格勒给予德国军队致命性打击的军官，却要面对一个已经死去20年的人的指控。
其中，最引人注目的受害者是米哈伊尔·图哈切夫斯基元帅，他是游击战术的主要倡导者。他的被捕与被害充分证明了对苏联红军军事行动思想的蓄意破坏，而这种破坏已经极大地威胁到了斯大林的战略行动。在图哈切夫斯基的倡导下，一种建立在“对火力和流动性作战方式的深入研究”之上的“作战艺术”已被指挥官群体广为采纳，而在1941年中，这种“作战艺术”却被当作叛国行为，用来解释少数红军将领用他们的坦克进行自杀性反抗的举动。虽然后来大多数被免职的军官们都恢复了原有的职位，但是这些迫害行为已经在他们的心理上留下了一道不可磨灭的阴影。
就在清算运动开始两年后，苏联红军就在对芬兰的“冬季战争”中遭受到了灾难性的打击。指挥第一骑兵团作战的是斯大林的同窗旧友伏罗希洛夫元帅，但是这位元帅在指挥战争的过程中所表现出来的随机应变能力的缺乏，却让人颇为震惊。芬兰人一次又一次地在战略战术上胜过了苏联人。他们的机枪手们，甚至用长柄大镰刀就能聚集起来将试图穿越雪地的苏联步兵团打退。直到调集与敌相同的人数，进行了五次重炮攻击后，苏联红军才渐渐地占了上风。希特勒早已注意到了这个令人兴奋的结果——清算运动给苏联带来的不良后遗症。
面对这场战争，日本情报机构人员拥有不同的观点。在这个时候，他们是唯一一个没有低估苏军力量的外国情报机构。1939年8月，日本开始连续对满洲里边境进行骚扰，在哈尔科林-戈尔（Khalkin-Gol）一役中，他们就已经见识到了苏联总参谋部年仅43岁的格奥尔基·朱可夫将军的指挥才能与过人的胆识。也就是在遭到入侵后的第二天，斯大林果断地成立了最高参谋司令部，他采用沙皇时代的称呼，将其命名为红军最高指挥部。然后这位伟大的领袖组建了自己的人民防御委员会和最高统帅部，作为苏联武装力量的组成部分。
在“巴巴罗萨行动”开始的最初几天之内，德国将军们根本就没有改变他们对苏联指挥官们的轻蔑看法，尤其是对那些在前方边境指挥战争的苏联官员们。像大多数军官一样，海因茨·古德里安将军也同样被苏军指挥官们肆意浪费士兵们生命的举动所震撼。在他的备忘录里，他指出：“‘来自国家领导层的审查’严重地阻碍了苏联指挥官们的行动，甚至使得他们‘害怕执行任何军事任务’。”这就意味着，“采取措施，尤其是根据实际战事的需要而采取该釆取的措施，总是常常滞后”，因此延误了很多战机。苏联坦克军队“缺乏必要的作战训练，缺乏及时有效的情报，甚至在展开攻势的时候极度缺乏主动性”。所有这些情况都是真实存在的，但是，古德里安和他的同僚们同时却也过于低估苏联红军从失误中吸取教训的能力了。
当然，革新的过程并不容易，而且很缓慢。斯大林和他的亲信们，尤其是那些年长的人民委员们，拒绝承认他们的政治干预和简直不可理喻的视而不见是造成如此大灾难的罪魁祸首。前线的指挥官员，已经被来自克里姆林宫的那些不合逻辑的军事命令所严重束缚，在战争的第一线上，他们简直感到寸步难行。而在7月16日，由人民委员会批示的“双重命令”体系，使得情况变得更加糟糕。红军的政治委员们开始指责前线的指挥官和参谋部官员，指责他们背叛国家、蓄意破坏军事行动，甚至指责他们在指挥战争中存在有懦弱的行为，以此来推卸自己的责任。
在第二次清算运动中，最为突出的受害者是前线总指挥部的帕夫洛夫将军。他被指控犯有叛国罪，因为他曾在电话中与克里姆林宫的上级领导就具体战争部署问题发生了争吵，他认为当时上级领导所下达的战争部署命令不符合实际情况，所以他要求根据实际情况调动军队，但是却被指责为是叛国的一种表现。这件事情在指挥部中引起的强烈震撼效果可想而知。一个前线的地雷工兵奉NKVD之命，向指挥部传达一个命令，目的是提醒他们注意即将发生的恐怖行动。而当他到达指挥部，面对一位将军喋喋不休的重述时，他突然意识到，这些参谋部的官员们认为他是来逮捕他们的。因为这位将军一直只是战战兢兢地重述着：“我没有抛弃我的军队，我一直和他们并肩作战，我执行了上级传达的所有命令——我没有做过任何越轨的行为。”就在这种近乎让人发疯的歪曲指责情况下，革新开始了。1941年7月15日，在苏军最高指挥部的朱可夫下达了命令，对“过去三周在对抗德国法西斯主义过程中的经验和教训”作了“必要的总结”。而其中最为突出的结论是，因为糟糕的命令传达体系和缺乏实战性的军队编排，使得红军遭受到了巨大的失败，成为“德国空军轻而易举就能袭击的目标”。将如此庞大的军队编排为仅仅几个军团，“给军队的指挥和战略部署带来了极大的困难，而且我们中的很多官员既年轻又毫无实战经验”（虽然对清算运动只字未提，但是它给人们带来的阴影是无法忘却的）。“因此红军最高指挥部认为，”朱可夫写道，“有必要将集团军重新编排为只有五六个师组成的相对小一些作战单位。”当这个建议被最终采纳后，得到了积极的响应，因为它将原本设在师和集团军之间的军取消了，大大缩短了命令传达的过程。
