康亲王杰书等人审讯完后，写好奏章。没几天，皇上降下谕旨，重惩鳌拜一干人等。刑部奉到谕旨，立即照办。文武百官这才晓得康熙帝英明，再不敢肆无忌惮了。这事传到外省，别人倒还不怎么介意，只有那两朝柱石、功高望重的吴三桂却觉得十分不安。事有凑巧，镇守广东的平南王尚可喜，因儿子尚之信酗酒暴虐、不服训诫，怕儿子闯出大祸拖累自己，于是奏请回辽东养老，留下儿子镇守广东。尚可喜的意思，无非是希望皇上召他回朝，得以面陈一切，免致拖累。恰逢这时康熙帝除了鳌拜，正痛恨权臣，见到这样的奏章后，马上令吏部商议。吏部堂官早已窥透康熙的意思，议定藩王仍在，儿子不得承袭，尚可喜既然请求归老，不如让他撤藩回籍。康熙帝随即照吏部的决议降旨。
吴三桂在云南天天打探朝廷的消息。他的儿子吴应熊曾被招为驸马，在京供职，随时随刻向他汇报国事。尚可喜还未接到谕旨，吴三桂早已得知，当即写了密函，寄到福建。此时，靖南王耿继茂已死，其子耿精忠袭封，仍镇守福建。耿精忠收到吴三桂的密函后，就按信中的意思行事，向皇上奏请求撤兵。折奏刚到北京，吴三桂的奏折也到了，意思大致与耿精忠的相同。康熙帝召集廷臣讨论，大臣大多胆小如鼠，主张不能撤兵。康熙帝又令议政王及各贝勒议决，得到的也是模棱两可的回答。康熙帝说：“朕观看前史，藩镇久握重兵，免不了会闯出祸来，朕以为还是早些撤掉的好。况且吴三桂之子吴应熊与耿精忠的弟弟耿昭忠、耿聚忠三人都在京师供职，趁此撤藩，三藩投鼠忌器，还不致有什么变乱。”兵部尚书明珠、户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛听到这话，连忙随声附和起来，不是说圣意高深，就是说圣明烛照。康熙帝于是准奏撤藩，并派侍郎哲尔旨、学士博达礼前往云南，户部尚书梁清标前往广东，吏部左侍郎陈一炳前往福建，处理各藩撤兵事宜。
吴三桂得到消息后，大吃一惊，暗想道：“我上奏请示撤藩，是说客气话，不料他竟当真了。”当即秘密与部下夏国相、马宝商议。马宝说：“这是调虎离山之计，王爷如果不愿弃甲归田的话，就应当速谋自立，不要再迟疑了。”夏国相说：“马公说得是。但现在练兵要紧，等朝使一到，煽动军心，便好行事。”吴三桂便于第二天升帐，传藩标各将去校场操演。各部将遵着号令，不敢懈怠。后来天天如此，除夏国相、马宝及吴三桂的两个女婿郭壮图、胡国柱外，其他人都感到莫名其妙。
不久，朝廷派来的钦使到了。吴三桂照常接诏，一面让心腹款待来使，一面部署士卒，检点库款，宛如办理交卸的样子。整顿好后，吴三桂便令众将士在府堂集合，令家人抬出许多箱笼，开了箱盖，搬出金银珠宝、绸缎衣服，摆列桌前。随后对众将士说道：“诸位跟着本藩南征北战几十年，经历了无数的艰辛才有今天的局面。本藩刚想与诸位同亨安乐，没想到朝廷来了两使，叫本藩移镇山海关。此去未知凶吉，看来是要与诸位长别了。”众将士问道：“我们随王爷出生入死多年，才换来今天的局面，朝廷为什么降旨撤藩？”吴三桂答道：“也不便揣测朝廷的意图，总是‘鸟尽弓藏，兔死狗烹’。本藩深悔当年失策，辅助满清灭掉明朝。今日奉旨守卫边疆，不知将来会死在哪儿，这也是本藩自作自受。只是可惜了我的许多老弟兄，汗马功劳都将一笔勾销。”说到此处，还装出一副凄惶的样子，并指着桌上的东西说：“这是本藩多年的积蓄，今天与诸位长别，请诸位分取一点儿，留个纪念。他日本藩如有不测，诸位见到这些东西就如同见到本藩！”众将士都哭着说：“我们受王爷的厚恩，愿生死相随，不敢再接受赏赐。”吴三桂见众将士已被煽动，随即说：“钦使已限定行期，不久就要起程，诸位还要这样推辞，反而让本藩更加不安。”众将士刚想再推辞，忽然从人群中闪出两人，大声叫嚷：“什么钦使不钦使？我们只知道王爷，不知道什么钦使。王爷如果不愿移镇，难道钦使硬要强逼吗？”吴三桂一看，是马宝、夏国相，假装十分生气，怒喝道：“钦使奉圣旨前来，我们都应该格外恭敬，你们两人怎么能说出这样的话，真是瞎闹！”马宝、夏国相齐声说：“清朝的天下，还不是王爷帮忙一手打出来的？他们倒好，享受着现成的快活，却让王爷跋涉千里，再尝尽苦味，这明明是不知报德。王爷愿听满清的命令，我们却是不服！”吴三桂忙说：“休得胡言乱语！俗话说：‘君要臣死，臣不得不死。’前半生我是明朝的臣子，因闯贼作乱，才向满清借兵为君父报仇。本藩因满清颇有义气，所以归服满清。当初本藩也有意保全永历帝，无奈清廷硬要他死，本藩不能违拗，只得令他全尸而亡，将他好好安葬。现在远徙关外，本藩应到永历帝陵前祭奠一回，算作告别。诸位可愿随本藩前去吗？”众将士个个答应。
吴三桂入内换了一身明朝打扮，众将士都惊异起来。吴三桂令家人备齐祭品，带着将士前往永历帝陵寝，一到坟前就伏地大哭。众将士也被感动得一塌糊涂，正在悲切时，不料两钦差又派人前来催促起程。胡国柱从吴三桂背后跃出来，拔了佩刀，将来人砍翻。吴三桂大哭着说：“你怎么这么鲁莽？叫我怎么去见钦使？军士们快给我捆了他，到钦使面前请罪去！”众将士呆立不动，吴三桂又假意催促。马宝上前说：“王爷如果要捆国柱，不如将我们一齐捆了去。”吴三桂骂道：“你们这么刁难，难道就不怕钦使生气吗？”马宝说：“两个京差，怕他什么！”吴三桂又说：“你不怕钦使，难道连抚台你也不怕吗？”胡国柱回答：“不怕，我这就去杀了他！”众将士齐声说：“我们也去！”吴三桂连忙拦阻，只拦住了一半，另一半随着胡国柱愤愤而去。没多少工夫，胡国柱就提着血淋淋的人头回来了，往地下一扔。吴三桂拾起一看，正是巡抚朱国治的首级，又恸哭说：“朱中丞！朱中丞！本藩并不想害你，九泉之下，不要怪本藩！”然后又对众将士说：“你们简直无法无天了，叫我怎么办？”众将士齐声回答：“请王爷做主子，杀回北京。”吴三桂收住眼泪说：“当真？我们真能这样做吗？”众将士又说：“王爷是明朝旧臣，反清复明是名正言顺的事，有什么不能？”吴三桂又问：“如果北京发兵来，怎么办？”众将士回答：“火来水淹，将来兵挡，有什么好害怕的？”吴三桂再次问道：“你们害我走到这个地步，肯为我尽力吗？”大家一起大呼道：“愿为王爷效命！”这一声仿佛雷声一样，震响百里。吴三桂率兵回府，急忙令手下将哲、博两钦差监禁起来。然后在府前竖起一面大旗，写着“天下都招讨兵马大元帅吴”十一字。并让人撰写征讨的文书。文书中说什么推奉三太子，这全是他凭空捏造的，说是崇祯帝三太子留在周皇亲家，应当迎奉三太子为主，自己权称元帅以便号召。接着以甲寅年为周元年，甲寅年是康熙十三年。然后令军民蓄发易服，改举白旗，择日祭旗出兵。
吴三桂处理完事情，已是深夜，刚想退入内寝休息，忽然一妇人号啕前来，扯住吴三桂的袍袖叫嚷道：“你要杀我儿子了！”吴三桂一看，是继室张氏。原来，吴三桂的元配被李闯杀掉以后，便娶张氏为妻，吴应熊正是张氏生下的孩子。后来重得陈圆圆，就不怎么宠爱继室。吴三桂怒目圆睁，说道：“死一个儿子有什么关系，只要我不死就好了。”吴三桂把袖袍一扯，甩开张氏。张氏禁不住放声大哭。这时陈圆圆正在内室，听到门外的吵闹声，忙出来劝解。她一面扶起张氏，劝慰一番，令侍女送她回正寝，一面将吴三桂迎入卧室，问明原委。吴三桂将当天的情形叙述一遍，陈圆圆俯首长叹。吴三桂问道：“爱妃也认为此举不妥吗？”陈圆圆回答：“世事难料，妾已享尽荣华。愿王爷赐一净室，容妾吃素修斋，得终天年！”吴三桂说：“我正想创立帝业，册你为后，你却想净室修斋，我不明白。”陈圆圆说：“从古到今，为了一个帝位，扰得民不聊生。就算是做了皇帝，日理万机，也没什么趣味。妾从前自以为姿容不丑，常有非分之想，而今身为王妃，安享荣华，反觉尘俗难耐。为王爷着想，不如自卸兵权，和我退隐山林，做个范大夫泛舟五湖，难道不是很快乐吗？何苦争城夺地，再费心力，再扰生灵？”吴三桂默然不答。陈圆圆再三相劝，无奈吴三桂已是骑虎难下，长叹道：“不能流芳百世，就要遗臭万年。”陈圆圆知无可挽回，随即在城外辟一净室，斋戒终生。陈圆圆毕竟有福，在吴三桂兵败之前病逝。吴三桂令人将她葬在商山寺旁。绝代尤物，倒安安稳稳地与世长辞了。
吴三桂背叛清朝后，号召远近各军，贵州巡抚曹申吉、提督李本深、云南提督张国柱纷纷起兵相应。兵部郎中党务礼、户部员外郎萨穆哈正在贵州办差，准备将吴三桂眷属接到京城，一听到警讯，吓得魂不附体。他们慌忙骑上快马，加鞭疾驰，一口气跑到北京。到了午门，守门侍卫拦阻不住，二人一直闯到殿下，大声说道：“不好了！不好了！吴三桂反……”说到“反”字，已经神昏气厥，仆倒在阶前。正好早朝未罢，殿上的百官下阶察看，原来是党务礼、萨穆哈二人。康熙帝立即令侍卫将二人扶入。二人还是神志不清，歇了半晌，才渐渐醒转，睁开眼睛一瞧，竟在殿上。这二人官微职卑，从没有上殿启奏的经历，到了此时，悚惶万状，急忙跪伏丹墀，口称：“奴才该死，奴才该死。”康熙帝传旨，叫他们据实奏来！二人将吴三桂造反，抚臣朱国治被杀之事详奏一遍；又为擅闯大内之事，慌忙向皇帝请罪。康熙帝开恩赦免二人，两人忙谢恩退出。
康熙帝转而问大臣：“这事应如何办理？”大学士索额图说：“奴才之前曾担心撤藩太快的话，会引发急变。现在事已至此，只好安抚吴三桂，令他世守云南。”康熙帝问道：“吴三桂已反，难道还肯听命吗？”索额图说：“吴三桂如果不肯听命，就将主张撤藩的人治罪，这也是釜底抽薪的办法。”米思翰、明珠、莫洛三人也在殿上，一听到治罪这句话，不禁面如土色。康熙帝道：“胡说！撤藩是朕的意思，难道要先治朕的罪，来平定这叛贼？”索额图连忙跪伏，自称不知忌讳，该死该死。康熙帝斥退索额图，让兵部尚书明珠在殿前恭录谕旨，令都统巴尔布率三千满洲精骑由荆州驰守常德，都统珠满率三千名士兵由武昌驰守岳州，都督尼雅翰、赫叶席布根、特穆占、修国瑶等人，分别驰守西安、汉中、安庆、兖州、郧阳、汝宁、南昌等要地，听候调遣。正写到这里，外面又递上湖广总督蔡毓荣的加紧急报，也是说云南事变。康熙帝看了看旁边的顺承郡王勒尔锦，说：“有劳你一次，就封你为宁南靖寇大将军，统率大军抗敌！”勒尔锦遵旨谢恩。康熙帝又对莫洛说：“令你为统率大臣，督管陕西军务！”莫洛也遵旨谢恩。康熙帝又令明珠，录写吴三桂的罪状，削除官爵，颁布内外；并令锦衣卫将额驸吴应熊逮入监狱。明珠录完圣旨后，立即上奏道：“闽、粤两藩，如何处置，请圣上明示！”康熙帝问道：“他们就先不要撤了。”明珠奉命续录，随即退朝。