明朝桂王自从窜奔南宁后，湖广各省已归清所有，清廷封孔有德为定南王，镇守广西；耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，镇守广东。不久，耿仲明逝世，他的儿子耿继茂承袭爵位，镇守如旧。桂王势力日见穷蹙，只好求救于孙可望。孙可望原是张献忠的党羽，认张献忠为义父，也是个杀人不眨眼的魔星。张献忠被杀后，他立即窜入云南，盘踞云南全境。党羽李定国、刘文秀、艾能奇、白文选、冯双礼等人推孙可望为首，孙可望于是称王，国号后明，以干支纪年，铸兴国通宝钱，居然称孤道寡起来。
只是李定国与孙可望同为张献忠的义子，孙可望称尊，李定国不乐意。孙可望以阅武为名，在教练场专找李定国的麻烦，打了他五十杖，李定国愤恨不已。孙可望怕人心离散，想弄个名正言顺的爵位来服众，于是准备了很多礼物向桂王求封。桂王封孙可望为景国公，封李定国、刘文秀等为侯。孙可望不接受，自称秦王，竟派兵袭击黔东，攻陷川南，把明朝的镇将杀得干干净净。桂王穷窜南宁，只得封孙可望为冀王，孙可望仍不接受；桂王又加封他为真秦王，孙可望这才令部将到南宁迎驾。一面派李定国、冯双礼率八万步骑从全州进攻桂林，一面派刘文秀、王复臣、张光璧等人率六万步骑分道出叙州、重庆，直攻成都。
李定国的兵马勇往进前，所到之处无人敢挡。沅靖、武冈、全州都被他攻破，孔有德忙派部将沈永忠出兵抵御，结果不值李定国的兵马轻轻一扫。沈永忠退到桂林，李定国也接踵追至。桂林的守兵很少，有几个守城将士一瞧见李定国的兵马杀来，都悄悄逃跑了。孔有德见大势已去，奔入府中，和妻子痛哭一场，双双自缢。百姓献了城，李定国派人告捷。使者回来后，称永历帝已移驾安隆，封主帅为西宁郡王，李定国倒也心喜。忽然探子来报，清亲王尼堪率军来到湖南，清统帅洪承畴又从江宁到长沙，湖南危急。李定国立即率步骑前去援救，到了辰州，斩杀清降将徐勇。进军到衡州，遇着清朝的尼堪大军。两边对仗，李定国假装打败，引诱清兵追到丛林，然后一声号炮，出来无数巨象，向清兵乱扑。清兵从来没有见过大象，顿时吓得魂胆飞扬，逃命都来不及，还管什么主帅？尼堪正想拍马而回，突然一只大象冲到面前，将马推翻，把尼堪掀倒地下，然后从他身上腾过，尼堪霎时皮破血流，死于非命。
李定国得了胜仗，暂时驻扎武冈。正想着进攻衡州，忽然兵卒来报，秦王请王爷前往沅州议事。李定国正要去，右军都督王之邦出帐谏阻。李定国问他缘由，王之邦说：“最近听说秦王将永历帝劫持到安隆，表面上是尊奉，实际上是软禁。秦王早已有心篡逆，他这次独请王爷一人前去沅州，一定不怀好意！王爷如果前去，必遭毒手。”李定国说：“如果我不去，孙可望必定追来，衡州还有清兵，两面夹击，我们怎么办？”王之邦建议说：“不如退回广西，再作打算。”李定国点头，谢绝来使，竟带着本部人马向广西退去，让冯双礼自己回去。
孙可望得到消息后，不由得十分愤怒，亲自率人追赶。途中遇到刘文秀的败军，才知入川的各军已被吴三桂杀败。惊愕之余，越加懊恼，于是带着刘文秀向宝庆进发，途中又会合冯双礼。到了宝庆，正巧与清兵相遇。这清兵就是尼堪的部下，由贝勒屯齐接领，南征衡水。屯齐远远看到孙可望军中随风飘舞的龙旗，立即拔箭在手，搭在弓上，“嗖”的一箭，射倒龙旗，又率精骑冲入敌阵。孙可望部下突然不见帅旗，已经慌张，又见清兵锐不可当，便拥着孙可望逃走。刘文秀、冯双礼原是不得已相随，这时也一齐逃走。孙可望吃了一场大亏，逃到贵州搜捕明朝的宗室，然后将他们一律杀死。又亲自率内阁六部等官，立太庙、定朝仪，尽改旧制。
桂王在安隆得到消息后，料知孙可望叛变，便派人召李定国前来护驾。不料消息走漏，孙可望立即派白文选到安隆劫驾。桂王听说白文选到来，吓得魂不附体，只是呜呜哭泣。白文选见桂王神色惨沮，也觉黯然，跪下说：“孙可望派我来迎驾，原本不怀好意。我听说西宁王将到，让他来护驾，还可无虑。”桂王扶起白文选说：“你不愧是忠臣。但孙可望势力强大，我可怎么办？”白文选说：“孙可望蓄谋不轨，部下都对他有意见，刘文秀已和西宁互通款曲。他逆我顺，何必怕他？”桂王这才放心。
过了数天，果然听说李定国兵到，立即开城迎入。李定国恭恭敬敬地行了臣礼，桂王喜出望外，封李定国为晋王。李定国马上请桂王驾幸云南，并让刘文秀在云南待驾。桂王恨不得立刻脱险，忙令李定国、白文选等人护驾出发，安安稳稳地到了云南。进了城，桂王封刘文秀为蜀王、白文选为巩昌王。刚部署好，就有警报传来，孙可望兴兵进军，桂王让白文选前去与他议和，孙可望将白文选软禁，假意议和，上奏请求释放自己的家人。桂王马上派人送还孙可望的妻儿。孙可望见妻儿被送回来，便大举兴兵，入犯云南。孙可望的部将马进忠等人都对孙可望有意见，便与白文选定了密计，劝说孙可望：“白文选威名服众，要想攻滇，非让他做将军不可。”孙可望说：“他与李定国是一路的，怎么能让他带兵？”马进忠说：“听说他现在已悔过，愿为大王效力。”孙可望便让马进忠带白文选进来，白文选装出一副恭顺模样，一味趋承。孙可望乐得手舞足蹈，立即任命他为大元帅，马进忠为先锋，先率十四万大军做前队。留冯双礼驻守贵州，自己率精兵做后应。
警报飞达滇中，桂王降旨革掉孙可望的爵位，令晋王李定国、蜀王刘文秀发兵讨贼。两军在三岔河交战不久，孙可望军中突然倒戈相向，弄得孙可望神志昏乱，忙拍马而逃。奔回贵州，遥望城门紧闭，城上竖着的旗帜，大大地写着“明庆阳王冯”字样。孙可望不觉惊讶起来，正想呼城上的人答话，猛然看到冯双礼上城俯视说：“我已归顺永历帝了，永历帝封我为庆阳王，让我驻守此城，与你无关了。”这几句话气得孙可望发昏，回头一看手下残骑，所剩无多，不能再战；而且妻儿都还在城中，若与他争闹起来，定是性命难保，不得已忍气吞声，求冯双礼还他妻儿。冯双礼开了半扇门，从门隙中放出几人，孙可望一瞧，妻儿如故，财物却荡然无存，禁不住垂下泪来。在城门前痴立了好一会儿，才带着妻儿直奔长沙，投降清军统帅洪承畴去了。
这一时期还出了一位海外英雄。这位海外英雄就是郑芝龙的儿子郑成功。原来，郑芝龙降清后，郑成功独自航海赴厦门，募兵兴义，仍奉隆武为帝；等到隆武帝殉国，永历帝正位，又派使者向永历帝求封，被封为延平郡公。郑成功大举攻闽，接连拿下漳浦、海澄、长泰、平和、诏安、南靖等地。清朝闽、浙总督陈锦惶急万状，急忙向清廷求援，清廷封郑芝龙为同安侯，令他写信劝郑成功投降。郑成功接到来信，一看“父既归清，儿也应剔发投诚”，不禁愤愤地说：“今天来一剃发国，便马上剃发，如果明天来一穿心国，我也要遵命穿心吗？”于是遣回来使，下令进攻漳州，并悬赏购买陈锦的首级。
过了几天，忽然来了两个闽人，献上陈锦的首级。郑成功问两人的姓名和来历，一个是陈锦的书记员李进忠，一个是陈锦的仆人库成栋。郑成功又问是谁杀的陈锦，库成栋应声“是我”，还没说完，两手已被郑成功的亲卒反绑。紧接着，郑成功喝令处斩，吓得库成栋跪求饶命，李进忠也跪倒叩头。郑成功指着库成栋说：“你与陈锦有主仆之谊，怎么忍心取他的性命？我的确悬赏购取陈锦首级，但你不应杀他，所以我要怪罪你。”又问李进忠：“这罪奴有妻儿吗？”李进忠忙回答：“有，她们也跟着来了。”郑成功说：“好好。把赏钱发给他妻儿，叫他也死个瞑目。”便令左右将库成栋推出去斩首。随即将赏银付给李进忠，令他转交库成栋的妻儿。李进忠领了赏银，不敢多说，就退出帐外。忽然厦门又来人，报称鲁王以海从舟山逃到厦门，问郑成功要不要接待。郑成功说：“鲁、唐叔侄自相残杀，太可恨了。”来人说：“鲁王已归服永历，削去监国名号了。”郑成功说：“既然如此，就应该优待他。”
郑成功驻扎厦门，改厦门为思明州，将厦门治理得井井有条。鲁王的臣下张煌言带兵入吴淞口，郑成功正想着出兵援应，突然听到鲁王过世的消息，只得按兵不动。张煌言退回金门，叹息一番，派人前去悼念，也暂时休兵不动。
一天，清廷派两位钦差去厦门招降郑成功，封他为海澄公。郑成功说：“我只认明帝，不知道清帝。”将来使遣回。隔了一个月，郑成功的弟弟郑渡跟着两个清使来到厦门。郑成功与清使在报恩寺中会面，清使令郑成功跪受诏书，郑成功说：“我是大明臣子，不接受清诏。”清使阿山说：“今天奉皇上圣旨，赐你福、兴、泉、漳四府之地，皇恩不能说不重，你应该受诏，剃发投诚。”郑成功正色回答：“四府本来就是大明的疆土，哪儿需要你们国家来赏赐？你们国家原来只有建州一小块地方，如今占据我中原，已经很无理了。我为不能复明而羞愧不已，你们还要我剃发降敌吗？海不枯，石不烂，郑成功不降清。”说完，就拱手而回。当晚，郑渡来见郑成功，递上父亲郑芝龙的信件，说：“兄若不降，父命难保。”郑成功看完信后，慨然道：“忠孝不能两全，你回去禀报老父，乞谅愚忠。”郑渡再三相劝，郑成功只是不从，郑渡只好痛哭着离开。第二天，清使带着郑渡回朝，郑成功忙写了回信，让郑渡把信带回去。郑渡随清使回去报告郑芝龙，呈上回信。
郑芝龙看完后，蹙着眉说：“看来我的老命要断送在他手里了。”忙将原信呈奏顺治帝。顺治帝本封郑芝龙为同安侯，这次将他削职监禁。一面令沿海督抚固守泛界，一面派郑亲王世子济度为定远大将，率军防闽。济度出京，听说郑成功已连扰闽、浙海滨，进据舟山，便兼程南下。到闽后，与郑成功连战几次，不仅没得到便宜，反倒损失了几艘战舰，丧了几员战将。郑成功连获胜仗，于是加紧训练兵马，锐意复明。他挑选了十五万随他亲征的甲士，五万练习水战，五万练习骑射，五万练习步击；另外挑选一万人作为援应。正好桂王派人封郑成功为延平郡王、招讨大将军，金门张煌言也率兵前来会合。郑成功大喜，于是竖起奉旨招讨的大旗，任命中军提督甘辉为先锋，总兵马信、万礼为第二队，自己亲统大军做后援，请张煌言做前导。扬旗鼓棹，陆续前进。走到羊山，忽然遇到飓风，撞沉几十艘巨舰，几千名士卒葬身大海，郑成功只好停泊舟山，修整舟楫。
忽然又接到几处警报，海澄守将黄梧、旧部将施琅都背着郑成功降清了。清兵分三路攻滇，郑成功不禁大怒，忙将舟楫修好，扬帆再出。张煌言统领的前队由崇明入江，到金、焦二山时，江中横截着铁索，舟楫不能前行。张煌言令人泅水，把铁索斩断，于是乘着风潮前进。到了瓜洲，与清提督管效忠相遇。两军酣斗，郑军奋勇齐上，管效忠寡不敌众，凫水而逃，后来被郑水军擒获斩首。当下扫清瓜洲敌舰，直逼镇江，炮声隆隆，震惊天地。城外北固山上的清兵下山来支援，被郑军一阵乱斩，杀得马仰人翻，尸横遍野。败兵逃入城中，门还没来得及关，郑军一拥而入，城池随即被攻陷。镇江各县望风迎降。郑成功乘胜进取，下令直捣南京，帐下有人大叫：“不可，不可！”