建文帝即位后，下诏令各地的藩王无须来京。于是诸王都派使节前去朝贺，只有燕王朱棣星夜兼程南下。快到淮安的时候，兵部尚书齐泰得到消息，禀报了建文帝。建文帝派使臣前去阻拦，燕王怏怏不快而回。
起先，太祖在世时，因为建文帝头长得有点偏，性格又过于柔弱，担心他不能担负重任，有过另立储君的念头。一天，太祖令朱允炆咏月，他在结尾写道：“虽然隐落江湖里，也有清光照九州。”太祖看了，心里非常不高兴。后来又让他对诗。太祖出上联：“风吹马尾千条线。”建文帝说：“雨打羊毛一片羶。”太祖听了，脸色大变。当时燕王就上前对道：“日照龙鳞万点金。”太祖不禁叫绝：“好对！”从此太祖更加喜爱燕王，不想立建文帝为储君。偏偏学士刘三吾一再请求册立太孙，这才勉强答应。
建文帝虽是个优柔寡断的人，但对各地藩王却也有所顾忌。即位以后，亲信的大臣第一个是齐泰，第二个是侍读黄子澄。一天晚上，建文帝忽然召黄子澄入内，问他道：“先生还记得东角门的谈话吗？”黄子澄应声说道：“臣不敢忘。”建文帝马上封黄子澄为太常侍卿，参领国事。原来在建文帝还是太孙的时候，曾坐在东角门问黄子澄：“各位皇叔拥兵自固，假如有什么变端，应该如何对付？”黄子澄说没有关系，且列举了汉景帝平七国的故例，建文帝这才高兴起来。这次与黄子澄提到这些，无非是让他在一旁辅佐，监制外藩。后来，户部侍郎卓敬递上一封密奏：“燕王智虑过人，酷似先帝。现在镇抚北平，兵强马壮，万一有什么变化，会很难控制，应该将他封到南昌。”建文帝看完之后，将卓敬召入殿中，和他说：“燕王与朕是骨肉至亲，应该不会有什么变端。”卓敬叩头提醒：“陛下难道没听说过隋文帝杨广的事吗？父子之间都会谋逆，何况叔侄？”建文帝不等他说完，就摇头摆手：“你不要说了！让朕仔细想想。”这话传了出去，顿时流言四起，都说新主有削藩的意思。
燕王首先得知消息，当即称病。剩下周王、齐王、湘王、代王、岷王等人也都不能自安，于是互相勾结起来。周王朱橚的次子竟然密告建文帝说自己的父亲不法，并牵扯到燕王、齐王和湘王。建文帝急忙召齐泰、黄子澄前来商议。齐泰说：“诸王中只有燕王最强，除了燕王，其他人不用讨伐。”黄子澄插嘴说：“齐尚书说错了，想除掉燕王，必须先除掉他的手足。周王是燕王的弟弟，既然他密谋不轨，不妨将他捉来，定罪量刑。一可以除掉周王，二可以惩戒燕王。”建文帝大喜，吩咐他马上去办。黄子澄命曹国公李景隆假言防守边关。经过汴梁，周王朱橚听到消息，毫无防备。哪知李景隆到了开封，竟然率兵袭入王宫，把周王朱橚以及妃嫔等人统统拿下，押到京城。建文帝见了周王，又心生怜悯，想放了他。齐泰与黄子澄坚决认为不可。于是将周王朱橚废为庶人，流放到蒙化，朱橚的儿子全部贬迁到别的地方。没过多久，又把朱橚召回京城，囚禁在狱中。
燕王虽然身在北平，但京中的消息无不知晓。他一边谎称自己病重，一边和僧人道衍日夜谋划夺位一事。道衍本姓姚，名叫广孝，自称得到过异人的传授，能知道吉凶。从前太祖封藩的时候，选了些名僧作为诸王的师傅。道衍被派入燕府，一见燕王，就说他要做天子。燕王非常高兴，所有的事情都与道衍商议。道衍又引荐了两个人，一个叫袁珙，善于相面；一个叫金忠，善于卜卦。二人都说燕王贵为天子，燕王随即动了心思，与他们三人日夜谋划。
道衍首先提出要大造兵器。因为担心有人泄露消息，就在后花园里挖下密道，修建密室。密室里面日夜打造兵械，外面则养了无数鸡、鸭、鹅，让它们不停地叫，以掩盖打造的声音。这些事情，除了燕王的亲信之外，没人知晓。原以为神不知，鬼不觉。可天下的事情，若要人不知，除非己莫为。这燕府日夜打造兵器的事情，很快一传十，十传百，传到了京城里，人人都说燕王准备谋反。
建文帝听从齐泰的话，命工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥谢贵、张信掌管北平的事情；命都督宋忠驻扎在开平，并将燕府的卫兵调走，说是防御北寇；派都督耿瓛到山海关练兵，徐凯在临清练兵，严行戒备。布置妥当之后，建文帝命人修撰《太祖实录》，追尊懿文太子为孝康帝，庙号兴宗，母亲吕氏为皇太后，册封妃子马氏为皇后，儿子朱文奎为皇太子，封弟弟朱允熥为吴王，朱允为衡王，朱允熙为徐王。接着更定官制，内外官员的品衔都仿照周礼。
就在建文帝整修内政的时候，忽然传来湘王朱柏、齐王朱榑、代王朱桂等人蓄意谋反的消息。建文帝马上派兵前去，收回大印。朱柏烧毁了宫室，葬身火海；朱榑被囚禁在京师；朱桂幽禁在大同。朱榑和朱桂二人全部被贬为庶人。
一波才平，一波又起，西平侯沐晟奏称岷王朱楩蓄意谋反，建文帝将朱楩削职为民，流徙到漳州。这时，忽然听说燕王的儿子高炽、高煦、高燧来京城祭祀太祖，建文帝马上传入。彼此说话的时候，除了高煦有些拘束之外，剩下的两个人都非常恭谨，建文帝也觉得心里安稳了些。祭祀完毕后，齐泰想将三人留住，作为人质。哪知燕王正防着这一招，派人火速奏报，只说是燕王生命垂危，要求三个儿子速速北归。建文帝只好放行。
这时，魏国公徐辉祖求见。徐辉祖是徐达的儿子，徐达的女儿是燕王妃，燕王的三个儿子都是徐氏所生。徐辉祖入奏说：“臣的三个外甥中，唯独高煦勇猛剽悍，他非但不忠，而且还想背叛他的父亲，他日必定成为后患。不如将他留在京师，免得他胡作非为。”建文帝没有说话。高煦临行前，在徐辉祖的马厩中偷出一匹好马，加鞭疾驰。等徐辉祖察觉，已经来不及了。高煦渡江北上，沿途乱杀百姓。到了涿州，又杀掉了驿官，这才回去见燕王。燕王不但没有怪罪，还笑容满面地说：“我们父子能够团聚，真是天助我也！”
过了几天，建文帝派张昺、谢贵到燕府探视。那时正是盛夏，红日炎炎。燕府内却点着炉子，炉火烧得很旺。燕王披着羊皮，坐在火炉旁边，还是瑟瑟发抖，一个劲儿地说天冷。张、谢二人与他谈事，他却东拉西扯，说些荒唐的话。张、谢二人以为燕王真的病重。辞别之后，报告给了朝廷。建文帝于是命谢贵、张昺二人设法捉拿燕王，并约长史葛诚及指挥卢振为内应。北平都指挥张信曾经深得燕王信任，于是就命他亲自抓捕。
张信受命之后，不知所措。后来朝廷越催越紧，张信就想出一计。他乔装打扮一番，乘着妇人的马车赶到燕府，说有要事相告。燕王这才将他召入，张信看见燕王之后，立即拜见。燕王仍然一副疯癫的样子。张信跪下来说：“殿下不必如此，有事尽可以和臣说。”燕王还装糊涂：“你说什么？”张信又说：“臣有心归附殿下，殿下却故意隐瞒臣。实话告诉殿下，朝廷有旨，命臣前来捉拿殿下，如果您真的有病，我就把您捉到京城，否则就应该早作打算。”话说到这里，忽然看见燕王起身下拜道：“恩人！我的全家都仰仗足下了。”接着，二人互相搀扶着起来。张信随即将京中的密旨和盘说出。燕王立刻将亲信全部招来，商议了很久才散去。
燕王又对外说自己已经病愈，亲自来到御东殿，受百官朝贺。退殿之后，马上派人去和谢贵、张昺说：“朝廷要逮捕的坐罪官员，已经一一收押，请两位速速前来，将他们带走！”谢贵、张昺听了，迟疑不决。燕王又派人去催。于是谢贵、张昺带着卫士来到燕府，门卫将卫士们阻拦下来，只让谢贵、张昺进去。二人只好命卫士在门外候着，自己进入燕府。刚到殿前，就见燕王扶着拐杖出来，笑脸相迎。接着，燕王赐宴，酒过三巡，忽然端上来几盘西瓜。燕王对二人说道：“来尝尝新瓜。”谢贵、张昺称谢。燕王吃着瓜，忽然说道：“如今编户齐民，皇上对百姓们都如此体恤。我身为天子的亲属，性命偏偏危在旦夕！”说完，把西瓜扔在了地上。说时迟，那时快。两旁忽然杀出伏兵，将谢贵、张昺以及葛诚、卢振擒住。燕王将手里的拐杖扔掉，厉声说：“我生的什么病？我为奸臣所迫，没有办法才会这样。如今已经擒获了奸臣，不杀还等什么时候？”随即下令将四人斩首。
北平都指挥彭二听说事情有变，急忙跨马入市，招集一千多名卫兵，准备攻入端礼门。哪知燕王派壮士庞来兴、丁胜等人带着众人出来拼杀。彭二见抵挡不住，仓皇而逃。燕王随即将葛诚、卢振的家人全部处斩，接着安抚百姓，城中平定。都督宋忠听到消息后，胆怯不敢进攻，从开平带着三万兵马，退保怀来。燕王誓师抗命，削去建文年号，仍然称洪武三十二年。设置官属，任用张玉、朱能、邱福为都指挥佥事，升李友直为布政司参议，拜金忠为燕纪善。随后，他自称靖难军，厉兵秣马，击鼓扬旗，造起反来。