成祖看到解缙的诗后，知道他是趁机劝慰，心中非常感叹。后来又问到黄淮、尹昌隆等人，大家也都主张立嫡，这才决定立朱高炽为皇太子，封朱高煦为汉王，朱高燧为赵王。朱高煦应该去云南，朱高燧则在北京。朱高燧本来就和太子留守在北平，奉命后当然没有什么异议。唯独朱高煦一直怏怏不乐，他曾对人说：“我犯了什么罪，要把我贬到万里以外？”于是不肯去上任。成祖也没有办法，只好暂且由着他。
成祖不遗余力地杀戮旧臣，却将盛庸留下来镇守淮安，封他为历城侯。李景隆迎降有功，被加封为太子太师。所有的军国重事，一概让他参与商议，接着召来前北平按察使陈瑛做副都御史，署都察院事。陈瑛是滁州人，建文初年授职于北平，曾收过燕府的贿赂，被佥事汤宗参劾，贬到广西。后来受到成祖的恩宠，变得越来越残忍。每次遇到有人犯事，往往屈打成招，牵连无辜，以至于狱囚累累，彻夜喊冤。两班的御史都禁不住哭泣，陈瑛却谈笑自若，并和同僚说：“这些人如果不加以处置，皇上当初何必要靖难呢？”没过多久，他诬陷盛庸心怀异图。成祖下旨将盛庸削爵查办，盛庸因害怕而自杀。耿炳文有个儿子名叫耿浚，娶了懿文太子的长女，建文帝授他为驸马都尉。成祖入京后，耿浚说自己病重，一直不肯露面。耿炳文从真定败退之后，一直住在家里，整天郁郁寡欢。陈瑛与他有过节，于是捕风捉影，非说耿炳文的衣服、器皿上面有龙凤图案，妄图不轨。这些话奏报上去，正中成祖皇帝的猜忌，立即命锦衣卫到耿炳文家，没收家产。耿炳文那时已年近七十，想想自己曾立过汗马功劳，如今却付之流水。何况现在年老体衰，哪还有精力去辩解，索性服下毒药，到地下找太祖皇帝去了。李景隆做了一年多的太师，也被陈瑛等人勾结周王，参劾他谋逆。于是被革职查办，所有的家产全部充公。
从此以后，陈瑛的气焰越来越盛，也越来越善于迎合。有一天，他忽然想到驸马梅殷与成祖不和，于是又写了一篇奏折。大意是说梅殷招揽亡命之徒，并与女秀才刘氏朋党为奸什么的。永乐三年冬季，成祖召梅殷入朝。都督谭深、指挥赵曦奉成祖的命令，迎接梅殷。走到笪桥的时候，二人竟然将梅殷挤入水中，梅殷当即被淹死。谭深、赵曦二人回去报告成祖，只说梅殷是自己跳水的，成祖也不细问。偏偏都督许成知道了二人的谋杀底细，就原原本本据实陈奏。成祖不便说明，只得将谭深、赵曦二人逮捕下狱，命法司惩办。
宁国公主听到噩耗，就跑到殿中，牵着成祖的衣角大哭，硬要成祖赔她的驸马。成祖好言劝慰，公主都不肯听，只是一味乱哭乱撞。还是徐皇后出来调停，才将她劝入内宫。徐皇后又劝成祖立即诛杀谭深、赵曦两个人，并封宁国公主的两个儿子为官，当成偿命的办法。成祖不好不从，就封她的长子顺昌为中府都督同知，次子景福为旗手卫指挥使，并命人把谭深、赵曦正法。梅殷的手下有个叫瓦剌灰的，侍奉梅殷很多年了，非常忠诚。梅殷死后，他终日痛哭不止。等到谭、赵二人伏法的时候，他就跪在朝中，请成祖砍断二人的手足，并剖肠挖心，祭奠梅殷的阴灵。成祖本来就心虚，只好听从他的请求。瓦剌灰叩头谢恩，直奔法场，把谭、赵二人的尸首截断四肢，又剖开胸膛，挖出鲜血淋淋的心脏，接着跑到梅殷的墓前，呈在祭案上，叩了无数个头，又大哭了一场。然后解下衣带，自缢身亡。宁国公主在宣德九年病逝。
皇太子高炽奉命南来，将职务交给高燧，带着僧人道衍等人进入京师。成祖见了高炽，也不过淡淡地问了几句。等到道衍觐见的时候，却赐座给他，并推他为第一功臣，当即升他为资善大夫，以及太子少师，并让他恢复原姓，喊他为少师而不喊名字。道衍扬扬得意地出来，到长州去探问亲友。大家都觉得道衍现在飞黄腾达了，所以多半夹道欢迎。唯独他的同胞姐姐不肯见他，道衍觉得非常奇怪，硬要相见。他的姐姐就让人出去对他说：“我的兄弟是个和尚，没听说过什么太子少师。”道衍没有办法，只好改换僧服，再次去见姐姐。姐姐仍然拒绝。后来经家人一再劝解，这才站在院子里和道衍说话：“你既然做了和尚，就应该六根清净，为什么要大开杀戒，闯出这等滔天大祸？现在还俗了，来走访亲戚，人家都羡慕你的荣华富贵。我是穷人，不配做你的姐姐。你走吧！不要再来纠缠了！”道衍不敢争辩，被她说得汗流满面，踉跄而出。茫然间又去走访老朋友王宾。王宾也是房门紧闭，只从门里面高声喊道：“和尚错了！和尚错了！”道衍回京后，仍然住在寺庙里，除入朝之外，其他时候依旧穿着僧服。成祖劝他蓄发，他不肯听；赐给他的房子，他也全部退回。等到永乐十七年道衍死去，成祖追封他为荣国公。
太祖在位的时候，曾经严禁宦官干政，并在宫门外竖起铁牌以警示子孙。建文帝即位后，对内侍也审核得非常严格。等到靖难兵变之后，宦官都偷偷跑到燕营里，报告朝廷的虚实。所以成祖才决心南下，攻入京师。成祖即位后，尽管对那些宦官一再加官赏赐，但他们都嫌不够，弄得成祖也没什么办法。那时候云南、大同、甘肃、宣府、永平、宁波等地，到处都有宦官出使的踪影。后来成祖又派宦官郑和游历西洋，表面上是为了宣示威德，实际上是寻找建文帝的下落。原来建文帝逃到云南，然后住在锡永嘉寺，从此隐姓埋名，无人知晓。成祖怀疑他流亡到了海外，就命郑和出去寻访，并特意造下六十二艘大船，载着三万七千多名水兵，从苏州的刘家港出发，沿海向南，途中经过浙江、福建、直达占城，并称郑和为三保太监，所以有了三保太监下西洋之说。
郑和等人抵达占城之后，并不见有建文帝的踪迹。于是在心里暗想，既然建文帝没有着落，不如招降这些蛮人，让他们入贡，也算不辜负这一番长途跋涉。当下就与副使王景和商议，决定游历诸国，从占城南下，直达三佛齐岛国。这岛国是广东南海人王道明开辟的，后来被邻岛爪哇所灭，改名为旧港。海盗陈祖义又将爪哇的士兵和百姓赶走，占据了此岛，称王称霸。郑和到了旧港，分别派王景和等人带着二十多艘船只，去诏谕爪哇、婆罗洲。自己则带着一百多名随从，去见陈祖义，并传大明天子的命令，赏赐金银。陈祖义听说有赏赐，自然出城相迎，还设酒款待。一连住了几天，郑和就劝他每年向朝廷纳贡。这陈祖义是数年的大盗，只知道往里面兜钱，不知道向外面掏钱。一开始听说有赏赐，喜出望外地迎接郑和，后来听说要他年年进贡，哪里肯割舍，当下就拒绝了。郑和拂袖而出，回到船上，点齐兵士，去攻打陈祖义。陈祖义也出来抵抗，可终究是一群乌合之众，没战多久就逃走了。郑和据住海口，与他相持。陈祖义穷途末路，派人到邻岛求援。不料爪哇、婆罗洲的各岛，已经接受王景和的诏谕，归服了明朝。陈祖义走投无路，准备趁夜潜逃，却被郑和的伏兵团团围住，只好束手就擒。郑和领兵上岸，直入岛中。召集居民，宣示陈祖义的罪状，让他们另外推举一个人做岛主，并按时入贡，承认旧港永远是大明的属地。随后，郑和又向尼科巴、巴拉望、麻尼拉等地宣扬诏命，远近纷纷归附。
郑和回京复命。成祖大喜，又命他载着金银珠宝，去赏赐归降的国家。于是郑和再次出海，重赴外洋。从三佛齐国以下，全部都以礼相待，把他奉若神明。郑和赏赐完毕，又突发奇想，下令向西航行。一路上烟波浩渺，海水苍茫，凭着一路的顺风，直达西方的锡兰国。锡兰也是一个岛国，岛中气候炎热，不分春夏秋冬，草木茂盛，禽兽也很多。居民大多是巫来由种族，酋长叫做亚列苦柰儿。郑和来到这里后，亚列苦柰儿出城迎接，带着郑和看遍了飞禽猛兽，并殷勤照顾。亚列苦柰儿喜欢养一些老虎、豹子、狮子、大象等凶猛高大的动物，闲暇的时候，就逗弄它们取乐。百姓如果有谁犯了罪，就把他扔给老虎、豹子，任它们撕裂争夺。郑和不知道底细，等亚列苦柰儿和他说明之后，才惊异起来。过了一天，亚列苦柰儿请他看斗狮，郑和担心他有异心，就谎称自己生病没有去。后来派人查探，得知亚列苦柰儿果然想将郑和丢给狮子。郑和于是潜身逃走。亚列苦柰儿知道阴谋泄露，马上带了几千士兵，去追郑和。郑和这时候早就已经回到船上，派兵上岸，准备厮杀。亚列苦柰儿不知好歹，只管向前冲去，结果被杀得大败。后来又放出虎、豹、狮、象作为前驱，冲向郑和军。郑和军备好巨炮，轰炸过去，虎、豹、狮、象忍不住痛，都往后逃去，反而冲散了亚列苦柰儿的士兵。亚列苦柰儿大败而逃。和军乘胜追击，如入无人之境。不到一天就捣破了巢穴，生擒了亚列苦柰儿，并将他的妻儿一股脑儿捉来，送到京城。成祖更加高兴，等郑和觐见的时候，大加赏赐。
郑和休息了几个月，再次请求出海，成祖自然准奏。这次到了南洋的一个大岛上。这岛叫做苏门答腊，也有国王和太子。太子名叫苏干剌，因为得罪了国王，被捕下狱。太子的爪牙心腹，没命地跑到海边，正碰上郑和到来。郑和于是乘机出兵，助他一臂之力。郑和与太子里应外合，岛中大乱，国王支撑不住，立即逃走了。苏干剌出狱后做了国王，郑和让他称臣纳贡，苏干剌却不肯答应。郑和生气地说：“如此忘恩负义，怎么能立国？”于是麾兵进攻，把王宫围得水泄不通，宫中没有粮食，也没有水。苏干剌无计可施，只得夺门逃走，被一举擒拿。郑和马上安抚岛民，另立新主，与他签订了朝贡的条约，然后敛兵退出，转到邻近的岛屿。其他岛屿无不望风投降，表示愿意遵守约束。郑和又向西南航行，绕出好望角东北面，直达吕宋。吕宋国王也奉币称臣，郑和这才回京。
郑和出海总计共有七次。有一次途中遇到飓风，天地昏黄，波涛汹涌，郑和率领的六十多艘船都走散了。等到风和日丽的时候，只剩下十几艘，损失不计其数。偏偏成祖好大喜功，因为郑和出海以后，虽然找不到建文帝的踪迹，却能使南洋各国尽行归降，他也算是一位功臣，所以一切损失，全不过问。南洋的商人、百姓也都喜欢中国的货物，于是双方互相交流。中国的东南海中还有外国的船只出没，航路一天天地开辟出来，国与国之间的交流也越来越多了。