杨璟、周德兴、张彬等人从湖广出师，南下永州，一路上攻无不克，战无不胜。永州守将邓祖胜派兵死守，杨璟在西江造了一座浮桥，渡兵攻城。几十天之后，城里的粮食全部吃完。邓祖胜服毒自尽，永州随即被攻下。后来，周德兴、张彬攻下全州。廖永忠攻下广州、梧州、藤州、桂林。只有杨璟、周德兴、张彬等人进攻靖江，几十天都没有攻下。朱亮祖领兵前来会师，驻扎在象鼻山下。四面围攻，仍然不能攻克。杨璟气愤难耐，命人将护城河里的水一律放干，又从壕沟里筑起土堤，直通北门。随后派兵猛扑，当即登城。后又移兵郴州，招降两江土官黄英衍、岑巴延等人。廖永忠也指挥耿天璧攻破了宾州、象州。两广平定，杨璟等人凯旋而归。这一年是元朝顺帝至正二十八年，也是明太祖洪武元年。
方国珍投降后，李善长等人上疏劝朱元璋登基，朱元璋不肯答应。奏折再三呈上，朱元璋才命人去办理。太史令刘基择定吉日，朱元璋在戊申年正月四日即皇帝位，国号明，改元洪武。即位前三天，在南郊筑坛，一切礼仪俱备。朱元璋命群臣斋戒沐浴，共同赶赴南郊。先祭拜天地，接着是日月星辰、风云雨雷、五岳四渎、名山大川。坛下鼓乐齐鸣，坛上烟雾缭绕。朱元璋亲自登坛，行祭告礼。太史令刘基诵读祝文。祝文读完之后，朱元璋率群臣拜跪。当天，风和日丽，碧空万里，与连日黑云沉沉、雨雪交加的气象大不相同。人人都说这是太平盛世的预兆。
祭祀完毕，李善长带着文武百官、都城父老高呼万岁，接着朱元璋带着皇子、大臣祭告宗庙。礼毕回朝之后，朱元璋在大殿受群臣朝贺，并封马氏为皇后，封长子朱标为皇太子，任用李善长、徐达为左、右丞相，刘基为御史中丞兼太史令。各位功臣也都加官晋爵。于是，明室初定，历史上称他为明太祖。
太祖罢朝回宫之后，对马皇后说：“朕从布衣起家，能做上皇帝，外倚功臣，内靠贤后。每每想起从前与郭氏住在一起的艰苦日子就暗自感慨，要不是皇后从中调停，偷偷接济朕，朕怎么能有今天？豆粥麦饭，铭记在心，永不相忘。皇后跟随朕东征西讨，亲手为朕穿上铠甲战靴，种种劳苦，数不胜数。古人称家有良妇，如同国有良相。如今我有如此贤惠的皇后，才深信古语不假啊！”马皇后说：“臣妾也听说夫妇相保易，君臣相保难，陛下不忘贫贱之妻，但愿也不要忘记患难之臣！”太祖说：“唐有长孙皇后劝太宗不忘魏征，你可以和古人媲美了！”马皇后说：“妾怎么敢和古人相比。”太祖说：“你没有父母，只有族人。朕把他们招到朝中给他们封官，怎么样？”马皇后叩谢说：“高官厚禄应该赏给贤臣，不应该私给外戚，陛下不要妄徇私恩啊！”太祖点头。
徐达、常遇春等人引兵攻入山东，各路元军纷纷投降。后来转攻益都。益都城内，元宣慰使普颜不花与母亲妻子诀别后，出城死战，被明军擒拿，因不肯屈服而被杀害。元总管胡浚、知院张俊先后自尽。普颜不花的妻子阿鲁真抱着子女，投入井中。接着东平、东阿、济南、济宁、莱阳各路守将，不是闻风而逃，就是解甲投降。太祖又派汤和修造海舟，给北征军送去粮饷，并命康茂才率领一万兵马支援北征军。常遇春攻克东昌，徐达攻下乐安。山东全境，全纳入明朝版图。
接着徐达与常遇春会师，平定河南。明太祖听说后，亲自来到汴梁。徐达与常遇春等人觐见，太祖慰劳一番之后，开始商议攻取元都的计划。徐达道：“臣一路攻过来，见扩廓铁木儿观望不前，张良弼、李思齐等人毫无谋略，想必元都已经没有援兵了。如果现在进兵，必克无疑！”太祖指着地图提醒他：“你说得不错，但北方土地平旷，作战以骑兵为主。现在应该先选骁勇善战的骑兵作为先锋。将军率水陆两军作为后应，带着山东的粮草补给粮饷，直捣元都，到那时都城就可以不战而降了。”接着又对冯胜说：“你发兵进攻潼关，潼关得手后，派些人留守在那里。你马上转回汴梁，接应大将军，不得有误！”徐达与冯胜领命而出。冯胜即日出师，直攻潼关。此时，元将李思齐、张良弼都已经带兵逃到关外。冯胜派人偷偷溜到张良弼的营前，放了一把火，整个军营火光四起。张良弼从梦中惊醒，以为是敌人来偷袭，当即披甲上马，出营迎战。谁知杀了一场，发现都是自己的人马，连忙收兵，退入关内。李思齐听到这消息，也惊慌起来，马上移军葫芦滩。两军还没有扎营，冯胜已经率兵杀来，夺下了潼关。李思齐逃到凤翔，张良弼逃到鄜城。冯胜入关后，命指挥使于光、金兴旺等人留守，自己带兵返回汴梁。
太祖听说潼关这边得手，北伐军已经没有后顾之忧，就回到应天。命徐达等人进攻元都，并告诫他们不要大开杀戒。徐达进兵通州，在河东岸扎营。常遇春在河西岸扎营。诸将都想趁着锐气攻城。指挥郭英说：“我军远道而来，敌军居守城内，一劳一逸，不宜急攻。”第二天清晨，天降大雾。郭英命一千士兵埋伏在道旁，自己带着三千精兵，直达城下。元知枢密院事卜颜铁木儿率一万多名勇士，分两路攻出。郭英假装败退。卜颜铁木儿率兵去追，中途遇到埋伏，队伍被冲成两截。郭英又转身杀回来，卜颜铁木儿猝不及防，被郭英刺落马下，接着被绑走了。元军没了主帅，顿时溃散四逃。郭英乘胜追击，又杀了几千人。等到收兵回来，统帅徐达已经引兵入城，卜颜铁木儿被斩首示众。休息数天之后，徐达准备攻打元都。不料元顺帝已经逃走，元都只剩淮王铁木儿不花以及左丞相庆童等人。