其次，官僚体系中知识分子的成色不足。
大明帝国的官僚体系从表面上看以知识分子为主体。一个人若想成为明帝国的官员，有四条路走。一是“学校”，二是“吏员”，三是“荐举”，四是“科举”。
所谓“学校”，就是国子监的学生毕业后直接由国家派官。朱元璋特别重视这一条途径，当时许多中央要员和地方大吏都由太学生充任。但是，从明朝中期开始，出现了以出钱入学的“例监”和以父亲职位入学的“荫监”，监生良莠不齐，不再受到重视。而政府也很少直接提拔国子监的学生做官。这条路，基本上堵死了。
“吏员”就是从低级的吏中提拔优秀的人来做官。但是，这些官都非常之小，基本是一些杂官和不入流的官。所以这个也不是主要途径。
所谓“荐举”，也不是主要渠道，在朱元璋时期，通过荐举当官的还有一些，但到永乐皇帝之后，科举日重，荐举日轻。
所以，真正能进入官僚队伍的途径，主要是科举。那么，通过科举考试考出来的，当然是知识分子了。但是，这些所谓的知识分子却成色不足。
科举从乡试到会试再到殿试，层层考上来，就能做官了。但是，并不是所有人都能报名，你首先得是地方学校的生员。用现在话说，你得是国家正规学校教育培养出来的，不能像诸葛亮那样自学成材。
为什么说这些通过考试选拔出来的官员知识分子的成色不足呢？你得看他们学的什么、考的什么。明代所有的学校学的是国家颁行的经、史、律、诰、礼仪等教材，此外兼学射、书、数。明代的科举，文科（进士科），主要考儒家经典，尤其是要考八股文。武举主要考策略，也就是纸上谈兵。
从北宋以后，我国商品经济已经高度发达了。一千年前的儒家经典能解释商品经济社会中的现实问题，比如通货膨胀吗？解释不了。自从北宋以来，历朝政府都面临一个问题，财政危机。儒家经典里有关于财政学的内容吗？没有。随着官僚机构的不断扩张，如何使官僚体制高效运转，也是一个重大问题。儒家经典里有管理学、组织理论的内容吗？还是没有。
也就是说，儒家思想已经不能够为社会的进一步发展提供有效的智力支持。要解决这些现实问题、促进社会的发展，急需经济学、财政学、管理学的知识。这些却又都不在学习和考试的范围之内。所以，整个官僚体系中就没有这方面的专才，于是造成了官僚体系的执政能力不足。
比如，从宋代开始，由于商业贸易的发展，我们国家创造出了世界上最早的纸币交子。到了元代，纸币已经通行天下。这是经济社会发展的一大进步。但是到了明代，由于政府里面没有经济学、金融学、货币银行学这方面的人才，整个大明帝国里，就没有一个人明白纸币是怎么回事，纸币有什么作用，如何能保证纸币的币值稳定。早在宋代就有人提出了，保持纸币币值稳定的关键是要有钞本、要允许自由兑换。大明帝国则完全不理这一套，从洪武年间发行纸币时，就不设准备金，也不许百姓用纸币兑换金银。只知道用行政手段强制推行。有的官员竟然说：纸币真是好，我想印一千，就能印一千。完全不管经济规律，只发不收。
结果流通的纸币越来越多，币值越来越低。从洪武八年开始发行大明通行宝钞到钞法的崩溃，只经历了短短二十来年的时间。到洪武末年，一贯宝钞（按钞法相当一千文铜钱）就贬值到只值一百六十文铜钱。到了明英宗正统年间，发现实在是没办法强制推行纸币，朝廷在收税的时候也都改收银子了。从此，纸币退出了中华帝国的历史舞台。
治国才能不足只是一个方面，更重要的是在程朱理学熏陶下的知识分子根本就不适合从政。
程朱理学说到底是一个强调自身修养的学说，是伦理学。这对于知识分子自我节操的培育具有很大的作用，使得士人具备了儒家理想的伦理主义人格特征。但是，其不良影响是，过分执著于伦理理想导致士大夫们在现实的政治活动中缺乏应有的适应能力，其中许多人流于固执和偏激。同时，知识分子对于程朱理学的固守，使其思想空间过于狭窄、封闭和内向。这个就导致明代士大夫情绪大于理智。表现在两个方面：
一方面是是非太明，好认死理。正如很多崇尚明朝的人所谈到的那样，明代的士大夫、知识分子中大多数追求真理，无所畏惧。比如，嘉靖时的“大礼议”，万历时的建储的问题，大臣们显示出超强的责任感，不畏强权，大有可为真理献身的架势。作为普通人，作为学者，这无疑是优点。但是作为一个国家的决策者，作为政治领袖，太追求真理、太爱争个谁是谁非，就不对了。政治的根本问题是利益分配，政治需要妥协，没有绝对的谁是谁非。找到一个大家都能够接受的解决方案，比争个谁是谁非更重要。
另一方面是明代的士大夫主要追求自我内心的满足（无论是程朱理学还是王阳明的心学都是如此，只是前者还考虑外在的道德规范，即以先贤的是非为是非，而后者则更加重视自己的内心），于是就重视该不该而忽视能不能，重视过程超过结果。
比如，我们翻看明朝的历史，我们经常能看到大臣指责皇帝，而且所用的语言非常难听。海瑞说嘉靖“薄于父子”、“薄于君臣”、“薄于夫妇”，又说：“嘉靖者，言家家皆净而无财用也。”万历皇帝更是被骂有“嗜酒”、“恋色”、“贪财”、“尚气”四病。当时皇帝的所作所为，应不应该骂？该骂。骂他能不能解决问题？不能。为什么不能？因为这其实是否定了皇帝这个人，而当时又不可能罢免皇帝，你否定他有用吗？聪明一点的办法是针对某些弊政、弊端进言。比如，设法阻止万历派太监去征矿税，而不是否定万历皇帝本人；而在阻止万历派太监去征矿税，也要注意方式方法，不要老是板起脸来训人。明代的士大夫们真应该好好学习一下《战国策》，看看战国时的谋士们是怎么劝人的。
综合这两点，大家想想看，是非太明、认死理，又只重视该不该，那么结论就很清楚：只要认准是应该做的，那就誓死坚持。这种人执政，结果很危险。比如，面对外敌的侵略，应不应该还击？应该。完全不考虑双方的实力，就一个字“打”，而且还必须是进攻，否则一定被认为是消极避战。这绝不是真正的政治家的所为。
经过这一分析，我们就能看出来，在现实中大明帝国的政权结构是：在名义上的皇帝领导下，以宦官集团为核心，以贪腐而低能的官吏为中坚的庞大帝国。由于是这样一种情况，各种问题都来了。
四、财政危机
最为显著的是财政危机。
明帝国是当时世界上最富强的国家。但是，从明中期开始却出现了巨大的财政赤字，财政陷入危机。明中期的嘉靖时期，中央财政年年亏空，嘉靖三十年亏空高达白银三百九十万两。隆庆元年（1567），户部题报：“查得本部额派每年应入太仓钱粮各处民运夏税秋粮马草地亩花绒等项折银共一百一十六万余两，各运司盐银共一百三万余两，每年应发各边主客年例该银二百三十六万余两，在京各衙门各营卫所官员折俸料草布花商价等项该银一百三十五万余两，即使常赋尽数完解，尚欠银一百五十二万余两……通算本年入数比出数当少银三百四十五万，无从措处，必须广集众思以求其济。”
后来经过张居正的改革，财政状况得到了改善。但这只是一次弱市反弹，张居正一死，立即大幅下挫。到万历十七年（1589），太仓外库银就只剩下了三十一万两，而且“利孔已尽，无复可开”。改革的积蓄，用得近乎精光。再往后就更是惨不忍睹。比如天启三年（1623），在连续加派田赋之后，财政赤字仍高达近一百六十五万两。
面对巨大的财政赤字，明帝国政府没有一点办法，所做的只有加征税收。加征税收，激化了阶级矛盾，最终导致了农民大起义。
怎么会出现如此严重的财政危机呢？
我们先从财政收入的方面来说。
明帝国的中央财政收入比起以前的帝国差得太远。明帝国中期一年的中央财政收入大概也就维持在两三百万两白银左右，比如嘉靖时的户部侍郎张守直就说：“天下钱谷之数，计一年所入，仅二百三十万有奇。”后来，张居正改革十年，国库丰盈，但当时岁入也就四百多万两。
作为比较，我们来看一下元帝国的情况。元帝国中后期的明宗、文宗时期，其他收入不算，光商税就高达四千六百五十万两，是明帝国中央财政总收入的十倍。如果说元帝国地盘大、蒙古贵族盘剥得厉害，不好比；那么，我们来看一看一贯被认为积贫的宋帝国的情况。北宋初期太宗时，赋税总收入就已经高达三千五百五十九万贯，到宋神宗时，翻了近一番，达到七千零七十万贯。由于北宋时期，铜钱与银子的比价时常变化，具体能折算成白银多少两，不好说。但是即使按南宋铜钱贬值以后的两三贯钱换一两银子，也比明代多近十倍。
说实话，我看到这些数字的时候，第一反应是“搞错了”。就算统计口径不同，也不至于有这么大的误差呀。这是怎么回事呢？
第一，大明帝国的财政收入结构有问题。
大明帝国从朱元璋那儿就定下了规矩，以田赋作为明帝国财政收入的主要部分。传统农业增长是比较缓慢的，所能提供的附加值是比较低的。这就影响了财政收入的增加。而且，在明末以前，田赋主要是实物收入，运输困难，往往不能运到中央的太仓。所以明帝国在统计岁入的时候，就没有把不进入太仓的部分统计进去。以货币形式征收的商税和专卖收入在明帝国财政收入的比例始终比较低，其结果就造成中央财政收入很小。
事实上，从北宋开始，商税就已经逐渐超过田赋成为国家财政的主要来源。我们前面已经讲了，元代时光商税一年就有四千六百五十万两左右，北宋时期商税收入虽不如元代，但也相当可观。宋真宗时期，每年商税总额有四百五十多万贯，到宋仁宗庆历年间，每年商税收入已高达一千九百七十五万贯。
反观明代，商税在嘉靖年间总共也就每年十五万两左右。算起来，宋元两代的商税要比明代多出上百倍。简直就是，有一块大肥肉放在面前，但是大明帝国不知道伸筷子。
第二，财政体制有问题。
一是全国财政工作并不都归户部管。以上所说的明朝中央财政收入，是户部的收入。但是明帝国可不光户部管钱，工部也有一定的财政职能。此外，从朱元璋时代开始太监就参与到财政征收中来了。此后，由于从宦官那里拿钱、用钱比较方便，皇帝更愿意将扩大财政收入的任务交给宦官，于是就有大量的财政收入直接进了内府。最突出的例子就是明神宗万历皇帝派太监去征矿税。这些皇帝派出去的矿监，并不是真正地去开发矿产资源，而是借机敲诈勒索，搞得天下大乱。
二是混乱的征收体系导致征收成本过高。当时大部分税收都是征收实物，纳税人缴纳的粮食不可能全部交到中央国库。所以，一定是先交到地方上的粮仓，然后再就近分配到各个消耗部门去。但是，大明帝国却将中间这个环节给取消了，以县级或县以下里甲为单位，直接运送到各个消耗部门，如驻军、北方军镇、藩王府等，收入与开支项目相抵就明白注销，完成解运。在这种体制下，大宗赋税解运并不多见，遍及帝国多为中等规模的物资、商品输纳。一个县可能要给十数个消耗部门运送粮秣，据苏州府吴县公元1575年的记载，该县的税收收入要解运到四十个不同的接收部门，而一个消耗部门则可能要接收十数个县的实物。即使16世纪实物改折银以后，仍然侧面收受。比如，北京宛平县一个知事就曾抱怨说，他们一个县要给二十七个消耗机构送银，而总额不超过两千两。懂一点物流知识的人都知道，这样做成本太高了，大量的人力、物力、财力都在运输过程中消耗了。
第三，腐败横行的官僚集团侵吞了大量的财政收入。
明帝国政府作为国家机器，从老百姓、经济部门里拿走的财物并不少。史书上到处都是“生民之骨血已罄”，“嘉靖者，言家家皆净而无财用也”等言论。可见，明帝国并没有轻徭薄役、休养生息、藏富于民，而是“国与民俱贫，而官独富”。
仅举一个前面说过的例子，大太监刘瑾被杀抄家，所查抄出来的金银按最保守的算法也有白银六千七百五十万两（黄金按1∶7折换成白银）。从公元1506年正德皇帝登基算起到公元1510年刘瑾被抄家、处死为止，总共也就五年的时间，算下来每年净收入高达白银一千三百五十万两。就算刘瑾平时都不花钱，收入全部储蓄了下来，按吴思先生的说法，当时每两白银折合人民币三百七十七点六元，那么刘瑾的年薪高达五十一亿人民币。如此高的年薪恐怕是前无古人后无来者了。刘瑾只是一个人，他再贪，收入也不可能在整个官僚阶层中占很大的比重。可以想象当时的官僚阶层每年从老百姓身上掠夺多少财富。
如果说大宋帝国之所有积贫是因为它对官僚阶层太优待，大量的财政收入都用于支付庞大官僚体系的薪水；那么，大明帝国有过之而无不及，如狼似虎的官僚成群结队地自己下去抢，结果很多税收收入甚至根本不入财政，就直接进了官僚们的腰包。