张治中得知明日上午日军将出动上百架飞机助战后，既震惊中共方面情报之迅速，又震撼日本方面报复心之强烈，海军损失如此惨重的情况下，居然还敢出动台湾的舰队参战。
立即命令防空司令部司令黄镇球做好准备，但是现实的问题是，由于防空武器稀缺，加上江阴要塞一战，又丢失了大部分高射机枪，更糟糕的是，由于先前国共双方联合空袭一战，双方飞机损失惨重，目前无力再战，所以，面对日军的空中力量，中国方面是毫无招架之力。
张治中立即召开紧急军事会议，商讨应对策略，众高级将领各抒己见，最后达成一致意见，如今日军陆军各师团伤亡已不小，自开战以来，消灭日军总数量初步估计达到了上万，可以说已经完成了最初国防部制定消灭敌人有生力量的战略目标，确实可以撤退了。现在正好趁日军大批飞机尚未到来之际，今晚就可分批从下关码头过江。张治中随后向重庆国防部请示，半个小时后接到武汉大本营蒋介石的电令：同意撤离！
按照计划，从南京下关码头过江撤离的部队，主要是这三天一直在南京外围一线阵地防御的第36师、第87师、第88师这三个德械师以及第48师、第58师和第156师，由教导总队、第160师（由66军缩编而成）、第103师（由57军缩编而成）以及防空部队接守撤退部队的阵地。
同时，张治中考虑教导师官兵作战素质高，战斗力强悍，而且精于巷战训练，决定原来配属48师、58师和156师的军官都回归教导师步兵加强旅建制，加强旅连夜撤入南京城中部署巷战事宜。明日日军一旦大举进攻，就放日军进城，坚持到明日晚上后，再由加强旅断后，掩护其他部队过江撤离。
对于中国军队夜间的撤离行动，日军丝毫没有察觉，但是进攻的势头却丝毫不曾减弱，教导总队、第103师和第160师接防之后，仍在顽强抗击。经过****激战，教导总队、第103师和第160师逐渐后撤入南京城。日军各个师团争相立功，也不等候己方飞机抵达，随即长驱直入。
分散在南京城各大楼房的军官和PLA们没有一人开火，都从窗口冷冷地注视着楼下街道上一窝蜂狂奔的鬼子——桑坤的计划很简单，那就是尽可能地让更多的日军进入南京城，这样一来，日军的飞机到来后，敌我混杂下，也就不敢随意空投炸弹了。到时，桑坤要南京城内的每一间房、每一条街道、每一座学校、每一座工厂，甚至一堵墙、一个地下室和一堆瓦砾，都成为埋葬日本鬼子的坟墓。
在日军突入到南京城中心后，桑坤终于下令加强旅的每一个军官开始行动，一时间冷枪之声大作，不断有鬼子被击中倒在血泊之中，猝不及防的鬼子们万万没有想到，街道两侧的楼房里居然还有中国军队，立即开始组织力量反击。这一受扰，也就停止了追击教导总队、第103师和第160师。
坐镇卫戍司令部的张治中随即下令，教导总队、第103师和第160师立即赶赴挹江门，同时命令桂永清指挥教导总队在此布防，不许放过日军一兵一卒过去威胁****唯一退路的下关码头，又命令第57军军长缪流率领第103师驻守下关码头，至于昨夜激战中损失较大的第160师则由第66军军长叶肇率领，以团为单位从码头乘船渡江撤退。
下关码头的渡船多是由教导师提前准备好的充气船艇，足有上百条，其他的则是一些渔船和渡轮。当叶肇率军赶到的时候，只见江面上密密麻麻都是见所未见的小型船只，都有些震撼了，回过神来后，叶肇命令先让一个团的兵力过江，其他的则分散做好警戒，尤其要做好防空警戒。
这边160师忙着过江，南京城内的战事却越发激烈，突入城内的一个师团日军陷入了前所未有的被动之中，但后续仍旧有大批日军蜂拥往城内涌来。只是这些鬼子谁都没有想到，他们在教导师步兵加强旅的眼里，成了一个个扑向火苗的一群不知死活的飞蛾。
按照巷战最优化原则，步兵加强旅近五千人被分成四十多个连队，每个连队负责南京城内的一个区域，每个连队配备近十个军官，每个连队又分成10名PLA一组的作战班，每个作战班由一名军官带队，多余的PLA则担任后备的机动支援力量，并随连队的最高军衔的军官行动。
而在每个作战小组中，除了留下2名PLA随直属军官行动，其他的8名PLA则分为两组，每组的成员分别是小组长、机枪手、狙击手和爆破手。小组长负责指挥也参加战斗，机枪手负责近距离火力压制，狙击手负责远距离狙杀鬼子，爆破手则主要负责对小组后方的警戒，必要时担任爆破任务。
可以预见，这种四人小组杀伤力强、移动迅疾，兼具远—中—近三种距离的火力搭配，简直就是南京城内巷战的最佳黄金组合。更何况，这样的小组并非孤军奋战，旁边还有另一个小组配合行动，而且，在这两个小组负责的区域，还有处在楼房制高点观察鬼子动向的军官，保证了每个小组能迅速做出反应。
越来越多的日军涌入了南京城内，从移动间谍卫星车内看到这一幕的桑坤立即拿起对讲机下令：“各连队各自为战，各连队各自为战！……”
接到命令后，教导师步兵加强旅的各连队军官们立即向所有作战班下达了命令，要求每个小组依托有利地形对敌人予以打击。所有砖砌的物体都成了每个作战小组依托的对象，每个小组采取的办法也很明确，典型的游击战与运动战相结合，说白了就是打一枪就跑，让小鬼子完全摸不着北！
教导师大多军官都在紧张地指挥着各自区域的战斗，但也有几支处于市中心的作战班却完全将这次巷战当成了猎杀鬼子的竞赛！这其中要数猎豹特战队、狼牙特战队最为典型，两个小队谁也不服谁，各自手下掌控的几个作战小组完全将鬼子当成了屠宰的对象。双方一时难分高下，到了后来，双方约定，都不许用子弹解决鬼子，要用冷兵器，结果被捅死、勒死及扭断脖子而死的鬼子呈直线上升，满地都是鬼子的尸体，吓得鬼子都不敢再往他们这边窜。
不到半个小时的时间，整个南京城成了突入进来的鬼子们的死亡梦靥，虽然鬼子们有武士道精神支撑，但是这种看不见的敌人神出鬼没，步步摧残着他们的精神意志，开始不断有鬼子后撤，企图逃出这个恐怖之地。但很快他们发现，即使后撤，也难以逃避来自四面八方的冷枪打击。
反观教导师步兵加强旅的官兵们，时而闯入民居，时而屋顶，时而跳进水沟，时而躲在墙后，只要发现鬼子出现在视野中，就立即开枪射击，使得鬼子进退失据，伤亡惨重。
战斗进行到上午十点多钟，突入进南京城的日军几个师团终于撤出了城，但是损失却是相当惨重，最先突入南京城内的第十八师团伤亡达到了一个联队的规模，已经快达到自南京一战以来的第十八师团的总伤亡二分之一了，师团长牛岛贞雄气得暴跳如雷，叫来指挥入城的几个指挥官，赏了各人几个耳刮子才泄气。
战事不利的消息很快传到最高司令官松井石根处，松井石根大惊之余，随即很清楚地意识到，要想攻入南京城，必须组织强大的航空火力和炮兵火力，彻底将南京城内的建筑摧毁，才能为各个师团扫清入城的障碍。
半个小时后，来自陆海方面的航空飞机终于抵达南京上空，上百架轰炸机的航空炸弹将南京城内的大部分建筑都轰了个遍，地面日军陆军各个师团的炮火也在不断发威。这场看似无休无止的轰炸在倾泻了无数钢铁之后，在四十分钟后总算停歇了，尘土散尽之后，南京城到处都是断壁残垣，滚滚浓烟却仍在腾向天空。
亲临前线的松井石根大将一声令下，国崎支队和山田支队首先从南门和西门入城，由于吸取了教训，这两支日军的鬼子一路小心翼翼，以抢占街道两头的未曾被炸毁的建筑制高点为主要目的，但是，令鬼子们没有想到的是，虽然强大的炮弹和航空炸弹将南京城轰炸了个遍，但似乎没能削弱来自废墟的火力，鬼子们每前进一步，就要付出伤亡的代价！
而鬼子们还有一点不知道的是，一些下水道、臭水沟、烟囱内等隐蔽的地方，还隐藏了大批PLA，鬼子们往内城推进的时候，这些PLA们都不现身，等鬼子们推进得差不多了，PLA们则跳出来开枪射击，暴露在光天化日下的鬼子们无疑成了活靶！
由于绝望，鬼子们已经开始抓狂，最后彻底陷入了歇斯底里的疯癫状态，鬼子机枪手甚至受不了这种高度紧张的状态，扣动扳机，狂嚣着扫射一切可能藏有中国士兵的废墟堆，无数子弹在乱飞乱窜，虽然偶尔也有PLA被命中，但都构成不了致命威胁。
战斗进行到中午一点钟，国崎支队和山田支队也退了出来，看两支支队伤亡如此惨重，都快给打残了，松井石根脸色铁青，听完两支支队汇报后，随即马上调整方案，命令所有师团从东南西三个方向突击，要求步步为营稳扎稳打，尤其要防范一切中国军队士兵可以躲藏的地方，他不希望再看到有中国军队的士兵从后方冒出来！
松井石根这一调整战术，所有师团都开始稳步推进，并临时组建了步兵、炮兵和工兵组成的强击群和强击支队，企图逐个逐个地解决来自废墟中的威胁。但是，桑坤却早已洞悉一切，下令教导师步兵加强旅所有军官和PLA大踏步撤退，以期诱敌深入，将日军的兵力分散拉长，然后再寻机对付之。
事实上，随着日军各个师团稳步往前推进，再也没有遭遇任何抵抗后，各个师团的鬼子的警惕心已在慢慢松懈。当日军慢慢推进到离挹江门尚有两公里的位置后，挹江门的教导总队数十门82mm迫击炮忽然发威，炸得这里的鬼子伤亡惨重，而炮击之后，大批军官指挥着数千PLA从埋伏的废墟堆里发起****。由于此时PLA们手上的弹药已经稀缺，在打完子弹后，就纷纷拥上去跟鬼子肉搏。
鬼子的血肉之躯如何是对手，任凭他们如何摔打，如何拳打脚踢，甚至手抓手咬，都拿精钢所铸的PLA们没辙，反倒是给这群恶兽一般的怪物们生生撕裂。后续的鬼子们出于恐惧的状态，纷纷后撤，军官们趁机指挥所有PLA立即拿起鬼子的枪支弹药继续战斗。
接下来的战斗依然很惨烈，松井石根再度呼叫了空中支援，配合地面部队的炮火轰炸，原本南京城内尚未倒塌的断壁残垣终于承受不住再一次的狂轰乱炸，全部彻底坍塌。好在教导总队和教导师军官们都提前在下关码头附近的密林躲避，否则给日机群发现必然要形成巨大损失。
等日机群飞走后，再过一个小时就要天黑，张治中估计日机应该不会再来了，便下令已经将充气汽艇从密林中搬到下关码头过江，同时电令河对岸上游隐蔽防止日机轰炸的渡轮渡船等迅速赶来下关码头。由于第103师早已趁着战斗间歇过了江，现在仅剩下教导总队两个师和教导师步兵加强旅了！
张治中命令教导总队分批过江，一个团的兵力被送过江后，大批渡轮和渡船也随充气汽艇赶到。张治中临走之前，派人找到了罗荣桓，希望他能随同自己过江，罗荣桓摇了摇头，道：“桑师长尚在指挥战斗，我是绝不会独自离开的！”随即让张治中先行撤离过江。
张治中劝了好一阵，见说不动他，只好作罢，郑重地道：“这次你们教导师步兵旅负责断后，恐怕要牺牲不少人，真是难为你们了！”
罗荣慨然道：“军人天职是保家卫国，步兵旅的官兵们即使全部牺牲在这里，也是死得其所，文白兄不必多虑了。”说完，又催促张治中尽快离开！
张治中点了点头，向他行了个军礼，正色道：“活着回来，将来我们还要并肩战斗！”说完，领着司令部警卫营登上了停靠在码头的渡轮。
教导总队两个师数万人要全部渡江，集中所有的渡船渡轮和充气汽艇，起码要来回二十多趟，以四十分钟一趟计算，起码要花十几个小时，换句话说，教导师步兵旅的官兵们还要坚守一个晚上的时间。黑夜虽不利于作战行动，但这是相对于鬼子而言，因为教导师各级军官们动用了夜视仪设备，黑夜对他们来说根本就不算什么，至于PLA们则更不成问题，因为它们的眼睛本身就具备了夜视功能！
因此，一入夜，桑坤就立即下令发动****，由于布置在城内的五辆移动间谍卫星车于白天时，被鬼子的飞机和大炮炸毁，桑坤特别命令夜老虎侦察连连长何志军率领该连潜回搜寻到这五辆移动间谍卫星车，并用携带的汽油将其彻底焚烧，绝对不能让它们落到鬼子手上！就是落下残骸也不行！
自步兵旅反击一开始，日军就企图采取“以其人之道还使其人之身”的办法，占据有利地形和利用废墟来抵挡，但是黑夜给了步兵旅军官和PLA们最好的掩护，精准无比的狙击枪收割者，从天而降的特战队幽灵，不时在夜色笼罩下的南京城上演，日军伤亡逐渐增大，节节败退。
夜老虎侦察连此时则分成五个小队展开搜索，由于有GPS定位器指引，找到被炸毁的移动间谍卫星车，灌上汽油引火点燃，很快，移动间谍卫星车就陷入一片火海中，直至最终成为一片灰烬。完成了任务之后，何志军立即率领夜老虎侦察连加入****的队伍之中。
这个时候，仍在城外临时司令部的松井石根恼羞成怒了起来，他万万没有想到，一向软弱可欺的中国军队居然如此厉害，给帝国的勇士们造成了这么大的伤亡。松井石根认为，现在即使占领了南京，也没有什么意义，更何况南京还是一座空城！于是，松井石根下令所有师团继续三面包围南京城，没有他的命令，谁也不许进攻。等天明之后，各师团再进攻。
漫漫长夜很快过去，当天空出现第一道黎明的曙光时，松井石根下令各师团展开复仇的行动，但是就在松井石根提心吊胆中，一个小时候，各个师团纷纷回电报告，南京已完全落入手中，但南京城已空无一人，中国军队更是无影无踪！但是于下关码头发现了大量脚印，想必中国军队连夜撤退到河对岸去了。
松井石根顿时如梦方醒，随即后悔不迭，自己一念之差，却白白丧失了聚歼中国军队的最佳机会！