给事中周志朴执纠织监，有功于朝廷，魏忠贤竟然阻止他继续升迁，使吏部和言官都不敢违背他的意思，这是第十七项大罪。北镇巡抚刘侨不肯杀人和献媚于人，魏忠贤认为他“不善锻炼”，便将其削籍。这等于是说，大明的律令可以不遵守，但魏忠贤的律令却不能不遵守，这是第十八项大罪。
给事中魏大中遵旨上任不久，忽然接到圣旨被诘问、责备；等到魏大中回奏，魏忠贤又再次亵渎圣言。且不说他玩弄言官于股掌之中，单是煌煌圣上之言，又怎能朝夕更改，这是第十九项大罪。朝廷设立东厂，原本是用来追缉奸人的。自从魏忠贤负责东厂之后，每天都在做一些公报私仇、诬陷忠良的事。放纵傅应星、陈居恭、傅继教等人，设置陷阱，只要是有片言只语违背了魏忠贤，就会被捉拿，遭受类似于文馆狱的迫害，这是第二十项大罪。边关的警报还未解除，内外戒备森严，东厂都做了些什么？奸细韩宗功悄悄潜入京城，实际是魏忠贤的奴仆，事情败露后才离开。如果上天不保佑我朝，那么韩宗功事成之后，不知道列祖列宗此时将会安置在什么地方了，这是第二十一项大罪。
祖宗的规定，不准蓄养内兵，是很有深谋远虑的。魏忠贤和奸相沈纺创立内操，藏匿奸人，怎么就知道没有为敌国窥视我朝的大盗、刺客潜藏在其中呢？一旦发生变故，是很大的忧虑啊，这是第二十二项大罪。
魏忠贤去涿州进香时，开路清道，禁止他人通行，百姓都以为是皇上出行。他回京的时候，改驾四马，羽幢青盖，夹护环遮，俨然一副皇上御驾的样子，其间还有很多人去给他献谋献策，这是第二十三项大罪。
极力宠幸人则容易使人骄傲，给人过多的恩典也易成为怨恨。听说今年春天的时候，魏忠贤在皇上面前骑马，皇上射杀了他的马，但没有赐他死罪。
当时魏忠贤不但不伏地认罪，反而还面带傲色，颇多怨言，早晚提防，一直不能释怀。向来乱臣贼子，谋反只在一念之间，总是肆无忌惮就会发展到不可收拾的地步，为什么要养虎于肘腋之间呢？即使把魏忠贤切成一寸一寸的肉，也不足以抵偿他的罪过。这是第二十四项大罪。
凡此种种背叛行为，都一一显现在人们面前。但内廷害怕祸害而不敢说出来，外朝表示沉默而不敢上报。有时罪行败露，则又有奉圣夫人为他掩盖。甚至有些无耻之徒，攀附巴结，希望得到他的庇护，更是内外勾结，遥相呼应。淫威影响所及，使得宫廷里面，只知道有魏忠贤，不知道有陛下；都城之中，也只知道有魏忠贤，不知道有陛下。就像前些日子，魏忠贤已经去了涿州，所有的政治事务一定要星夜兼程，赶去向他汇报，等他回朝之后，诏书才开始下发。皇帝近在咫尺，竟敢视而不见。如此不敬，陛下的权威不是还要屈从于魏忠贤吗？陛下正处于鼎盛之年，生杀予夺的权利，难道不能自己决定吗？为什么还要受这个跳梁小丑的控制，让朝廷内外的大小臣民小心翼翼地受他的指使呢？卑臣恭敬地乞求陛下振奋皇帝的雷霆之威，召集文武大臣、功勋国戚，下令刑部严加审讯，232来维护国家的法令，并且将奉圣夫人逐出内宫，消除隐患，如此，则卑臣死且不朽。
杨涟的这个奏疏，如同雷霆万钧，字字句句击中魏忠贤的要害。然而，他的奏疏并未能够呈上。
魏忠贤听说杨涟的奏疏后，非常恐惧。
“魏公公一定要保持镇定，我们可以叫魏广微草拟圣旨，代表圣上痛斥杨涟！”司礼监掌印太监王体乾和客氏极力劝说魏忠贤，并给他出主意。
在这之前，杨涟刚写好奏疏时，准备在第二天早朝的时候交给明熹宗朱由校。
然而，第二天朱由校却不上朝。杨涟非常担心再过一个晚上会泄露机密，于是就在会极门呈上奏疏。
想不到，奏疏落到了魏忠贤的手里。魏忠贤这才能够布置对策，杨涟更加气愤，准备再一次上疏弹劾他。
魏忠贤刺探知道后，一连三天阻止朱由校上朝。
等到朱由校上朝的那一天，数百名太监内穿铠甲在两旁站立，下令左班官不准奏报任何事情，杨涟只得作罢。
杨涟拟奏章历数魏忠贤二十四条罪状，左光斗积极响应上疏，列出了魏忠贤的三十二条死罪。
两人正气凛然，义正辞严，在朝廷内引起了巨大震动。一批正义之士纷纷响应，一时间严惩魏忠贤的呼声响起。
杨涟和左光斗的上书的确把魏忠贤吓住了。因为他们上书中所列举的魏忠贤的罪状件件属实，假若皇上真的生气了，后果对魏忠贤来说是不堪设想。
魏忠贤惊恐万状，慌忙跑到熹宗面前哭诉：“陛下，微臣冤枉啊。杨涟、左光斗等人是故意要陷害我，他们给我罗织了许多罪状，全是无中生有。我一心为国、一心为了皇上才得罪了他们这些人，他们攻击我，实际上是想限制皇上您哪。”
接着，客氏也在旁替魏忠贤开罪说：“魏忠贤一向清正廉洁，外廷的大臣故意跟他过不去，是因为魏忠贤公正廉明，他们做不了弊，才危言耸听，给魏忠贤安了这么多罪名。”
客魏二人一唱一和，弄得熹宗真假难辨，好坏不分，反而温言抚慰魏忠贤：“朕素知你忠心耿耿，杨涟、左光斗等人一时意气用事，朕不会听信他们的话。你放心下去吧。”
然后，严厉指责杨涟说：“你这是捕风捉影，门户之见，大胆233妄言。以后，你说话要有凭据，要负责任。”
杨涟一时被噎得哑口无言。
魏忠贤顺利地渡过这一难关后，明白了别看东林党人声势浩大，其实不掌握实权，很容易对付。
“好你个杨涟，今后有你无我，有我无你，不除掉你，看来，我魏某人永无安宁之日。”杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪后，魏忠贤对杨涟又恨又怕，恨之入骨，必欲除之而后快。
为了彻底打击杨涟等东林党，魏忠贤又重新起用了被“除名永锢”的贾继春。贾继春随即上疏称移宫案中杨涟与左光斗目无先皇，罪不容诛。
魏忠贤又嘱咐魏广微为他起草圣旨，魏广微做得很合魏忠贤心意。而顾秉谦因杨涟的奏疏中有“门生宰相”这句话，很愤怒，对杨涟怀恨在心。
正直初冬祭祀宗庙，并且要颁布日历，魏广微却态度傲慢，到得非常迟。于是，给事中魏大中、御史李应升就接连弹劾他。魏广微更加气愤，便决意要排挤好人，与顾秉谦一起策划将正直人士全部逐出，为此编了一本《缙绅便览》，像叶向高、韩爌、何如龙、成基命、缪昌期、姚希孟、陈子壮、侯恪、赵南星、高攀龙、乔允升、李邦华、郑三俊、杨涟、左光斗、魏大中、黄尊素、周宗建、李应升等一百多人，都视为邪党，而将黄克缵、王永光、徐大化、贾继春、霍堆华等六十余人列为正人，由宦官王朝用引荐给朝廷，作为升贬的依据。魏忠贤得内阁作他的羽翼，势力更大。顾秉谦、魏广微也曲意奉承他，像奴仆一般。
天启四年（1624年）十月，魏忠贤捏造圣旨：“杨涟大不敬，违反了人臣礼节，现将杨涟连同吏部侍郎陈于廷、佥都御史左光斗一起削籍为平民！”
“如果不彻底除掉杨涟、左光斗，日后如果他们被重新起用，仍然将是自己的命中克星！”挤走了杨涟、左光斗，魏忠贤仍不肯善罢甘休，他觉得还不解恨，必欲置之死地而后快。于是，魏忠贤又制造了汪文言案，准备罗织罪名杀死杨涟和左光斗。
因为在三案中，与朱由校本人关系最大的是移宫案。在移宫过程中，最积极护持朱由校的外廷大臣正是东林党人杨涟和左光斗。要诬陷政敌，罗织罪名，最关键的是栽赃。杨涟的道德操守天下有名，把这样一位清官弄成贪官，不是一件容易的事情。如何栽赃颇费一番思量，但这一切难不倒已下狠心要除掉杨涟的魏忠贤。
栽赃陷害的第一步往往是从外围突破，从与杨涟等人交往密切的人身上打开缺口。尽管物以类聚、人以群分，但一个清廉的人所结交的不可能都是他那样一尘不染的朋友。
有一个人叫汪文言，内阁中书舍人，是王安的至交和谋士，和杨涟、左光斗等过从甚密。此人出身狱吏，见多识广，明白国家政治运转的种种奥秘，为人仗义，足智多谋，被地方大员派到京城，主要任务是结交权贵，打探消息。像他这样的人政治地位是很低的，和京城官员拉关系有身份上的障碍，于是汪文言捐了个监生。汪文言的办事能力远比那些科举出身、循规蹈矩的书呆子强，不多久他便名满京华，结交了赵南星、杨涟等东林党人，成为他们的参谋，最后在东林党人的帮助下，做了内阁中书。但他也有很多毛病，比如喜爱张扬、贪财等等。久任封疆大吏的熊廷弼被罢官后想打点当权者以保住脑袋，于是熊家找到了汪文言，交给他四万两银子，托他贿赂魏忠贤。汪文言把这笔巨款私吞了，爱财的魏忠贤知道后，熊廷弼自然没保住性命，汪文言也被抓住了小辫子，成为魏忠贤打击杨涟的突破口。
天启四年十二月，在朱由校再次下诏逮捕汪文言的时候，御史周昌晋奏上一本，讨论移宫事。他指出：“过去诸臣议论事情，往往不是就事论事，而是怀着偏激取胜之心，硬往事先设定的结论上拉扯。比如议论移宫，只就移宫本身谈论也就罢了，却偏偏要加重其事，扯到垂帘听政上去。这样一来，也就拉着夸称自己定策之业映照千古，虽嘴上还标榜自己不居功，实际上已经有居功之事实。而且，他们文至锻炼，凡持异议者，辄加摈弃。现在已将贾继春、徐景濂、王志道等人召回朝端，人心大快，但还有受冤未获昭雪者。一官之升沉是小事，而国家之是非是关系千古的大事，信史一段，断难曲以附会。家庭父子之伦，即已被人利用以博取功名，清史充钺之严，又被人利用以修嫌怨。此时不剖，更待何时？乞皇上明白宣示，以定千秋不易之案。”
周昌晋疏措辞非常圆滑。他装出一副公允面孔，对是否应当移宫一节避而不做正面评论，专门攻击杨涟等人危言耸听，夸大其词，借移宫以邀功，闻异论则打击。很明显，周昌晋是想试探朱由校对移宫的态度。只要他改变过去对“移宫”的看法，承认杨涟、左光斗诸人言行偏激，则不难翻云覆雨，把整个案子全盘翻转，进而为“梃击”、“红丸”翻案。其时杨、左刚被驱逐，朱由校正对他们深恶痛绝，引导他否定当初他们的做法实在是一个最合适的时机。朱由校见疏后，果然下诏说：“向来浊乱朝政的，朕已将渠魁屏斥，其余姑与维新。登进人才，方今急务，当次第举行。移宫、进药，事迹自明，著宣付史馆从实记载。”
周昌晋的预谋成功了。朱由校虽未对移宫、红丸两案明确表明态度，没有露出彻底翻案的话头，但既已认为杨涟等“向来浊乱朝政”，阉党自然可以顺竿往上爬，从头清算他们，包括“移宫”在内的“乱政”行为。
天启五年二月初四日，魏忠贤指示其党羽大理丞徐大化弹劾杨涟、左光斗党同伐异，利用职权接受贿赂，下命逮捕汪文言进行审讯。在谈到“移宫”案时，措辞已不像周昌晋那样含糊，而是直接攻击杨涟与王安勾结，逼迫李选侍移宫，惊动先帝在天之灵。杨涟等人不以为罪，反而四处宣扬，居为奇功。
魏忠贤还派对自己言听计从的许显纯掌管镇抚司监狱，让他把汪文言抓进了镇抚司监狱。
许显纯亲自拷问汪文言，逼迫他招供杨涟接受熊廷弼的贿赂，并给他提供了一个攀咬的名单，除杨涟外，左光斗、魏大中也都在其中，只要汪文言承认就行了。
谁想汪文言在许显纯的严刑拷打下，坚决不承认杨涟贪赃。
汪文言仰天大叫：“世界上难道有贪赃受贿的杨大洪吗！”到死都不承认，大洪是杨涟的别字。
随后，许显纯自己写供词，诬告杨涟贪污赃款二万两银子，伪造了一份汪文言的供词，让人捉着汪文言的手指强行画押。如此，清廉的杨涟、左光斗、魏大中等人一夜之间就成了大贪官。这样，在魏忠贤的授意下，魏广微、顾秉谦等将杨涟、左光斗等六人都被定罪为“党同伐异、招权纳贿”，杨涟被侦查出来的赃银有两万两，左光斗也有两万两。
于是魏忠贤便名正言顺地命令爪牙把杨涟和左光斗等六人抓到了监狱里。杨涟等六人被捕后，每五天便严逼交差，逾期则杖打。
尚书崔景荣怕他们立死杖下，赶紧请魏广微劝谏停止。
魏广微心中不安，上疏说：“杨涟等人在今天诚为有罪人，但以前实是各部寺的辅臣。即使他们果真有赃私，也应当把他们移交给法司，依法定罪，怎能每日严刑逼供，令镇抚司官员追赃呢？人身非木石，重刑之下，死只是转眼之间的工夫。以司法之职，而派他们去追赃，行政长官安在？这不仅伤了好生之仁，而且还违背了祖宗之制，将会导致朝政日乱，与古代帝王的做法大不相同。”魏广微的奏疏上呈后，魏忠贤非常生气，魏广微害怕了，急忙又替自己辩白。
天启五年（1625年）六月，杨涟被逮押送北京。几万人站在道路两旁追随哭喊，为杨涟鸣不平。凡是经过的村镇，全都烧香祭祀，夹道哭送，祈求上天保佑杨涟活着回来。
六月二十八日，杨涟被下镇抚司诏狱审讯。许显纯将锦衣卫的诸多酷刑一一用于杨涟，杨涟被折磨得遍体鳞伤，全身上下没有完好的皮肤，气息奄奄。
后来提审时杨涟被折磨得无法坐、立，许显纯便让打手给杨涟带上桎梏，拖他到堂上躺在地下受审。杨涟仍不屈服，在狱中写下《绝笔》，继续陈述“移宫”案的真相，痛斥魏忠贤紊乱朝纲。
魏忠贤得知后气得七窍生烟，令许显纯立即杀掉杨涟。
七月的一天夜里，许显纯令缇骑在狱中处死了杨涟，时年五十四岁。
临刑前，杨涟曾作绝命书，交给同监的人藏了。另外他咬破手指，写下血书一封，称“欲以性命归之朝廷，不图妻子一环泣耳！”
写完便仰天大笑。杨涟被杀死时，土壤压身，铁钉贯耳，惨不忍睹。杨涟死后，向杨涟家征收赃款的命令非常紧急，可是杨涟一向贫穷，财产充入官府还不足千金。母亲、妻子最后只能住在城楼上，二个儿子竟流落到以乞讨为生。于是，同乡的人争着出钱物帮助他，就连卖菜的雇农也缴纳物品资助他。他的节操、忠义一时感动了许多人。
杨涟弹劾魏忠贤时，左光斗参与了谋划，又跟高攀龙共同揭发阉党五虎之首崔呈秀私藏赃物，魏忠贤和他的党徒都发怒了。等到魏忠贤赶走了赵南星、高攀龙、魏大中，接下来就该收拾杨涟和左光斗了。
左光斗很气愤，草拟奏疏弹劾魏忠贤和魏广微三十二条死罪，准备在十二月二日上交，并事先派妻子儿女回到南方。
魏忠贤刺探知道后，抢先两天利用推事将杨涟、左光斗一起削籍为平民。
魏忠贤觉得还不解恨，又制造汪文言案，同时列入了左光斗的名字。
左光斗在桐城被捕时，家乡父老头顶明镜，手端清水，抱着他的马头号啕大哭，声震四野，即使是奉命去逮捕他的皇帝使臣也不禁落下了泪水。
左光斗被捕以后，他的学生史可法急得不知怎么办才好。他每天从早到晚在牢门外转来转去，希望有机会探望老师。阉党把左光斗看管得很严密，不让人探望。
左光斗入牢之后，还不知道自己究竟犯了什么罪。在过堂的时候，才知道是被诬陷受贿。