顾家发生了杀人、肢解事件，隔壁的邻居会一点儿都听不到？顾家煮尸体，必然会发出血腥味和臭味，隔壁的邻居会一点儿都闻不到？为什么邻居们都没有反应呢？
综合这两个疑点，高廷瑶认为这几个犯人招供的杀人灭迹案，在情理上是说不通的。
李奕畴听了高廷瑶的分析，很是赞同。他受高廷瑶分析的启发说，即使杨三等人把范寿子的尸体煮了、烧了，可是肝、肺、肚和肠子是煮不烂、烧不掉的。这些内脏，去哪里了呢？李奕畴认为，这个问题可以作为审讯的突破口，用来逼问杨三等人。
第二天，霍邱失踪案继续重审。王知县前一天听了高廷瑶的分析后，羞愧难当，称病不出，案子就由高廷瑶一个人重审。
高廷瑶首先叫来范寿子的父亲，问他：“杨三、顾氏和她的女儿、儿子，以及顾家雇工，一共五个人，为你儿子偿命，他们冤不冤？”
范寿子的父亲回答：“不冤。”
高廷瑶又问：“你能否具结保证，如果你的儿子出现，你甘愿承担冤杀杨三、顾氏和她的女儿、儿子，以及他们家的雇工五个人的责任？”
范老爷子听了这话，赶紧摇头说：“大人哪，草民报案，报的只是我儿子范寿子失踪。之后，是你们官府查出来杨三和顾家勾结，杀死了我儿子，再把我可怜的儿子毁尸灭迹，案情是各位大人查明白后告诉草民的。我一个平民百姓，怎么能承担冤枉他人的责任呢？”听到此话，高廷瑶笑了。
高廷瑶又传讯了杨三、顾家母亲和她的女儿、顾三麻子及其雇工五个人。一上来，高廷瑶就高声喝问：“你们说把范寿子的尸体煮了、烧了，那肝、肺、肚和肠子哪里去了？”杨三五个人，之前没有想过这个问题，顿时张口结舌，谁也说不上来。
顾家女儿和她的弟弟顾三麻子，这时候明白了过来，大声喊冤。“我们根本就没有杀人，我们冤枉啊！杀人灭迹的事情，都是我们编出来的。根本就没有这回事。”
高廷瑶就说：“姑且照你所说，那么，范寿子现在何处？”
这一问，把五个人犯都给问住了。大家你看我，我看你，谁都不知道范寿子的下落。高廷瑶说：“范寿子如果还活着，你们就可以洗冤；或者找到范寿子的尸体，此案也可以追查下去。现在，既没有他的尸体，你们又供不出别的情节，凭什么证明自己是冤枉的？”
五个人沉默了起来，突然，顾三麻子抬头，高声说：“家乡的地保和我们一起来省里的路上说，此案我们几个人实在是冤枉的。但押解的官差却嘱咐地保对我们说，按察使衙门审案，我们必须一律重复之前的供招；谁翻供，就给谁上夹棍。地保吓得不说话了。我们几个人更是怕，害怕得不敢说话。”
高廷瑶马上命人提地保来问话。地保说：“范寿子之父四月初到县里告状。县衙门派差役李遥与小人调查过情况。”
高廷瑶问：“调查情况如何？”地保脸色惊恐，哆哆嗦嗦，犹犹豫豫，欲言又止。
高廷瑶生气了。“来人哪，掌嘴！”一个虎背熊腰的差役跳出来，对着地保左右开弓，扇起了大嘴巴。
地保大叫：“小人愿说，小人愿说！当日，官府命令差役李遥同小人一道查访实情。我二人到了范寿子姑父陈大风家，陈大风外出，范寿子的姑姑说范寿子正月十五还到家里拜年，当天住了一宿，十六日吃了早饭才走的。”这就奇怪了，案卷说范寿子正月十四遇害，为什么正月十五、十六还去姑姑家拜年呢？
于是高廷瑶又令人提审霍邱县差役李遥。
李遥说自己是霍邱县委派实地调查的差役。他得知范寿子本家有两户亲戚，就先找到了范寿子的姑姑家。范寿子的姑姑当时就说，如果说我侄子正月十四日就被害了，为什么十五日还在我家吃元宵？李遥又找到范寿子的表伯母家。表伯母说，范寿子正月十八日到自己家歇了一天，怎么可能十四日被害？
高廷瑶听了，当场就怒了，冲着地保和李遥大骂：“这么重要的信息，为什么不如实禀报！”
有关这个关键情节差役李遥没有及时禀报的原因，记录本案的两本笔记的说法有所出入。梁恭辰的笔记《北东园笔录》记载，李遥回答说：“当时，小人就怀疑范寿子很可能还没死，想回到县里禀明此事。等我回到衙门，发现这案子典史大人已经审讯明白，报告知县老爷了。我就偷偷把查访到的情况告诉了衙门的看门大爷。看门大爷反而骂我，说小人不应胡乱禀报，大老爷都已经审问清楚了，还禀报什么。因此，小人不敢多言。”
据高廷瑶自己所著的《宦游纪略》记载，李遥是这么说的：“这个案子，是由典史大人主审，等我回到县衙门，大家都说典史大人已经审讯完结了。因此小人不敢多言，知县和典史大人，也从来没有问过我。”
这两个说法基本相同：霍邱知县和典史迅速“审讯”清楚了范寿子失踪案，大家沉浸在一片喜悦的气氛中。差役李遥本来就人微言轻，现在更加不敢破坏几位大人的兴致了。那位县衙门的看门大爷，深谙官场之道，很能揣摩老爷的情绪喜好，他及时“扼杀”了李遥想如实禀报的念头。
高廷瑶又提审了“主犯”杨三。杨三翻供说：“小人没有杀范寿子。一开始，顾家妹妹和我都不承认通奸杀人。典史大人就严刑拷打我们，我们受不了了，就承认了杀人。接着，典史大人又逼我们交出尸体。我们根本就没有尸体，就胡乱指了三四个地方，典史找不到尸体，又严刑拷打我们。我实在受不了了，就说把尸体给煮烂了，然后又交出了一件之前浸过猪血的血衣，取了厨房的刀认作凶器。至于那几根残骨，是我带着官差们在野外乱逛乱挖所得，不知道是什么骨头。小人真的没有杀人！”高廷瑶提审了顾家女儿，她也翻供说是迫于刑讯逼供才承认通奸杀人的。
梁恭辰在《北东园笔录》中详细描写了嫌疑人为什么承认杀人：“小人因此案历过府县堂已十余次，诸刑备受，此供悉是县差所教，并云倘上司因翻供驳审一回，则汝等悉照前此多受苦一回。小人心胆已碎，惟望早日结案，又何敢再求申冤乎？”大家听听，人犯遭受了所有的严刑重罚，胆子都碎了，彻底死心了，只求早日解脱苦难，所以就认下了杀人罪名；官差又恐吓他们说，如果翻供，就让他们重受一遍刑罚，几个嫌疑人哪里还敢翻供？
案子审到这一步，高廷瑶大致认定霍邱杀人灭迹案是一起冤案、假案。
可是，如果说它是假案，那么失踪的范寿子到底在哪里呢？如果找不到范寿子，就不能彻底洗刷顾家五个人的杀人嫌疑。既然不能彻底洗刷嫌疑，高廷瑶决定先证明他们几个人没有杀人灭迹。而要证明这一点，只需要证明霍邱县报上来的案情和证据有问题就可以了。套用现代司法术语就是“排除可疑证据”，推翻原审案情。
霍邱县报上来的证据中，有一条范寿子正月十四失踪的证词，做证的是范寿子的姑父陈大风。高廷瑶决定先排除这条伪证。
这时候，霍邱县的知县已经换成陈某，原审的王知县已经被撤职了，这给高廷瑶的工作带来了方便。他对陈知县说：“范寿子的案子如果不了结，就会成为你的累赘，你不能不加以防范。”之前我们说过，清朝官府很重视恶性案件，建立了一系列严格的责任归属、考核和追究机制。官员要对在任期间辖区内的案件负责，没有及时完成审理的，要在卸任的时候交代清楚。对于重大案件，如果没有及时完成审讯，甚至会影响官员的调转、退休等手续。所以，高廷瑶好心提醒新来的霍邱知县陈知县要注意范寿子案。
陈知县只知道自己辖区内有这么一桩案子，但是详细内幕并不清楚。
他对这个案子没有历史包袱，之前和它也没有利害关系，现在就想早日了结这桩案子，以免日后成为自己的麻烦。因此，高廷瑶的话说到他心里去了。
陈知县请求高廷瑶指点一二。
高廷瑶告诉陈知县：“陈大风的证词有问题。你到任后，先把陈大风交给按察司的差役带走，等陈大风离家之后，再传讯陈大风的妻子，从她口中取得真实口供，然后派专人送来。”高廷瑶又叮嘱道，“此事要秘密进行。”
陈知县答应照办。过了几天，陈知县就送来了陈大风之妻，也就是范寿子姑姑的供词。供词说范寿子十五日晚在她家过夜，十六日吃完早饭后离开。
之后，高廷瑶开始讯问陈大风：“范寿子究竟是什么时候到你家，什么时候离开的？”陈大风一口咬定说范寿子是正月十三离开的。高廷瑶拿出陈大风妻子的供词，读给陈大风听，然后说，“你们夫妻各执一词，到底谁在欺瞒官府呢？”陈大风一言不发。高廷瑶猛地一拍惊堂木，追问道，“陈大风，你为什么说谎？”陈大风吓得连忙交代：“范寿子十五日晚的确在我家过夜。但官爷关照我，一定要说范寿子是正月十三走的，否则范寿子被杀案就没法了结了。我怕官爷们刁难，就应承了下来。”至此，范寿子案因为关键证据被排除，杨三、顾家女儿等五人都取保候审，等待官府进一步调查。
那么，范寿子到底在哪里呢？活要见人，死要见尸，此案才能真正了结。
安徽官府贴出告示，悬赏寻找范寿子的下落。
过了小半年，嘉庆十三年（1808年）的十二月，突然有人在霍邱县衙门击鼓鸣冤，他自称是范寿子。根据此人的供述，他平时好赌，因为欠下了赌债，所以正月期间逃到邻近的河南躲债。几天前，他偶遇了家乡人，听说自己竟然引发了一起“命案”，官府正在悬赏寻找自己，于是赶紧赶回来投案。经过当事人和证人的辨认，此人正是范寿子。既然“被害人”平安归来，那么所谓的杀人灭迹案也就烟消云散了，所谓的失踪案更是不了了之了。
霍邱失踪案并不是一个大案子，却是一起很典型的案子。我们从中可以看出清朝的冤案是如何产生的。此案呈现了导致冤案的许多共性因素，比如：有罪推定、刑讯逼供、过分依赖口供，等等。官府一旦逮捕嫌疑人，就假定他是有罪的，之后的所有工作都是围绕着如何证明他有罪展开的。
由于技术、思想观念的原因，官民都认为口供是最有力的证据。因此，清朝所谓的审讯，可以简化为使用一切手段套取嫌疑人的认罪口供。而官府最喜欢用也最管用的手段就是严刑逼供。重刑之下，什么样的口供没有呢？这些因素综合作用，使得冤案的发生具有必然性。
这一整套冤案制造程序，充满人治色彩。负责案件审理官员的个人因素在其中发挥了至关重要的作用。官员的道德品行、情绪喜好、个人偏见甚至是某个时间的想法，都推动着案件的发展。如果遇到好大喜功、残暴粗鲁或者昏庸无能的审案官员，冤案产生的可能性就更大了。同样，如果遇到的是一位认真负责、稳重细致、品格高尚的审案官员，案件公平公正审理的可能性就很大，冤案平反的可能性也很大。
霍邱失踪案最终能真相大白，无辜者得以保全性命，复审的凤阳通判高廷瑶发挥了关键作用。高廷瑶在《宦游纪略》中写道，他刚接触到此案的案卷时，就“因株连五命，哀矜之心不觉见于颜色”。这里的“哀矜之心”是中国古代司法提倡的一大精神。中国古代司法制度的创立者和执行过程中的最高层，其实是很清楚整套制度中的人治色彩的。他们清楚，负责案件审理官员的道德品行的高低，几乎决定了案件能否公平公正地审理。所以，古代司法提倡官员要有“哀矜之心”，要“慎刑”。
哀矜之心，简单地说，就是同情心，要可怜涉案的人犯。官员要事先想到，这些人犯可能是无辜的，他们很害怕，很悲伤，可能还要遭受侮辱、拷打等刑罚；即便这些人犯是真凶，官员们也要同情他们，可怜他们背弃了圣贤教诲，走上了违法犯罪的道路，可怜他们再也过不上正常的生活，甚至可能身首异处了。哀矜之心，可以很大程度上冲抵有罪推定、刑讯逼供等因素的消极作用。
慎刑，是司法提倡的另外一个关键词。官员只要动动嘴皮子，就可以给人犯上刑打板子。他们的目的可能仅仅是为了获得某个环节的证词，或者只是想简单地杀杀人犯的威风。但是，人犯可能因此卧床养病几个月甚至半年，而且非常可能落下终身疾病。官员一时的口头痛快，换来的却是人犯终身的痛苦。更为严重的是，严刑拷打出来的口供是最不可信的。所以，司法提倡适度的刑罚，反对严刑重罚。
高廷瑶就认为“刑不可滥施，事不宜旁贷”，司法审判是一件非常严肃、慎重的事情。对于像“霍邱失踪案”这样“无尸可验之案”，更应该慎上加慎。高廷瑶的高度自觉和相对较高的道德水准，冲抵了清朝司法程序中人治的负面因素，最终，案件有了公正的结果。这也从一个侧面反映了中国过去的司法高度道德化。
老百姓对于像高廷瑶这样的好官，从来不吝褒奖。高廷瑶后来升任平乐知府，调广东省，历任肇庆知府、广州知府。最早压下案子决定重审的按察使李奕畴，当时已年过五十了，膝下还没有儿子。霍邱冤案洗刷后的第二年，他就有了一个儿子，而且一连有了六个儿子。民间争相传颂，把这案子连带李奕畴的家事编成戏曲演出。之后，李奕畴历任安徽布政使、浙江巡抚、漕运总督，活了九十一岁。晚年，他的长子考中进士，和他恰好隔了六十年，正好一个甲子。老百姓流传说，李奕畴多福多寿，是因为他平反冤假错案、积德造福的结果。