英国此时并未严守中立，且仍不断地将煤、米、军火等物质接济法军，甚至中国向之抗议时，英使巴夏礼(Harry Parkes)犹以“中国未将宣战明文照会各国”为词，加以狡辩。9月6日英舰在闽江口又受到华军炮击，伤亡多人，引起意外的纠葛，英使乃向中国抗议，终以闽省愿意赔赠3500镑及500银元而结案。r
游骑兵舰队到了那霸之后，一反常态不再南下，而是驻守休整，帮助硫球政府进行各岛屿的收复和对日本人的驱逐，同时与李鸿章、刘铭传密商防御策略，首先国内沿岸加强防御，不让法国舰队有机会战据大陆港口，把台湾变成主战场，而台湾以焦土困守为策略，牵制和消耗法国远东舰队，使其无法得到就地补给；然后骏鹏率领游骑兵舰队阻击从日本一线的海上补给和增援，逼迫法国拉长补给线只能从越南进行；在台湾牵制，北阻日本之后，大清从陆上逐渐集结兵力，图谋陆上****，在陆地上对法军进行杀伤从而取得胜利。r
9月13日，法舰队攻击马祖，马祖守军毁掉来不及运走的一切补给之后全部军民撤离，此时刘铭传正式向朝廷电告，根据情报得知法军已调兵4千攻打台湾；26日，巴雅和凯旋抵达马租，28日接准驻德公使李凤苞电告，法国政府已经正式命令孤拔全力进攻基隆。r
9月29日下午4时，法舰“胆”号、“德拉克”号、“鲁汀”号和“巴雅”号接到孤拔的命令，从马祖向基隆出发；次日，“拉加利桑呢亚”、“德斯丹”和“凯旋”号向淡水出动。30日上午，孤拔率领的分舰队在基隆洋面与“梭尼”、“雷诺堡”和“杜居士路因”号会合，完成了进攻基隆的部署。r
基隆初战以后，刘铭传估计敌人还将再次进犯，所以决定亲自率领主力防守基隆。当时基隆清军共有9个营，他以曹志忠部6个营（湘军）防守港湾东岸，以章高元部2个营（淮军）和陈永隆（本地军）防守西岸。另以孙开华部（湘军）两个多营守卫淡水。枕戈待旦，随时准备迎击来犯之敌。他自己的司令部则设在离海滩不远的一处小山坡上。r
10月1日早上6时，法舰“巴雅”号首先向基隆狮球岭开炮，接着法军登陆部队在舰炮的掩护下，从“尼夫”号换乘小艇向仙洞山海岸发起登陆冲击。章高元、陈永隆部队组织火力反击，双方激战4小时，互有伤亡。法军改从侧面山头迂回，章高元等部退守山口，继续抵抗。由于守军将士已经在湿热的酷暑中坚守了两个多月，战斗力很受影响；但他们在侵略军的疯狂进攻面前，依然斗志昂扬，一直顽强搏战到黄昏。战事处于胶着状态。r
同一天，利士比也率领拉加利桑呢亚号等三艘军舰进攻淡水。虽然淡水港口事先也用沉船和巨石填塞了一些障碍；但由于“台脆兵单”，守军力量实在薄弱。淡水与基隆分别位于府城台北的东北和西北角，呈犄角状态。淡水港有淡水河直通府城，距离台北府城仅30公里，如果淡水一失，法军可以长驱直入，轻取台北，基隆将不战自溃。接到淡水前敌营务处官员李彤恩的告急报告，刘铭传此时手里已经没有预备梯队可以派遣，他立刻果断地决定：从基隆海滩前沿撤出守军主力，集中力量增援淡水。于是他命令曹志忠、章高元从基隆拔营，连夜驰援淡水；仅留300人防守狮球岭，实际上是主动放弃基隆，但是在放弃以前，已经将鸡笼煤矿的机械全部拆毁、矿坑灌满了水，一万多吨存煤也被毁去。因此，到第二天清早法军占领基隆以后，惊讶地发现，他们得到的只是一座毫无价值的空城。孤拔心中暗暗叫苦，对刘铭传雷厉风行的果断作风十分佩服；但在表面上，为了掩饰或夸大他的所谓战功，他们在报纸媒体上，对所谓基隆的夺取大肆报道。这在一定程度上使得清政府对刘铭传产生了怀疑，尤其是后来又接到刘敖的小报告后，更是放心不下。r
当时，浴血奋战在基隆前线的湘淮军将士，接到撤退的命令以后，也大都思想不通，孙开华、章高元都表示要与敌人血战到底。章高元是追随刘铭传多年的淮军战将，他甚至跪下来哭谏，请大帅收回成命。因为按照大清律例，地方官守土有责，失地者斩。第一次鸦片战争时，英军沿海挑衅，所到之处，清地方官由于恪守这一条戒律，株守孤城、束手待毙，不是战死就是自杀，为敌军各个击破。刘铭传正确地分析了当时敌强我弱、敌人远道而来，我军可以以逸待劳的形势，果断地提出撤基保沪的战略决策。应该说这是在当时的危急形势下，所能选择的最好决策。敌人占领了空无一物的基隆，就等于吃了一块食之无味、弃之可惜的鸡肋；孤拔本人也就像一只骄傲的大公鸡，钻进了刘铭传为之设计好的鸡笼（基隆旧称）。r
所以，他当时在狮球岭的山坡指挥部冷静的观察了双方作战的态势后，果断地对劝谏的部下将领说：将在外，君命有所不受。并且拔出佩刀砍下桌子的一角说：再有劝阻撤兵的违令者，斩！因为他心里很清楚，我军阵地靠沿海过近，在海面敌舰的炮火射程内，容易遭到极大杀伤；退一步海阔天空，只要守住狮球岭一线要隘，法兵上了岸，缺乏舰炮支援，火力优势就发挥不出来，再加上山地形势复杂，我军易守、敌军难攻。这样就能把敌军牢牢的拖在基隆而无法北上，减轻其对渤海湾心脏腹地的进攻压力，使战局朝着有利于中国的方向发展，这实际上已经含有了反侵略必须进行持久战思想的萌芽。r
他对部将严厉斥责，对百姓却耐心劝解。据史料记载：“刘爵帅退至板加地方，该地人民怒而围之，捉爵帅发，由轿中拽出肆殴，并且诟之为汉奸、为懦夫。”（淡水海关税务司、英国人法莱格向总税务司赫德递交的情报）刘铭传在收到老百姓的辱骂以后，并没有还以颜色，也没有叫士兵开枪镇压，而是觉得民心可恃、民气可用，向群众做了耐心地劝解。并且当场吸收了一批群众参军。r
事实也证明了刘铭传的战略是正确的。法军虽然占领了基隆海滩附近一片，但由于兵力有限、地理不熟，无力再深入一步。中国军队很快在狮球岭一线的基隆周边山头上筑起了工事。骄兵轻进的法国人很快发现自己上了当。利士比在给孤拔密信里就哀叹：“如果我们以现有的军力想再进一步占领市街和矿山，乃是一种愚蠢的举动。”孤拔自己也承认：中国人正在以惊人的速度构筑防御工事，从而使得我们占领基隆的战争，是一个“时地不宜的战争”。对孤拔来说，这确是一个烫手的山芋、一块难啃的鸡肋。r
保卫淡水r
再来看淡水一线，清守军早已在淡水河口沉下一队满载巨石的民船，并布设了电发火鱼雷，靠海滩的河两边，分别设有一红一白两座炮台（法国人分别称之为“红堡”和“白堡”），直接封锁住了沿岸的登陆地点。在得到基隆赶来的清军主力增援以后，士气大振。10月2日上午6点35分，红堡炮台利用太阳初升、法舰在眩目的光线下无法瞄准海岸目标，而我方炮台又被晨雾笼罩的有利时机，首先向敌舰发起炮击。r
双方激战3小时，打破了法国舰队原定在早上10点发起进攻的计划（这就是刘铭传在内战中学习兵法的所谓“制敌先机”的因地制宜地运用，而且法国舰队的计划是由英方驻淡水领事馆透露的，也是李彤恩做工作的结果）。利士比阵脚大乱，只好又将进攻计划改到10月6日，并且向驻在基隆的孤拔求援。孤拔派出“杜居士路因”、“雷诺堡”、和“胆”号运载临时组建的加强营约5—6百人前去增援，由“拉加利桑呢亚”号副舰长马丁中校指挥加强营。这样淡水法军的战斗序列就包括“拉加利桑呢亚”、“杜居士路因”、“凯旋”、“胆”、“德斯丹”和“雷诺堡”号共七艘法舰，2000余名官兵。他们的进攻目标是首先是白堡，以控制设在那里的水雷引爆装置；然后再用“凯旋”号的500公斤黑色炸药，炸开封锁航道的沉船障碍，打通通往府城台北的通道。r
但天不作美，从5日晚间起，狂风大作，海浪翻腾，气候异常恶劣，迫使法军不得不把进攻日期延至8日，马丁中校又因病不能参战，加强营的登陆作战改由“雷诺堡”号舰长波林奴中校指挥。8日上午9点02分，登陆攻击开始，载有陆战队的小艇离开军舰向海岸划去，3分钟以后，7艘军舰开始向岸上的中国防御工事猛烈炮击。法军登陆部队共计600人，分为5个连队。登陆后，他们绕过红堡直扑白堡。这时候，埋伏在油车口的李定民、范惠意部，埋伏在大炮台山的章高元部，分别从两侧夹击，合围法军。民军张李成则率领汉族和高山族民众组成的部队从后面包抄拦截（其中有些少数民族战士，带着面具或身上涂满油彩，在烟雾之中，显得狰狞恐怖，台湾史书记载，张李成可以说是一战成名）。双方短兵相接，展开了激烈的撕杀搏斗。两军相遇勇者胜，勇者相遇智者胜。这两条，刘铭传和他率领的部队都占上了。由于熟悉地形，加上众志成城、勇猛顽强，法军很快就抵挡不住了。r
11点45分，一个法国海军陆战队员走到港口灯台的石山上，用手势向舰队发出信号：“我们被逼后退，没有军火，损失惨重。”紧接着，法军就全线溃退，争先恐后地爬上海边的小艇，向海面停泊的军舰逃去。这就是中国史书上记载的“淡水大捷”，当时在上海出版的《点石斋画报》还有生动的图画描绘）。刘铭传向朝廷的奏报：斩首25颗，其中兵酋（军官）两名，枪毙约300名。淡水保卫战是以中方的胜利而告结束。r
在近代反侵略战争中，抗登陆作战是一种重要的作战方式，两次鸦片战争，由于守军呆板不力，几乎从未能够有成功的抵抗。这一次，法军沿袭故伎，在舰炮的支援下，强行登陆，清军则在刘铭传的指挥下，先是利用有利的时机主动反击，而后凭藉和依托炮台、山林等障碍物，趁敌人立足未稳，夹击包抄、分割合围，最后迫使敌人逃回海上。应该说是一次以逸待劳、以弱胜强的典型战例。之所以能取胜，与刘铭传撤基保沪的战略决策分不开，因为处于弱势和守势的中国军队，只有采取拖延的站术，才能磨掉敌人的锐气，这应该说是已经把握住了持久战的精髓。r
淡水大捷以后，孤拔恼羞成怒，于10月20下令，自23日起全面封锁台湾；这时候，刘敖对于撤基保沪是否正确，淡水大捷有虚报战功等问题，向朝廷打小报告，刘铭传的处境变的很是恶劣。因为在这个时代持久战不符合大家的思维，搬着孙子兵法念几段就以为自己精通韬略的一帮文人真刀真枪干仗不咋地，舞文弄墨栽赃陷害还是有一定水平的。r
在这个阶段，中国和英国签订了一个协议，英国帮助中国打捞沉船，总计合同价值50万两银子的劳务费，所要打捞的就是马江军港沉没的水师舰只，以及在东海和南海被击沉的三艘法国巡洋舰。从合同的本身来说一定是让英国占了个巨大的便宜，但是一切商业也都是基于政治，这个船舶打捞公司的所有权属于英国政府，这次的合同等同于是一次商业行贿，算是用另一种方式对闽江口炮击英舰事件进行修复的外交手段，同时中国的确也需要这些船舶。这些也算是一个插曲，策划这个商业活动的当然是骏鹏，李鸿章这个老狐狸稍微一考虑边知道了其中的玄妙。秘密协议达成之后，英国政府也的确是拿人钱财与人消灾，除了安排时间进行打捞作业之外，于10月26日以承认中法正式交战，而宣布禁止法舰在香港装煤修理。接着，又于次年1月29日密允英舰“威利号”为中国运兵援台。至3月8日，法国海军封锁广东北海，禁止米粮北上时，英国则又以“太平洋封锁”(Pacific Blackade)违反中立法，并以米粮不能视为战时之违禁品，向法国提出抗议。而法国政府也对英提出反驳，认为法有封锁之权利。直到4月6日中、法在巴黎达成停战协议，英、法之间在华的磨擦方才落幕。这些是后话不提。r
10月到次年元月期间，海上游骑兵在硫球一带游弋，总计击伤击沉抓扣法籍船只20多艘，算最大规模的一次海战是在11月底，当时有2艘法国炮舰护航4艘商船欲南下为孤拔舰队运送补给，在日本九州南不远处被游骑兵舰队发现，仅30分钟法国一艘炮舰沉没另一艘逃窜，4艘商船以及运送的物资全部被查扣，按照骏鹏以前所下的命令，炮舰上逃生的水兵和商船上担任护送押送的士兵全部被斩首。到1885年的1月底左右，再没有商船愿意承担从日本到台湾一线的运输任务，日本到台湾一线的交通线完全瘫痪。r
此时法国久攻淡水不下，转而撤出基隆，分两路向澎湖和镇海进犯。游骑兵舰队此时已经悄然南下，3月15日进攻马祖，击沉港内炮舰1艘，重创并俘获1艘，歼灭马祖岛上法军400人，马祖光复，而法军舰队被切断成两段，利士比率领的第二分舰队4艘战舰尚未攻取澎湖，孤拔率领的第一分舰队5艘战舰2月在浙江石浦与南洋舰队海战，击沉中国军舰两艘，但在宝山炮台遭遇拼死抵抗，未能实现登陆，只得返回澎湖寻求与第二分舰队会合，在东海洋面上，终于被游骑兵舰队堵截，这是骏鹏谋划已久的海上决战时刻，骏鹏的计划中能够一战重创第一分舰队甚至同归于尽，同时澎湖方向能够坚守10天，整个中法战争的结局将会彻底改变。r
“拉加利桑呢亚”、“伏尔达”、“凯旋”、“巴雅”、“德斯丹”号共五艘参与过马江屠戮的法舰3月20日与游骑兵舰队在东海相遇，游骑兵舰队此次是四艘轻巡和两艘炮舰的全部主力战舰作战，下午15：00左右，法国舰队在右后方西侧洋面约10海里处发现游骑兵的踪迹，正全速向其尾舰逼近，长时间未能得到有效补给的舰队又是刚刚经过石浦、宝山两战，弹药装载量只是满载的60%左右，士兵伤病率也已经达到可怕的30%，战斗力大打折扣。看到自己士兵听到游骑兵舰队的名字掩饰不住的慌张，孤拔不禁大怒，他命令舰队转向，朝游骑兵舰队对进，这个舰队已经是自己这几个月的梦魇。
