不排除后世或朱元璋本人有意为大明开国皇帝，从相貌上寻找天意的可能。民间一直认为，朱元璋患过天花而不死，留下了一副麻脸，加上他的下巴可能稍长，额骨稍凸，时人可能觉得太丑了，御用文人则正好附会说这是帝王奇相：“下辅学堂地阁朝，承浆俱满是官僚。如教中辅来相应，必坐枢庭佐舜尧。”一般地阁（下巴）饱满就是官相之人，而朱元璋地阁雄奇，贵不可测，自然是帝王的好命了。
明太祖朱元璋到底长的什么样，成了历史疑云。但从朱元璋的后代来看，朱标、朱棣等24个儿子，当中也没有一个人“异于常人”，也没有遗传传说中的朱元璋“大下巴”的外貌特征。从明诸帝的画像来看，也均无此长相。所以说，真实的朱元璋在相貌上很可能也是比较“标准”的。
明成祖朱棣：7岁方立名，生母是个谜
明成祖朱棣出生于元顺帝至正二十年（公元1360年），但直至元顺帝至正二十七年（公元1367年）旧历年底，朱棣7周岁时，朱元璋才为其正式取名为朱棣。朱棣不仅名字起得晚，而且其生母是谁，数百年来一直扑朔迷离。
朱棣自称是马皇后所生，是所谓的嫡子。但自永乐年间以来，各种官方史书和野史上都对明成祖朱棣的生母问题有所记载、猜测。据历代学者考证，朱棣的生母不是马皇后。有的说朱棣与周王朱楠是马皇后所生，而太子及秦王、晋王等都是庶出。有的说朱棣是达妃所生，太子与秦王、晋王则是马皇后所生。有的则说朱棣的生母是硕妃。此外，还有其他一些说法。
马皇后是濠州红巾军郭子兴的养女。元顺帝至正十二年（公元1352），郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封马氏为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错。因此，有人将她与历史上的贤后——唐代长孙皇后相提并论。
《太祖实录》和《太宗实录》也记载朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。
但是除朱棣外，马皇后亲生皇子又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，让人编了一部《奉天靖难记》，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。”还有一种说法认为马皇后只亲生燕王，周王、懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为明成祖朱棣所修，《太宗实录》为宣宗所修，其中自然有粉饰的成分，宣称朱棣为马皇后的嫡子。
实际上，朱棣的生母争论的焦点是明成祖到底是嫡出还是庶出，经过明史专家李晋华、吴晗等人的精细考证，朱棣非马皇后亲生而生母为妃的说法，已为大多数学者所接受。
嗜杀成性明成祖：朱棣活剐三千宫女之谜
朱棣于1402年夺了亲侄子的皇位，导致了几十万人战死沙场；建文帝宫中的宫人、女官、太监被杀戮几尽。他还将忠于建文帝的旧臣如方孝儒等人全部杀死，仅方孝儒一家灭“十族”就杀掉873人。
明成祖的徐皇后，于永乐五年（1407年）病死。徐氏死后，朱棣一直未立皇后。后宫有一位权贤妃，美艳殊丽，能歌善舞，且善吹箫，聪慧过人，最受朱棣宠爱。不料永乐八年（1410年），权氏随朱棣率兵北征，死于归途。朱棣正为失去宠妃而悲伤之际，有宫女揭发说权氏是被吕妃串通太监和银匠用砒霜毒死的。朱棣大怒，即下令将被告下毒的太监、银匠处死，对吕氏则采用酷刑，用烙铁烙死。受吕氏牵连而被杀者达数百人。
揭发吕氏毒死权妃的人，史书称其为“贾吕”。永乐十八年（1420年），朱棣准备立为皇后的宠妃王氏暴死，而恰于此时，皇宫内又有人告发贾吕、鱼氏与宦者“通奸”。朱棣勃然大怒。贾吕、鱼氏惧祸，上吊自杀。朱棣并不罢休，又兴株连之法，拘捕与贾吕亲近的宫婢。宫婢受了酷刑，竟诬服称后宫有人要谋害皇帝。这一口供，激起朱棣嗜杀本性。牵扯自承“谋逆”的宫婢侍女，竟然达近三千人之多。
朱棣下令将这些宫女全部处以剐刑，即凌迟处死。此刑主要用来处死“谋大逆”“谋反”等政治犯。行刑时，朱棣亲临监刑，甚至亲自操刀，残杀宫女。朱棣还令画工画了一张贾吕与宦官相拥图，遍示内宫，羞辱无辜的宫女。
《李朝实录》记载，朱棣大肆屠杀宫女之际，适有宫殿被雷电击毁，但朱棣“不以为戒，恣行诛戮，无异平日”。
公元1424年，朱棣第五次出兵大漠，死于北征回师途中的榆木川（今内蒙古乌珠穆沁）。大内以三十余宫女生殉朱棣。
明建文帝朱允炆：生死未卜，人间蒸发
明朝开国皇帝朱元璋死后，由于皇太子朱标于洪武二十五年先他而死，于是由皇太孙朱允炆即位，这就是建文帝。
由于太祖在世时实行分封制，各地藩王都强权在握，拥兵自重，这让建文帝深感不安，于是采取“削藩”的建议，以巩固皇权。诸王中燕王朱棣势力最大，他担心自己被废，于是以讨伐齐泰、黄子澄为名，起兵谋反。就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，而建文帝却不见了踪影。这就是历史上有名的“靖难之役”。
数百年来，建文帝的下落成为一桩争讼不决的历史悬案。
据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记录，建文帝死于宫中大火中。当时燕王军队兵临城下，将宫城团团围住，建文帝深知朱棣是个贪权尚武、残暴无情的武夫，落到他手上就绝没好下场，于是放火，然后自己纵身火海之中。当燕王军队开进皇宫时，宫中已是一片火海。
为了不留下“杀侄夺位”的骂名，朱棣在发现烧焦的尸体时又假装痛哭流涕，声称自己出兵是为了辅佐建文帝。但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，而建文帝是活是亡无从得知。燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓处于何处，也无人可知。
还有一种说法，认为建文帝“出逃为僧，流落民间”。在南京攻破之时，建文帝从地道逃出了皇宫，削发为僧，从此隐姓埋名浪迹江湖。在明成祖死后，他又回到京城，住进西内，死后葬于京郊西山。
朱棣登位后，一直不相信建文帝已经死了，曾多次派心腹大臣到处访问，向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，借机重新整理僧人的名册，对当时所有的僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年起，还派人以寻访仙人为名到处搜寻，涉及大江南北，前后共二十余年。
在民间流言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝逃到云贵地区，而且辗转到了南洋地区，直到现在，云南大理仍有人以惠帝（即建文帝）为鼻祖。
有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。
明神宗朱翊钧：20年“君王从此不早朝”探因
明神宗万历皇帝朱翊钧在位48年，是明代皇帝中在位时间最长的一位。可是，其间从万历皇帝主持朝政十四年至此后的二十年里，却不理朝政，不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。作为一个帝王，上朝理政是分内之事，为什么万历皇帝二十年不理朝政呢？普遍说法认为，万历是因为立太子之事与内阁争执而不理朝政的。
万历皇帝16岁的时候，太后、大臣们便给他选择王氏和刘氏作为皇后、昭妃，然而叛逆的万历根本不喜欢这样强加的婚姻，更不喜欢皇后和昭妃，于是对这两个妻子十分冷淡。
万历20岁时，偶然临幸一王姓宫女，后得长子朱常洛。在当时，正宫皇后没有生出嫡长子的情况下，按惯例朱常洛应该立为太子。可是后来，万历遇到了自己心中的红颜知己，一生最爱的女人郑贵妃。郑氏本是一个宫女，因容貌秀美，机智聪明，深得皇帝的喜爱，很快被封为贵妃。两人相互封为知己，朝夕相伴，简直一刻也不能分离。四年后，郑贵妃生下皇三子朱常洵。万历皇帝爱屋及乌，对刚出生的孩子表现了极大的宠爱，直接将郑贵妃晋封为皇贵妃，地位仅次于皇后。与此同时想将朱常洵立为太子。
万历这一想法遭到群臣的反对，大家认为废长立幼是不合宗法礼制的，为了社稷，坚持要立皇长子为太子。群臣的反对令万历招架不迭，只好极力镇压。于是把户科给事姜应麟等强烈反对的大臣都贬了官、问了罪。后来慈圣太后知道了便对其进行质问。于是万历就将册立太子的事推迟，采取“拖”的方法。
为立太子的事情，万历和他的全体朝臣相对抗，谁也压服不了谁。这让万历大伤脑筋，也大为恼火。后来万历采取不上朝的方法，同他的大臣们消极对抗。
直到万历二十九年，万历怕自己一旦殡天，朝纲大乱，再加上其他一些原因，于是不得不册立朱常洛为太子，这场旷日持久的“国本”之争终于结束了。
明崇祯皇帝：自缢死地有疑问
明末农民起义，李自成率领农民军攻入北京后，崇祯皇帝朱由检仓皇出逃，在煤山（今景山）东麓的一棵槐树上自缢身亡。这或许是大多数人在历史教科书上所学到的知识，但是关于崇祯的死，历来众说纷纭，疑团不少。
有人认为崇祯自缢于巾帽局。《甲申传信录》卷一记载：“上怆惧还宫，易袍履，与承恩走万寿山，至巾帽局，自缢。”崇祯刚愎自用，他的性格决定了他不会轻易投降，也不会轻易去死。于是在京城旦夕可破的情况下，他取太监衣帽化妆后企图逃跑，却因守门士兵不知他是皇帝而被阻拦。逃跑不成，崇祯在太监的陪同下来到了巾帽局。李自成攻城之后，崇祯看大势已去，这才自缢而死。
有人认为他自缢于今北海白塔山。《明孝北略》卷二十记载：“手携王承恩，入内苑，人皆莫知，上登万岁山之寿皇亭……太监王承恩对面缢死。”“万岁山，金人名琼花岛，元至元四年筑宫城，山适在禁中，遂赐今名。”显然认为崇祯自缢于今北海的白塔山。
还有人认为崇祯自缢于西山。《明亡述略》中记载：“丁未，内城陷，帝崩于西山。”
红学专家俞平伯则认为，崇祯死在管园人居住的小屋里的椽子下。崇祯“爬上煤山查看了外国来的大炮。他又给李自成写了血书，要求他不要压迫老百姓，不要再用那些不忠的官僚，然后就在管园人住的小屋里的椽子上上吊自缢了。”
《明季北略》记载，崇祯是自缢在海棠树上。当时皇城内，海棠在巾帽局附近的回龙观最盛。“回龙观多海棠，旁有六角亭，每花发时，上临幸焉”，可见明代皇帝对这一带很熟悉，崇祯逃至此自缢也较为可信。
所以至此，认为崇祯皇帝吊死煤山是较为合理可信的，但是具体自缢于何处，目前尚无定论。
清太祖皇太极：争权篡位还是推举得汗
关于皇太极是如何继位的问题，有不同的说法。
一些明清史专家认为，皇太极汗位是从其幼弟多尔衮手中篡夺来的。清人蒋良骐的《东华录》顺治八年（1651）二月己亥诏内载，多尔衮声称“太宗文皇帝（皇太极）之位原系夺立”，暗示皇太极篡夺汗位。据说，努尔哈赤生前已立多尔衮为嗣子，而皇太极用阴谋狡诈的手段从其幼弟手中夺取了汗位，为去除篡位障碍，还逼迫多尔衮生母大妃纳喇氏死殉。
此说受到一些人怀疑，当时多尔衮才15岁，既无功业，亦无威望，故不可能立多尔衮为嗣。皇太极即位后，对多尔衮“特加爱重”，大力培养提拔，多尔衮对皇太极的恩育万分感念，尽心尽力辅佐皇太极，勋劳卓着，成为皇太极最得力的助手。皇太极与多尔衮兄弟感情较好，皇太极对多尔衮干下篡位、杀母的勾当是不太可能的。
有的则认为，皇太极的汗位是通过激烈争斗，力克竞争对手而得到的。努尔哈赤死后，皇太极与诸贝勒争夺汗位的斗争白热化，最后皇太极击败对手自立为汗。其间，皇太极与代善的争斗尤为激烈，代善有勋绩、有声望也有势力，长期以来一直是汗位的有力竞争者，皇太极抓住一切机会打击代善，如利用代善与大妃纳喇氏的暧昧关系，推波助澜，借助舆论，促使努尔哈赤罢黜大妃，代善威望遭受损害。努尔哈赤死后，又逼大妃死殉，削弱代善的势力，最后压服代善，夺取汗位。
还有学者认为，皇太极汗位并非夺立的，而是由诸贝勒推举产生的。太祖努尔哈赤生前未立嗣子，而是确立了八和硕贝勒共治国政的制度，为汗者须请贝勒推举产生的。当时诸贝勒中，数皇太极实力最强，努尔哈赤死去当天，代善长子劝代善说：“四大贝勒（皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善表示同意。次日，在诸贝勒大臣聚于朝时，代善提议举皇太极为汗，诸贝勒“皆喜曰善。议遂定，乃合词请上即位”。
