吴之荣诈财不成，反而被巡道派兵驱出境，恼羞成怒，于康熙元年（1662年）初直接上京至刑部告发庄廷龙的《明史辑略》有“毁谤朝廷”之罪。在告发前，吴之荣将书中序文及参订人员姓名之页撕去，另补刻上朱佑明的名字。
庄廷龙“私修明史毁谤朝廷”一事当即引起朝廷的震怒，执掌大权的顾命四大臣随即指派刑部满族大员赴杭办案。接着，庄廷龙、朱佑明被捕羁押。
同被关押的赵君宋在审问时为朱佑明开脱，称其与庄廷龙的修《明史》之案没有关系，有家藏《明史辑略》初刻本为证，致使此案牵连的人员越来越多，成为清初第一文字大案。
结果，庄廷龙、朱佑明被杀，参与此书的写序者、校阅人、刻字、印刷人员也一同受到牵连，七十余人被处死刑，数百名家属被流放。
黄培诗案：私刻诗文“悖逆”康熙王朝
康熙五年（1666年），山东发生了黄培诗案。黄培是山东即墨人，曾任明末官至锦衣卫都指挥使，接济过于七农民起义军，明亡后隐居在家。
黄培所作诗句如“一自蕉符纷海上，更无日月照山东”“杀尽楼兰未肯归，还将铁骑人金徽”“平沙一望无烟火，惟见哀鸿自北飞”等，反映出反清的民族思想。
黄元衡本姓姜，是黄培世奴家仆黄宽之孙，在他考中进士、当上翰林后，为了归宗还姓，解除与黄家的主仆名分，就向官府控告黄培，认为黄培私下刻印并收藏有“悖逆”的诗文书籍等。结果，黄培等14人被捕入狱，被处斩。
姜元衡又伙同恶人上了一道《南北通逆》的禀文，指控顾炎武等“故明废臣”和对清廷怀有二心之人，南北之间的通信不是密谋造反，就是诽谤朝廷。在这份居心叵测的禀文中，姜元衡点了约三百人的名字，企图制造一件大案。
此案惊动朝廷，山东总督、巡抚也亲自过问。顾炎武为此被囚禁了近七个月，经朱彝尊等人营救才出狱。
朱方旦《中补说》案：
医学新思想是否“诬君逆民”
朱方旦《中补说》案发生在康熙十九年（1680年）。朱方旦是个名医，他的思想主张是，“脑”是思想中枢，而不是传统医学认定的“心”，认为“古号为圣贤者，安知中道？中道在我山根之上，两眉之间”。此说引起医学界极大的震撼。
朱方旦的观点一提出立即遭到群起挞伐，康熙帝力主要斩首。当时征吴三桂有功的顺承郡王勒尔锦十分尊敬朱方旦，想极力营救，康熙帝便先革了勒尔锦的职，再下诏杀死朱方旦，所有着作也一律焚毁。
此案在《清代禁书总述》中也有记载：“朱方旦之狱——康熙十九年（1680年），湖广有朱方旦者，自号二眉山人，聚徒横议，撰《中补说》，谓中道在两眉间山根上，……康熙二十年（1681年）七月，侍讲王鸿绪得方旦所刻《中质秘书》，指摘其中有诬枉君上，悖逆圣道，蛊惑民心之处，次年二月，九卿议复‘乞正典刑，以维世道’。结果朱方旦被斩，弟子陆光旭、翟凤彩、顾齐宏亦被判为斩监秋后处决。”
实质上，“记忆在脑不在心”一说早在明末许多知识分子就已经流传开来。吴伯娅在《朱方旦》中有评价说：“表现清朝统治者愚昧无知，顽固落后，以致臣民因持一些科学和进步观点成为遭到杀害的典型事例。”
戴名世《南山集》案：修史犯“大清年号禁忌”
戴名世是桐城学派的代表人物，与着名散文家方苞齐名。
戴名世专于治史，一直有想修一部完整的明史愿望。他的同乡方孝标着有《滇黔纪闻》一书，上面记载南明桂王时期的历史，戴名世将此书作参考。后来他的门生余湛先告诉戴名世，一个叫犁支的和尚了解南明桂王的事情，这和尚原是南明桂王府内的一个太监，桂王被吴三桂杀了之后，便出家当了和尚。戴名士急切想求得犁支和尚关于南明桂王的一些言论，以便印证《黔滇纪闻》中的记载。于是，戴名世与余湛先通了几次书信，这几封书信后来被戴名世的学生龙云鄂于康熙四十一年收录于刊刻的文集《南山集》中，取名为《与余生书》。
康熙五十年，左都御史赵申乔根据《南山集》参奏戴名世，指斥他：“妄窃文名，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖，逞一时之私见，为不经之乱道，徒使市井书场翻刻，贸鬻射利营生……”由于戴名世的《与余生书》谈到了方孝标的《黔滇纪闻》，因而此案又牵扯到了方孝标，以及为《南山集》作序的方苞、刻《南山集》的龙云鄂等人全部受到牵连。
戴名世的罪名是《南山集》直书南明政权的年号，包括福王的崇光政权，唐王的隆武政权，桂王的永历政权，等等。这些南明政权按清王朝的要求应该以顺治十六年纪年，戴名世不称顺治年号，被指控为对清朝统治的不满。因此，刑部上书道：“查戴名世书内，将本朝年号削除，写入永历年号，乃大逆罪，照例凌迟处死；其第戴世平斩绝；其祖、父、子孙兄弟，伯叔父兄弟及子，俱斩；女眷、15岁以下子孙皆给功臣为奴。”
康熙五十二年降谕旨：戴名世从宽免凌迟，即刻处斩，其书版烧毁，其家人宽免。由此案牵扯出的《黔滇纪闻》案的方孝标之子方登封、方云旅等人俱从宽免。为《南山集》作序的方苞免其死罪，刊刻《南山集》的龙云鄂被流放宁古塔，与戴名世书信来往的余湛先于康熙五十一年死于狱中。
后来有人考证，戴名世的《南山集》只是《与余生书》中有叙南明弘光帝在南京一段并于文字间写了“永历”的年号，其他并无一处是犯清朝禁忌的。
汪景祺《读书堂西征随笔》案：
“天子挥毫不值钱”
汪景祺，字无已，钱塘（今浙江杭州）人。汪景祺为人“豪迈不羁，谓悠悠斯世，无一可为友者”。康熙五十三年，汪景祺考中举人。雍正二年初，汪景祺由抚远大将军年羹尧亲信胡期恒的引见而被年羹尧延请入幕，在年羹尧的西宁大营中当幕僚，在随年羹尧西游期间，着有《读书堂西征随笔》二卷。
一年后，年羹尧因“九十二款大罪”被雍正下令赐死。官府在查办年羹尧案时，从其府中查出了汪景祺的《读书堂西征随笔》。官府将书呈至朝廷，雍正发现，书里面有一首诗曰：“天子挥毫不值钱，紫纶新诏赐绫牋；《千家诗》句从头写，云淡风轻近禾天。”进而“天子挥毫不值钱”被视为是无君之举。
书中有一篇文章《历代年号论》，里面指“雍正”的年号有“一止”之象，又论康熙的庙号不当为“圣祖”。这又被雍正帝定为“大不敬”罪。
在一篇《功臣不可为论》的文章中，汪景祺指出，人臣立了大功之后往往难以君臣相安，他告诫君臣要善于相处，做臣子的要谨慎，做君主的则要包容。此时的雍正刚要赐死年羹尧，一见此言则认为是对自己不善做君主的讽喻。如此当然罪不容诛。汪景祺于是被判“大逆”。后雍正心有不忍，将汪景祺由凌迟改为立斩，将其家人老少流放宁古塔。
按雍正旨意，汪景祺被斩后其头要长悬于北京宣武门外。直到乾隆登基，其头才被取下与身合葬。
钱名世《名教罪人诗》案：“颂扬奸恶”获罪名
钱名世，字亮工，江苏武进人，与年羹尧是乡试同年，彼此有交谊。
雍正二年（1724年），年羹尧进京觐见，钱名世赠诗谀颂，有“分陕旌旗周召伯，从天鼓角汉将军”“钟鼎名勒山河誓，番藏宜刊第二碑”等诗句。雍正帝给钱名世加的罪名是“曲尽谄媚，颂扬奸恶”。但没有斩杀他，只是把他革职逐回原籍，御书“名教罪人”四字，命钱名世原籍地方官将其制成匾额，挂在钱家中堂上。雍正帝还命常州知府、武进知县每月初一和十五去钱家查看匾额悬挂情形，如未悬挂则呈报巡抚奏明治罪。
“名教罪人”四字不但使钱名世无脸做人，而且使他的子子孙孙都抬不起头。
当钱名世离京时，雍正又命京官自大学士、九卿以下都作讽刺诗为钱名世“赠行”，结果共有385人奉诏作诗。雍正帝过目后，交付钱名世辑成专集，题为《名教罪人诗》，刊印后让天下士子人人知晓。
正詹事陈万策有诗评论钱名世，“名世已同名世罪，亮工不异亮工奸”（指戴名世和年羹尧），措意尖刻，造句新巧，得到雍正帝的称赞。而翰林侍读吴孝登则因诗句“谬妄”，被发配宁古塔。查嗣庭还批判钱名世“百年遗臭辱簪缨”，谢济世批判钱名世“自古奸谀终败露”，但是不久，二人也被牵扯进文字狱中。
查嗣庭科场考题案：“维民所止”触犯龙颜
清朝雍正四年（1726年），查嗣庭科场试题案震惊全国。这是继顺治年间庄廷龙《明史辑略》案、康熙年间戴名世《南山集》案和雍正三年汪景祺《读书堂西征随笔》案之后的又一大案。
该案受到查处的是当朝二品大臣、内阁学士兼礼部左侍郎、江西正主考官查嗣庭。查嗣庭所出的试题是《大学》中的“维民所止”一句。然而，“维”“止”两字，却被人暗含去“雍”“正”之首意。雍正帝听后立即下旨将查嗣庭押解进京，下狱问罪。
《清代科举考试述录》一书中记载：“查嗣庭着有《维止录》，取‘明之大厦已倾，得清维止之’之意。世宗（雍正）览之，初甚嘉许，谓其识大体。太监某进曰：‘此悖逆书耳，何嘉焉？’雍正询其故，某曰：‘纵观之，见其颂扬我朝，若横观之，尽是诋斥满洲耳！’雍正侧而观之，果然。遂大怒。”
而查嗣庭解释说：“‘维民所止’乃《诗经商颂玄鸟》中一句：邦畿千里，维民所止。意味着歌颂皇上的盛德，何来反逆之意？”雍正帝马上找人拿来《诗经》，果真见有“维民所止”一语，顿时语塞。但查嗣庭还是因“维民所止”的犯上之罪而冤死狱中。
曾静、吕留良案：反清“思想罪”，后果很严重
雍正六年（1728年）九月廿六日，川陕总督岳钟琪正乘轿回署，突然有人拦轿投书。这就是曾静、吕留良之狱。案结处置，吕留良、吕葆中父子开棺戮尸，枭首示众；吕毅中斩立决；吕留良诸孙发遣宁古塔给披甲人为奴；家产悉数没收；学生沈在宽斩立决；黄补庵（已死）嫡属照议治罪；刊印、收藏吕留良着作的车鼎丰等四人判斩监候，另二人同妻子流放三千里外，还有十数人受杖责。而曾静供词及忏悔录集成《大义觉迷录》一书，刊后颁发全国所有学校，命教官督促士子认真观览晓悉，玩忽者治罪。又命刑部侍郎杭奕禄带领曾静到江浙一带等地宣讲，命兵部尚书史贻直带领张熙到陕西各地宣讲。
雍正十三年（1735年），乾隆帝继位，尚未改元就公开翻案，命将曾静、张熙解到京师，于十二月把二人凌迟处死，并列《大义觉迷录》为禁书。
吕留良文字狱起自雍正六年的“曾静案”，至雍正十年结案，历时4年半，震惊朝野。凡涉及之人，无一幸免，上至入土已五十年之尸，下及襁褓之婴，或斫棺戮尸、剉骨扬灰，或凌迟处死、斩首立决，或徒刑数年、流放千里。此案牵涉之广，影响之大，处置之严之酷，为清代文字狱所罕见。
此案发生后，士人视读书为畏途，治学风气因之而顿塞，影响直至清末。
由于吕留良“华夷之分大于君臣之论”“华夷中外之别”的观点是曾静等人图谋反清的理论依据和思想根源，而且吕留良本人在江南有着广泛的影响，所以“曾静案”发生后，雍正立即将矛头转向了吕留良，并借此大做文章，欲通过对吕留良等人的严厉打击和镇压，消除南方部分汉族士林强烈的反清情绪，分化反清势力，以服务稳固于自己的政治需要。
又由于在曾静案前三四年，刚发生过汪景祺、查嗣庭两起文字案，为此雍正决心改变“绅衿士庶”的“不良”风气。他说：“浙省风俗浇漓，人怀不逞。如汪景祺、查嗣庭之流，皆以谤讪悖逆，自伏其辜，皆吕留良之遗害也。甚至民间氓庶亦喜造言生事，如雍正四年内有海宁、平湖阖城屠戮之谣，比时惊疑相讪，逃避流离者有之，此皆吕留良一人为之倡导于前，是以举乡从属而靡也。”
使吕留良获罪的原因主要是他的着作、日记和书信。他在日记中多有“谤议及于皇考”的言论，被定为“思想罪”。辛亥革命后，吕留良被尊为反清志士，始得昭雪翻案，崇德地方官绅民众筹资为其建亭立碑。
伪孙嘉淦奏稿案：乾隆伪稿追查扑朔迷离
乾隆十六年（1751年），发生了一起伪孙嘉淦奏稿案。孙嘉淦历任左都御史、吏部和刑部尚书及直隶总督、湖广总督等要职，以敢于直言极谏着称，声望很高。
