顺天乡试案发后，他一再强调“朝廷选举人才，科目最重，必主考、同考官皆正直无私，而后真才始得”，“开科取士，原为遴选真才，以备任使，关系最重，岂容作弊坏法”，并下令把定案结果“刊刻榜文，遍行严饬，使知朕取士厘奸至意”，“自今以后，凡考官、士子须当恪遵功令，痛改积习，持廉秉公”。
此外，官僚集团内部结党争利，互相倾轧，也是酿成重案的诱因之一。
江南辛卯科场案：
科场“评卷人”行贿黑幕揭秘
辛卯科场案指的是康熙五十年发生在江南乡试的科场案。
这年江南乡试中举者除苏州13人外，其余多为扬州盐商子弟。句容县王曰俞所推荐的吴泌、山阳县知县所推荐的程光奎皆属文理不通之辈，竟也榜上有名，于是掀起一阵舆论大波。以廪生丁尔戬为首的苏州生员共千余人集会玄妙观，将财神像抬入府学表示抗议，愤怒的考生还在贡院的大门上贴出一副对联“左丘明两眼无珠，赵子龙一身是胆”，以此讽刺主考官左必蕃和赵晋。两江总督噶礼将丁尔戬等人拘禁，准备按诬告问罪。
主考官左必蕃、江苏巡抚张伯行奏报朝廷。康熙帝派户部尚书张鹏翮会同噶礼、张伯行以及安徽巡抚梁世勋在扬州详审。审讯中，噶礼、张伯行发生分歧。张伯行以贿卖举人、包庇罪犯弹劾噶礼，噶礼则弹劾张伯行挟嫌诬陷。结果康熙帝将二人解任，令张鹏翮会同漕运总督赫寿继续审理。在审理过程中，张鹏翮又因袒护噶礼而被解任。康熙帝另派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢前往再审，并请吏部议复。康熙帝认为，张伯行为官清廉，操守为天下第一，这样处理“是非颠倒”，令九卿、詹事、科道据实再议。后以两人都是封疆大吏，“互相参讦，殊玷大臣之职”，将噶礼革职，张伯行做革职留任处理。
经过一年多的审讯，审出副主考赵晋与同考官王曰俞、方名私受贿赂，取中吴泌、程光奎的情况。赵晋、王曰俞、方名被处斩立决；吴泌、程光奎等均处绞监候；主考左必蕃失察，被革职。
顺天己卯科场案：徇私舞弊还是诽谤
清康煕三十八年（1699年），顺天府举行乡试。历史将其列为典型的清代科举舞弊大案。
该乡试由皇帝钦定“以翰林院修撰李蟠为顺天乡试正考官，翰林院编修姜宸英为顺天乡试副考官”。二人分别是康熙三十六年（1697年）丁丑科的同榜状元和探花。
试榜一放，立即引起轩然大波。有的记载说：“因中试者多为大臣子弟，落第士子编造歌谣‘老姜全无辣味，小李大有甜头’。散发传单，指斥正副主考‘纳贿营私，逢迎权要’。”也有的记载说：“（康熙三十八年）九月，己卯顺天乡试科场案发。是科发榜后，物议沸腾，落弟考生揭文于市，斥责正考官李蟠、副主考姜宸英瞻顾情面，纳贿徇私，所取皆朝臣及官家子弟。”更有人指李蟠投靠善于玩弄权的内监鲍三老，品行不端，贪财如命，这次考试中收受贿银一万多两。
中堂四五家，部院数十人都金榜题名；大学士王熙、李天馥为子孙行贿三千；工部尚书熊一潇、左都御史蒋宏道、湖抚年羹尧为其子行贿上万；举子史贻直、潘维震之父分别为浙江、福建主考，私下也做了交易；韩孝基、张三第因父官居礼部，掌管复查试卷大权被全部录取，豪富巨商为子弟竟也行贿得中。揭帖指责主考、副主考行为不端，辜负圣恩，呼吁朝中有识之士弹劾李、姜，否则就要挺身而起，把李、姜刺杀。好事者传播流言飞语，推波助澜，攻击矛头无有例外地指向主考李蟠、副主考姜宸英。李、姜有口难辩。
顺天乡试震动清廷。康熙三十八年十一月丁酉（初三日），江南道御史鹿佑上疏康熙皇帝，弹劾顺天乡试正副考官李蟠、姜宸英：“以宾兴论秀之典，为纵恣行私之地，实为有玷清班，请立赐罢斥。”奏章立即引起康熙皇帝的重视。康熙皇帝传旨，“着九卿詹事、科道会同，将李蟠等严加议处”。九卿等部门上奏，提出将李蟠、姜宸英撤职。 （康熙三十八年）十一月，谕将已经顺天乡试所取举人，齐集内廷，皇帝亲自复试。圣祖亲命试题，特命严加监试。为保持公正，还增派诸多朝臣参与其事。复试的结果是，录取名单仍是原来乡试中公布的考生。所不同的，只是康熙皇帝将原来的第一名浙江宁波考生姚观，换成了宿迁考生徐用锡。事发后，李蟠、姜宸英被刑部看管起来。因康熙皇帝有言“严加议处”，复试后，康熙皇帝将李蟠流放沈阳尚阳堡三年，下旨释放姜宸英。遗憾的是，姜宸英受诬气愤不过，含恨饮药自杀。震动全国的顺天榜乡试案，终于落下了帷幕。
但是，己卯顺天乡试一案是否舞弊案呢？有学者认为，此次乡试不是舞弊案，而是毁谤案。
从江南道御史鹿佑趁机上书康熙皇帝来看，弹劾主考李蟠、副主考姜宸英，虽受康熙皇帝称赞，但并非出以公心，仗义执言，是假公事而泄私愤，挟嫌报复。原来乡试之前，鹿佑对即登门拜访主考李蟠，并有馈赠，委托对其参加乡试之子予以关照，竟为李蟠婉拒，便心怀不满，后借机发难。
复试证明顺天府乡试大体公正公平。康熙皇帝亲自主持复试，目的在于揭露弊情。但是，复试结果，原定举子无一落榜。这就证明，李蟠、姜宸英主持的考试公正公平，并无舞弊。此科京城显贵子弟录取畸多确是事实，也正是由于这一特殊情况，才给落第士子发难以由头。李蟠、姜宸英依卷录取并无不当，只是让某些落榜官僚子弟钻了空子。
从处理结果看，顺天府乡试也并非舞弊大案。历代对科考舞弊案的处分极其严苛，但是，对此案的处理却与其他科考案大相径庭。如果己卯顺天乡试同为舞弊案，作为主考的李蟠无疑要被处以极刑，作为副主考的姜宸英也不会一死了之，而朝廷仅仅对李蟠处以流放三年。
康熙将李蟠放逐三年，实际上是康熙皇帝为维护皇权尊严、平息社会舆论作出的一项折衷举措。为了平息事态，不得不拿李蟠祭刀。三年后，李蟠被赦返里。康熙还欲起用李蟠。
关于己卯顺天乡试一案，李、姜无罪，当时朝野已有共识。康熙皇帝只得作出如此尴尬无奈的处理。但康熙皇帝心中有数，当时朝臣也心知肚明。刑部官员亲自处理此事，亦有“非罪”之论，对姜宸英之死心怀愧疚。
可见，顺天榜舞弊案，基本上是个由诽谤而生的假案。
嘉庆科举冒籍案：吴曰铏是否为“移民”考生
嘉庆十年和十一年的直隶乡试，直隶河间府吴桥县考生吴曰铏去县里考试的时候，生员段元魁、王中植等人攻击他“冒籍”，消息传到直隶学政那里，学政发文到县学要求扣押吴曰铏，不让其参加考试。
“冒籍”就是考生冒充籍贯，参加科举考试。早在宋朝的时候，朝廷为了照顾边远和文化落后地区的发展，在科举名额上有“优先录取”的条件，给予它们更高的录取比例。其他地区的考生为了获得优惠的照顾，就以各种名义转移到这些地区参加科举考试。此举引发了当地考生的不满，因此“冒籍”现象受到了严厉打击。冒籍的考生会被剥夺考试资格，即使考中了被发现也要取消功名，再行治罪。
吴曰铏不甘心被取消考试资格，申明自己是冤枉的，府县调查的结果是吴曰铏的确是冤枉的。吴家祖居吴桥县拓园镇，该镇后拨归山东德州管辖，吴曰铏的祖父吴毓潍即在德州入学。后来因为吴家坟墓都在吴桥县境内，吴毓潍搬回吴桥境内居住。吴毓潍的儿子吴应麟在嘉庆二年（1797年）呈明官府，仍归吴桥县原籍考试入学。因此，吴曰铏应归吴桥县考试，不算冒籍。
嘉庆十二年（1807年），训导王樾荫赴京，回任路过河间。吴曰铏的姑父魏如愚担心王樾荫在考试问题上再刁难吴曰铏，就托人向王樾荫央求照顾。王樾荫答应放吴曰铏入学。可就在当年十二月，吴曰铏赴县里应考的时候，又有吴景唐等人指认吴曰铏是山东德州卫军籍，不能参加本县乡试。
清政府规定考生加入某地籍贯的标准是：祖父、父亲入当地籍在二十年以上，坟墓、田宅都确有实据。其中最核心的标准是祖先的坟墓。为了更有效地打击冒籍者，清政府要考生进入考场前核对口音。即使是这样，科举场上也没能完全杜绝冒籍现象。
嘉庆十三年（1808年）五月，吴曰铏被送到河间府考试。进考场前又被考生季培等人指出有冒籍官司在身，能否考试要“赴学请示”。
收了吴家好处的王樾荫这时竟然要将吴曰铏扣考。魏如愚赶紧又找人说和，许给王樾荫白银一千两。王樾荫同意吴曰铏考试。吴曰铏的族人又送给季培一百千钱帖一纸，季培却以吴家行贿的名义提出控告，吴家则以季培讹诈反告。官司拖到十月临近考试，王樾荫仍不将吴曰铏送考。魏如愚第三次向王樾荫请托，送钱八百千，求其送考。这次王樾荫不肯收受，魏如愚提出控告。三案齐发，酿成了嘉庆年间着名的科场冒籍案。
最后经直隶总督温承惠会同学政吴芳贻审定，相关人员剥夺功名、罚钱流放，案件才得以了结。
晚清科场第一案：考生错卷，牵出连环命案
清朝咸丰戊午年的八月初六，是顺天乡试的日子。此次乡试由皇帝钦点主考官为军机大臣、协办大学士、户部尚书柏葰，两位副主考分别由兵部尚书朱凤标和都察院左副都御史、户部右侍郎程庭桂担任。此次乡试考生有上千人，最后录取300名。发榜后不久，咸丰帝认为主考官柏葰功不可没，升其为大学士。
然而，参加科考的士子们在看榜时，发现优伶平龄竟然中了第七名。按清制，娼妓、优伶等不能参加科考。御史言官孟传金呈递奏章，指出士子平龄身份不明，不能录为举人，同时参劾平龄的朱卷和墨卷不一致，应该查究。
咸丰帝当即任命怡亲王载垣、郑亲王端华、兵部尚书全庆和陈孚恩等四人专职会审查办此案。会审团很快查清，平龄并非优伶，只是平素喜欢曲艺，其得中举人，并无不妥之处。但重要的是，平龄的朱卷和墨卷不相符合。
“墨卷”是考生在考场内用墨笔书写的考卷，而为防止考官通过字迹舞弊，命人用红笔誊抄的试卷称为“朱卷”。为了保证试卷的真实性，誊抄人员抄写的朱卷必须与考生的墨卷完全一致。而会审团调阅了平龄的墨卷和朱卷，经过仔细对照，发现其墨卷中的七个错别字在朱卷上都被改正过来。就在会审团开展调查时，争议考生平龄被革去举人身份，投入狱中不久竟不明原因地死去，这无疑使案情更为扑朔迷离。
平龄的同考官邹石麟对此案供认不讳。在披阅平龄的试卷时，他以为是誊抄人员手误所致，就把错别字改正过来。最后，会审团向咸丰帝上奏处理结果：平龄演戏是个人喜好，不属优伶之列，不必治罪；但试卷中多处出现错别字，不足以被选为举人，按律应罚停会试三科，因平龄已死，免去此罚。后又将邹石麟革职，主考官柏葰和两位副主考朱凤标、程庭桂三人罚俸一年。
平龄案发后，咸丰帝怀疑其他试卷也有类似情形，下令严格审查。结果五十多份试卷中错字、别字、谬称等比比皆是，而且都有涂改的痕迹。
咸丰帝没想到作为遴选国家栋梁之才的科考，内幕竟然如此肮脏黑暗。当日，咸丰帝就下旨将主考官柏葰革职，两位副主考暂行解任，听候查办。随后，会审团开始对这件大规模的科场舞弊案展开调查。
