经过郴州失败，杜修经等的威信尽失。8月23日，在桂东县城召开的前委扩大会议上，毛泽东重新出任代替前委的行委书记职务，指挥军队行动，率部回井冈山地区。到11月6日，中央指示信到达，毛泽东再次担任红四军前敌委员会书记，统辖边界特委和红四军军委。这样，毛泽东又成为井冈山根据地的最高领导人。
红四军灵魂
此封中央指示信还决定，前委之下组织军事委员会同时也是最高苏维埃的军事委员会，以朱德为书记。此封指示信由留守上海的李维汉、任弼时6月4日发出，毛泽东等11月初才收到，毛对其表示赞同，认为“这封信好得很，纠正了我们许多错误，解决了许多争执的问题”。见《井冈山前委给中央的报告》（1928年11月25日），载《中共党史参考资料》（第五册），中国人民解放军政治学院党史教研室编；“六大”中央许多指示陆续传到井冈山根据地后，毛泽东都深表赞同，认为，他与朱德以前许多做法与中央有争议，甚至受到严厉的批评、处分，但自“六大”后，这种情况有了改变，“直到1928年冬天，在莫斯科举行的第六次中国共产党代表大会的消息传到井冈山的时候，才得到了批准”；“六次代表大会所采取的新路线，朱德和我是完全同意的。从那时起，党的领导人和农村地区苏维埃运动的领导人之间的分歧消除了，重新建立了党的一致。”见《毛泽东一九三六年同斯诺的谈话》，人民出版社1979年版，第56页。)前委、军委两条系统对红四军进行垂直交叉式领导，具有鲜明的苏共特色。大量的政工干部盘踞军中，战争年代很多工作引起重叠，在军队领导人中主要是军委与前委间引起争议。随着红四军在赣南、闽西革命斗争的发展，此种矛盾、争论不但未能消弭，反而愈演愈烈。
1929年4月3日，红四军收到2月7日中央的“二月来信”（《中央给润之、玉阶两同志并转湘赣边特委信》）。中央在来信中对形势估计很是悲观，提出将红四军分成小部队的组织，散入湘、赣边境各乡村中，以避免敌人目标的集中和便于给养与持久，并表示，“深信朱、毛两同志目前有离开部队的必要”，认为如此一方面不仅不会有更大的损失且更便利于部队分编计划的进行，一方面毛泽东（润之）、朱德（玉阶）到中央后更可将一年来万余武装群众斗争的宝贵经验贡献到全国以至整个的革命。两同志得到中央决定后，“应毅然地脱离部队速来中央”。《中央给润之、玉阶两同志并转湘赣边特委信》（1929年2月7日），载《中共中央文件选集》（第五册）（1929年），中共中央党校出版社1983年版，第24页。)这样，随着“二月来信”内容在部队的传开，更引起前委与军委的广泛争论，甚至在前委内部也产生了较大的分歧。
红五军军长彭德怀率先于4月4日致信中央，对此提出异议，认为在此反革命高潮时期不宜分兵，“分则气虚胆小”，“只有领导者下决心与群众同辛苦，同生死，集中力量作盘旋式的游击，才能渡过难关，万万不能采取藏匿躲避政策。”彭德怀：《关于五军四军会合后的情况向中央的报告》（1929年4月4日于瑞金），载《中共党史参考资料》第5册。
4月5日，毛泽东以前委名义复信中央，对中央指示提出不同看法甚至直率的批评，认为这是继盲动主义和命令主义恶倾向之后的一种取消主义和不动主义的倾向。毛泽东：《红军第四军前委给中央的信》（1929年4月5日于瑞金），载《中共中央文件选集》（第五册），另见《毛泽东传：1893-1949》，中央文献出版社2004年版，第199页。)
5月上旬，中共中央派遣刚从苏联归国的刘安恭来到宁都，参加红四军领导工作，不久，刘被红四军前委任命为军政治部主任、临时军委书记等职。刘到任后，即主持召开临时军委会议，决定前委只讨论行动，不管其他事，限制前委权力，扩大军委权限。同时，在部队将领、士兵中搞非组织活动，拉帮结派、拥朱（德）压毛（泽东），“把四军党分成派，说朱同志是拥护中央所指示的，毛同志是自创原则不服从中央指示”，提出“完全选举制度及党内负责同志轮流更换来解决纠纷”。由于常日朱德宽厚仁爱，颇有长者风范，很得部队指挥员敬重、爱戴；毛泽东锋芒毕露，批评下级不留情面，且重用自己信任的干部，引起相当一部分将士的不满。这样，刘安恭的言论就激发了红四军内部关于毛泽东领导的前委职权范围、工作责任进而发展到对毛泽东个人领导作风等的大争论。（在5月底的湖雷前委会议上，支持毛泽东与支持刘安恭的两派意见相持不下，对毛泽东与前委的批评十分尖锐参见江华：《关于红军建设问题的一场争论》，载《党的文献》1989年5期；另见胡石言主编，《陈毅传》，当代中国出版社1991年版，第98~99页；萧克：《萧克回忆录》，解放军出版社1997年版，第122~123页；萧克：《朱毛红军侧记》，中共中央党校出版社1993年版，第89~90页。)。
6月8日，毛泽东在上杭白砂再次召集前委扩大会议，继续讨论争论的问题，支持毛泽东者占少数，毛泽东于是向会议提出四点书面意见，要求辞职，这4点意见是：（1）前委和军委发生分权现象，前委不好放手工作，但责任又要担负，陷于不生不死的状态；（2）根本的分歧在前委、军委之间；（3）党的三个最大组织原则发生动摇，这三个组织原则之一是有人反对党管一切，认为党管得太多，权力太集中于前委，二是反对一切工作归支部，认为支部只是教育同志的机关，三是反对党员的个人自由受限制，要求党员有相当的自由；（4）有些人对于决议案没有服从的诚意，议论时不切实争论，作出决议后又要反对，且归咎于个人，因此前委在组织上的指导原则发生根本问题，由此影响到红四军全党，工作完全做不起来，基于此，毛泽东要求辞职，离开前委。（参见江华：《关于红军建设问题的一场争论》，载《党的文献》1989年5期。）毛泽东的书面意见十分尖锐，使会议争论更趋激烈，刘安恭以前的做法使刘处于明显的劣势，会议以压倒多数的选票（36∶5）通过决定，取消刘担任书记职务的临时军委。
在这次会议前3小时，毛泽东收到林彪对他表示坚决支持的信件。林彪时为红四军绝对主力第一纵队司令，是毛泽东最为信任的爱将之一。林在信中指责朱德“采用手段拉拢部下，因为不满毛同志而攻击前委又不彻底解决，希图成立军委以离开前委之羁绊”。林信还用“封建关系”、“无形结合派”、“政客的手段”、“卑污的行为”、“阴谋”等词句攻击朱德等人。林彪的这种态度具有非同一般的意义，表明即使在军队将领中，对政工干部的不满与指责，并非铁板一块，毛仍有一定的支持力量，这也是后来毛泽东东山再起的重要原因之一。
14日，毛泽东致信公开表态支持他的林彪，提出党内存在的14个问题：（1）个人领导与党的领导；（2）军事观点与政治观点；（3）小团体主义与反对小团体主义；（4）流寇思想与反对流寇思想；（5）罗霄山脉中段政权问题；（6）地方武装问题；（7）城市政策与红军军纪问题；（8）对时局的估量；（9）湖南之失败；（10）科学化、规范化问题；（11）四军的军事技术问题；（12）形式主义与需要主义；（13）分权主义与集权；（14）其他腐败思想。
对红四军存在的各种问题逐一进行了阐述并反驳了“家长制”等提法。毛泽东在信中强调指出：“个人领导与党的领导，这是四军党的主要问题”，“是四军历史问题的总线索”。毛泽东此信即是后来毛重掌四军军权、党权后召开红四军党的九大的基础之一。毛泽东在信中还说，“近日两种不同的意见，最明显的莫过于军委问题的争论”，“争论的焦点是在现在时代军党部要不要的问题”。毛泽东：《给林彪的信》（1929年6月14日），载《毛泽东军事文集》（第一卷），军事科学出版社、中央文献出版社1993年版，第70~83页。)另见《朱毛红军侧记》，中共中央党校出版社1993年版，第90~92页；张国琦：《毛泽东与朱德在一九二九年》，载《东方纪事》1989年第5期；石言、吴克斌、罗英才：《“党中央训练班”——陈毅在一九二九年的思想飞跃》，载《党的文献》1990年第4期。虽然临时军委被撤销，但以朱德、毛泽东为代表的两派意见仍在激烈争论。赞成设立军委的人不仅坚持前述理由，而且指责毛泽东主持的前委是“家长制”、“书记专政”，党内存在着只有机械式的服从而无活泼的党的生活，将一切工作推到书记一人之上，形成家长制，并将指责矛头完全针对毛泽东（时毛任前委书记兼军政治部主任）。至此，红四军内部的争议迅速扩大，几乎卷入所有高级将领与地方领导干部，并分化为拥护朱德与拥护毛泽东的“两派”。支持毛泽东的仅有林彪、谭震林、伍中豪、江华等少数人。见胡哲峰、于化民：《毛泽东与林彪》，广西人民出版社1998年版，第56页。)
由于这些争论，红四军于6月22日召开了党第七次代表大会。会议由陈毅主持，毛泽东的意见基本被否定，会议重新改选了红四军前委，毛泽东、朱德、陈毅、林彪、刘安恭等13人当选为委员。在进行前委书记选举时，陈毅当选，由中央指定的毛泽东落选。会后毛泽东离开红四军主要领导岗位，到闽西休养并指导地方工作。
此次会议形成的《红军第四军第七次代表大会决议案》中对朱、毛的争论作了总结，对双方都提出批评。《决议案》说：“朱同志怪毛同志使军队停摆，说毛同志不听调动，毛同志说朱同志‘与党争权’，不是事实，含有互相攻击的意味是最要不得的”。“朱毛两同志在党内外负责重要工作，不能因某种政策与意见不同，而互相怀疑，互相猜忌，又不提出批评交由党解决，以致造成这次党内严重的争论问题，给党以不好的影响。”
在此次争论中，毛泽东成为“焦点人物”，对于毛泽东的批评，集中于对毛泽东领导的前委权力问题，即认为毛泽东过于专权。而按毛泽东的分析，表面看是军委和前委的权限划分，实际上是“党的三个最大的组织原则发生了动摇”，即反对党管一切，权力太集中于前委；反对一切工作归支部；反对党员个人自由受限制。红四军七大虽然肯定了毛泽东的许多主张，但对朱德、毛泽东各打“五十大板”的“陈毅主义”毛泽东将陈毅的调解折中称之为“陈毅主义”，见《陈毅传》，当代中国出版社1991年版，第112页。)，毛泽东却非常不满，且毛泽东前委书记职务本由中共中央指定，红四军党代会轻易改变中央决议，显然有违组织原则，在此情况下，新当选的陈毅决定直接前往上海报告中央，由中央最后定夺。临时主持前委工作的朱德在9月下旬主持召开了红四军八大，正在地方养病的毛泽东拒绝与会，并复信朱德，严厉批评朱、陈等人，这更引起红四军其他领导人的强烈不满，会议致信毛泽东，敦促其尽快返回，表示否则将给予其党纪处分。
上海中共中央此时是向忠发、李立三、周恩来负责，向指定李、周对朱、毛冲突予以解决。在了解了部分井冈山根据地的分歧情况后，中央决定对朱、毛矛盾取调和态度，指示先不设军委，军事指挥由军长、党代表管理，调刘安恭回中央（刘此后不久即牺牲）。并再三敦请朱、毛派一得力干部来中央参加军事会议，汇报工作。于是前委书记陈毅即奉命前行，所遗职由朱德代理。此时毛泽东患恶性疟疾，浑身浮肿，身体极度虚弱，一病竟是3月有余。9月28日，中央再次给红四军前委发出指示信。此信由陈毅代中央起草，周恩来审定，中共中央会议确定。此即“九月来信”。
