李德从教条经验出发，生搬苏联红军作战战略战术，强调正规战、阵地战，反对红军已形成的游击战，运动战，为人性格暴躁，刚愎自用，听不得不同意见，注重地图上作战，不作实践调查，而且从骨子里瞧不起东方人，有强烈的欧洲优越意识，因此，初期对红军将领的神秘、迷信与崇拜，随着战斗的不断失败，渐渐消灭殆尽，到第五次反“围剿”的大失败，高级将领的不满、反抗情绪就激烈起来。李德的军事指挥终致中央红军遭受到最为惨重的失败。
在清除毛泽东对中央苏区的影响的同时，博古中央在组织上，特别是在中央领导上也作了相应的调整。1934年1月，博古在瑞金沙洲坝马克思共产主义学校主持召开六届五中全会，到会人员有在中央苏区的中央委员及候补委员，还有满洲、四川、陕西、河南、鄂豫皖、江西、福建、粤赣、闽浙赣、湘赣、湘鄂赣等省委的代表。邵雍：《中共六届五中全会研究》，载《党史研究与教学》2009年第4期。博古作《目前形势与党的任务》的政治报告，陈云作关于《国民党区域中的工人经济斗争与工会工作》的工作报告，洛甫作《中国苏维埃运动与它的任务》的形势报告。会议由周恩来作闭幕讲话，但会议进程未让周参与，周恩来当面对博古说，让洛甫代替毛泽东的人民委员会主席职务似无必要，但博古坚持原议。会议着重贯彻共产国际十二次全会指示，强调中国革命形势仍是高涨局面，尤其是要求在中央与地方工作中反对党内的主要危险——右倾机会主义和反对右倾机会主义的调和态度，“必须在理论上与实际上揭露右倾机会主义的面目，揭露两面派的右倾机会主义的实质，保证党与共产国际路线的彻底实现”。
这次会议的人事安排，完全是共产国际的决定。1932年冬，共产国际执委格伯特在给皮亚特尼茨基的电报中说：同意中共中央的意见，建议中央委员会由以下人员组成；政治局由13名委员（其中王明和康生两名不在国内）和5名候补委员组成：秦邦宪、张闻天、康生、陈云、黄平、周恩来、任弼时、项英、邓发、毛泽东、王云程、王明、张国焘。书记处由秦邦宪、张闻天、陈云、周恩来、任弼时等人组成，书记由秦邦宪、周恩来、项英担任。并建议“全会应增补10名新的中央委员。”《联共（布）、共产国际与中国苏维埃运动：1931-1937》第13册，中共党史出版社2007年版，第286~287页。)
1933年10月7日，共产国际执行委员会政治书记处政治委员会指示中共中央：“你们关于政治局和书记处组成人员的建议，总的来说，我们认为是可以接受的。我们从你们的名单中取消了候选人卢福坦和罗登贤。最好让朱德和顾作霖进入政治局来代替他们。为明确起见，我们重复一下政治局组成人员”：周恩来、项英、任弼时、秦邦宪、康生、陈云、张国焘、毛泽东、王明、张闻天、邓发、朱德和顾作霖。“中央书记处可以由三人组成，但考虑到要到各处去，我们建议由以下五人组成”：周恩来、项英、王明、张国焘和秦邦宪。“请尽快讨论并告诉我们，你们有没有不同意见或新的建议、补充人选或其他人选，你们是否认为中央组成需要增补新的有威信的军队和苏维埃领导人。”《联共（布）、共产国际与中国苏维埃运动（1931-1937）》第13册，中共党史出版社2007年版，第542~543页。)11月初，远东局代表埃韦特在上海给共产国际执委皮亚特尼茨基、中共驻共产国际代表康生，转告中共中央意见，同意政治局和书记处的组成人员，但建议增加3名候补委员即李竹声、王稼祥和刘少奇；书记处因王明不在国内，建议增加张国焘和周恩来，此二人在前方指挥作战，后方则有秦邦宪、项英出席中革军委会议，人数显然不足，所以建议增加张闻天、陈云进入书记处。
当时，毛泽东因为身体与政治处境不佳，屡次要求赴苏联养病，但遭到共产国际的好心拒绝。共产国际及远东局认为，路途过于凶险，毛泽东应就地休养，不可冒险远行，除当地医疗条件难以保证毛不能免死，才可去苏联，并且要组织一切力量保证毛泽东的健康。如1934年4月9日政治委员会致电驻华代表埃韦特说：我们“反对毛泽东出行，因为我们不认为能够使他在旅途中免遭危险。即使需要大笔开支，也绝对需要在苏区组织对他的治疗。只有在完全不可能在当地医治和有病死危险的情况下，我们才同意他来莫斯科。”同①第14册，中共党史出版社2007年版，第104页。)
会议最后决定选举博古为中央总负责人（中共中央总书记），有人说，当博古表示推让时，有人表示：“你是王明同志出国前就指定的，还推什么呢？”博古见无异议，就答应了下来。（参见朱仲丽：《黎明与晚霞》，解放军出版社1986年版，第171页。)此种说法未见直接证据。毛泽东没有参加会议，但会上仍对其作了不点名的批判，并对与毛观点相近、支持毛的人作宗派主义的斗争。会议补选6人为正式中委：朱德、王稼祥、顾作霖、凯丰、李竹声、方志敏，其中李竹声在上海负责留守的临时中央分局的工作；8人为候补中委：彭德怀、刘伯承、杨尚昆、李富春、李维汉、孔原、陈昌浩、黄甦；补选林伯渠为中央审计委员。会议选出中央政治局正式委员12人：博古、张闻天、周恩来、王稼祥、项英、王明、陈云、康生、任弼时、张国焘、毛泽东、顾作霖，在瑞金者8人，王明、康生在苏联，任弼时去湘鄂西中央分局，张国焘在鄂豫皖中央分局；候补委员5人：刘少奇、朱德、关向应、邓发、凯丰。
这样，改选后的中央领导机构是：中央总书记博古；中央书记处由博古、张闻天、周恩来、项英4人组成，实际上就是中央常委会；中组部部长李维汉；中宣部部长张闻天；中央白区工作部部长陈云；中央党务委员会书记李维汉；中央审查委员会书记董必武；中央党报委员会主任张闻天；中央局秘书长邓颖超；中共中央局书记凯丰；中华全国总工会苏区中央执行局委员长刘少奇；中共驻共产国际代表团团长王明、副团长康生；共产国际军事顾问李德。对于这样的人事安排，特别是排挤毛泽东的指责，在延安整风期间，博古进行了说明与辩解，他说：
苏区组织问题：在上海时曾与爱佛尔托商量，进苏区后如何工作，请示过关于毛主席工作问题。爱云：要尽量吸收毛工作，但路线必须贯彻，领导机关不可成讨论俱乐部。进苏区后在叶坪开会时，我曾推弼时负总责，多数推我。我承认中央进苏区，国际电示后，未请示如何组织，及到中央苏区时自认为中央过去了，承担总负责是错误的。
五中全会召开是远东局有电提议，并送来政治决议草案的。五中全会所选的政治局及书记处名单，是经国际批准并有增减的。政治局四人未经中委选举手续，及中央委员补得太多，是错误的。
因此，不仅政治路线错误的责任上，而且组织手续的不合上，我均应撤中委。博古：《我要说明的十个问题》（1943年9月），黎辛、朱鸿召主编：《博古，39岁的辉煌与悲壮》，学林出版社2005年版，第162页。)
同时，中革军委与红军总部构成是：中革军委主席朱德，朱德在前方，代理主席项英，副主席周恩来、彭德怀、项英、王稼祥，秘书长萧向荣；红军总部总司令朱德，总政委周恩来；军委总参谋长刘伯承，副之叶剑英；总政治部主任王稼祥，代理顾作霖，1934年5月病死，副主任贺昌、杨尚昆、袁国平，政治保卫分局局长李克农。
1934年1月24日，在五中全会刚结束时，中华苏维埃共和国二大召开，选举出中央政府，主席毛泽东，副主席项英、张国焘；同时选出中央政府人民委员会（执行机关）主席张闻天。
在中央苏区，处于第一线的红军领导机构（长征时）是：红一方面军总部：总司令朱德，总政委周恩来，总参谋长刘伯承（12月设），副参谋长张云逸，总政治部主任王稼祥，王因重伤躺在担架上行动，由李富春代理，政治保卫局局长李克农；红一军团：军团长林彪，政委聂荣臻，参谋长左权，政治部主任朱瑞，保卫局局长罗瑞卿；下辖3师：一师师长李聚奎、政委赖传谋，二师师长陈光、政委刘亚楼，第15师师长彭绍辉、政委萧华；红三军团：军团长彭德怀，政委杨尚昆，参谋长邓萍，政治部主任罗荣桓，政治保卫局局长许建国；下辖3师：四师师长洪超，洪在湘江战役中阵亡，由彭雪峰接替、政委黄克诚，第5师师长李天佑、政委钟赤兵，第六师师长曹里怀、政委徐策；红五军团：军团长董振堂，政委李卓然，参谋长刘伯承，政治部主任曾日山，中央代表陈云；下辖两师：第13师师长陈伯钧、政委谢良，第34师师长陈树湘、参谋长王光道；红八军团，军团长周昆，政委黄甦，参谋长张云逸，中央代表刘少奇；红九军团，军团长罗炳辉，政委何长工，参谋长郭天民，中央代表凯丰；军委第一野战纵队，司令员兼政委叶剑英，下辖总部一、二、三局组成的第一梯队，总部四、五局和总政治部组成的第二梯队，工兵营、炮兵营组成的第三梯队和干部团、各军校编成的第四梯队；第二野战纵队，由中共中央、中央政府、供给部、卫生部、红军大学、军委二局等组成，司令员兼政委李维汉；长征出发伊始，主力红军与机关人员共约8万余人，号称10万。
博古中央通过六届五中全会的召开，完成了对中央苏区党、军、政的全面改造。从组织建设上彻底清除了与毛泽东有亲密关系的人事，以组织的惩办主义与宗派主义斗争，使得“左”倾领导绝对地占据统治地位。以王明为代表的第三次“左”倾机会主义达到顶峰。
但随着第五次反“围剿”的节节败退，被迫秘密长征时的惨败，博古中央的绝对领导地位也迅速消失与瓦解，在1935年1月的遵义会议上终于有所改变，毛泽东开始部分恢复其领导地位，特别是回到了他熟悉与热爱的军事领导岗位，得以充分发挥其军事天才。
张国焘、陈昌浩控制红四方面军
1931年4月，张国焘、陈昌浩、沈泽民、张琴秋在博古中央的支持下捧着王明中央的“尚方宝剑”来到鄂豫皖苏区，组建中央分局。5月，鄂豫皖中央分局正式成立，张国焘任书记，沈泽民为副书记，组织部部长郭述申，常务委员7人：张、沈、陈、郭、王平章、周纯全、高敬亭。
同时，按中央指示，鄂豫皖军事委员会、省委也分别改组、成立。军委主席由张国焘兼任，副主席曾中生、旷继勋，秘书长黄超，参谋长蔡申熙，政治部主任王培吾，皖西军分区主席许继慎；省委书记沈泽民。
下车伊始，张国焘即与红四军主要领导人发生了意见分歧。当时，红四军的主要干部为：军长旷继勋，政委余笃山，参谋长徐向前，政治部主任曹大骏，下辖第10、11两师：10师师长蔡申熙，政委李荣桂，副师长刘英；11师师长许继慎，政委庞永俊，副师长周维炯，全军有1.2万人。由于战斗频繁，主官更迭较多，在1931年5月，曾中生继余笃三任军政委，全军扩充两师。
与张国焘、沈泽民发生争论的是四军领导人曾中生、许继慎、余笃山等，他们反对张国焘提出的攻英山，出潜山、太湖，进攻安庆，威胁南京，以打破国民党军对苏区的第二次“围剿”的主张，要求军主力南下鄂东南蕲（春）黄（梅）广（济）地区，恢复根据地，前方与后方两边争论十分激烈，张国焘认为曾等人的主张是“揭开了立三路线的面具而来了一个实际工作的机会主义”，在相持几个月后，11月，张国焘终派陈昌浩到四军接替被免职的曾中生，任军政委职，主持主力红军的肃反。
对鄂豫皖主力红军、地方党委开始大肃反的起因是东下南进之争。1931年6月，红四军军长徐向前、政委曾中生（兼鄂豫皖军委副主席）等率部南下，执行鄂豫皖中央分局（张国焘为书记）“攻英山，出潜山、太湖，进逼安庆，威胁南京的计划”，在攻下英山后，前方军委与后方中央分局产生了军事路线之争。前方曾中生、军政治部主任刘士奇与徐向前联名致电中央，解释不能南下，东进黄梅、广济、蕲春的理由，这激起张国焘极大地愤怒。张国焘认为，前方有不同意见，只能报告中央分局，而不应直接诉诸中央，这是对中央分局的不敬、蔑视，而且，张国焘认为曾中生是李立三路线时期派到苏区来的，是李立三路线的代表者，必须严厉惩处，于是发出指示信，要求红四军立即北返整顿。曾中生则在英山鸡鸣河召集前方会议，主要军队干部如军长徐向前、十一师师长许继慎、十三师师长旷继勋都表态支持，最后形成“申明书”，反驳中央局指示。这更激起张国焘的愤怒，认为是曾中生借兵自重，要挟中央，于是召开中央分局与军委紧急会议。张国焘后来在回忆录中这样描述说：
曾钟圣（即曾中生——引者）终于再向新集来一个哀的美敦书的报告。他夸大渡过长江和切断长江交通的重要性，表示将在外君命有所不受，如果到某月某日仍未得到军委会的明确指示，便径行渡江。这个报告约于9月上旬到达新集，使我们大为震动。
