自5月14日到31日，在半月之中，历经富田、白沙、中村、广昌、建宁5次大的战斗，红军从赣江之畔一直扫到闽北山区，横扫700余里，歼敌3万余人，“横打千军如卷席”，痛快淋漓地取得了反“围剿”的胜利，再次印证了毛泽东的军事才华。毛泽东对此次反“围剿”作战的胜利十分得意，写有《渔家傲·反第二次大“围剿”》，词曰：“白云山头云欲立，白云山下呼声急，枯木朽株齐努力。枪林逼，飞将军自重霄入。七百里驱十五日，赣水苍茫闽山碧，横扫千军如卷席。有人泣，为营步步嗟何及！”
但蒋介石又马上集中国民党主力部队23个师又3个旅共30余万人，并亲自督战，于6月底重新集结，7月1日发动突然袭击，“长驱直入”，开始第三次对中央苏区的“围剿”。使得刚结束战争的毛泽东等始料不及，被迫仓猝集兵，绕道千里，紧急回师应战。以迂回转移、避敌主力、打其虚弱的作战方针，跳出包围圈，使进入根据地、夺占几乎所有城池的国民党军狼奔豕突20余日，找不到红军主力作战，“肥的拖瘦，瘦的拖死”，疲困、饿极、衰极。至8月初，经莲塘、良村、黄陂三战三捷，取得较好的战略态势。但为国民党军侦得主力所在，复又陷入三面包围之中，红军处境至为险恶，处于最危急的时刻。据战后苏区中央局向中央的报告中说：
我军由闽返赣，绕道长汀瑞金；两月奔驰，全无休息，疲困已极，疾病甚多，既入兴国，卒应战。初战富田，折回兴国，由西向东，深入黄陂，又疾驰五百里。在约三个星期中，出入敌军重围之中，争取良村、黄陂两役胜利，至8月16日二次被敌包围，是为一年来三次战争中最艰苦的时节。
但毛泽东为首的方面军领导却运筹帷幄，当机立断，在敌20华里的驻防间隙中，衔枚疾走，奇迹般跳出包围圈，休整近半月。正当此时，两广军阀发动反蒋的“粤变”、日本法西斯发动侵华的“九一八事变”，蒋介石不得不下令结束“围剿”，实行总退却，以平定广东、广西粤、桂军阀“叛乱”。毛泽东即下令“乘退追歼”，击其惰归，取得老营盘、方石岭战斗的辉煌成果，反“围剿”战事结束，但高兴圩一役遭受重创。
第三次反“围剿”历时两月，红军六战五胜一平，歼敌17团共3万余人，因蒋介石下令总退却，红军最后取得胜利。但此次红军损失较大，伤亡6000人，为前两次反“围剿”伤亡数之总和；高级干部阵亡一个军长（黄公略）黄公略为毛泽东最信赖的井冈山将领之一，毛对黄的死难极为痛惜，为其亲撰挽联云：“广州暴动不死，平江暴动不死，如今竟牺牲，堪恨大祸从天降；革命战争有功，游击战争有功，毕生何奋勇，好教后世继君来。”、两个师长，中下级干部死伤较多，削弱了红军的战斗力，红军亦是被迫结束战斗。
至此，毛泽东的军事思想基本定型，“全部红军作战的原则就形成了。”概括起来就是：
1.毛泽东根据在《中国的红色政权为什么能够存在？》中提出的中国国情4个特点（中国是一个政治经济发展不平衡的半殖民地的大国，而又经过了1924年至1927年的革命；敌人的强大；红军的弱小；共产党的领导和土地革命），提出这规定与制约了中国革命战争的指导路线及其许多战略战术的原则。毛泽东在《中国革命战争的战略问题》中详细指出：“第一个特点和第四个特点，规定了中国红军的可能发展和可能战胜其敌人。第二个特点和第三个特点，规定了中国红军的不可能很快发展和不可能很快战胜其敌人，即是规定了战争的持久，而且如果弄得不好的话，还可能失败。”
2.人民战争的武装力量体系——正规红军、地方武装和人民赤卫军三者的结合，即人民战争、融战争于群众之中的思想。
3.人民战争的战略战术。如游击战争的基本原则“十六字诀”（敌进我退，敌驻我扰，敌疲我打，敌退我追）；战略退却、主动回撤根据地的“诱敌深入”，“打得赢就打，打不赢就走”的运动战；速决战；集中兵力打歼灭战等等。
与此同时，中央政治局对苏区中央局却极为不满，一再来电指责：一是批评项英对“富田事变”处理得不当；一是对毛泽东对富农土改政策“抽肥补瘦，抽多补少”进行严厉批评；一是“红军直到现在还没有完全抛弃游击主义的传统与小团体的概念，这在红军已在进行大规模战争与担负着争取一省几省首先胜利的任务是不相称的”。要求红军必须开始城市战、堡垒战的演习，反对当前主要的危险“右倾机会主义”。
10月中旬，苏区中央局改组，项英因“工作能力不够领导”和肃反时的“右倾”错误被免去代理书记的职务，由毛泽东代理。但到11月1日至5日召开的赣南会议上，项英又归原位，重新复职，毛泽东被免去代理书记职务。
这次名为中央苏区党组织第一次代表大会的会议以中央指示信为基础，主要是后方任弼时、项英等对毛泽东进行批判与指责：毛泽东反对本本主义的主张被指斥为“狭隘的经验论”；“抽多补少，抽肥补瘦”的原则被指斥为“富农路线”；指责红军没有完全脱离游击主义的传统，忽视阵地战、街市战，并对第三次反“围剿”作战的成绩提出批评。强调要集中火力反右倾，将斗争矛头指向毛泽东。
毛泽东对会议指责的“狭隘经验论”极为不满，一直以为耻辱，认为这是从莫斯科回来的“留苏派”看不起国内“山沟里的马列主义者”、以为山沟中产生不了马克思主义的一个显明例证，35年后毛泽东说到此处仍是气愤难平，毛泽东说：
特别是那个“狭隘经验论”刺激了我。似乎马克思主义只有一家，别无分店，是不是分店也可以搞一点马克思主义呢？……他们以为山里头没有马克思主义，因为我们在山里头，城市里头就有马克思主义。他们就忘记了，他们也来到山上了，而我们从前也是在城里的。我们早到山上两三年，就没有马克思主义了。他们刚刚来，因为是在城市里待的时间长，就有那么多马克思主义。毛泽东：《在八大预备会议第二次全体会议上的讲话》（1956年9月10日），载《党的文献》1991年第3期。
11月25日，刚成立的中华苏维埃共和国中央委员会任命朱德、王稼祥、彭德怀、周恩来、贺龙、毛泽东等15人为中央革命军事委员会成员，朱为主席，王、彭为副主席，统一领导和指挥全国红军。同时决定取消红军第一方面军总司令、总政委名义，毛泽东对中央苏区的党权、军权被实际撤销，去出任政府（中央执行委员会人民委员会）主席一职。
次年1月27日，毛泽东原任主任一职的“中央革命军事委员会总政治部”更名为“中国工农红军总政治部”，主任改由王稼祥担任。
于是，已无任何军职的毛因与苏区中央局部分成员意见不合，告病请假休养，但在1932年3月中旬，在已到苏区任中央局书记的周恩来等主张攻打赣州而遭重大失利，敦请毛泽东赶赴前线参加决策的情况下，毛以临时中央政府主席和中革军委委员身份到老班底、林彪统领的红一军团随军行动指挥。
再被罢官
毛泽东一统兵出山，即在4月中旬取得东征漳州的大捷，并以战略家的眼光，知己知彼地提出趋势撤出、不长期固守的方针，这为临时中央政治局及苏区中央局所不满，以为不符合“积极进攻路线”，继续要求红军去攻占中心城市，立即扩大、改组红军，开展城市战、堡垒战的演习等。毛泽东与临时中央及苏区中央局的分歧与冲突逐渐加深，并开始公开化。
4月14日，临时中央发出《为反对帝国主义进攻苏联瓜分中国给各苏区党部的信》，称：“右倾机会主义的危险是各苏区党面前的主要危险。这些右倾机会主义是表现在：对于目前革命形势的估计不足，……不了解红军的积极行动的必要而陷于庸俗的保守主义”，强调目前苏区极端重要的任务是进行坚决的革命的进攻和对右倾作坚决无情的争斗。
4月25日，中共中央机关报《红旗周报》第37、38期合刊发表临时中央主要成员撰写的《在争取中国革命在一省与数省的首先胜利中中国共产党内机会主义的动摇》一文，指责毛泽东为首的苏区中央局是“浓厚的等待主义，等待敌人的进攻，等待新的胜利”，“把’巩固苏区根据地‘当做符咒一样去念，把消灭’土围子‘当做了巩固根据地的中心工作，以等待敌人的新的进攻，新的’坚壁清野‘，新的’诱敌深入‘与新的胜利。”洛甫：《在争取中国革命在一省与数省的首先胜利中中国共产党内机会主义的动摇》，载《中共中央文件选集》（第八册），中共中央党校出版社1983年版，第619页。)
5月11日，苏区中央局开会研讨临时中央4月14日的批评，对毛泽东作出不指名的批判，在决议中提出：“须彻底纠正中央局过去的右倾机会主义错误，右倾机会主义是苏区党内的主要危险。”指责毛泽东“不了解红军积极行动的必要而对于迅速夺取大城市迟疑，主张向着偏僻区域发展，这简直是苏维埃中的机会主义路线”。
5月20日，中共临时中央对苏区中央局发出一封长指示信，对毛泽东政治军事战略进行全盘否定，从而揭开了在中央苏区公开批判毛泽东的序幕。
信中点名指责毛泽东在三次反“围剿”中所采取的战略是“纯粹防御战略”，是游击主义，断言“泽东及其他纯粹防御路线的拥护者”的消极态度，是当前极大的危险，是红军中游击主义的坏的残留。并再次要求苏区中央局采取积极的进攻策略夺取一、二中心城市，来发展革命的一省数省的胜利。信中还特别提出：
以说服的态度，设法争取他（毛泽东——引者）赞成积极斗争的路线，使他在红军及群众中宣传积极路线，争取党和红军的干部说服他的纯粹防御路线的错误与危险，公开讨论泽东的观点。《中央给苏区中央局的指示电》（1932年5月20日），载《中共中央文件选集》（第八册），中共中央党校出版社1983年版。
6月17日，苏区中央局对此作出回应，承认过去犯了“不可容许的右倾机会主义的动摇”，表示将集中火力反对苏区党内的主要危险右倾机会主义，并提出：“夺取赣河流域的南昌、九江、抚州、吉安、赣州、萍乡等中心城市，以实现江西及其邻近省区的首先胜利，乃至争取全国的革命胜利。”
然而，毛泽东与来到前线的周恩来、王稼祥的观点逐渐取得一致，并在他们的支持下，相继率部取得南雄水口战役、乐（安）宜（黄）南（丰）战役的胜利红军在赣南局面大大扩展；同时在周恩来的力争下，毛泽东由随军行动再次出任前线直接指挥。
7月25日，周、毛、朱、王4个在前方的苏区中央局成员联名致电后方中央局成员（任弼时为代理书记，还有顾作霖、项英、邓发3人）：“我们认为，为前方作战指挥便利起见，以取消政府主席一级、改设总政治委员为妥，即以毛任总政委，作战指挥权属总司令、总政委，作战计划与决定权属中革军委，关于行动方针中央局代表有决定权，会议只限于军委会议。”
29日，周再以个人名义反对后方中央局要他兼任红一方面军总政委的建议，表示这将弄得多头指挥，而且使“政府主席将无事可做。泽东的经验与长处，还须尽量使他发展而督促他改正错误”，坚持由毛任总政委，强调“有泽东负责，可能指挥适宜”。
8月初，周回到后方主持召开苏区中央局会议，决定整编红一方面军，在前方组成由周恩来任主席，毛泽东、朱德、王稼祥为成员的最高军事会议，负责前方的行动方针和作战计划。8日，中革军委发布命令，特任毛泽东为红一方面军总政委。
但8月下旬，前、后方中央局成员再次发生激烈冲突，主要是针对攻打南城问题。按原定计划，红一方面军在攻占乐安、宜黄、南丰后，应乘势占领南城，但此时国民党已聚集3师17团的兵力固守南城，而且该城城防工事坚固，一味强攻显然不利。
后方中央局仍固守原定计划，要求红军主力仍绕至乐、宜一带，不同意前方在运动中歼敌的主张。红军只得遵令而行，造成极大被动，宜黄、乐安、南丰相继失陷。
9月23日，周、毛、朱、王致电后方中央局并转临时中央，提出：“以夺取南丰、赤化南丰河两岸尤其南丰至乐安一片地区，促起敌情变化，准备在运动战中打击与消灭目前主要敌人为目前行动方针。”并将争论反映给临时中央。
25日，后方复电拒绝了这一建议，说：“在全国目前苏区红军积极行动艰苦作战中，我们不同意你们分散兵力，先赤化南丰、乐安，逼近几个城市来变换敌情，求得有利群众条件来消灭敌军，并解释这为积极进攻策略的具体布置与精神，这在实际上将延缓作战时间一个月以上。”将造成不能呼应配合鄂豫皖、湘鄂西红军和河西红十六军、红八军的行动，“可以演成严重错误”。
当日，周、毛、朱、王再次致电后方中央局，重申原定计划，并提议即刻在前方召开中央局全体会议，讨论接受中央指示、红军行动总方针与发展方向等问题。这是前方中央局成员第一次提议召开宁都会议，并提出以30日开最好。
