接着，季米特洛夫在克里姆林宫接见即将回国的王稼祥和继任团长任弼时，代表共产国际对中国党的事务作出指示，说：
中国共产党的领导人毛泽东同志是久经考验的马克思列宁主义者。中国目前仍然应该坚持与国民党又合作又斗争的原则，警惕重复第一次国共合作的悲剧。……你们应该告诉中国共产党全体党员，应该支持毛泽东同志为中国共产党的领导人，他是在实际斗争中锻炼出来的领袖。其他的人，如王明，不要再争当领导人了。王稼祥：《国际指示报告》（1938年9月），载《文献与研究》1986年第4期；（参见徐则浩：《王稼祥传》，当代中国出版社1996年版，第296~297页。)
共产国际失去对王明的信任转而支持毛泽东，是中共党内分歧解决最重要的砝码，以往王明所仰赖、依靠的国际背景不攻自破，因此当8月初王稼祥回到延安后，总结中共中央大半年来的意见分歧、全面解决毛泽东与王明的争论就提上了议事日程。
9月29日，在经过10多天的准备会议后，中共扩大的六届六中全会开幕。这次长达近40天的会议完全按照毛泽东的意图召开。
会议第一天，王稼祥作《国际指示报告》，王稼祥：《国际指示报告》，载《王稼祥选集》，人民出版社1989年版，第138~142页。)主要是报告共产国际的最新指示，两点，一是《共产国际执委会主席团关于中共代表报告的决议案》，其中确实宣布，“中国共产党的政治路线是正确的”，“完全同意中国共产党的政治路线”；《共产国际执委会主席团关于中共代表报告的决议案》（1938年6月），载《文献和研究》1985年4期。当时即9月8日《新华日报》上即对此进行了全文刊载。二是季米特洛夫的谈话，“应该支持毛泽东同志为中国共产党领导人，王明不要再去竞争当领导人了”。
王稼祥在报告中说：“我的报告是根据弼时在国际的报告、在国际的讨论的主要内容。”《报告》共分五个部分：国际对中共党的路线的估计；关于国共合作与统一战线问题；关于国际援华运动；关于中共七次大会问题；关于党内团结问题。王稼祥说：“根据国际讨论时季米洛夫的发言，认为中共一年来建立了抗日统一战线，尤其是朱、毛等领导了八路军执行了党的新政策，国际认为中共的政治路线是正确的，中共在复杂的环境及困难条件下真正运用了马列主义。”“在领导机关中要在毛泽东为首的领导下解决，领导机关中要有亲密团结的空气。”“在我临走时他特别嘱咐，要中共团结才能建立信仰。在中国，抗日民族统一战线是中国人民抗日的关键，而中共的团结又是统一战线的关键。统一战线的胜利是靠党的一致与领导者间的团结。这是季米特洛夫临别时的赠言。”
王稼祥的这个报告，在中央政治局成员中产生了重大的影响，实际上也为毛泽东最终确立政治领袖地位定下了基调。所以，毛泽东在24日会议上的长篇发言中说：共产国际指示是这次政治局会议成功的保证，同时又是中共六届六中全会和第七次全国代表大会的指导原则，指示的最主要点是强调党内团结。《毛泽东年谱》（1893-1949）（中卷），人民出版社、中央文献出版社1993年版，第90页。)
10月12日下午，毛泽东代表中央政治局作政治报告《抗日民族战争与抗日民族统一战线发展的新阶段》，引人注目地强调全党要普遍地深入地学习和研究马克思列宁主义理论，把马克思列宁主义同中国的具体特点相结合，反对教条主义。“使马克思主义在中国具体化，使之在其每一表现中带着必须有的中国的特性，即是说，按照中国的特点去应用它，成为全党亟待了解并亟须解决的问题。”
11月5日、6日下午，毛泽东在会上作结论报告，针锋相对地对王明的右倾错误提出：“总之，我们一定不要破裂统一战线，但又绝不可自己束缚自己的手脚，因此不应提出’一切经过统一战线‘的口号。’一切服从统一战线‘，如果解释为’一切服从‘蒋介石和阎锡山，那也是错误的。我们的方针是统一战线中的独立自主，既统一，又独立。”
毛泽东的这段话中的“一切服从蒋介石、阎锡山”是党内新崛起的一个后起之秀、中共白区工作卓越领导人刘少奇对王明路线的概括。刘少奇是在1937年年初两次上书张闻天，就当时中共中央几个非常敏感的禁区提出十分尖锐的批评，而引起毛泽东的注意的。刘在信中提出，大革命失败的主因不仅是陈独秀的右倾错误，而且有“左”倾错误；全面、深刻地抨击土地革命战争10年来中共的政治路线；要求中共中央公开讨论中共10年的历史。
刘的观点引起毛泽东的共鸣，但刘与张闻天发生激烈争执，毛泽东有节制地支持了刘少奇。刘短暂地离开中央中枢，继续担任中央北方局书记，但不久又由毛泽东调回延安，辅佐毛的工作。在这次会议上，刘少奇对毛泽东的坚定支持，显示毛、刘的结合已经萌芽，刘少奇接班人地位的朦胧确立，更显示出毛泽东领袖地位的稳固。
11月6日，六届六中全会通过《政治决议案——抗日民族自卫战争与抗日民族统一战线发展的新阶段》，强调党要独立自主地放手组织人民抗日武装斗争，党的工作重心应放在战区和敌后；必须正确开展两条路线的斗争，反对“左”、右倾不正确的偏向，肃清公式主义、教条主义与机械主义；并针对王明的自行其是、抗拒中央与张国焘的叛逃开除党籍事件，提出加强党的团结和组织纪律性，坚决实行民主集中制——个人服从组织，少数服从多数，下级服从上级。
会议还在组织上对王明等的派别活动、路线错误作出规定。以武汉已然陷落为由，撤销中共中央长江局，分别成立中央南方局和中原局，将东南分局改为东南局，王明留中央担任中央统战部长兼管中央南方工作委员会、东北工作委员会、妇女运动委员会、党校六届六中全会是党史上一次非常重要的会议，是继遵义会议解决中央军事领导职权后，确立了毛泽东在全党的政治领导权；是树立毛泽东领导地位的一个关键会议，完成了自大革命失败后中共中央“群龙无首”的混乱格局，标志着“毛泽东时代”的真正到来。
六届六中全会通过了一系列文件，重申加强党的团结与统一，必须反对自由主义、宗派主义的干部政策，必须反对两面派行为、小组织活动，严格党的纪律，“认真实行党的民主集中制——个人服从组织，少数服从多数，下级服从上级。”
王明被限制在延安，离开统一战线中心区域而主管统战工作，但是周恩来又为老资格的中共领导人、毛泽东的支持者、统一战线工作老练而富有成效的负责人，此后周恩来就成为中共统战的代言人。王明的职责、权限就可以想见地大大有限了。
