陈云时为政治局委员、书记处书记，负责组织部的工作，以前长期在上海从事地下工作，其对刘少奇无保留的支持，反映了刘在王明宗派集团衰落后中央高层的格局可能发生的变化。次日，任弼时也说：
主观主义在认识论上是唯心论，在政治上的具体表现就是“左”或右的机会主义。我党的毛主席、刘少奇同志能够根据实际情形来工作，所以犯主观主义少些。
29日，曾长期追随王明、并在领导白区工作时与刘少奇有过激烈争论的康生发言检讨自己的错误，说：
在白区工作的政策上与少奇同志的分歧，今天看起来是少奇的对。当时反对少奇，一是由于自己的主观，二是听国际说少奇是机会主义，三是受了1931年12月的中央告同志书的影响，把少奇完全看成机会主义者，主观主义的错误路线把白区工作弄光了。如果那时中央是刘少奇负责，情况将是另一样。《胡乔木回忆毛泽东》，人民出版社2003年版，第197页。)
1943年春，毛泽东经过深思熟虑后，调刘少奇回延安，充实中央书记处。其时，中央政治局决策层已渐告改组完毕，以毛泽东为首的组织机构已经形成。
自1941年“九月会议”后，原处于中央书记处工作的张闻天、博古的威信大大下降，已不适宜再在上面负责，张闻天自己主动要求辞去早已只是名义上的中央总负责，到农村作调查研究；博古则被分派主管《解放日报》；王明一直称病，不参加任何会议；原有的书记处成员只剩下毛泽东、陈云、康生及在重庆的周恩来负责工作。任弼时自1940年3月从莫斯科归国后，分工主管党群和情报工作，又兼中央秘书长，实际负责中央书记处的日常工作。1942年初，张闻天到基层长期调查，任弼时完全接替了张的工作，任主持中央机构调整方案的草拟。
1943年3月，任弼时根据毛泽东的意见报告中央，要求对中央机构进行调整，报告说：
现在中央机构比较分散，需要实行统一集中，拟定在中央政治局下面分设组织和宣传两个委员会作为中央的助手。在中央苏区时，书记处在政治局之上，实际上等于政治局常委，不合适。前一时期多为书记处工作会议，实际上等于各部委联席会议，与政治局会议无多大区别。现在要确定书记处的性质与权力，使书记处成为政治局的办事机关，根据政治局的决议、方针处理日常工作。《胡乔木回忆毛泽东》，人民出版社2003年版，第270~271页。)
对此，刘少奇又作了进一步的修正，提出书记处要设一个主席，其他两个书记是主席的助手，不是像过去那样流于联席会议的形式，要能处理和决定日常工作，为中央政治局会议所接受。
1943年3月20日，中央政治局召开扩大会议，决定调整、精简中央机构，重新明确政治局、书记处及下属各机构的权限。出席会议者7人：毛泽东、刘少奇、任弼时、朱德、张闻天、凯丰、邓发、康生等中央政治局委员与候补委员，列席者杨尚昆、彭真、高岗、叶剑英。会议通过《中央机构调整及精简的决定》，推选毛泽东为政治局主席；由毛泽东、刘少奇、任弼时组成书记处，以毛为主席。书记处会议由主席召集，会议中所讨论的问题，主席有最后决定之权。会议还决定，刘少奇参加中央军委，并为军委副主席之一（其他副主席是朱德、彭德怀、周恩来、王稼祥）；设立中央宣传委员会和中央组织委员会，作为政治局、书记处的助理机关。宣委由毛泽东、王稼祥、博古、凯丰4人组成，毛任书记，王任副书记；组委由刘少奇、王稼祥、康生、陈云、洛甫、邓发、杨尚昆、任弼时8人组成，刘为书记。
决定指出：“在两次中央全会之间，中央政治局担负领导整个党工作的责任，有权决定一切重大问题。政治局推定毛泽东为主席。政治局每月应举行例会两次，必要时可召开临时会议。凡重大的思想、政治、军事、政策和组织问题，必须在政治局会议上讨论通过。”“书记处是根据政治局所决定的方针处理日常工作的办事机关，它在组织上服从政治局，但在政治局方针下有权处理和决定一切日常性质的问题。书记处重新决定由毛泽东、刘少奇、任弼时3同志组成之，毛泽东为主席，会期不固定，得随时由主席召集之，会议中所讨论的问题，主席有最后决定之权。”中央各部委局厅社的工作，由书记处直接管理。
这样，对于中央政治局与中央书记处的职权有所改变，在组织形式上改变了“遵义会议前书记处好似在政治局之上的状况”。任弼时在提出这一方案时说：“内战时期，在白区和苏区的书记处，等于是政治局的常委会，在当时是需要的；但临时中央搬到苏区后，书记处凌驾于政治局之上，这是不对的。现在的书记处工作会议，等于是中央各部委的联席会议，应当明确规定它的性质和责权。”刘少奇建议：“书记处职权应改为在政治局方针下有权处理和决定一切日常性质的问题。”书记处设一个主席，其他两个书记是主席的助手，不像过去那样成为联席会议的形式。《决定》虽然规定书记处成为在政治局领导下处理中央日常事务的工作机构。但在具体运作中，由于中央日常工作都由书记处具体组织办理，而书记处的主席也是政治局主席，实际上仍是以往“书记处等于是政治局的常委会”体制，书记处仍为党的权力核心。政治局权力增大，实际上等同于后来的中央委员会，因为各地中央委员分布较为分散，不利于集中会议，故集权于政治局，如此就要求政治局委员应集中于延安，相对容易召集、会议；书记处人员较少，召集会议与日常集会较为简单，因此，书记处的权力增大，并成为新的中央权力中枢，当不难理解，关键的是，此次会议在制度上保证了毛泽东在中国共产党内的政治领袖地位。
其时，中央直属机关相对规范化、制度化，毛泽东为核心的新的中央领导机构渐渐形成，其组织体系如下。
1.宣传委员会。为政治局、书记处的助理机关，主管宣传部、解放日报社、中央党校、文委、出版局，由毛泽东任书记。
2.组织委员会。为政治局、书记处的助理机关，主管组织部（含中央党务委员会）、统战部、民运工作委员会、中央研究局（4月并入中央党校）、海外工作委员会，由刘少奇任书记。
3.1943年4月28日，中央政治局会议决定，成立中央反内奸斗争委员会，隶属中央书记处，由刘少奇、康生、彭真、高岗为委员，刘少奇为主任。
4.1944年9月1日，中共六届七中全会主席团会议决定，成立中央城市工作委员会，以彭真、刘少奇、康生、周恩来、高岗、刘晓6人组成，以彭真为主任，主管各中央局、分局、区党委城市工作委员会、城市工作部，中央城市工作部由彭真、刘晓分任正副部长。
5.1944年12月27日，中共六届七中全会决定，成立解放区联合委员会，准备委员会党内由周恩来、林伯渠、高岗、陈毅、薄一波等11人组成，这实际上是准备未来的中央政府。
刘少奇在此次中央机构调整中的跃升，已表明中央领导核心层发生了大的变动，刘已跃居第二位，取代了王明一度占据的位置，得到了毛泽东的高度信任。此前，毛泽东在他所写的《关于一九三一年九月至一九三五年一月期间中央路线的批判》的文章中，对刘少奇在白区工作中的作用作了评价，说，刘少奇是我党在国民党区域工作中正确的领导人物，是唯物的辩证的革命观的代表：“我党在国民党区域工作中，不但有刘少奇同志那样的正确的领袖人物，而且有不少类似他的同志。可惜一概被临时中央斥之为’机会主义者‘。”毛泽东认为“左”倾教条主义者的“马列主义”的特点是夸夸其谈，随心所欲，无的放矢，不顾实际，这是主观主义的胡说。真马列主义的特点是实事求是，不尚空谈，顾及时间、地点和条件，这是唯物的辩证的革命观。“’左‘倾教条主义者是前者的代表，而刘少奇同志以及还有许多的同志是后行的代表。”“刘少奇同志的见解之所以是真理，不但有当时的直接事实为之证明，整个’左‘倾机会主义路线执行时期的全部结果也为之证明了。”《刘少奇年谱》（上卷），中央文献出版社1996年版，第386页。)毛泽东如此公开称赞党内的高级领导人，这在党内非常少见。胡乔木说：“这足见毛主席对少奇同志是多么倚重”。《胡乔木回忆毛泽东》，人民出版社2003年版，第272页。)
刘少奇的“异军突起”与毛泽东对张闻天不再信任和运用也有关系。毛泽东在批判王明在十年内战时期的“左”倾错误时，认为张有责任，且张对承认错误有抵触情绪，张闻天对刘少奇在1937年批评中央的路线错误相当不满，这也让毛泽东不很高兴，毛认为，在中央仍然存在一些历史遗留问题需要进行总清理，因此有“整风运动”的发动。
关于毛泽东、张闻天之间的关系，曾是张秘书的何方在研究性回忆文章中认为，毛张合作对双方都有帮助，但毛对张并不认可，中间有着很大的隔阂。何方说：
在两人合作得很好的这几年中（指1935-1938年间——引者），相互间也还存在有隔阂，虽然不占主导地位，但对日后却有重大影响，所以先要简单一提。从毛泽东方面来说，首先是因为同张闻天的合作多少带有勉强性质。他本来就看不起张闻天，但却不得不保持某种“君臣”关系（他戏称张为“明君”，自己为“大帅”），心中自然不服。所以他对师哲说，“在长征路上，他才用很大的耐心，隐忍着种种痛苦，极力接近张闻天”。同张合作竟感到痛苦，其不得已之情溢于言表。随着他权力的上升和对张闻天需要的减弱，在同张的关系上就显得越来越不耐烦了。而且这种厌烦情绪竟保持了一辈子。其次，他同张的作风、性格、爱好等也相差甚远，造成看不惯和谈不来。他把张闻天看成“洋房子先生”，“言必称希腊”（指马列），只了解苏联一些表面情况，对中国则“一事不懂”。而从张闻天这边看，他通过长期实践固然越来越佩服毛泽东的领导与军事指挥才能，但同时也觉得实在不好相处。一是感到毛这个人容易猜疑和记怨，而且很厉害，在一起共事得处处留神（小心谨慎）。二是可能对毛的不大谈马列和新文化（特别是世界文明），而是言必中国“故纸堆”，有点不以为然。三是正像黄克诚所说，毛喜欢顺着来的人，他却不屑于此，也学不会，同毛合作有点出于相忍为党，因而被毛批评为清高。总之，由于双方存在诸如此类的因素，所以相互合作主要是基于政治上的需要，而缺乏私交，感情不深，做不到推诚相见。
张闻天同毛泽东的这种合作关系到1941年就结束了。而且随着上层整风的开始，张闻天也就永远退出了中央领导。何方：《何方读史忆人：纪念张闻天及其他师友》，世界知识出版社2010年版，第51~52页。)
1943年3月，在张闻天去看望王明时，王明即明告张闻天，此次整风运动的主要针对对象就是王明与张闻天，王明说：这次整风，重要是惩办我们莫斯科回来的同志的，尤其是你。1940年3月恩来同志从莫斯科治伤后返回延安，传曼努伊尔斯基（共产国际执委主席团委员——引者）的话说，你是我党的理论家。毛主席听了这句话大发脾气说，什么理论家，背了几麻袋教条回来。所以要特别警惕你。王明还说，自己太不懂人情世故，什么话都随便说，所以遭了毛主席的忌，毛主席此人实在太厉害，真是睚眦必报。张闻天：《1943年延安整风笔记》，转引自《张闻天传》，当代中国出版社1996年版，第495~496页。)张闻天认为王明是挑拨。
但张闻天在1940-1941年显然是不愉快的，甚至相当苦闷。后来张回忆说：当时我有点苦闷，有时也发点牢骚，说毛主席似乎“不公平”，看人有点“偏”。一个人在一件工作上，他看中意了，就只看见他好的方面，另一个人什么地方不满意了，就什么都是坏的。中央决议通过的，照着做了又来驳斥（如关于干部教育的几个指示，确经中央看过，而且特用中央书记处名义发出的），因此事情不好办。同时我精神也准备着，大工作做不了，就做小工作也可以。别的同志有时提议，要我找毛主席当面谈谈，我有时想不谈也就算了，我为如何，以后证明，我何必急于人家了解！张闻天：《1943年延安整风笔记》，转引自《张闻天传》，当代中国出版社1996年版，第480页。)
当张闻天当面向毛泽东汇报工作、解释误会时，遭到毛泽东的激烈批评，毛泽东认为张闻天一事不懂，偏要人家依，不依则打；说张不顾全大局，无自我批评精神。张闻天：《1943年延安整风笔记》，转引自《张闻天传》，当代中国出版社1996年版，第480~481页。)毛泽东与张闻天会谈是两次，时在1941年六七月间，第一次毛、张二人会谈，第二次毛约了康生、陈云、任弼时。
