实际上，毛泽东与王明争论的焦点仍是抗战初期中共应采取什么样的路线，即在与国民党合作中中共是否应坚持独立自主的原则，是否应迁就国民党、蒋介石的问题，是否将支持苏联与坚持自己的民族利益对立起来，对此，10月8日，毛泽东召集中央书记处工作会议，讨论共产国际指示。出席会议的有，毛泽东、王明、任弼时、王稼祥、张闻天、陈云、凯丰和李富春。
王明第一个发言，郑重表示要对时局及过去武汉的工作发表意见。关于时局即如何改善国共两党关系，王明说：现在地方实力派、中央军对我们的关系都不好，在反摩擦中，我们对地方实力派消灭过分，这是妨碍统战的；抗日期间，“应以民族敌人为主，我们应与国民党关系弄好，打主要敌人”。王明说毛泽东的《新民主主义论》“太左”，举例说，《新民主主义论》中说，要完成反帝反封建。王明认为，“在目前统战时期……要把反帝反封建加以区别，含混并举是不妥的”；《新民主主义论》中说，要建立工农，小资产阶级与民族资产阶级的联合政权，王明说：“未说要联合大资产阶级。新民主主义是我们奋斗目标，今天打日本，我们还不希望国民党实行彻底的民主共和国。这个问题要向蒋声明。”
关于王明主持的长江局在武汉的工作，王明说：1937年12月会议和1938年的六届六中全会“路线是一致的，我与党中央也是一致的”。对武汉的工作，“我的总结，路线是对的，个别问题有错误，在客观上形成半独立自主”，而“有错误”的“个别问题”，有的是别人的责任，如不同意《新华日报》发表毛泽东《论持久战》的文章；有的问题，如未经同意用中央的名义发表文件，以个人的名义给中央和前方发指示性的电报等，这是过去在国外单独发表文章做惯了的作风问题。
毛泽东对王明的发言表示了反对的态度，说：王明同志在武汉时期的许多错误，我们等待了他许久，等待他慢慢地了解，直到现在还没有向国际报告过。王明今天说的有些问题和昨晚不同，做了一些修改。昨晚他说，当前我们要和大资产阶级弄好关系，说《边区施政纲领》和《新民主主义论》只要民族资产阶级，不好；而要与蒋介石弄好关系。批评我们的方针是错的，太“左”了。恰恰相反，我们认为王明的观点太右了。对大资产阶级，对蒋介石只是让步是弄不好的。蒋介石对我们采取一打一拉的策略，我们要依靠无产阶级的自觉性，不能上他的当。所以，我曾多次说到陈独秀的右倾机会主义造成大革命失败的历史教训来教育同志，而王明没有一次说到陈独秀主义的错误：
昨晚王明与我、稼祥、弼时等同志谈话，提出了许多原则性问题，说我们现在只要与中产阶级关系弄好，当现在中国与苏联异常困难的时期，需要与大资产阶级关系弄好，说边区施政纲领与新民主主义只要民族资产阶级便不好，而要与大资产阶级蒋介石关系弄好。王明认为我们过去的方针是错误的，认为我们太左了。恰好相反，我们认为王明的观点太右了，对大资产阶级让步太多了，只是让步是弄不好的。
王明同志在武汉时期许多错误，我们是等待了他许久，等待他慢慢地了解，直到现在还没有向国际报告过。最近我和王明同志谈过几次，但还没有谈通，现在又提出对目前时局的原则问题，我们大家来讨论是好的。王明在武汉时期的工作，我和他谈过在下面几个问题上有错误：（1）对形势估计问题——主要表现乐观；（2）国共关系问题——忽视在统战下的独立性与斗争性；（3）军事策略问题——王明助长了反对洛川会议的独立自主的山地游击战的方针；（4）组织问题——长江局与中央的关系是极不正常的，常用个人名义打通电给中央与前总，有些是带有指示性的电报。不得到中央同意，用中央名义发表了许多文件。这些都是极不对的。
最后，毛泽东表示：
准备在政治局会议上讨论王明提出的政治问题。王提议检查中央政治路线，我们要提前讨论一次。关于苏维埃后期错误问题，停止讨论。希望王明对六中全会以前即武汉时期的错误及对目前政治问题的意见，在政治局会议上说明。中央档案馆党史资料研究室：《延安整风中的王明——兼驳王明的〈中共五十年〉》，载《党史通讯》1984年第7期。（参见《胡乔木回忆毛泽东》，人民出版社2003年版，第199~201页。)
会后，毛泽东即对王明错误作出总结性发言大纲，准备在12日政治局会议的结束会上逐条驳斥王明的言论，毛认为：
王明的首要错误是统一战线中的迁就倾向，不分左中右，只分抗日不抗日，一切经过统一战线，全无列宁主义原则；否认政治上我党有提高国民党的任务，民主、民生要求不提了，没有了开放民众运动的任务；认为国民党一切都好，要求立即加入政府，全无阶级警惕性，全然忽视他们反共；放弃了阶级立场，只有一个民族立场，混同于国民党，一切迁就国民党，离开共产主义者的原则。这种倾向，说好一点，没有清醒头脑，被民族浪潮冲昏了；说坏一点，实际上是资产阶级思想在无产阶级队伍中的反映，是陈独秀主义、孟塞维克主义、张国焘主义。这是严重的原则性问题。王明的其他错误是：在中日战争问题上，不作具体分析，有盲目乐观偏向；军事问题上，只是空谈五个统一与七个统一（指统一指挥、统一编制、统一武装、统一纪律、统一待遇、统一作战计划、统一作战行动——引者），以对抗“独立自主的游击战争”，对中央关于发展长江流域游击战争的意见置之不理；在处理党内关系上，坚持要到武汉去，使武汉长江局成为实际上的中央，反对延安用书记处名义，对延安、华北下命令，不印《论持久战》小册子，开六中全会不肯回来，到了西安还想回武汉去，形成独立自主局面。王明犯错误的原因是主观主义（唯心形式），宗派主义（个人主义），这两个病根如不拔去，将来是很危险的。《胡乔木回忆毛泽东》，人民出版社2003年版，第200页。)
这时，王明托病退缩，拒不出席会议。因此原准备讨论王明历史问题由于王明不到未能完成，10月13日，即会议结束的次日，中央书记处召开会议，决定成立以毛泽东为首，有王稼祥、任弼时、康生、彭真参加的清算过去历史委员会。毛泽东在此日会议上对中共20年历史，尤其是苏维埃运动后期“左”倾机会主义错误作出带有结论性的报告，说：
五四运动至大革命时期——在指导思想上是唯物辩证法的时期，我党生动活泼的时期；1927年下半年——这是陈独秀右倾机会主义统治时期，指导思想的机械唯物论时期；立三路线与苏维埃运动后期这是“左”倾机会主义时期，思想方法上的主观主义与形式主义；六届四中全会虽在形式上克服了立三路线，但在实际政策上没有执行正确的转变；四中全会决议对于当时形势与工作政策没有具体决定，只说明交新的政治局讨论，但新的中央政治局没有完成此任务；遵义会议以后，我党又恢复按辩证法行事，即按实际办事。抗战四年以来，我党的阶级自觉性比五四时更提高了，党更加生动活泼，更能灵活地运用辩证法。
关于上述几个错误时期的主要负责者的责任，毛泽东说：
1927年大革命后期的错误，主要负责者是陈独秀；立三路线时期的主要负责者是李立三；苏维埃运动后期的主要负责者是博古同志。罗迈同志在以上几个时期都犯有严重错误，但在近来的延安工作是努力的；洛甫算犯第二等的错误，主要在宣传方面有许多错误，但在广昌战役后至遵义会议中表示改正错误较快；王明在四中全会中形式上纠正了立三路线，但后来在实际工作中仍未克服立三路线。《毛泽东年谱：1893-1949》（中），中央文献出版社2002年版，第332~333页。)
毛泽东此发言实际上形成了他后来写的《关于四中全会以来中央领导路线问题结论草案》的基本思路。毛泽东认为，四中全会的成功方面，在于指出了立三时期的错误是路线错误，打击了罗章龙为首的反党右派，恢复了共产国际在中国党内的信任，克服了立三路线反国际的性质，放弃了组织城市暴动和攻打大城市，解决了富田事变的争论等。
会上，毛着重论列了四中全会的5条错误：
（一）四中全会没有揭发立三路线的思想根源是与马克思主义的辩证唯物论水火不相容的主观主义与形式主义，埋伏了后来“左”倾路线的思想根源。
（二）四中全会没有对于当时的国际关系与国内阶级关系作出任何具体的马克思主义的分析，没有具体指出中国革命特点的极大的不平衡性和长期性，因而没有具体规定当时苏区和白区的策略任务。他们只是抽象地了解立三路线，而不能反对其具体的错误策略，并认为白区的工人运动和群众斗争应当继续“举行集会、游行示威”一类的盲动策略，这就成为后来“左”倾路线的政治根源。
（三）四中全会在组织路线方面犯了类似立三路线“压迫政策”的错误，打击了太多的人，如瞿秋白、关向应，还有何孟雄、林育南等，这些同志在本质上都是好的，这就成为后来“左”倾路线采取宗派立场的根源。在组织政策上的宗派立场还表现为，不相信苏区党与红军的原有领导，派遣自己相信的人去取而代之，所谓“钦差大臣”制度自此始。
（四）四中全会认为“右倾是目前党内的主要危险”，对反罗章龙来说是对的，但对全党来说是错的。当时党内情绪以反映小资产阶级的革命急躁性为多，四中全会没有指出党内“左”倾危险的严重性，并强调反对所谓实际工作中的机会主义，这就埋伏了后来“左”倾路线在全党大反“右倾机会主义”的根源。
（五）四中全会“全靠共产国际”，只克服了当做政治形态（其主要部分）的立三路线，不能克服当做思想形态的立三路线，这是后来形成新的立三路线的最主要原因。他们强迫推选共产国际东方部制定的极左的土地政策，大反其所谓“富农路线”，造成了经济上消灭富农，在肉体上消灭地主，影响中农利益的严重局面。
此次会议，王明虽顽固坚持自己的错误，但在几乎一致的反对中，王明又以治病为由对抗毛泽东与中共中央的批评，在此后长达4年多的时间内，即到1945年年底，王明均称病不出席政治局会议，不参加中央上层的整风运动，也未参加任何重要工作。
此时，延安知识界也闻风而动，对照苏联斯大林的对德波林学派（教条主义）的批判与布尔什维克运动，将王明错误与教条主义连接起来，加以批判，如毛泽东的读书秘书、延安中央研究院中国政治研究室主任张如心相继发表《清算德波林主义，开展反对主观主义的斗争》、《为打倒主观主义宗派主义与党八股而斗争》的文章，在《解放日报》上发表。文章说，王明等人犯教条主义错误的表现及其思想根源，是“德波林主义的再版”，而德波林主义最主要最明显的特征就是理论与实践脱节的教条主义。王明等人的理论严重脱离中国的实际，只是口头上的马列主义，并且自以为是地把自己看做马列主义正统派的唯一“宗派”，而对我党真正的创造性马克思主义代表毛泽东同志则称之为“狭隘经验主义者”，和“实行家不是理论家”。只要我们把1929年底红4军党的第九次代表大会决议及毛泽东《中国革命战争的战略问题》一书的全部理论与实践，与五中全会以前及五中全会决议等文件比较研究一下，就可以明白代表真正的彻底的马列主义的正是毛泽东而不是他们。王明等人这种变相的德波林主义的领导，由于它在党内多年的统治给予了党及革命莫大的损害，这是经历史证实了的毋庸争辩的事实。张喜德：《共产国际与延安整风运动》，载《中共党史研究》2009年4期。
思想上清算王明的教条主义与组织处理结合在一起，对王明等的批判渐成整风运动的主流。
刘少奇成为第二把手
刘少奇在延安整风运动中“异军突起”，成为中共第二号人物，是毛泽东领导权威在党内绝对树立的标志之一，也是王明彻底失势、企图“东山再起”完全失败的一个具体体现。
1941年9月中央政治局会议除反对、清算十年内战后期的主观主义与教条主义错误外，还有一个引人注目的现象，即提出刘少奇是白区工作正确路线的代表。时刘少奇为政治局候补委员，因负责新四军的工作，正在苏南指导战争，未能与会（还有两个重要成员未能与会：周恩来在重庆负责统一战线工作；朱德在华北前线指导抗日军事工作）。陈云于9月11日发言，首先提出刘少奇的应有地位问题，说：
过去十年白区工作中的主观主义，在刘少奇、刘晓到白区工作后才开始改变。刘少奇批评过去的白区工作路线是错误的，现在检查起来，刘少奇是代表了过去10年来的白区工作的正确路线。有些干部位置摆得不适当，要正位，如刘少奇将来的地位要提高。
