据陈独秀告诉我，中共第一次代表大会他因事留在广东，没有参加，之所以要他当总书记，是第三国际根据列宁的意见，派一个荷兰人马林来中国传达的。说是中国无产阶级还没有走上政治舞台，党的总书记一职，要找一个有名望的人，号召力要大点。濮清泉：《我所知道的陈独秀》，原刊《文史资料选辑》第71辑，收入《陈独秀评论选编》，河南人民出版社1982年版。
此时，留在上海的代表只有李达、李汉俊、张国焘、包惠僧、周佛海5人，于是大家便推举周佛海代理书记一职，直到陈独秀返沪。
同时，马林也屡屡敦请陈独秀辞去广东省教育委员会委员长的职务，并派包惠僧去广州，一方面汇报一大会情，一方面催促陈独秀回沪主持中央工作。关于陈独秀为何耽误1月有余还不回到上海就职，胡明的分析颇为有趣。胡认为，陈只是在摆“权威”，因为参加会议的成员多为其学生，是晚辈，且李大钊也未与会，陈借此测试一下自己的权威与架子。（见胡明：《正误交织陈独秀》，人民文学出版社2004年版，第180页。)
9月中旬，陈独秀坚辞官职，坐船离粤回沪。但陈独秀抵沪第二天与马林见面时，却因中共与共产国际的关系争得面红耳赤，不欢而散。据在场目击者包惠僧回忆：
马林按照第三国际当时的体制，认为第三国际是全世界共产主义运动的总部，各国共产党都是第三国际的支部，中共的工作方针、计划在第三国际的统一领导之下进行。
陈独秀认为中国共产党尚在幼年时期，一切工作尚未开展，似无必要戴上第三国际的帽子，中国的革命有中国的国情，目前也不必要国际的经济援助。包惠僧：《我所知道的陈独秀》，载《“一大”前后——中国共产党第一次代表大会前后资料选编》（二），人民出版社1980年版，第386页。)
包惠僧还回忆说，有一次马林的翻译张太雷跟陈独秀说，全世界的共产主义运动，都是在第三国际领导之下，中国也不能例外。
陈听后竟然把桌子一拍，说：“各国革命有各国情况，我们中国是个生产事业落后的国家，我们要保留独立自主的权力，要有独立自主的做法，我们有多大的能力干多大的事，决不让任何人牵着鼻子走。”
说完就拿起皮包出门要走。张太雷仍然笑嘻嘻地请他坐下来谈，陈独秀不理，很气愤地走了。
实际上，在陈独秀回到上海之前，李达、李汉俊也与马林发生了严重的冲突，即中共与共产国际的关系的处理，马林强调中共必须是共产国际的一个支部，必须无条件接受共产国际的领导，而在二李及后来的陈独秀看来，这无异于在中共的领导体制外安插了一个“太上皇”，显然难以接受。对于中共接受共产国际的经济帮助，陈独秀等也是心有戚戚焉，非常不自在，还在广东时，陈独秀即被自己的学生、无政府主义者区声白、朱谦之即讥讽陈独秀是“卢布主义”即拿苏俄的钱。包惠僧：《回忆党的创立时期》（1978年11月9日），载《“一大”前后——中国共产党第一次代表大会前后资料选编》（二），人民出版社1980年版，第380页。)
当时中共组织有苏俄、共产国际的经济支持，确是大家普遍感受难过的地方，但组织需要活动经费，一般成员又没有可观的收入，只能对此从长计议了，张国焘在回忆录中翔实地记载了李汉俊在与马林争论时，对此的看法：
在李汉俊看来，中国共产主义运动由中国共产党负责，共产国际只能站在协助的地位。我们站在国际主义的立场，可以接受它的理论指导，并采取一致的行动。至于经费方面，只能在我们感到不足时接受补助，我们并不期望共产国际的津贴来发展工作。再说共产国际派来的代表只能是我们的顾问，决不应自居于领导的地位。张国焘：《我的回忆》（上册），东方出版社2004年版，第125~126页。)
但陈独秀、马林之间的舌战、争论，却因为一件意外事件的发生，骤然冰释了。
10月4日下午2时许，渔阳里二号的陈独秀住宅来了3位不速之客“白相人”。这3人从前门闯入陈宅，先说要见陈独秀，又说要买《新青年》。
按通常约定，熟人一般从后门进出。正在陈宅打麻将牌的杨明斋（共产国际代表团翻译）、包惠僧、柯庆施（上海大学学生）、高君曼（陈独秀之妻）见情况不对，立即起身拦住这3个闯入者，推说陈不在。但在二楼的陈独秀闻声情知不妙，就下楼欲从后门出去，但后门已有人把守，无法脱身，不一会儿来了一辆汽车，将室内5人全都捕去，并搜出许多《新青年》等违禁印刷品。
陈独秀被押解到法租界接受询问时，化名王坦甫，偶来闲聊，是误捕，其他人亦各以假名相告。但不巧的是，又有两位被捕的客人被押来，其中一人一见陈独秀即抓住他的手说：“仲甫，怎么回事，一到你家就把我弄这儿来了！”这一下陈独秀的身份完全暴露。这二位均是沪上名流，说话的是褚辅成，曾任1917年孙中山广州非常国会的副议长，老同盟会员；另一位名叫邵力子，时为《民国日报》经理兼总编、副刊《觉悟》主编，上海党小组成员，是全国鼎鼎有名的报人。二人均到渔阳里二号陈宅去造访，但被守候的“白相人”带到了巡捕房。
5日，陈等初审，由马林花巨资延请的法国律师巴和进行辩护。陈言：他们均是我的客人，高是家庭妇女，他们在打牌，有事我负责，和客人无关。法庭“奉判陈独秀准交五百元，人洋铺保，候展期两礼拜再讯。其余诸人，均交原保”。
马林动用共产国际所给予的活动经费，并请动法国驻沪领事说情，逐步打通各关节。加之，陈乃知名人物，于是陈的被捕，引发舆论沸腾，各界纷纷致电、致函，表示对陈的慰问、致意。
19日，陈再次受审，被控二端：“一、违背公堂本年2月间禁售《新青年》的堂判。二、违反新刑律221条之罪。”但均因缺乏有力证据，为巴和律师抗辩成功，因而作出“陈仍交原保，候七日后宣布堂谕。其余五人，均判无关系省释”的辩证终结。
26日，法庭终于宣判，谓：“搜获书籍虽多，尚无激烈言论。惟查出《新青年》有违前次堂谕，判罚洋100元了案。”
经过20余天的牢狱、诉讼，陈独秀对马林解囊相助、仗义疏财的行为很是感激。
陈本是一个很重感情的人，虽有时性情暴躁，但一旦明了真相，对马林能与他共患难之情十分感激，与他以前的不和谐立刻烟消云散。陈独秀终于答应中共接受共产国际的领导和经济支援。对此张国焘回忆说：
他们两人似都饱受折磨，也各自增加了对事势的了解，好像梁山泊上的好汉“不打不相识”，他们交换意见，气氛显得十分和谐。马林表示一切工作完全由中央负责领导，作为共产国际代表的他，只与中共最高负责人保持经常接触，商谈一般政策而已。陈先生表示中共拥护共产国际，对其代表在政策上的建议自应尊重。他们这样相互谅解，弥补了过去争执的痕迹，使在座的我为之额手称庆。
从此他们经常见面，毫无隔阂地讨论各项问题。中共中央计划也按时交马林一份，马林似从未提出过异议。关于政策方面，陈先生也经常将马林的意见向中央会议报告。他们并且具体规定了共产国际补助经费的办法，此后中共接受共产国际的支持便成了经常性质了。（张国焘：《我的回忆》（上册），东方出版社2004年版，第156~157页。)
陈独秀与马林的关系的改善固然是当时中共中央的一大幸事，但是对于后来陈独秀与中共中央领导权威的走势来说却非如此。陈在失去权力后对此有过沉痛反思，听不听从共产国际的指导与接受共产国际的经济支持，在此时是陈决定难下的问题，但在接受经费后，听从共产国际的领导则就是顺理成章之事了。陈日后的革命实绩、陈坚持的路线是非、党对其功过评价，都与此息息相关。胡明：《正误交织陈独秀》，人民出版社2004年版，第212页。)
11月，陈独秀签发中共中央局通告，提出建立与发展党、团、工会组织及宣传工作的决议，中共中央局正式开始运转。通告规定：
（一）依团体经济情况，议定最低限度必须办到下列四事：（A）上海、北京、广州、武汉、长沙五区早在本年内至迟亦须于明年七月开大会前，都能得同志三十人，成立区执行委员会，以便开大会时能够依党纲成立正式中央执行委员会。（B）全国社会主义青年团必须在明年七月以前超过二千团员。（C）各区必须有直接管理的工会一个以上，其余的工会也须有切实的联络；在明年大会席上，各区代表关于该区劳动状况，必须有统计的报告。（D）中央局宣传部在明年七月以前，必须出书（关于纯粹的共产主义者）二十种以上。
（二）关于劳动运动，议决以全力组织全国铁道工会，上海、北京、武汉、长沙、广州、济南、唐山、南京、天津、郑州、杭州、长辛店诸同志，都要尽力于此计划。《中共中央文件选集》（第一册），中共中央党校出版社1982年版，第10页。)
由此，陈独秀开始真正担当起领导中共建设与发展的重任，第一个中共领袖便在五四风暴刚刚停歇后诞生了。
