4月中旬，陈独秀收到陈延年发自广州的关于“三·二○”事件的详细报告。在广东的主要中共领导人，如在国民党政府中任要职的谭平山、毛泽东，在黄埔军校任职的恽代英，广东区委书记陈延年均要求对蒋取强硬态度，对国民党内权力斗争取均衡政策，约束、限制羽翼渐丰的蒋介石的权力膨胀。陈独秀知悉后，即召集中共中央会议，决定取以下对策：尽力团结国民党左派，以便对抗孤立蒋介石；在物质和人力上加强二、六两军及其他左派队伍，以便必要时打击蒋介石；尽可能扩充叶挺部队和省港罢工委员会指挥下的纠察队和各地农民武装，使其成为革命的基本队伍；在广州成立一个中央特别委员会，由彭述之、张国焘、谭平山、陈延年、周恩来、张太雷组成；指定彭为书记。陈独秀等还决定，电告共产国际，主张中共退出国民党，由党内合作改为党外联盟。
4月29日，肩负中共重大希望、蒋介石莫大担忧的广东政府实权人物——鲍罗廷政治顾问，在向苏俄政府汇报完工作，带着苏共政治局的决策，回到了广州。斯大林坚决主张共产党人留在国民党内，而托洛茨基、季诺维也夫主张退出国民党，这使以后关于国共合作的争论蒙上了苏共内部权力角逐与政治斗争的阴影。
鲍罗廷到达广州后，正是中山舰事件1月以后，蒋介石基本控制了广东政局，鲍罗廷见此即改变原定的支持汪蒋合作计划，转而单独支持蒋介石。在和蒋会谈时，二人达成旨在限制共产党活动的3项君子协定，共产党接受蒋的建议，限制他们在国民党内的活动，此后，鲍罗廷、蒋介石达成“八项协议：这八项协议是：（1）共产党应训令其党员改善对于共产党的言论态度，尤其对于总理及三民主义，不许加以批评及怀疑；（2）共产党应将国民党内之共产党员全部名册，交国民党中央执行委员会主席保管；（3）国民党中央党部各部长须不跨党者充任；（4）凡属于国民党党籍者，不许在党的许可外，有任何以国民党名义召集党务会议；（5）凡属国民党党籍者，非得有最高党部的命令不得别有组织及行动；（6）中国共产党及第三国际对于国民党内共产分子所发的一切训令及策略，应先交国共联席会议通过；（7）国民党员未经准许脱党以前，不得入其他党籍；如既脱党籍而加入共产党者，以后不得再入国民党；（8）党员违反以上各项时，应立即取消其党籍，并依其所犯程度加以惩罚。”
此即是5月15日蒋抛出“整理党务案”的直接缘起。鲍以苏共及苏俄的利益牺牲了中共的作用与发展。对此，张国焘说：
“张太雷向我解释，道出了鲍罗廷在这一件公案上所运用的苦心。他说三月二十日事变的发生，不能说是绝对不能避免的，但我们自己（指共产派全体）至少也有部分责任。如果归咎于莫斯科的政策或者俄国顾问的作为，在国际上将有极恶劣的影响。但是，如果说是由于鲍罗廷的错误，他亦将无法继续工作。只有说成是由于中共中央某一短暂时期的措施有所偏差，才是牵动不大的交代。”张国焘：《我的回忆》（上册），东方出版社2004年版，第466页。)
5月14日晚，鲍罗廷通知中共代表张国焘和谭平山，要2人去面见蒋介石，商谈要事。实际上，鲍已和蒋及蒋最重要盟友张静江商量好，准备于次日抛出限制共产党的议案，但鲍在见张国焘与谭平山时，只是要求二人向蒋表示中共始终维护国共合作，绝不会作公开反对之事，如果翌日广州市内发现有反对该次会议的传单标语或其他行动，完全与中共无关，到此严重关头，鲍仍信守与蒋密约，不向中共代表透露半句口风。
晚8时许，张、谭去面见蒋介石与张静江，表示鲍所提出的中共对会议的态度。“蒋氏色然而喜，频频表示欣慰，当即陪同我们去看张静江。我们又把来意重述一遍，张静江也显得非常高兴，认为这样好极了，大家能够相忍为国，革命成功当指日可待。”张国焘：《我的回忆》（上册），东方出版社2004年版，第470页。)
5月15日，广州街头军警密布，国民党中央在戒备森严的氛围中召开二届三中全会，通过蒋介石、谭延闿、孙科等9人提出的《整理党务案》，规定加入国民党的共产党员在国民党中央和省、特别市党部任执行委员总数不得超过，不得充任国民党中央机关的部长；加入国民党的共产党员名册交国民党中执会主席保存；共产国际和中共对加入国民党的共产党员的指示，须先交两党联席会议讨论；中共应训令其党员对于三民主义不得加以怀疑或批评等。这是蒋介石在夺取军权后企图夺占更多党权与政权的一个严重步骤，但在鲍罗廷等的压制下，中共代表团两位中央代表张国焘、彭述之以无论如何也要支持蒋介石的命令及陈独秀同意让步的方针，制约中共代表的活动，除了毛泽东没有举手表决外，同意此提案的通过。
会后，毛泽东代理中宣部长职被逼辞免，林祖涵（伯渠）的中常委秘书、中央财政委员及农民部长职，谭平山的组织部长职均被迫辞去，分由顾孟余、邵元冲、陈果夫接任；随之，蒋介石便一跃成为集军、党、政大权于一身的铁腕人物，即国民党中央执行委员会军事委员会主席、组织部部长、国民革命军总司令、国民党中央党部军人部长、国民党中央执委会常委会主席，此年蒋为39岁。
鲍罗廷在此权力大转换中，对蒋采取了坚决退让的政策，否定了彭述之提出的退出国民党的方案，要求对蒋作最大限度的让步，建立一个“革命独裁”政权来打击右派的反革命阴谋。
谭平山作为老同盟会会员，又是国共合作中担任要职的关键人物，坚决反对这种无理由的退让，表示要退出中共，以同盟会员身份，联络李济深等地方实力派，公开与蒋介石和浙江系对抗，这又深得鲍的支持。鲍表示愿意扶持李济深与蒋抗衡，利用国民党内部矛盾来拆散蒋与张静江的联盟。后来谭平山在1926年11月赴莫斯科出席共产国际执委会第七次会议，斯大林则希望由谭来代替陈独秀，领导中共，但随着中国内部革命的影响，斯大林此企图未能实现。
毛泽东此次辞职后，即以中央农民运动委员会书记身份赴家乡湖南考察农运，写出名作《湖南农民运动考察报告》，成为中共党内农民运动的权威。
中共总领袖首尾失据
面对蒋介石为代表的国民党新右派咄咄逼人的进攻，以陈独秀为首的中共中央几呈束手无策局面，只是一再重复以前的论调：退出国民党，以党外合作方式进行国民革命，在1926年7月召开的中共第三次扩大执行委员会上，陈独秀和彭述之再次提出包含此建议的联合提案，为会议否决，在提交共产国际讨论时，遭到布哈林的严厉指责。
会议提出在国民党内联合左派、中派，反对新、老右派。会后，张国焘、瞿秋白赴粤参加国共两党联席会议，另一代表为谭平山，国民党代表为张静江、谭延闿、蒋介石、吴稚晖、顾孟余。联席会议的设置为协商两党重要问题，由于已为右派所控制，会议只是流于形式。
陈独秀提出退出国民党的主张到1926年逐渐得到强化，其主要内容是：以党外联盟取代党内合作；采取一切独立的政治策略；竭力使城市小资产阶级成为国民党的基础；建议国民党不要成为一个有组织的党，而成为地方组织，可以采取俱乐部形式。
在记述这段历史时，陈独秀在1929年12月10日发表的告全党同志书中曾这样回忆：
我在三月二十日事变后，对国际报告中陈述我个人的意见，主张由党内合作，改为党外联盟；否则，其势不能执行自己的独立政策，获得群众的信任。国际见了我的报告，一面在《真理报》上发表布哈林的论文，最严厉批评中共有退出国民党的意见，说“主张退出黄色工会与退出英俄工委员会，已经是两个错误，现在又发生第三个错误——中共主张退出中国国民党”，一面派远东部长吴廷康（即维经斯基——引者）到中国来，矫正中共退出国民党之倾向；那时，我又以尊重国际纪律和中央多数意见，而未能坚持我的提议。陈独秀：《告全党同志书》（1929年12月10日）。
到6月，广东政府北伐已是箭在弦上，陈独秀先是在中央内部讨论时反对北伐，得到彭述之的附和，并对持反对意见的张国焘、瞿秋白拍了桌子，当时以2票对2票相持不下，陈大怒竟张口大骂，张不敢回骂，就同意提出反对北伐的决议；即至北伐伊始，苏俄驻广东政府军事顾问加伦和中共广东区委表示支持北伐，发起“迎汪抑蒋”运动，陈独秀对此大不以为然。对来上海请示工作的周恩来表示，第一，反对北伐；第二，北伐就是北伐，既不拥蒋，也不倒蒋。张国焘在广东主持区委工作时，也表示北伐中共方针是：反蒋也不反蒋。
这都说明，在当时最为关键的历史关头，陈独秀与共产国际的主张大相径庭，与中央内大多数领导人也意见相左，到7月31日，中共中央发出第一号通告，否定了陈的意见，公开表示赞成北伐，这对陈独秀领袖地位是很大的打击，共产国际及苏俄代表鲍罗廷等开始在中共党内寻找代陈的领导人。
9月，北伐军进攻武汉，陈独秀要求张国焘为中共中央全权代表，赶往武汉，独当前线指挥的重任，而中央机关仍留在上海，以观武汉局势的演变和作为照顾全国的中枢。
这期间，蒋介石势力随着北伐的进度越来越膨胀，由军权而党权而政权，独裁反共的倾向越来越明显，于是在粤派军人李济深部及桂系李宗仁部、唐生智湘军的联合下，广东政府各派掀起迎汪复职、反蒋迎汪的运动，企图让在法国流浪的汪精卫回国，以与蒋介石相抗，制造汪蒋平衡政局的局面，中共广东区委大部分成员对此也十分热心，但陈独秀及共产国际代表对此颇有不同看法。
9月中旬，蒋介石迫于迎汪反蒋浪潮高涨的情势，派人到上海请陈独秀与维经斯基赴武汉协商，要求中共不要支持此运动，以维持蒋的总司令地位与职权。陈独秀代表中共中央明确表示，中共是赞成汪精卫回国主政的，但是这有3个条件，即：“1.是汪蒋合作不是迎汪倒蒋；2.仍保持蒋之军事首领总司令地位，愈加充实蒋之实力，作更远的发展，决不主张别的军人拥汪以助小军阀倒蒋；3.不主张推翻整理党务案。”
16日，中共中央发出第17号通告，就迎汪运动、蒋介石匆忙召集十月一日国民党中央扩大会议作出指示。要求中共党员在国民党中的工作，是向左派宣传“革命势力统一”的口号，即促导汪蒋合作，使汪主党，并非同时倒蒋；指出现阶段倒蒋迎汪有两大危险：一是动摇北伐的局面，一是目前军事首脑并没有超过蒋者。指示还说，“我们向蒋诚恳的表示，汪回国后我们决无报复行为，决不推翻整理党务案”。指示表示，于蒋召开的此次大会，中共主要目的是产生一个左派政纲，以作为国共合作的基础，“如果蒋能执行左派政纲或为左派，我们亦可不坚持要汪回来”。
20日，中共中央于蒋之召开国民党中央扩大会议事作出《对于国民党十月一日扩大会议的意见》，向党内外公开表达中共领导机关的态度，表示反对蒋提出的国民政府北移武汉仍驻广州的提议，要求改造广东省政府，形成一个汪精卫、李济深、孙科共同主持的局面，强调国民政府当注重各省自治权，打破总司令的委任制度，以减少军事独裁倾向。
同日，中共中央发表中央局报告，提出：（1）对国民党，我们既不退出亦不代替，对蒋介石中派诸人的骄张之气、漠视一切，应处处保持在野党地位，善意忠告他们；（2）对国民党内蒋唐（生智）军事冲突、蒋汪纷争，只维持其平衡，决非倒蒋，只是汪蒋合作，将党权、政权速交与汪，仍保持蒋之军事首领总司令地位，充实蒋之实力。
报告再次重申陈独秀对北伐的态度，即，（1）北伐只是一种讨伐北洋军阀的军事行动，不能代表中国民族革命之全部意义；（2）须防止投机的军人政客个人权位欲的活动，不能因北伐而牺牲民众之自由权益。北伐中中共的政治号召是：“仍旧主张国民会议是解决中国问题的道路”，我们不梦想此次北伐军事胜利就是一种革命，就能实现接收政权的国民会议，蒋介石的北伐意在扩大他们的政权，中共则是要求民权运动的扩大。
在北伐战争进入迅猛发展的关键时刻，面对蒋介石咄咄逼人的争权局面，中共中央显然对此缺乏积极的应变政策，甚至缺乏应变的信心；汪精卫与蒋介石虽然有左、中派之分，但中共一来对国民党内派别斗争一向持超然态度，不期望过多地卷入，以免给人以口实；二来汪、蒋力量的对比已发生显明的变化，远在欧陆的汪精卫势力已远在如日中天的蒋的后面；政治上的限制以及笼络处于两湖前线的粤军与湘军，与蒋形成军事对抗也非中共之本来愿望，这样势必造成蒋之急剧右转。因而此际中共中央只是作维持现状的工作，尤其是苏俄政府与共产国际期望广东政权、后来的南方政权能与苏俄保持较密切的合作，不至于出现与苏僵裂的局面，反而将中共党派利益远放在民族利益之后。
中共中央这种首尾难顾、几乎一筹莫展的局面，即是后来被称为“陈独秀右倾机会主义”形成的前奏曲。
