去职以后的陈独秀
凄楚、消沉、满脸倦容的陈独秀，在仓皇逃离武汉回到上海时，已是48岁的中年偏老的人了。身心俱已累极的陈独秀，可以说至此已脱离政治的旋涡，其一生最为辉煌的岁月已随历史的流逝而无情地消失了。
陈独秀拒绝了后来中共中央屡次要他到苏联学习的要求，一再坚持“中国革命应该由中国人自己来领导”的观点，认为大革命失败的主因在于共产国际及苏俄政府错误的指导。据晚年曾跟随他的秘书黄文容回忆陈独秀的话说：
你懂什么？莫斯科让我去学什么啊？学中国革命问题？中国历史是中国人懂得还是外国人懂得？你以为中国问题还要请教外国人，难道外国问题也请教中国人，中国人能懂吗？黄玠然（文容）：《党的“六大”前后若干历史情况》，载《党史资料》（丛刊）1979年第1期。
八七会议以后，中共中央不让陈参加任何会议，也未派他作任何工作，但瞿秋白为首的临时中央政治局对他还是尊重的，没有把他当做敌人看待，也没给他什么处分，待遇仍同往常。但陈对政治已完全消极，整天埋头于中国文字拼音化问题和音韵学等感兴趣的“小学”纯学术问题的研究。
此时，正值苏俄国内发生斯大林与托洛茨基激烈政治斗争时期。托洛茨基因一直主张中共与国民党应是党外联盟进行中国革命的主张而与陈独秀不谋而合，且陈本对斯大林指导的共产国际对中国革命诸多政策有强烈的不满，因而与托氏主张亲近起来，至斯大林以政治权力解决两人纠纷时，陈独秀同情托氏的遭遇，开始形成反对斯大林政策及中共主流派的“陈独秀小集团”，隐然成为反对派的领袖。
这个时候，在大革命失败后，一批早期的活动分子由于与陈比较接近受到瞿秋白中央的批评，在党内郁郁不得志，开始寻找新的精神领袖，进行派别活动，企图与瞿秋白中央分庭抗礼，其代表人物有彭述之、陈碧兰（中央妇女部工作人员、上海区委妇女部书记，彭述之之妻）、尹宽（安徽省委书记）、何资深（继毛泽东后任湖南省委组织部长及书记）、郑超麟（中宣部秘书，中央机关报《向导》、《布尔塞维克》实际主持者）、蔡振德（江苏省委委员）、马玉夫（江苏省委委员）、刘伯庄（前顺直省委书记）、任旭（湖北省委代理书记）、陆沉（江西省委书记）等，但陈独秀对他们仍只保持一般工作关系，并未允诺担任其领袖的职位。后来还有汪泽楷、刘仁静等人加入，成为“托派”在中国的骨干，奉陈独秀为他们的旗帜象征与精神领袖，但陈与他们又不大相同，仅是思想上认同于托洛茨基的思想，在组织上别树一帜对此时心灰意冷的陈来说兴趣不大。
1929年5月，张学良奉蒋介石之命派东北军以武力接管中东路，使中苏边界处于军事对抗状态。中东路本是俄国以不平等条约欺凌中国的产物，由清政府出资，沙俄政府修建经营，1901年交付使用。1917年列宁曾发表对华宣言，宣布废除对华一切不平等条约和各种特权，还明确表示，中东铁路归还给中国，不接受任何报酬。但1924年，中俄双方签订《中苏协定》时，苏方却又规定此路由中苏共管，实际上主营权一直掌握在苏俄手中。
中东路事件发生后，共产国际与苏俄领导人断言这是整个帝国主义在向苏联的进攻，是第二次世界大战发生前的信号，要求各国共产党必须组织本国人民群众，发动一场“保卫苏联”的运动。当时国内中共中央主持其事者是李立三、向忠发，他们忠实地执行共产国际指示，提出“武装保卫苏联”、以“革命的暴动消灭反苏的战争”等口号，将民族利益与“国际主义”混为一谈，为蒋介石政府所利用，在国内形成了不好的政治影响。
陈独秀见此，要求中共中央改变单纯的说教，以免民众产生中共只是为卢布利用，而不顾及民族利益的误会，打破蒋介石政府的欺骗，从而与李立三中央形成尖锐的对立，中央认为，与陈独秀的分歧，不只是部分的策略问题的讨论，而且包含了很严重的原则问题；指责陈独秀是资产阶级左派的观点，忘记了世界无产阶级的利益。当时在中宣部工作的王明，更以鲜明的“左”派新锐的角色，对陈独秀口诛笔伐，中央与陈独秀的论战大大升级和激化。
8月5日，陈独秀致书中共中央，抨击1年多来中央路线是机会主义——盲动主义和命令主义、官僚集权制等，要求中央将此信在党报上全部发表出来，以期与中共中央展开大争论，引起党内特别是中上干部内一次轩然大波，许多对瞿秋白中央、李立三中央“左”倾冒险主义路线、政策不满的高级干部，转而同情与加入陈独秀派别。
此时，中共中央对陈独秀等的同情者及非原则性派别活动给予了严厉批评，并决定给予组织制裁，10月15日中央政治局会议通过《关于党内机会主义与托洛茨基主义反对派的决议》，要求陈独秀等停止一切“反党的宣传与活动”，25日江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德的党籍，11月15日，中共中央政治局通过决定《关于开除陈独秀党籍并批准江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德四人决议案》，开除陈独秀党籍，这样，陈独秀这位作为党的创始人的开拓者竟在10年后被中共开除出党，这于陈独秀确是一件十分可悲的事情。
此后，陈独秀与中国托派组织藕断丝连，关系若断若续，1932年10月被捕入狱后，由于托派内部的内讧与争吵，使得陈完全心灰意冷，彻底与其断绝了关系。
是年12月31日，国民党江苏高等法院对陈提起公诉，陈之老友、当时上海滩的社会名流、大律师章士钊主动为陈免费辩护，陈在法庭上慷慨陈词，义正词严，所作辩讲在当时影响极大。3次公开审讯，都成为陈的公开演讲席，再现了陈的“五四英雄”、“反清豪杰”的风采。1933年4月26日陈被判有期徒刑13年，褫夺公权15年；但1937年抗战全面爆发，陈无条件被释放出狱，时为8月23日。国民政府云陈是“深自悔悟”被减刑、政府宽大的结果。陈当即致书《申报》进行声明，全文极富个性与文采，现录如下：
鄙人辛苦狱中于今三载，兹读政府明令，谓我爱国情殷，深自悔悟。爱国诚未敢自夸，悔悟则不知所指。前此法院科我之罪，诬以叛国。夫叛国之罪有明文，外患罪与内乱罪是也。通敌之嫌，至今未闻有人加诸鄙人之身者，是外患罪之当然不能构成。迩年以来，国内称兵据地或企图称兵据地之行为，每役均于鄙人无与，是内乱罪亦无由周内。无罪而科以刑是谓冤狱。我本无罪，悔悟失其对象；罗织冤狱，悔悟应属他人。鄙人今日固不暇要求冤狱之赔偿，亦希望社会人士，尤其是新闻界勿加我以难堪之诬蔑也。以诬蔑手段摧毁他人人格与自身不顾人格，在客观上均足以培养汉奸。此非吾人今日正所痛心事乎！远近人士或有以鄙人出狱感想见询者，益以日来都中有数报载鄙人言行，皆毫无风影，特发表此书面谈话，以免与新闻界诸君面谈时口耳之间有所诋误。转引自唐宝林：《陈独秀传——从总书记到反对派》，上海人民出版社1989年版，第203页。)
出狱后的陈独秀，继续发挥其言论巨子的角色，到处宣传抗日，拥护国共合作、蒋介石政府领导抗日的举动，与中共毛泽东所领导的抗战路线是基本一致的，毛泽东、张闻天曾以三条件为依据，要求陈独秀公开接受并有所表示，这三条件是：
（一）公开放弃并坚决反对托派全部理论与行动，并公开声明同托派组织脱离关系承认自己过去加入托派的错误。
（二）公开表示拥护抗日民族统一战线政策。
（三）在实际行动中表示这种拥护的诚意。
陈独秀知后，断然表示自己不知过从何来，无过可悔，这样，陈独秀与中共中央虽未实现合作，已产生非常缓和的气氛，但是1938年1月，王明、康生炮制的《铲除日寇暗探民族公敌的托洛茨基匪徒》在武汉的《新华日报》上公开发表，对陈进行人身攻击，则将合作的大门牢牢地关闭死了。
此文先在1938年1月《解放》周刊第一卷第29、30期首先登载，由康生撰写，公开诬指陈独秀等是领了日本侦探机关津贴的汉奸。证据是：早在1931年“九一八”事变时，上海的日本侦探机关通过唐有壬代表与托派组织陈独秀等代表举行合作谈判，谈判结果是：托派“不阻碍日本侵略中国”，而日本则给陈独秀等“每月三百元的津贴”。
刚从苏联回来的康生，正在延安负责中组部与社会调查部的工作，在中共党内对干部组织的审查具有权威，其这一作法是迎合当时党内权力斗争，配合王明攻击毛泽东。但这种对向来具有强烈民族主义情感与爱国热忱的陈独秀的“白纸黑字”的攻击且出现于延安边区与国统区的机关刊物上，引起很多知名人士的震惊与愤怒。
3月16日，《大公报》登载傅汝霖等9人的声辩信。信中开门见山，劈头就说：如果是党内部理论之争辩，那么党外人士自无过问之必要。而现在的问题是《群众》、《解放》等刊物及《新华日报》“竟以全国一致抗日立场诬及陈独秀先生为汉奸匪徒，曾经接受日本津贴而执行间谍工作”，这事殊出情理之外，信中对陈之为人与品德表示高度的肯定：独秀先生在此次抗战中之言论行动为国人共见，“汉奸匪徒之头衔可加于独秀先生，则人人亦可任意加诸异己”，所以此风断不可长。“为正义，为友谊，均难缄默。”
3月17日，在重庆出版的中共报纸《新华日报》对康生文章作出呼应，发表“短评”说：“陈独秀是否为汉奸问题，首先应该看陈独秀是否公开宣言脱离托派组织和反对托派汉奸行动以为断。”实际上仍在坚持康生的“指控”，对陈的“汉奸”身份仍作看似暧昧实则肯定的态度。
陈在看到国统区出版的中共报纸仍然对其扣以“汉奸”恶名，十分气愤，立即致信《新华日报》，对此进行驳斥，并表明自己的态度。信中说：“我在去年9月出狱以后，曾和剑英、博古谈过一次话，又单独和剑英谈过一次。到武昌后，必武也来看过我一次，从未议及我是否汉奸的问题。并且据罗汉说，他们还有希望我回党的意思。近阅贵报及汉口出版之《群众周刊》及延安出版之《解放周报》，忽然说我接受日本津贴，充当间谍的事。我百思不得其解。顷见本日贵报短评，乃恍然大悟。”悟到了“你们所关心的并非陈独秀是否汉奸问题，而是陈独秀能否参加反对托派运动的问题。”陈在信中表示：“你们造谣诬蔑的苦心，我及别人都可以明白了。”“我坦然地告诉你们：我如果发现了托派有做汉奸的真凭实据，我头一个要出来反对，否则含沙射影血口喷人地跟着你们做拉拉队，我一生不会干这样昧良心的勾当。”陈表示，至于断定其是否为汉奸，绝非该报以与托派关系为准；认定谁为汉奸，任何私人都无权利，“更不容许人人相互妄指他人为汉奸，以为政治斗争的宣传手段。”陈表示：“我的政治态度，武汉人士大都知道，事实胜过雄辩，我以为任何声明都是画蛇添足。”“你们企图捏造汉奸的罪名，来压迫我做这样画蛇添足的事，好跟着你们做拉拉队，真是想入非非。”陈在信中末尾还说：“你们向来不择手段，不顾一切事实是非，只要跟着你们牵着鼻子走的便是战士，反对你们的便是汉奸，做人的道德应该这样吗？”此信《新华日报》并未发表，该年《血路》周刊第12期李柏青撰写的《陈独秀是汉奸吗？》一文引用了此信。
由康生一文引发的轩然大波使陈大受打击，对延安中共中央又冷嘲热讽甚至批判抨击起来，中共的大门终于对陈完全地关上了。
抗战烽烟席卷大半个中国后，陈独秀一家也一再被迫迁徙，到1938年8月，移居四川江津避居，过着寄人篱下、穷困潦倒的生活，但陈傲骨依然，拒不接受国民党的资助，对朋友的援手也极有选择，体现了中国传统士人的风范。
1942年5月27日，陈因食物中毒，高血压等病并病发，逝于江津一家农舍，享年64岁。先葬江津县大西门外鼎山山麓之康庄，抗战结束后迁葬安庆市郊北关。
