1924年年底至1925年春，为支持孙中山北上，制约直系军阀冯玉祥（改为国民军）、奉系军阀张作霖及皖系头领段祺瑞等策划的和平运动，李大钊在北京组织国民会议运动，利用合法形式，汇合原已开始的废除不平等条约运动，以实现与保障人民的基本民权为目的，影响十分浩大，到1925年3月1日，为对抗段祺瑞善后会议，国民会议促成会全国代表大会在北京开幕，到会代表百余人，列席百余人，代表20余个省区，120多个地方，声势十分壮观，会期延续1个多月，后因孙中山的猝然去世，才没有取得预期成果。李大钊对冯玉祥的态度一直众说纷纭，但李的真实态度可从以下他对苏联顾问的谈话中窥见一斑：“你们以为冯玉祥当真有志于革命活动吗？即使他再活这么多年，他也绝成不了革命家。最多也不过是有激进情绪，这可能反映在他的具体实践活动上。当然，我不怀疑，冯玉祥元帅可能是孙中山所提倡的中国民族解放运动热烈的信徒。请不要忘记，中国可能是这样的时代，到那时不仅会涌现出冯玉祥元帅这一类型的人，而且还会涌现出口袋里装着共产党党证，但思想情绪跟他不相上下的人……”（参见《苏联顾问回忆录：在中国土地上》（1925-1945年），转引自北京大学图书馆、北京李大钊研究会编，《李大钊史事综录》，北京大学出版社1989年版，第822~823页。)
1925年11月，在领导五卅运动在北方的开展后，面对直奉分裂、张作霖奉系内部倒戈、段祺瑞政府摇摇欲坠之时，李大钊和北方国共组织决定发动一次以推翻张（作霖）段政府、建立“国民政府”为目的的革命运动，此即“首都革命”。运动的主要力量为由各高校学生、工厂工人组成的敢死队和保卫队，以军队形式游行包围段祺瑞执政府，后因国民军暗中破坏才未成功，但在当时，这次民众示威暴动大大震动了段祺瑞政府的统治，各地反段政府活动步向高潮。
1926年3月18日，北京发生自五四运动以后最著名的一次学生市民运动，而领导者即是国民党领袖徐谦和共产党领袖李大钊。事件起因是日军侵略者、驻扎在天津外的日舰公然开炮掩护奉系军舰进攻支持南方的冯玉祥国民军，国民军被迫开炮还击，日军竟以《辛丑条约》有关条款为借口，向北洋政府提出抗议，并纠合英、美、法等八国公使向中国北洋政府发出最后通牒，限48小时答复，同时，各国陈兵大沽口，准备以武力进京，实行恫吓和军事威胁，这激起北方民众的极大愤怒，北方相继发生几十万民众游行示威请愿的活动，表示对国民军的支持，要求段祺瑞政府以强硬态度应答，驱逐八国公使出京，但遭到段政府的武力拒绝。
18日，北京各界十余万民众、200多个社会团体，齐集天安门，举行反对八国最后通牒示威大会，李大钊即为大会主席之一。随后各团体推荐出2000多人组成的请愿团，再赴段政府所在地请愿，遭到军警的血腥镇压，死47人，伤200多人。李大钊亦走在队伍的前列，在赵世炎、陈乔年的掩护下，才得脱险，头部和双手均负伤，并一度被捕。
“三一八惨案”被鲁迅先生称为“民国以来最黑暗的一天”，表明北洋政府已完全与南方政府根本对立，根本不容许国、共党组织在北方的活动，李大钊等遭到通缉，被迫转入东交民巷苏联大使馆西院的兵营里。
1927年4月6日，清明节。一直顽固坚持反共反苏的奉系政府突然袭击苏联大使馆，搜捕李大钊等，随即范鸿劼、谢伯俞、邓文辉等国、共党员相继被捕。28日，李大钊等19人被奉张政府处以绞刑，李大钊英勇就义，时年38岁。
中共中央再起争执
国共合作伊始，在国民党内即存在反共、清共的右派暗流，一再公开提出多种提案及文论，对中共进行攻击，对孙中山进行威胁和压迫，因此，以陈独秀为首的中共中央即将主要精力放在维护统一战线、反驳右派言论上。
1924年5月，国民党中央监委3委员邓泽如、谢持和张继以发现中共在国民党内进行党团活动为由，当面质询陈独秀，反对党团活动，反对党内有党，遭到陈有理有节的反驳；6月，3人又联名向国民党中央提出弹劾共产党案，攻击中共的党团活动是“不忠实于本党，违反党义，破坏党德，确于本党之生存发展，有重大妨害……希即从速严重处分。”又遭到陈独秀的反驳，公开发表《我们的回答》，载于中共中央机关刊物《向导》。但此时陈对国共合作诸问题并无绝对的信心，仍心存疑虑，这种担心也一直存在于整个大革命中，据张国焘回忆说：
陈先生说，汪（精卫）张（继）两位将社会主义青年团关于在国民党内组织党团的决议和团刊等交给他看，并向他表示，胡汉民、谢持两位不赞成在国民党内组织党团的办法，认为这违反了李大钊先生向国民党第一次代表大会所作的声明。因为这声明中曾明白宣称：共产党员以个人资格加入国民党，只是跨党，而不是党内有党。现在中共党员在国民党内有党团组织，岂非党内有党吗？
陈先生承认中共党员和社会主义青年团员在国民党内确有党团的组织，但否认这个措施违反李大钊先生的声明；既不是党内有党，也不会危害国民党。他向他们解释，中共在国民党内党团组织，用意是指导它的同志们遵守国民党的决议和纪律，积极工作；并不是要他们在国民党内争权势、闹派系和搅其他不利于国民党的事。但他这种解释并未使汪张两位满意，因而他答应他们，中共中央将举行会议商讨，再行答复。
陈先生对这件事极其为难，又异常激动。他说这都是加入国民党这一政策所引起的难题。他说中共如果遵照国民党的意见，取消在国民党内的党团组织，这无异是将我们的组织熔化在国民党内，没有独立性了，这是我们做不到的事。但要国民党默认中共在国民党内有党团存在，也是做不到的，他认为这是无法解决的。他感慨的说，如果他是国民党人，也要反对中共这种党团组织的办法。
陈先生还向我详细分析这件事。他认为胡汉民、谢持、汪精卫、张继四人几乎可以代表国民党全体，除谢持一向反共外，其余三人都不能说是右派，而是支持国民党改组的。现在他们共同提出这个问题，决不能等闲视之。张国焘：《我的回忆》（上册），东方出版社2004年版，第305~306页。)
张国焘所述此情节是在邓泽如、张继、谢持3人所提弹劾案之前事，陈独秀与张国焘均对国共以现在这种形式的合作不表乐观，陈认为，中共党团组织无论如何不能取消，但与国民党合作只有两种前途，或是国民党默认中共党团在其党内的存在，或是中共乘早退出国民党，另谋党外的合作。张国焘亦表示，国共合作的现行方式是无法维持长期的，只希望不要以吵架散场。
实际上，关于国共合作的争论，归根结蒂还是统一战线的领导权问题，其实质又是实力对比问题，亦即无产阶级与资产阶级在国民革命运动中的参与程度及掌握领导权大小的问题，这一点中共中央与共产国际的认识是一致的，都认为发动无产阶级群众运动的重要，以无产阶级这个最有革命战斗力的阶级起来奋斗充当国民革命的领导者，但现实是面对拥有政权、军队、全国范围的组织的国民党来说，无产阶级夺取领导权根本不可能，而它剥夺无产阶级掌握领导权的实际又是一个难以回避的问题。
这期间，中共三大选举出的中央委员，有4人常驻北京、广州、湖北、湖南指导工作，毛泽东虽参与中央局的工作，却奔波于湖南、广东与上海，多在国民党上层做统战的活动，多半时间不在中央；蔡和森因在三大上与张国焘有结成小团体之嫌，对国共合作持保留态度，只埋头写作，不多过问政策方面的事；瞿秋白则忙于上海大学的筹建，还在广州帮助国民党改组，住了相当长一段时间。这样，在上海主持中央的陈独秀在许多工作与决定方面便不经会议的讨论，而付诸直接决策，渐渐形成家长作风，到中共四大后，此种情况更趋明显。对此张国焘回忆得相当具体，张说：
第三次代表大会后，中共中央的情况确也有些变化。陈独秀先生的权力是增加了；许多事往往不经过会议而取决于他个人。那时任中央组织工作的毛泽东，多半时间不在中央。任宣传工作的蔡和森保持他在第三次大会时服从多数决定的诺言，只是埋头写作，不多过问政策方面的事。至于不管部的瞿秋白，除了在广州耽搁了一个长时期外，返沪后忙于上海大学的工作。陈独秀在中共内的“家长”称号，也就是这个时候传出来的。张国焘：《我的回忆》（上册），东方出版社2004年版，第303~304页。)
1924年9月，留学法国、德国与苏俄的一批海外知识分子如彭述之、陈延年、周恩来、王一飞、任弼时、尹宽等回国，大大加强了中共的领导力量。这批人也成为中共早期领袖的重要组成部分，与前期一批留学归国人员形成鼎足之势。
陈独秀的领袖人格与威权体制
中国共产党第三次代表会议后，中共中央的组织体系相对完整了一些，宣传部、组织部等职能部门建立了起来，其领导功能虽无法完整体现，但集合了毛泽东、罗章龙、蔡和森、谭平山等一时党内最具才干的人选，加强了中央的领导力量。陈独秀在对共产国际联合国民党的政策一段踯躅后，也积极推进这项工作，中共中央在党内的领导权威随着中国共产党党员人数的急剧增加也扩大起来。
这时集聚在陈独秀周围的，均是陈独秀学生之类的“后辈”，“五四运动”崛起的一代青年学生，尽管他们可能是留苏、留日、留欧，但对陈独秀的领导是服从的，陈独秀个人权威，随着中共中央领导体制的要求（中央集权制），更加强化了。当然，这与陈独秀的领袖人格也大有干系。
陈独秀性格激烈，疾恶如仇，不善于过细解释自己的思想，也不屑于纠集帮派，只是依赖自己的人格、思想去“征服”同志的信任、认同与服从，一旦真心服膺陈独秀的思想，则绝对忠诚于陈的领导，在没有别的组织或权威挑战的前提下，陈的“个人权威”自然是独尊式的。但陈独秀过于激烈甚至专权的性格，易于与党内与陈独秀关系不很密切、有旧怨误会的同志产生矛盾，导致因争吵而分裂，由于陈独秀的绝对主导地位，这种分裂只能是其他人的“出走”，这样更强化了陈专权的可能与“印象”；在共产国际与中共关系中，共产国际的早期代表马林还没有完全控制中共中央，共产国际的权威还无法与陈独秀抗衡，陈的个人威望也使得共产国际必须借助于他，因此，到大革命高潮时期的1925年、1926年前半年，陈独秀在党内的权威无人撼动。如直到1926年5月在讨论北伐问题的中共中央会议上，认为北伐是国民党一贯的借机清除异己的手段，反对北伐，这与共产国际精神相违。遭到中央其他成员的反对。“陈独秀一个人发表意见后，张国焘提出反对。两人反复辩论了几次，独秀发了脾气，桌子一拍，张口大骂。国焘是他的学生，不敢回骂，声音愈说愈低，终于默然了。”亲历此事件的郑超麟还说，“以此解决问题不止一次，这是独秀的缺点，因为这个方法不能解决问题。”（参见郑超麟：《郑超麟回忆录》（上卷），东方出版社2004年版，第246页。)
中共早期陈独秀的威权体制，还仅指陈独秀对中共中央的绝对影响力及陈独秀对党内其他同志尤其是与其有不同见解的“反对派”的领导人的控制力而言，陈独秀没有动用组织的力量对这些人以组织的惩处、纪律的制裁，这与以后的瞿秋白中央、李立三中央、王明——博古中央习惯于党内“残酷斗争，无情打击”方式有决然的区别。郑超麟回忆说：“1927年前后，我最不满意瞿秋白的，是我首次发现共产党内有人搞阴谋诡计，搞的人恰好是我一向佩服的瞿秋白。我以为在一个真正的革命党内，同志间的关系应当是光明正大的，不应当同北京政府的政客和国民党的官僚一样搞阴谋诡计。我认为陈独秀就不搞阴谋诡计，有时他拍桌骂人，但不在背后暗算人。”（参见《郑超麟回忆录》（下卷），东方出版社2004年版，第23页。)李维汉亦评价说：“他是我们党领导人中，少数几个不搞阴谋的人。”邓小平在谈到党内路线斗争时也说：“陈独秀，还有瞿秋白同志、李立三同志这三个人，不是搞阴谋诡计的。”蔡元培认为陈独秀“忠于人，忠于事”，对陈有高度赞誉，说：“近世学者人格之美，莫如陈独秀。”转引自张宝明、刘云飞：《陈独秀的最后十年》，河南人民出版社2000年版，第19页。)
关于陈独秀的“家长制”，李达认为，早在建党之初，陈独秀即已如此，“具有恶霸作风”，“每逢同志和他辩论的时候，他动辄拍桌子、打茶碗，发作起来”李达：《七一回忆》，载《七一》1958年创刊号。；包惠僧也认为，陈个人脾性暴躁，但无私心，他说：“陈独秀不讲假话，为人正直，喜怒形于色，爱说笑话，很诙谐，可是发起脾气来也不得了。他认为可以信任的人什么都好办，如果不信任就不理你，不怕得罪人，办事不迁就。”包惠僧：《我所知道的陈独秀》，载《“一大”前后——中国共产党第一次代表大会前后资料选编》（二），第385页。)
