但对毛泽东的领导权力产生更为直接的影响则是中共中央对中央苏区的逐渐控制。早在1930年10月，六届三中全会后的中共中央政治局决定成立苏区中央局，负责指导全国苏维埃区域与红军的工作，由周恩来、项英、毛泽东等组成，周为书记，因周暂时无法脱身，由项代理书记职，它是直接领导毛泽东领导总前委的中共中央派出结构。项英于1930年12月中旬到达闽西苏区，1931年1月15日正式成立苏区中央局，其职权范围是接受中央政治局的指导，管理全国苏维埃区域内各级党部，指导全国苏维埃区域内党的工作；《中共苏区中央局通告第一号——苏维埃区域中央局的成立及其任务》，见《中共党史教学参考资料》第14册，第622页。)并成立中央革命军事委员会，项为主席。随之，红一方面军总前委撤销，毛泽东担任苏区中央局委员、军委副主席兼军委政治部主任、红一方面军总政治委员，成为排列项之后的第二位人物。由于战争频繁、交通不便，组成中央局的几个成员基本上难于碰面，中央局做工作的通常只有项英一人，组织机构很不健全，《苏区中央局报告》（1931年7月8日），见《江西党史资料》1987年第4期，第3页。)其实际权限也仅限于中央苏区，发挥功能颇为有限。而且因为中央局主要面临问题是红军的战争，项英不懂军事，缺乏作战经验，“所以，在当时作战指挥上，毛泽东仍然能够起主要作用。”黄克诚：《黄克诚回忆录》（上），解放军出版社，1989年版，第143页。)另见《黄克诚自述》，第87页。)
但项英在对待“富田事变”及肃反的问题上与毛泽东发生了严重分歧。项英改变了毛泽东与总前委认定其为反革命暴动的结论和一网打尽式的过火斗争的结论，主张按照党内矛盾、教育方式与党的会议的办法来处理参与“事变”的人员，以前与总前委成敌对状态的红二十军主要成员接受项英的批评，4月参加苏区中央局会议，肃反斗争基本结束。项英：《接受共产国际来信的报告》（1931年3月18日），转引自戴向青、罗惠兰：《中央革命根据地的肃反》（1930.2-1934.3）《党史研究资料》1990年第6期，第7页。)另见《中央局致赣西特委信》，转引自该刊1982年第5期刊载的国琦、东霞：《江西苏区初期的肃反与富田事变》，第9页。)项、毛此矛盾未纠结多久，四中全会产生的中央指定的由任弼时、王稼祥、顾作霖组成的中央代表团于4月中旬到达中央苏区，随即召开苏区中央局第一次扩大会议，批评项英的“右倾机会主义错误”，基本肯定毛泽东为书记的红四军前委工作，再次将“富田事变”定性为是由“AB团”领导的、立三路线的一部分拥护者参加的反革命暴动，实际上肯定了毛泽东的意见，并继续肃反。会后不久，项职务被撤换，由毛泽东代理苏区中央局书记及中革军委主席。
但在毛泽东开创并坚持的军事战略、土地政策等原则问题上，尽管毛泽东率部取得了空前的军事胜利，王明左右下的中共中央还是对毛泽东产生了严重的不满。中央否定毛泽东事实坚持的“乡村为中心”的革命主张，要求进行城市战、街垒战的演习，把战争引向中心城市，取得一省、数省的首先胜利，并严重地暗示毛泽东的思想为党内危险的“右倾机会主义”。王明：《由于工农红军冲破第三次“围剿”及革命危机逐渐成熟而产生的党的紧急任务》，（1931年9月20日），见《中共中央文件选集》（第7册），第414页。)在上海中央的直接指示下，11月初中央代表团主持召开中央苏区党第一次代表大会（即赣南会议），严厉指责毛泽东开创的方针策略为“狭隘经验论”、“农民的落后思想”、“富农路线”、“事务主义”和“右倾机会主义”。《政治决议案——中央苏区第一次党代表大会通过》，载《中共中央文件选集》（第7册），第462~163页。)会议撤销了毛泽东在中央局的代理书记职务，转由支持中央代表团的项英接任，另成立中华苏维埃中央革命军事委员会，“中革军委”与“中央军委”的名称、权限的分别，见王健英：《中央军委和中革军委的联系与区别》，载《党史通讯》1984年11期，另见王著《红军统帅部考实》，广东人民出版社2000年版，第295~301页。)以朱德为主席，王稼祥、彭德怀为副主席，取消红一方面军总司令和总政委的设置，红军统一归中革军委指挥。这就是毛开始失去领导职务的开端，首先渐渐失去对红一方面军的指挥权。（参见金冲及主编：《毛泽东传：1893-1949》，中央文献出版社1996年版，第272页。)
在这时，毛泽东的政治生涯中出现了一段插曲，在受到王明“左”倾中央批判的同时，毛泽东却担任了中华苏维埃共和国的国家主席（中央执行委员会主席）、政府总理（人民委员会主席），时间仅在赣南会议后的次日。毛泽东的这个职务虽然只有象征意义，但说明毛泽东的影响并不是一下能够消除的，实际上毛泽东的这一任职也是共产国际的决定，动议成立这个完全按照莫斯科体制建立的政权首脑是在彭德怀领导的红三军团占领长沙时，当时对外公布的苏维埃中央政府主席即为党的最高领袖向忠发，但向在上海处于秘密状态，无法、不便履职，当时中共中央便推荐毛泽东出任，由共产国际远东局及莫斯科首肯，在1930年即已内定。（参见《毛泽东与莫斯科的恩恩怨怨》，第17~18页。)
12月，隐居秘密居所近半年的周恩来到达中央苏区，正式出任苏区中央局书记职。当时中央苏区中央局正在激烈争论红一方面军是否攻打赣州、吉安等城市，毛泽东坚决反对，要求红军应巩固苏区，进攻国民党军队的薄弱环节，打通中央苏区与方志敏领导的赣东北苏区的联系，但毛泽东意见除朱德外无人赞成聂荣臻：《聂荣臻回忆录》（上），战士出版社1983年版，第137页。)。在上海的临时中央（因向忠发被捕变节被处死、王明到共产国际任职、周恩来前往中央苏区，经共产国际批准，上海临时中央政治局成立，博古为总负责人参见程中原：《张闻天传》，当代中国出版社1993年版，第131页；李志英：《博古传》，当代中国出版社1994年版，第95~97页。)则于1932年1月9日发出《关于争取革命在一省与数省首先胜利的决议》，要求红军“将中央区、闽粤赣、赣东北、湘鄂赣、湘赣边各苏区联系成整个一片的苏区，并以占取南昌、抚州、吉安等中心城市，来结合目前分散的苏维埃根据地，开始湘鄂赣各省的首先胜利”；指出，不能“以昨天的正确的策略，当做永远不变的教条”，不点名指责毛泽东。《中央关于争取革命在一省与数省首先胜利的决议》，载《六大以来》（上），人民出版社1980年版，第198页。)
临时中央这一指示是回应周恩来的请示电，在与毛泽东接触后，周本已改变了原来主张进攻中心城市的主张，但临时中央的指示使苏区中央局作出决定，以彭德怀为前敌总指挥，以红三军团为主力，出击赣州，毛泽东则被安排到瑞金东20里的东华山上一座古庙休养，毛泽东的军事指挥权力几乎被完全剥夺。
彭德怀部队50多天攻打赣州不克，周恩来派项英请毛泽东下山商讨军事方针，毛闻讯冒雨日夜兼程直奔前线指挥部，但在江口召开的苏区中央局扩大会议上，毛泽东的放弃攻打赣州、转向外围“出击求巩固”的意见被否决，会议决定红军主力分两路夹赣江而下，向北发展，相机夺取赣江流域的中心或较大城市，毛泽东以临时中央政府主席和中革军委委员身份率中路军北上，由此开始，毛泽东在苏区中央局内关于军事行动的发言权已基本上处于绝对少数。
毛泽东在率中路军（随即改为东路军）行动时，说服总指挥林彪、政治委员聂荣臻，争取到周恩来的支持，在3月至5月期间，连下龙岩、漳州，取得重大战果。但是在上海的临时中央却对毛泽东的不满更加严厉起来，以其为“党内最危险的右倾机会主义”的代表人物，而不仅是思想方法的错误。4月4日，张闻天发表《在争取中国革命在一省与数省的首先胜利中中国共产党内机会主义的动摇》长文，系统批判毛泽东，指出，中央苏区中央局表现出“浓重的等待主义，等待敌人的进攻，等待新的胜利”；当前苏区的主要危险，“是对国民党统治的过分估计，与对于革命力量的估计不足的右倾机会主义。”洛甫：《在争取中国革命在一省与数省的首先胜利中中国共产党内机会主义的动摇》，载《中共中央文件选集》（第8册），中共中央党校出版社1991年版，第619页。)11日，临时中央常委会听取已到上海的项英汇报赣南会议情况，严厉指责说，批评毛泽东是“狭隘经验论”掩盖了其机会主义的实质，《毛泽东传》（1893-1949），第290页。)并于5月20日发出指示电，认为苏区中央局没有完全贯彻中央的“进攻路线”和“反右倾”纲领，直接点名批评周恩来的工作不力，“自我批评的发展，在大会及其前后都没有充分的发展，两条路线的斗争，尤其非常薄弱，大会上反对所谓狭隘的经验论，代替了反机会主义的斗争，这些都是党大会最主要的错误与缺点。”并强调，“右倾机会主义的危险是各个苏区党目前的主要危险”。《中央给苏区中央局的指示电》（1932年5月20日），载《中共中央文件选集》（第8册），第220~222页。)
至此，苏区中央局不得不在6月中旬在长汀召开苏区中央局会议，承认并检讨“不可容许的右倾机会主义”，决定恢复红一方面军总部，以朱德为总司令，原一直担任总政治委员的毛泽东只以临时中央政府主席的身份随军行动，实际上是闲置起来，而总政委一职则空缺。经到前方的周恩来及在前方的王稼祥等反复争取，在8月8日，苏区中央局同意恢复毛泽东总政治委员职务，但规定前方成立由周、毛、朱德、王稼祥组成的“最高军事会议”，周为主席，负责制定前方的行动方针和作战计划。后方则由任弼时、项英、顾作霖、邓发4人组成中央局，任代理书记职。毛的军职未担任多久，在是否应攻打南城的问题上，前后方发生激烈争论，并上升到“积极进攻战略”与“积极防御战略”的原则冲突，10月上旬，宁都会议召开，苏区中央局“开展了中央局从未有过的反倾向斗争”，《苏区中央局宁都会议经过简报》，载《中共中央文件选集》（第8册），第530~531页。)集中火力批判毛泽东“专准备为中心等待敌人进攻的右倾主要危险”，章学新主编，《任弼时传》，中央文献出版社2000年版，第300~304页。)毛泽东被免去总政治委员职务，由周恩来代理，只保留政府主席职务。10月6日，临时中央常委会讨论同意对毛的处分，至此，毛泽东被迫离开红军领导岗位，直至1935年1月的遵义会议的复职。
四、复职
毛泽东因博古中央的批判而失去对红一方面军的控制权力，随着博古中央核心领导人的迁入中央苏区，对毛泽东的政治批判也陆续展开，毛泽东基本处于养病和赋闲状态，甚至被剥夺工作的权利，即使工作也主要是负责政府的经济、政权建设与查田运动而不是毛最熟悉也最热中的军事指挥。伴随博古中央反“围剿”斗争的失败和毛泽东对王稼祥、张闻天争取工作的渐见成效，到红军长征时，毛泽东一度失去的军事行动发言权也渐渐恢复。在1935年1月中旬的遵义会议上，毛泽东进入中共中央决策的核心层，出任中央政治局常委，因撤销原来由博古、李德、周恩来组成的最高决策层“三人团”，中共中央5人常委会（张闻天、周恩来、毛泽东、博古、陈云）重新分工，张任党的中央书记，在党内“负总的责任”；毛为周军事指挥上的帮助者，周则为党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者。陈云：《遵义政治局扩大会议传达提纲》、《对遵义会议调查报告中几个问题的答复》，见中共中央党史资料征集委员会、中央档案馆编：《遵义会议文献》，人民出版社1985年版，第42、74页。)毛泽东得以在中央红军的军事指挥权力上复职，直接参与对红军的指挥。
3月初，为保证军事上的集中、机动和前方指挥的有效性，由张闻天提出，中革军委决定成立前敌司令部，毛泽东任前敌总指挥，“各兵团一到集中地即受前敌司令部指挥。”张闻天：《1943年延安整风笔记》。毛泽东在1943年中央工作会议上亦说到“洛甫提议我为前敌总指挥”，转引自《遵义会议文献》，第134页。参见《张闻天传》第217页、第231页注）。4日，中革军委发布命令，以朱德为前敌司令员、毛泽东为前敌政治委员，组成准备遵义战役的前敌司令部，这是毛泽东自1932年宁都会议后第一次获得公开直接指挥红军的权力。
