10日，在决定是否攻打打鼓新场时，中共中央负责人及高级将领间产生分歧，毛泽东提出的在运动战中消灭敌人、反对硬攻的意见为出席中共中央负责人会议其他领导人的一致反对，这是毛泽东自遵义会议后第一次意见被完全否决。虽然毛善于指挥军事作战已得到绝大多数领导人的认可，但毛的意见还是遭到一致反对，会议决定攻打打鼓新场，并撤销了毛的前敌总指挥职务，由彭德怀暂代。毛泽东只好表示服从，但还是连夜要求周恩来缓收决定，第二天再进行讨论，容其说服大家。次日，中央负责人再次召集会议，毛泽东说服与会者接纳了自己的意见，中革军委以朱德的命令形式发出不进行打鼓新场的指令。周恩来：《党的历史教训》（节录）（1972年6月10日），载《遵义会议文献》，第69页。)
毛泽东见在红军高级将领与中央负责人中进攻路线仍有市场（此次战役的最初提出者为一军团首长林彪、聂荣臻），对运动战及带运动性的游击战重要性认识不足，且大敌当前，过于民主的会议制度容易错失战机，不利战斗部队高度机动相机歼敌，因此，毛泽东提议另成立一个类似长征伊始的“三人团”，全权指挥军事，保证军事行动的灵活机动，成员有毛泽东、周恩来、王稼祥，张闻天表示赞成；张闻天：《1943年延安整风笔记》。张表示，通过关于打鼓新场的争论，觉得还是毛泽东高明；军事指挥必须临机决断，经常开中央会议以决定问题，不利于军事指挥；自己对军事是外行，过多参与军事指挥不合适，毛泽东与王稼祥的矛盾由他们自己解决，省掉召集会议的麻烦。（参见《张闻天传》，第219页；另见李涛编著《在总书记岗位上的张闻天》，中央文献出版社2000年版，第67页。)12日，张闻天主持召集中央政治局会议，决定成立“新三人团”，即“三人军事领导小组”，由周恩来、毛泽东、王稼祥组成，周为“团长”。（《遵义会议文献》，第134~135页）；毛在1967年1月22日在中央军委碰头会扩大会议上说：后来搞了个三人团，团长始周恩来，团员一个是我，一个是王稼祥。转引自《毛泽东传》，第349页；周在1972年也说：这样，主席才说，既然如此，不能像过去那样指挥，还是成立一个几个人的小组，有主席、稼祥和我，三人小组指挥作战。见周恩来：《在批林整风会议汇报会议上的讲话》（1972年6月10日），转引自《王稼祥传》，第227页。)
“新三人团”是当时红军的最高军事决策机关，代表中央全权指挥军事，这是毛泽东自进入中共中央最高决策层后，又进一步成为当时最重要的军事指挥机关的领导核心，说明遵义会议开始的转变最高领导层权力的过程至此大致完成。毛泽东以前对军队的领导只是单纯的军事指挥，局限于井冈山或中央苏区红军，其政治地位仍处于决策层外，而此时的毛泽东不仅是军事指挥的决策核心，而且还是中央政治局常委，居于党内领导核心，可以说，到这时，毛泽东在党与红军中的领导地位初步确立。
但毛泽东的军事指挥能力与军事思想为大多数高级将领与党负责人的认识还有一个过程，在“新三人团”成立不久，红军在顺利跳出金沙江封锁线后，对毛泽东“四渡赤水”的转移作战方针，不少人提出了质疑，林彪直接致信“三人团”，要求改变指挥领导层，毛泽东、朱德、周恩来随军行动，由彭德怀任前敌指挥；三军团政治部主任刘少奇、政委杨尚昆亦致信中央军委，反映部队的埋怨情绪；王稼祥也对张闻天表示对毛领导的不满，5月12日，张闻天主持召开主要当事人参加的政治局扩大会议（即会理会议），会前，张与毛、王取得了一致，由张严厉批评林彪对毛泽东的军事指挥的疑虑；会上，毛泽东认为这些不满是党内对失去中央苏区而缺乏胜利信心和存在不满情绪，是右倾思想的反映；改变中央军事领导的意见，违背遵义会议精神，而且认为林是受彭德怀的鼓动，并与张闻天有关联；刘、杨电报也与彭有关系；周恩来、朱德表示支持毛泽东，会议最后肯定了毛泽东的军事指挥。（彭德怀：《彭德怀自述》，人民出版社1981年版，第196~200页；《聂荣臻回忆录》（上），第137页；《张闻天1943年延安整风笔记》；《黄克诚自述》，第135页；刘英：《在历史的激流中》，中共党史出版社1992年版，第72页；参见《张闻天传》，第219~224页；《毛泽东与林彪》，第168~171页。)这是毛泽东自遵义会议后第一次遭遇领导危机，也是自古田会议后在其直接领导的中央红军内遇到的一次较大危机，此次危机的成功化解，使毛泽东对红军的领导地位得到确认并进一步得以巩固。
五、红军统帅
毛泽东此前在“新三人团”担负的职责，主要是处理中央红军内部的军事指挥问题，虽然毛已是中央政治局常委，但因与其他红军部队特别是实力强大的红四方面军联系的疏离，使得这种领导更多体现为名义上的，当一、四方面军会合后，其主要领导人张国焘的态度如何成为中共中央需要迫切面对、处理的问题。
1935年6月14日，一、四方面军在懋功会师，会师后，两军主帅在军事行动的战略上即出现严重分歧。毛泽东、张闻天本对张寄予厚望，希望两军合力实现北上建立川西北、进而夺占川陕甘的战略企图，但张国焘却坚持西进西康、青海、西藏或直取成都、进占武汉，此即所谓南下与北上之争。当时，张国焘自恃所率四方面军主力部队达5万余人，兵员充足，装备较好；而中央红军则不足2万，且经长途跋涉，人困马乏，对中央领导啧有烦言，不断向中央提出修改战略部署、进行中央人员调整等要求，而且，张国焘在党内资历上是略高于至少不次于毛泽东的“元老级人物”。张的暗争乃至明夺甚至挑衅是张闻天、毛泽东的“新中央”面对的大政治、军事危机。在对于张国焘以大军要挟中央进而觊觎最高权力的企图面前，毛泽东、张闻天沉着应对，终于顺利化解了这场危机，毛泽东也在此过程中确立了对中国共产党领导的工农红军最高统帅的地位。
6月26日，毛泽东等与张国焘在两河口会面，当晚召开中央政治局扩大会议，会议同意周恩来所作关于目前战略方针的报告，决定两军共同北上，在川陕甘建立根据地，实际上否决了张的意见。会后，决定增补张为中革军委副主席，徐向前、陈昌浩为军委委员。可是当中央红军先期北进时，张国焘却按兵不动，踯躅不前，只是一再提出要“加强中央领导”：7月9日，张指示川陕省委致电中央，建议加强总司令部，以徐向前任副总司令，陈昌浩任总政委，周恩来为参谋长，军委下设主席一人，由朱德兼任，下设常委，决定军事策略问题，电报并督请中央政治局速决速行；10日，张亲自致电中央，要求速决“统一指挥的组织问题”；16日，陈昌浩致电中央军委，表示赞成张“指挥统一”的意见；18日，陈再电张国焘、徐向前并转朱德，建议由张任军委主席，朱德任前敌总指挥，周恩来兼参谋长，“中政局决大方针后，给军委独断决行。”并声称“职坚决主张集中军事领导，不然无法顺利灭敌”。《中国工农红军第四方面军战史资料选编》（长征时期），解放军出版社1992年版，第89页。)
张国焘的要权计划显然是有备而来，（1）首要军权，先不争党权。中央政治局常委会的组成人员是遵义会议决定的结果，张国焘在六届五中全会上被选为中央政治局委员，也是红四方面军唯一的中央政治局成员，按照党的组织原则，军事将领显然无权对党的领导提出原则性异议，在军事斗争严重的非常时期，争取军事指挥权力、先军事首脑再政治领袖的夺权计划是张的“合理”、可取的第一步骤。（2）不针对毛泽东，而只针对周恩来、朱德。张在两军会师后，立刻知道了遵义会议的详细情况，并急切地了解会理会议的内幕，对中央红军的主力一军团、三军团高级将领林彪、聂荣臻、彭德怀表示亲近（林、彭均与会理会议有关）《聂荣臻回忆录》，第277~278页、第283~284页；《彭德怀自述》，第198~199页、第200~201页。)。张知道在红军行动决策中，毛泽东起着核心作用，周很大程度上是毛的助手，虽然遵义会议规定，周有着最后决定权力，但张显然认为，毛的威望决定了其地位难以动摇，周与中央红军第五次反“围剿”失利有直接关系，因此只能从外围（周、朱）入手，所以张或公开或暗中支持、指使给中央以压力，要求改变周、朱的军事领导权力。（3）以南下要挟，军事压迫中央屈服。先推出陈昌浩，以其取代周恩来出任红军总政委，实质是要求张国焘担任中央军委主席，以控制中央红军与四方面军。
对于张国焘的争权计划，毛泽东也是早有对策。（1）以两军团结一致为目的，坚决要求张率部北上，实现红军创造川陕甘根据地的战略计划，坚决批评张延误战机、拒绝北上的错误，争取政治上的主动；如果张执意不前，中央红军要尽快摆脱危局，并做好应急准备《彭德怀自述》，第200~201页。)彭每日必从10公里外赶至毛的住处，秘密派第十一团以隐蔽警卫。。（2）鉴于红军处境，可在军事领导上适当让步，以周恩来的总政委职作为妥协。因朱德德高望重，其军委主席职务张难以企及，张不敢造次；对于张闻天主动提出让位总书记的建议则坚决拒绝，因为党的总书记职统领全局，军事指挥可以相机改变。刘英：《在历史的激流中》，第79页。)（3）增加四方面军进入中央、中央军委的人数，缓解张的要权野心与两军紧张。
于是，7月18日的芦花中央政治局常委扩大会议主要讨论“组织问题”。会议决定，在中革军委下增设总司令，由朱德兼任，张国焘任总政治委员，一、四方面军会合后，一切军队由总司令、总政委“直接统率指挥”；军委下设“小军委”（即军委常委），补充陈昌浩为委员，由张负责；以徐向前、陈昌浩为前敌总指挥部总指挥、政委，即以四方面军总指挥部兼前敌总指挥部。这样的权力分布，很大程度上满足了张的要权要求。军队行动的决定者实际仅是朱德、张国焘、陈昌浩、徐向前，朱为人宽厚，其他3人则均为四方面军核心人物，因此会后，张即率四方面军到达芦花。
