宣和三年（公元1121年），方腊在江南睦州青溪聚众造反了。方腊起义军发展很快，才短短两个月，就先后攻占睦州、歙州、衢州、杭州。
宋徽宗决定先结束伐辽之议，任命童贯为江、淮、荆、浙宣抚使，提拔常德军节度使谭稹为两浙制置使，王禀为都统。宋徽宗调遣西北六镇边防军，共同南征，总计十五万人。
这时，正是方腊起义军势力最大的时候。
杭州是起义军的据点，攻打杭州是宋军最重要的事情。然而，宋军攻打几次，因起义军顽强抵抗，杭州城难以攻破。
童贯等人束手无策。正在这时，投降宋朝的梁山泊宋江的人马赶到，梁山泊的人马大多是强盗出身，个个勇猛彪悍，一举登上杭州城，经过一番大屠杀，占领了杭州城。
童贯也对方腊起义军采取了招降的办法。
宣和三年二月，童贯以宋徽宗的名义发出招降诏书，方腊的农民起义军将士纷纷怒骂狗皇帝，又攻占了处州。
二月七日，童贯率大军在清河堰攻打起义军，双方投入的兵力不下二十万。童贯指挥宋军攻打，方腊也集中兵力决战。双方血战五天，未分胜负。
童贯连忙调遣水师来援，第六天，双方正在激战时，宋军水师赶到起义军侧面，起义军遭到夹攻，退守城中。
四月十八日，起义军放火烧了所有的官舍民居，学宫府库，起义军撤走时，只剩一座空城。此后，方腊起义军采取了依险固守的战略，完全陷入了被动。
方腊最后剩下起义军二十万人，只知道依险固守，失去了主动权，地盘越来越小。王禀、辛兴宗等一路追杀一百七十里，到四月下旬，宋军包围了方腊最后一个根据地帮源洞。
帮源洞位于险峻的山中，凿岩为屋，分为三个部分，各处关口塞住险路，排满滚木擂石。
童贯看到树木丛杂，怕中埋伏，下令满山放起大火。大火烧上山去，宋军和梁山泊人马趁机进攻。洞内深涧幽径，道路复杂，宋军击溃了起义军，却找不到方腊等人。一怒之下，宋军斩杀万余俘虏，仍不知道方腊藏在哪里。
有个小校与几名同伴，抓住一村妇，打听到方腊等人的住处，一面派人去报告宋军，一面闯进密洞与洞中的方腊亲兵厮杀起来。宋军得到消息，蜂拥而入，方腊被宋军小校生擒。这个小校就是后来历史上大名鼎鼎的抗金名将韩世忠。
宋军围困洞口，方腊、相国方肥和文官均被俘虏，方腊的妻子邵氏等也被俘虏。帮源洞内，起义军家属都在里面，再加百姓竟藏有五十多万人。宋军和梁山泊人马争先恐后地攻入洞内，烧杀淫掠。
方腊起义军被消灭后，童贯将方腊军的首领们押送京城，处以凌迟酷刑。大批起义军俘虏，一律就地屠杀。