第三路指挥官赣州府知府邢珣，领官兵三千一百三十人，进攻南昌城顺化门，事成之后径直入城到镇守府屯兵。
第四路指挥官吉安府推官王暐（wěi），领官兵一千余人，夹攻顺化门，事成之后直入南新二县儒学屯兵。
第五路指挥官袁州府知府徐琏，领官兵三千五百三十人，进攻南昌城惠民门，事成之后径直入按察司察院屯兵。
第六路指挥官临江府知府戴德孺，领官兵三千六百七十五人，进攻南昌城永和门，事成之后径直到都察院提学分司屯兵。
第七路指挥官瑞州府通判胡尧元，领官兵四千人，进攻南昌城章丘门，事成之后径直到南昌卫前屯兵。
第八路指挥官新淦县知县李美，领官兵两千人，进攻南昌城德胜门，事成之后直入王府东门屯兵。
第九路指挥官吉安府通判谈储，领官兵一千五百七十六人，夹攻德胜门，事成之后直入南昌左卫屯兵。
第十路指挥官抚州府通判邹琥，领官兵三千余人，夹攻德胜门，事成之后撤出城在天宁寺屯兵。
第十一路指挥官中军赣州卫都指挥余恩，领官兵四千六百七十人，进攻进贤门，事成之后直入都司屯兵。
第十二路指挥官万安县知县王冕，领官兵一千二百五十七人，夹攻进贤门，事成之后直入阳春书院屯兵。
第十三路指挥官宁都县知县王天与，领官兵一千余人，夹攻进贤门，事成之后直入钟楼下屯兵。
在发动总攻前，王阳明做了一件让指挥官们心惊胆战的事。王阳明命人把十几个穿着低级军官制服的人当着那群指挥官的面处决，鲜血淋漓、触目惊心。王阳明平静地对这些指挥官说，这几个人在攻打南昌县城的战役中不听命令，得此下场罪有应得。你们明天作战，必须要严格按我的命令进行。如果我发现有士兵不听命令，就斩士兵的长官；你们的手下不听命令的，就斩你们；如果你们不听命令，我就斩你们的司令官伍文定。
众人汗流浃背。实际上，王阳明所斩的都是俘虏。王阳明的权术高深莫测，这只是一个并不显眼的证明。
令人大为惊诧的是，南昌城兵团指挥官对王阳明从1519年农历七月十五到七月十九的情况毫不知情。王阳明的神速是其中一方面，不过也同时证明朱宸濠南昌兵团指挥官的低能。直到七月二十凌晨，王阳明的部队已经敲起战鼓时，朱宸濠南昌城守卫兵团才大梦初醒，南昌城里顿时像被踢翻的蚂蚁窝一样。
决战朱宸濠
1519年农历七月二十日凌晨，王阳明对南昌城下达了总攻令。据后来被俘的宁王部属交代，他们对王阳明的用兵如神早有耳闻，当时得知王阳明来攻南昌城时吓得魂飞魄散。尤其是看到南昌城外围兵力顷刻瓦解崩溃退回城内后，他们对守卫南昌城已不抱丝毫希望。
世界上最坚固的城池绝不是铜墙铁壁，而是人心。南昌城原本就是南中国壮丽的大城，又被朱宸濠经营多年，几乎坚不可摧。城上常年架设着滚木、灰瓶、火炮、石弩等现代化守城军械，朱宸濠临走时又留下一万精锐和五千预备役（土匪流氓），而王阳明的杂牌部队才三万人，兵法说“围五攻十”，包围敌人要用五倍于敌人的士兵，攻击敌人就要用十倍于敌人的士兵。如果南昌城死守，王阳明绝讨不到半点便宜。问题是，王阳明之前的宣传战（各地勤王军正源源不断赶来）和他迅雷不及掩耳地扫除南昌外围防御的阵势吓住了南昌城守军。
当伍文定攻城部队率先攻打广润门时，广润门守军一哄而散，伍文定几乎未遇任何抵抗就进了广润门。广润门一失，其他各门扔掉武器大开城门，王阳明的攻城部队就这样几乎兵不血刃地占领了南昌城。
王阳明一进南昌城就马不停蹄地忙碌起来：首先是张贴安民告示，对百姓没有支持朱宸濠守军表示欣慰，要他们各安生业，就像是什么事都没有发生过一样。同时打开朱宸濠的粮仓，大放粮食；其次是扑灭宁王府大火。宁王府的人一听王阳明围城就开始放火，王阳明进城时，宁王府已浓烟滚滚，火光四射，殃及周围的百姓房屋；再次是整顿部队纪律。王阳明的部队是从各地征召来的，其中难免有地痞无赖，这些人进城后奸淫掳掠，搞得南昌城居民苦不堪言。王阳明就捉了几个闹得最凶的斩首示众；最后，王阳明整编朱宸濠留在南昌城的部队，同时张贴告示，所有胁从人员只要自首，一律不问，虽主动投靠朱宸濠但现在只要改邪归正，写份保证书，也既往不咎。南昌城很快秩序井然，于是朱宸濠的老巢换了主人。
当王阳明把朱宸濠的大本营重新恢复为明政府治下的一个城市时，朱宸濠早已得到南昌城失守的消息，他嚼着无声的怨恨，痛苦地流下眼泪。朱宸濠下令回师夺回南昌，李士实和刘养正都不同意。
李士实认为，一旦从安庆撤军回南昌，军心必散。朱宸濠冷冷地说：“南昌是我们的根基所在，怎能不救？”刘养正说：“男儿四海为家，况且您可是顶天立地的大男儿，安庆城指日可下。拿下安庆，调遣九江、南康部队，再救南昌也不迟。”
朱宸濠咆哮起来，大骂二人：“你们两个站着说话不腰疼的东西，你们的家人被王阳明好生照料着，我的家人却在南昌城受苦，要我不回南昌，除非我死。”
两人万分错愕，解释说：“这是王阳明的诡计，他在离间我们。”
朱宸濠冷笑：“我现在倒希望他也对我使用诡计！”
李士实和刘养正突然发现自己的脖子已放到了朱宸濠的屠刀下，他们沉默起来。没有了谋士的朱宸濠奋起雄威，下令把军队从安庆城下撤到阮子江。一到此地，朱宸濠就制订了夺回南昌城的作战计划。作战计划是这样的：先锋部队二万人乘战舰南下，直逼南昌城，他随后跟进。
1519年农历七月二十二，朱宸濠回师的消息传到南昌，王阳明召集他的指挥官们开会商议对策。所有指挥官都认为，朱宸濠那支虎狼之师最近这段时间战无不胜攻无不取，只在安庆城下小遇挫折，如果不是我们取了他南昌逼他撤兵，安庆城早被他拿下了。面对这样一支强悍之师，最好的办法就是闭门坚守，等待援兵。
王阳明厌恶被动防守，他认为最佳的防守就是主动出击。况且，朱宸濠造反已一月有余，勤王之师连个影儿都没见到。谁敢保证他们死守南昌城就一定能等来援军？南昌城粮食本来就不多，很大一部分又分给老百姓，一旦粮食吃完，援军又不来，到时岂不成了瓮中之鳖？
王阳明的分析是从“心”的角度开始的。他说，朱宸濠自造反以来，兵锋所向的确锐不可当。而现在我们占了他的老巢，他又不能打下安庆，处于进不能攻、退不能守的尴尬境地。出师才半个月又要回师，这对他部队的士气是个严重的打击。我们不如雪上加霜，出奇兵一鼓作气挫了他先锋的锐气，他的兵团必不战自溃。三军可夺气，将军可夺心。
这分析和解决方案从理论上说，非常绝妙。没有人否认朱宸濠的士兵现在已是方寸大乱，朱宸濠部队的大部分士兵都是南昌人，家人都在南昌城，家里换了主人，换作是谁都会方寸大乱。一个人内心已动，就必然心不在焉，心不在焉的人必然会失败。
可有个问题：战场情况瞬息万变，王阳明凭什么就确定他的“奇兵”能一战而成？
王阳明没有给出肯定的答案，而是小心翼翼地布置战场。伍文定仍然是他的头马：领兵五百从正面迎击朱宸濠的先头部队；赣州卫都指挥余恩领兵四百作为伍文定的增援；赣州知府邢珣领兵五百绕到敌人背后；袁州府知府徐琏和临江府知府戴德孺在敌人左右埋伏。伍文定把敌人诱进埋伏圈后，总攻开始。
在布置完战场后，王阳明又命人制造免死木牌数万块。有人问他缘由，王阳明笑而不答。
1519年农历七月二十三，朱宸濠先头舰队乘风破浪抵达樵舍（江西新建县樵舍镇）。王阳明的探子心惊胆战地回报：风帆蔽江，战鼓雷动，传出几公里。王阳明下令伍文定等人进入战场。七月二十四，朱宸濠先头舰队直逼离南昌城15公里的黄家渡（属南昌县南新乡）。王阳明下令伍文定和余恩迎击。
九百人对两万人，小舰艇对大战舰，只有天绝其魄的人才敢在这样绝对劣势的情况下主动进攻。朱宸濠先头舰队的指挥官看到几艘足足落后三代的战舰迎面冲来，愣了一下。不过他很快就回过神来，他认为敌人这是在自掘坟墓。
伍文定和余恩果然有自掘坟墓的征兆，两人并驾齐驱，遥遥领先，把自己的舰队远远地甩在后面。朱宸濠先头舰队指挥官发现世界上还有如此呆鸟，大喜若狂，也从他的舰队群中鲁莽地冲了出去。他冲出去时，他的舰队没有得到是跟进还是原地待命的命令，所以张皇起来。后面的军舰不知道前面发生了什么事，所以就想开到旁边看看。大家都这样想也都这样做，朱宸濠的先头舰队自己先乱了，横七竖八地趴在江面上。指挥舰和伍文定已经交战，后面的舰队还不知道怎么回事。
就在此时，赣州知府邢珣的军舰已经悄悄地绕到敌人的后方，王阳明得到消息后下令前后左右同时进攻，三路舰队猛地切进了朱宸濠的先头舰队，朱宸濠的战舰上都配有巨炮，但前后左右有敌人也有同僚，所以不敢轻易开炮。而王阳明的小军舰上每个士兵都配备了小火枪，在乱哄哄中，小火枪正好派上用场。一阵混战后，朱宸濠先头舰队完败，死在水里的士兵不计其数。此时，朱宸濠主力舰队刚到八字脑（今属南昌县塘南镇），听说先锋舰队溃败，心胆俱裂。
他急忙召开紧急军事会议，会议上，人人都保持沉默。李士实和刘养正想说话，但朱宸濠不给他们机会。朱宸濠没有任何方案，因为第二天，王阳明舰队就向八字脑发动进攻。朱宸濠这才有了方案：抵抗。
朱宸濠的顽强抵抗出现了奇迹，王阳明舰队被逼退数十次，最后没有人敢再向前。不过也有坏消息，有人告诉朱宸濠，士兵在大量逃亡。他们从江中拾到写着“免死”的木牌，都投奔王阳明去了。朱宸濠气得哇哇怪叫，他奢望能失之东隅，收之桑榆，借着击退王阳明舰队的数次胜利失而复得的锐气命令他的舰队反攻。
以当时的情势，王阳明舰队恐怕抵挡不了朱宸濠的反攻。王阳明收到伍文定迟迟无法突破朱宸濠防御的战报时，正在给学生讲课。他讲课时聚精会神、神态从容，仿佛外面根本就没有他亲自指挥的战役一样。每当前线送来消息，他就抱歉地对弟子们笑一下，然后起身到外面看军情报告，轻声细语地发布命令。伍文定在八字脑毫无进展，让王阳明动了杀心，他处斩了几个冲锋不力的人，可仍然没有进展。
不久，伍文定和赣州知府邢珣各送来两封信。伍文定说邢珣不听从他的指挥，而邢珣则说，伍文定的打法有问题。朱宸濠舰队一字排开，伍文定也让舰队一字排开冲锋，本来双方舰队数量对比悬殊，这是以卵击石。他的建议是应该采取中央突破战术，找到朱宸濠舰队防御弱点，集中主力迅猛插入，然后左右展开。
王阳明回复二人道：“采用什么战术不重要，重要的是大家齐心合力，奋勇冲锋，不要在地域上画圈圈（邢珣是赣州知府，伍文定是吉安知府）。你们二人的行为已经触犯军法，我本该现在就处置你们，可如今正是用人之际，希望你们好自为之。”
伍文定和邢珣对这个仿佛藏了刀锋的回复心惊肉跳，二人握手言和，齐心协力。伍文定改变战术，试图在江面上捕捉朱宸濠的指挥舰。他虽然没有找到朱宸濠的指挥舰，却找到了朱宸濠的副舰。伍文定高兴得跳了起来，因为他的战舰上有当时最先进的武器——佛郎机铳，这一武器是王阳明的崇拜者林见素贡献的。
林见素是1478年的进士，进入官场后以敢于谏诤出名，后来到沿海地区做官，和外国的商人们结下友谊，佛郎机铳大概就是他从葡萄牙人那里得来的。据说，当他知道朱宸濠叛乱后，第一时间把一尊佛郎机铳运送给王阳明。伍文定大展神威，把佛郎机铳对准朱宸濠的副舰，开出了山摇地动的一炮，朱宸濠的副舰像纸糊的一样被打成碎片。
意料之中的，朱宸濠的指挥舰就在那艘倒霉的副舰后面，副舰被炸碎后，朱宸濠的指挥舰也被震荡得左右摇晃。副舰燃烧的碎片击中了他的指挥舰，他惊慌失措，弃舰逃到岸上。
众人一看王爷跑了，哪里还敢恋战，纷纷溃退。伍文定指挥舰队一阵猛冲，朱宸濠损失惨重，退到了黄石矶。那天夜里，朱宸濠神情沮丧，心不在焉地问身边的卫兵：“这是什么地方？”卫兵急忙显摆学问：“‘王’失机。”（南方人讲话，黄、王不分）朱宸濠提起十二分的精神咆哮道：“你敢咒我！拉出去砍了。”
朱宸濠身边的人看到王爷已是神经错乱，叹息着偷偷潜逃。朱宸濠望向江面，江面死气沉沉，如他当时的心。他突然想讨个吉利，命舰队退避樵舍，召开紧急军事会议，商量对策。有人提议，调集九江、南康部队和王阳明拼死一搏。朱宸濠认为这也是个主意，立即派人去调动他在九江、南康的部队。
王阳明不给他这个机会。当朱宸濠心急火燎地南下时，王阳明就已派出两支部队绕过朱宸濠的主力，直奔南康和九江。
仍然是攻心战。他命人在南康、九江城外散播朱宸濠已在南昌附近被擒的消息，南康、九江守军人心浮动。当他们绝望升级时，这两支部队突然发动进攻。南康、九江被克复，朱宸濠的两万精锐部队弃械投降。