关于盛世骐被暗杀案，何应钦等建议对苏方“似以不必提及为宜”。
当日中午，蒋介石与朱绍良研究，确定：第一，保全盛之地位；第二，使俄不恼羞成怒，留有回旋余地，不使苏对盛绝望。当时，蒋介石最担心的是苏共鼓动新疆各地暴动，驱逐盛世才，在日记中提醒自己“预防”，同时确定三个步骤：1.派兵入新，助盛平乱。2.划新疆归入第八战区。3.与苏联交涉，解决新疆各案。
蒋介石读到盛函后，决定因势利导，争取盛世才。7月17日，他亲笔复函，交朱绍良带回新疆。信称：“惟望吾弟特加保养，为国自重，只要吾人能肝胆相照，推诚相与，则国家前途，个人事业，皆有无限光明。对外诸事，中当负责主持，请勿过虑。”朱面告盛世才，蒋介石不仅原宥盛的“既往一切”，而且“均为负责”。盛世才自称“逖听之下，铭感五内”。
7月16日，蒋介石在重庆黄山官邸召见潘友新，作了友好、热情的谈话。蒋首先对潘友新面交莫洛托夫复盛世才函表示感谢，甚至说自己“特别感动”，同时告诉潘，盛督办亦已有文件报告。蒋称：“我中苏两国本同为革命国家，更为同患难之友邦。若论现时处境，情势尤属如是。”蒋再次强调：今后两国凡有关新疆之事，深盼能由苏方中央政府与中国中央政府“洽商协议”，不可再与新疆省当局径行交涉。在谈到派翁文灏赴新疆洽商独山子油矿订约等经济事项时，蒋特别强调“只要一秉公平之精神，开诚商讨，无不可解决之事”。蒋又进一步表示：“我中苏两国既属同盟，反抗侵略，即有共同一致之利害关系，故凡事皆可公平商议，无不可和洽解决者”。在谈到莫洛托夫复盛世才函时，蒋称：新疆问题完全为敝国内政问题，已指派朱绍良前往新疆调查，并督促盛世才与贵国“和善相处”，只在莫洛托夫函所称盛世才左右有“敌人之间谍”一事上，蒋保证称：决不致如此。
在会谈开始时，潘友新曾表示，黄山官邸清凉，如同另一世界，而山下近日天气炎热，晚间不能入睡，蒋曾邀请潘到山上的汪家花园来。7月18日，蒋介石命卜道明，通知潘友新搬上黄山。
外交无小事。蒋介石此举，表明他一面保护和支持盛世才，但还是在努力维持中苏友好关系。为了不让苏联方面感到困窘，他甚至指示，不让苏方得知，中国方面已经得知《新锡协定》的有关秘密。
五、蒋介石出巡西北，努力收回新疆主权
盛世骐案发生之后，盛世才派盛世骥和张元夫赴重庆示好，自然被蒋介石视为收复新疆主权的好机会。在对盛世才加以抚慰、勉励之后，蒋介石决定出巡西北。
8月15日，蒋介石、宋美龄夫妇自重庆飞兰州。16日。蒋介石致电朱绍良、盛世才，告以将在此停留十日，询问迪化机场有无外兵，要求朱到兰一唔。此电暗含蒋介石有可能亲赴迪化之意。同日，朱、盛复电，表示迪化机场并无外兵，盛世才则在18日复函中表示：本拟到兰晋谒，但新疆情形复杂，请朱绍良到兰，代为请示，再行决定晋谒办法。19日，朱绍良到兰，商量是迎蒋赴新，或嘱盛来甘，都因迪化机场有苏联驱逐机驻在，觉得不妥，决定由宋美龄代蒋一行，“以壮盛胆，亦所以慰之”。
朱绍良此来，携带和盛世才共同草拟的《条陈》一份，其中第一部分陈述1940春，苏联驻迪化总领事嗾使维族组织维吾尔斯坦共和国等事，第二部分《充实国防意见》，陈述分外交、政治、军事建议七条，蒋介石一一作了批示，或认为“可照办”，或认为“可进行筹备”。他自己拟定的进行程序分五点：1.先派第四十二军由兰州进驻安西、玉门，控制驻扎哈密的苏军第八团。2.委派新疆外交特派员，将外交权收归中央，使苏俄在新疆的外交“纳入正轨”。3.肃清新疆共党。4.令苏军离开新疆。5.收回苏联在迪化建设的飞机制造厂。以上五点，蒋介石视为对苏、对共的“第一步骤”。至于向新疆派遣党务特派员、教育厅长、省府秘书长，蒋列为第二步骤，确定人选后，先令其入疆，与盛世才晤面洽商，再加委任，以资审慎。这一程序表明，蒋介石有收回主权的用意，但对苏联、对中共都还保持着警惕和敌对，对盛世才，则努力避免其疑虑。
河西走廊是关内通往新疆的咽喉要道。这一地区长期为回族军阀马步芳、马步青占领。
8月21日，蒋介石调胡宗南所部杨德亮的第四十二军开赴河西，配备战车、防御炮、高射炮各一连。28日，在青海西宁接见马步芳、马步青兄弟，任命马步青为青海柴达木屯垦督办，令其率部由肃州（今酒泉）移驻该地屯垦，许以向西藏发展，使“藏政归中央统治，不受外国牵制”。马氏兄弟遵命离甘入青，中央军接防成功，蒋介石认为这是“抗战与建国开发西北大根据地之一重大事件”，打下了经营新疆、西藏的基础，对于统一西北、收复新疆会起很大的效用。
8月29日，蒋介石亲笔书就致盛世才函：“千里咫尺，未克面晤为念。今日内子飞新，代中慰劳，聊表拳拳之心而已。余托内子面详，不尽百一。诸维心照。”当日，宋美龄偕善于处理边疆问题的蒙藏委员会委员长吴忠信等飞抵迪化。第二天，双方举行秘密会谈，就允许国民政府军队进入新疆，筹备设置新疆省党部等问题达成一致。为了消除盛世才失去权力的疑虑，增强其内向之心，吴忠信特别和盛世才长谈两小时，告诉他：“中央对新绝对信任。此后新疆需要中央帮忙，中央即帮忙。如果不需要中央帮忙，则中央必一本过去政策，少加过问。”31日，宋美龄携盛世才复函飞返嘉峪关，盛函称“所有尊夫人转达钧座一切意旨，均已敬悉。职今后唯有遵照钧座一切指示，切实奉行，诸请勿念”。这些往复函电显示，蒋介石和盛世才之间的关系已经得到改善，但是，蒋介石觉得，盛世才其人“多疑不决”，“心神不安”，“神经刺激”，还必须有所警惕，“预防万一之变”。
9月5日，蒋介石听取宋美龄的访新汇报之后，认为盛对中央“已无恐惶之心”，决定“一以诚意待之，至其结果成败，固不计也”。9月13日，蒋介石在日记中写了一段“预定”，其中大体规定了中国东北、西北、西南的领土、国界和国防重点：中国应以天山与昆仑山为西部国防之锁钥，而以阿尔泰山与希马拉耶山为其屏藩，东部以鸭绿江与黑龙江为国界，而以长白山与内外兴安岭为锁钥。东以山海关外东三省为东范围，西以玉门关、星星峡外新疆、西藏为西范围，即以新疆为我国前门之广场，而嘉峪关实为中华东西纬线之中心。
这一段“预定”反映出蒋介石思想中的中国版图承袭了清末以来的传统，他不准备承认俄国、日本、英国等列强对中国领土的侵略与渗透。
在此后至1943年3月的一段时间内，蒋介石从党务、行政建制、外交等方面，为收复新疆主权做了若干工作：
1.将新疆划入第八战区。1942年11月28日，任命盛世才为第八战区副司令长官。这样，盛世才就处于朱绍良的军事领导之下。
2.在新疆建立中国国民党组织。首先，蒋介石发展盛世才夫妇入党。其9月29日记有“查盛之党证寄出否”的记载，可见他对这一问题的重视。1943年1月8日，朱绍良与盛世才商洽，于1943年1月8日，恢复中国国民党新疆省党部。其书记长一职，蒋介石原来属意梁寒操，盛世才不同意，遂以盛世才担任。16日，新疆省党部成立。至1943年9月，成立县党部三十四个，预计至1944年1月，将全部成立。最初，新疆省党部仅有党员四十多人，至1943年，发展至七千二百二十四名。
3.设立外交部驻新疆特派员公署，以吴泽湘任特派员。自1942年10月1日起，将中苏边境的塔什干、阿拉木图、斜米、宰桑、安吉延等五个领事馆的行政权交还中央，经费改由外交部拨发。
4.设立新疆省监察区监察使署，以罗家伦为监察使。
5.根据盛世才提议，取消新疆原来的“反帝军”名称，改为国民革命军，将新疆陆军军官学校，改为中央分校，以蒋介石兼任校长，以盛世才为分校主任。1942年4月，国民党在迪化成立中央训练团新疆分团。前后举办十期，训练人员数千名，仅当年就举办三期，培养干部五百八十余人。
6.向新疆派出干部。12月21日，蒋介石接见派赴新疆干部，发表训话，要求赴疆人员“自知所负责任之重大与党国期望之殷切，兢兢业业，黾勉从事”。他特别提醒众人“无分宗族、宗教，相亲相爱，团结一致”，“融洽新疆同志”，“纯粹以宣扬三民主义，实行三民主义为职责，不可有丝毫权利思想渗杂其间”，当时，重庆集中了数百名青年进行入疆前训练，有五千多人报名愿意入疆工作。
7.借修建甘新公路机会增兵新疆。
当时，重庆国民政府还不可能对新疆采取更多措施，但是，上述机构的设立和举措的采取，至少从形式上表明，新疆已成为中国的一部分。
中国领土不能容许外国武力驻扎。迪化飞机制造厂原由苏军守卫，蒋介石决定首先要求两国订立合办合同，然后改用中国士兵守卫，再进一步交涉驻守哈密的苏军第八团的全部撤退问题。但是，这一时期，蒋介石感到，苏联对华政策正在好转，因此决定暂缓要求苏军全部撤退。10月16日，蒋介石接见即将回国的苏联大使潘友新，只表示希望尽快签订两国合办独山子油矿与迪化飞机制造厂的合同。关于后者，蒋介石说：“久已开工出品，而合同尚未签订，此事有碍敝国主权，殊觉授人话柄，实应及早改正。”此前，蒋介石曾数次致函斯大林，均未得复，蒋心中颇有不快，但他认为，此时苏联正受德国侵略，“波势不利之时更应以礼遇之心”，决定“待之如昔，不与深较”。因此，在谈话中特别强调：“贵我两国谊属同盟，现正协力抵抗共同之敌人。”显然，蒋介石不愿意因个别问题影响中苏邦交的大局。
1943年2月，蒋介石派傅秉常出任驻苏大使，行前，召傅谈话，全面指示对苏方针。共九条：
（一）独山子油矿等案，因系在中国境内，故应在中国办理。
（二）现在及战后，与苏联均应友好与合作。此种方针完全不变，因我国与苏方接壤及各种关系，均须如此。只要苏联不与我不好，我当然要与合作。
（三）对于新疆问题。主权必须收回，至其他经济利便，我可与他，例如羊毛公司，伊宁铁矿等。只在不损失我主权范围内，在经济上可与之合作。至于破坏我法律，有损失主权者，则不能有丝毫让步。例如组织合作公司，我方资本应占51%等，不能变更。希望苏方能与我开始诚意友好，
（四）驻军应由新疆逐渐提（撤）出。我于有意、无意之间相机提及，中央可为新疆后盾。
（五）飞机制造厂亦可由新疆提（撤）出。如先解决此案，该厂之红军守卫便可撤退。于交涉哈密红军撤退，便可引为先例。
（六）日苏战事必不可免。苏虽胜德，日亦必攻苏。盖德崩溃，日不能独存。故余应准备一切，以为应付。届时我愿与苏合作，与订军事同盟亦可。
（七）对于外蒙领土及主权，我方应收回。经济方面，可与苏合作，如在新疆一样。至于我方对于外蒙，绝对取宽大主义，力求助其自主，无派兵往驻之意。我方对于边疆各民族之政策，可在最近出版之《中国之前途》见之，绝不采取徐树铮对外蒙之压迫方法。余（委座）见苏外长Chicherin时，渠曾告余，谓外蒙人因徐树铮事，甚怕中国人之压迫。我党现采取宽大辅助主义，对边疆各民族绝对平等，不独赋予，且扶助其自治。
（八）中共问题不必提。
（九）见史丹林、莫洛托夫各人，代委座致候，并贺其最近军事上之胜利。
从以上九条可以看出，蒋介石这一时期力图贯彻与苏联的友好方针，甚至准备与苏联结成军事同盟，以共同对付日本，但是，在维护新疆主权等问题上，蒋介石又是坚决的、不妥协的。经济上可以与苏联合作，给予利便，但是，只要事关国家主权，就寸步也不准备退让。
同年2月9日，蒋介石写作《三十一年总反省录》，当忆及盛世才内向及马步青军撤回青海等事件时写道：
兰州以西直达伊犁，直径三千公里之领土全部收复，此为国民政府自成立以来最大之成功，其面积实倍于东北三省也。此不仅领土收复而已，盖新疆归诚中央以后，我抗战之后方完全巩固，日本更不能再有消灭我政府之妄图，而俄国与中共之态度亦大为转变，不敢复为抗战之害。此非上帝赐予中华民族之恩泽，决不至此也。
新疆当时是中国最大的行省，其面积是四川省的四倍，湖南省的八倍，安徽省的十二倍，浙江省的十五倍，将河西走廊及新疆的主权收归中央，自然是一项重大成就。然而，后来的史实表明，蒋介石高兴得太早了。
