这时又插进来一个吕布。吕布在长安被李傕等击败，出关东来，投奔袁术，袁术不留。又北投袁绍，与袁绍一起在常山郡击败了一支黑山军。但吕布的军队军纪极差，抢掠不已。袁绍觉得吕布迟早要成祸害，准备除掉吕布。吕布察觉，南下投奔河内张杨。陈宫与张邈觉得自己力量不够，派人到河内去请吕布来当兖州牧，顶替曹操。于是，陈宫、张邈、吕布三人合谋，以吕布为将，起兵夺取兖州。陈宫和张邈在当地长期为官，有人望，他们打出反曹旗帜，“郡县皆应”，倒向吕布。
兖州治所在鄄城，荀彧在鄄城留守，鄄城形势危急，他火速把驻守东郡的大将夏侯惇调回鄄城，先把城内响应张邈、陈宫反叛的一些人杀掉，稳住了鄄城局面。程昱是东阿人，荀彧急派程昱回东阿和范县说服当地官吏和守军决不能向吕布军投降。
吕布攻打鄄城、范县、东阿，均未攻下，于是西撤至濮阳，屯兵休整，准备再战。
曹操紧急赶回鄄城，讥笑吕布不会用兵。他说，如果吕布占领东平（今山东东平），再守住亢父等泰山险要隘口，阻止我西返，我就完了。他屯兵濮阳，说明他不可能有大作为。
随后，曹操展开了兖州保卫战。兴平元年（公元194年）夏，曹操抢收麦子，储备军粮。八月，联络濮阳大姓田氏做内应，从东门攻进濮阳，进城后火烧东门，以示有进无退。吕布的骑兵很厉害，他以骑兵冲击曹操的步兵，曹军大乱，曹操差一点被吕布抓住。曹操冒火冲出东门，收拢部队，赶制攻城器械，再次攻城，未攻下。双方对峙了一百多天，由于发生严重蝗灾，老百姓无粮，人吃人。曹操和吕布双方都因没有军粮而罢兵。
九月，吕布为找军粮，移师山阳（今河南焦作东）。
曹操由于兖州大部分地盘丢失，军队又断粮，几乎无法坚持下去，陷入了严重困难。这时袁绍向他抛出橄榄枝，让他把家眷搬到邺城去（《资治通鉴·汉纪五十三》）。袁绍的用意是以曹操家眷为人质，逼迫曹操为他所用。程昱立即劝阻曹操说，袁绍野心太大，智谋太差，成不了大事。将军你眼下虽然兖州残缺，但你手里还有三座城池一万兵。你有智谋、有才略，还有我和荀彧帮助你。只要咬牙渡过眼前的难关，你就大业可成！曹操听罢，精神一振。他对程昱说，你说得对，我同吕布打得不可开交时，袁绍在一旁观战，毫无表示。现在他乘人之危，想骗我上当。曹操谢绝了袁绍的“好意”，忍痛遣散了新招募来的兵员和力役，到东阿一带去筹粮。经过半年休整，曹操军队基本恢复了元气。
兴平二年（公元195年）正月，曹操为收复兖州再度发动攻势。首先袭击兖州重镇定陶，吕布前来救援，被击退。闰四月，又在巨野大败吕布，斩杀吕布手下两员大将薛兰和李封。曹操领兵进驻济阴乘氏县（今山东巨野西南五十里），进行休整。
这时传来消息，徐州牧陶谦去世。曹操本想乘机夺取徐州，再回过头来解决吕布。他这个危险的想法一冒头，马上被荀彧劝住。荀彧说，你在陈留起兵（陈留属兖州），又在兖州得到发展，兖州是你自己打出来的一片立足之地。想当年，刘邦定关中而得全国，刘秀定河北而得全国。你现在兖州尚未完全恢复和巩固，就想冒险东征徐州，如果吕布乘虚攻占兖州，你回哪里去？兖州地处中原，天下中枢，南北要冲，靠近故都洛阳，这是一块宝地，是你安身立命谋天下的根基所在，万不可失。艰难曲折并不可怕，怕就怕东奔西突，没有一块地方扎根。曹操耐心听罢，东望徐州，一声长叹，多好的机会啊！但荀彧言之有理，先守住兖州，缓攻徐州。
刘备乘机填补了陶谦死后的真空，当上了徐州牧。
曹操这个人，与刘邦又同又不同。相同之处在于，两人都善纳忠言。不同之处在于，刘邦本人的谋略水平并不十分高明，全靠张良、陈平、萧何等人给他出点子。在关键时刻、关键问题上，他都能听得进劝，压得住火，按照谋士们的意见去办。曹操不同，曹操本人的才智谋略高于一般人。但人都是感情动物，一个人无论才智多高，也会有感情失控、失去理智的时候。曹操经常有耐不住性子、压不住火气的时候，由此做出过不少莽撞举动，付出过很大代价。例如，杀掉兖州名士边让；东征徐州时为了替被杀的父亲和弟弟报仇，屠杀了几十万无辜的老百姓。这两件事名声损失太大。但曹操很善于及时总结经验教训，毛玠、荀彧等谋士在关键时刻、关键问题上也敢于向他进言。只要曹操觉得谋士的分析见解高于自己，他就能忍痛放弃自己的意见，按谋士的意见办。
吕布、陈宫再次向曹操发动进攻，曹操组织军队外出抢收麦子，留守兵员不到一千人。吕布见曹军后方林木幽深，疑有伏兵，撤退而去。第二天又来进攻，曹操这一天真的在大堤内布置了伏兵，留一半兵员在堤外。双方交火，曹操伏兵尽出，吕布大败。曹操一举攻克定陶，并乘胜收复了兖州各县。
曹操左劈右挡，艰难地巩固住了兖州这块根据地。从此以后，他结束了东奔西突、寄人篱下的生活。兴平二年（公元195年）冬十月，“天子拜太祖兖州牧”（《三国志·魏书·武帝纪》），这等于朝廷为曹操正式补办了兖州牧的任命手续。事情似乎历来如此，你只要把仗打胜了，迟早会有你的地位。
曹操又乘胜攻占了豫州的大部分地盘，并把本部迁到许县（今河南许昌），在中原占据了更加有利的战略位置。
10.挟天子以令诸侯
汉献帝初平三年（公元192年）四月，司徒王允密谋策划，利用吕布刺杀了董卓，除掉了一大祸害，却也引发了长安大乱。
杨奉、杨定、董承等人掩护汉献帝逃出长安。一路上历尽艰险曲折，千辛万苦，七月回到了东都洛阳。洛阳宫殿全部毁于战火，破残得无处安身，汉献帝被安顿在已故中常侍赵忠的家宅内，“百官披荆棘，依墙壁间”，其他官员只能在外露宿。也找不到吃的，“群僚饥乏”，尚书郎以下自己去挖野菜吃。有的官员“饥死墙壁间，或为士兵所杀”（《资治通鉴·汉纪五十四》）。
各路群雄谁也不管朝廷死活，这为曹操迎汉献帝提供了天赐良机。各方割据势力早已不把东汉王室当回事了，曹操却不同，他很注意吸取历史经验。他刚到兖州时，谋士毛玠就向他建议“奉天子以令不臣”（《三国志·魏书·毛玠传》），曹操一直记在心里。现在荀彧又对他说，“求诸侯莫如勤王”，并且举出历史上一正一反两个例子。一是晋文公救驾周襄王而威望大增，成就了霸业。二是项羽派人杀义帝（楚怀王），刘邦为义帝披麻戴孝搞祭奠，得人心，得天下。荀彧说，当前普天之下“义士有存本之思，百姓感旧而增哀”，你如果现在能把落难中的汉献帝迎来许昌，“奉主上而从民望，大顺也”（《三国志·魏书·荀彧传》）。
曹操立刻把迎汉献帝这件大事提上了日程。
护送汉献帝从长安回洛阳的主要人物有杨奉、董承、韩暹、董昭等，他们表面上供奉献帝，暗地里勾心斗角。杨奉带兵驻扎在洛阳外围梁县；董承、韩暹领兵在京师宿卫；董昭是议郎，侍奉献帝。曹操通过老朋友董昭，先给梁县的杨奉写信，表示愿意和他“有无相通，长短相济”，共辅王室。杨奉正为眼前的重重困难发愁，忽然接到曹操来信，觉得曹操近在许县，有粮有兵，是个依靠。于是立即与诸将联名表奏献帝拜曹操为镇东将军、袭其父爵费亭侯。
宿卫京师的韩暹、董承两人产生了矛盾。韩暹认为自己护送献帝功大，居功专横；董承内心不满，暗中派人请曹操领兵进京。
八月，曹操领兵开进洛阳，朝见汉献帝。献帝拜曹操为司隶校尉（拱卫京师的警备司令），录尚书事，执掌朝政。曹操既然已经来到朝廷，岂能有权不用？他上奏献帝，列数韩暹、张杨之罪，他们没有把天子侍候好啊！韩暹“惧诛”，自料敌不过曹操，单骑逃出洛阳，投奔杨奉。献帝下诏，韩、张有“翼车护驾”之功，“一切勿问”，曹操不便再作追究。但挤跑了韩暹，也就笼住了董承。曹操利用手中权力，拜董承为卫将军，并封董承等十三人为列侯。
曹操把这几件事办完之后，又把董昭拉到身边并排坐下，问他：“我下一步该怎么办？”董昭回答说：“最好的办法是把天子迎到许县去。但朝廷在动乱中几度迁徙，现在刚刚回到故都洛阳，又要搬家，恐怕会引起波澜。怎样实施，你必须想好对策。”
曹操最担心的是屯兵在梁县的杨奉。董昭说：“杨奉其实对你不错，表奏献帝拜你为镇东将军、袭爵费亭侯，都是他的主意，你应该以重礼答谢他，把他稳住。杨奉有勇少谋，不难对付。”曹操照办，派人去答谢杨奉，然后对杨奉说，为了解决朝廷的粮食供应问题，暂时把献帝迎往鲁阳，那里靠许县近，运送粮食方便。杨奉信了，未加阻拦。
建安元年（公元196年）八月，曹操迎汉献帝从洛阳起驾，到了鲁阳却没有停留，继续往前走，进了许县曹操的兵营。曹操奉汉献帝定都许县，改名许都，“始立宗庙社稷于许”，恢复了朝廷礼仪制度。汉献帝也结束了颠沛流离的生活，拜曹操为大将军，封武平侯，总揽朝政。
袁绍见汉献帝落入曹操之手，开始嫉妒、后悔，他要求曹操把汉献帝迁往鄄城（《后汉书·袁绍传》）。曹操哪里会上袁绍的当？曹操以汉献帝的口气下诏，斥责袁绍不兴勤王之师，只知擅相讨伐，先批了他一通；然后诏令他为太尉，以示安抚。袁绍见诏大怒，我的位置怎能摆在他曹阿瞒之下？天大的耻辱！袁绍“表辞不受”。
东汉官制，太尉是武官最高职务，是朝廷“三公”之首（太尉、司徒、司空）。但大将军总揽朝政，权力高于太尉。大将军一职，始于西汉卫青。但它不是常设职务，因时而异，因人而设。东汉时，窦宪、梁冀等外戚，都被窦太后、梁太后委以大将军之职，总揽朝政，辅佐“童年皇帝”。在东汉人心目中，大将军才是朝廷第一要职。
曹操显出气量，不与袁绍争一时之高低，自动让出大将军一职给袁绍，自己“甘居袁下”，改任司空，行使车骑将军的职权。
其实，朝廷的人事大权都在曹操手里。曹操把自己的组织系统安排得点滴不漏，朝政要务全在他掌控之中。
袁绍要到了一个“大将军”的空名，大笨蛋一个。
不过，曹操迎汉献帝定都许昌这件事，对他有利有弊。他“挟天子以令诸侯”，各地割据军阀都骂他是“国贼”。曹操是很要面子的人，不愿戴上“窃国”的帽子，所以直到去世，也一直没有称帝。他在一篇自述中百般表白说，他没有野心，从来不想“窃国”。他的最高理想是“欲封侯作征西将军”，死后能在墓碑上镌刻“汉故征西将军曹侯之墓”几个字，心愿足矣。他说，他现在“身为宰相，人臣之贵已极，意望已过矣”。他甚至说，他经常对他的妻妾们讲，希望等他死后，她们都改嫁，“欲令传道我心，使他人皆知之”（《曹操集·让县自明本志令》）。这说明，曹操不是一位革命者，而是一位东汉王朝的卫道者——他至少要表现得像一位东汉王朝的忠诚卫道者。
其实，东汉王朝已经腐败透顶，不可救药。正如东吴鲁肃得出的结论，“汉室不可复兴”。这个历史趋势已经不可逆转，非改朝换代不可了。
黄巾起义军喊出了“苍天已死，黄天当立”的口号，同东汉朝廷势不两立。同黄巾起义军争夺天下的是地主豪强势力，他们与东汉朝廷联手把黄巾起义军打败了。然后，地主豪强势力内部再展开争夺，群雄割据，一片混战。
像刘备、袁绍等割据势力都打出所谓“匡扶汉室”的旗号，只是用来做一个幌子，其实他们内心都想夺取天下。
11.搞屯田以积军粮
由于连年战乱和灾荒，各路群雄普遍遇到过严重粮荒。据《中国军事通史》记载，曹操军队在粮荒最严重时，军粮中竟掺杂有人肉干。为了度过粮荒，曹操曾忍痛遣散新招募的士兵和力役，甚至一度又想投靠袁绍。在荀彧等人的鼓励下，他把这些困难硬顶了过去。
曹操深知，身处乱世，无兵不成事；有兵无粮，同样成不了事。在中国古代，粮食就是争夺天下的基本战略资源。拥兵无粮，没有分量；拥兵有粮，才有重量。
曹操一直记着毛玠“修耕植，畜军资”的重要建议，他把汉献帝迎到许县定都后，立即着手在许下（今河南许昌东）开始屯田种粮。
这是曹操重视吸取历史经验的又一个例子。他在《置屯田令》中说，“夫定国之术，在于强兵足食。秦人以急农兼天下，孝武（汉武帝）以屯田定西域，此先代之良式也”（《曹操集》）。
他任命枣祗为屯田都尉，任峻为典农中郎将，负责屯田事宜。
曹操在青州收编投降的黄巾农民起义军时，相随的官兵眷属和流民有百万之众。许多农民赶着耕牛、扛着犁耙一起跟随曹操军队迁往河南，他们成为第一批“屯田客”。同时还招募各地流民，采用军事化管理方式，每五六十人编为一“屯”，每“屯”设一名屯田司马。“屯田客”不归属郡县，自成系统，直接归典农中郎将（相当于郡太守）和典农校尉（相当于县令）管辖。收获的粮食按比例分成，使用公家耕牛的上缴六成，田户得四成；使用自家耕牛的，田户与公家对半分成。屯田户可免服兵役徭役。
许下屯田，第一年就获得了大丰收，“得谷百万斛”（《三国志·魏书·武帝纪》），大大缓解了军粮供应的严重困难。随着曹操统治区不断向外扩大，屯田制不断向外推广。
曹操搞屯田制，不仅对“强兵足食”、战胜袁绍发挥了重大作用，也使许多流民重新回到了土地上，在兵荒马乱中解决了生计，增强了曹操立足的根基。