尝到甜头的君士坦丁决定进一步利用基督教，希望它成为帝国唯一的宗教，帮助自己完成帝国精神上的统一。于是，他开始赐予教会很多特权。教会神职人员不用交税、不用服劳役，可以接受教徒赠予的遗产，政府赞助修建教堂，等等。自愿拆除神庙的城市可以获得一定的特权。每个放弃原信仰皈依基督教的人都可以获得一件白袍和20块金币。在这些政策的影响下，成千上万的罗马公民改信上帝。在不到一年时间里，就有12000名罗马男子加入基督教会，妇女和儿童不计其数。君士坦丁不仅在政策上向基督教倾斜，还在无意中给基督教会留下了一座精神首都——罗马。
在帝国后期，北部和东部都有着繁重的军事任务，首都罗马距离那里显得太远了，不适合对边境的控制，很多皇帝因为这个原因，绝大部分时间宁可待在潮湿的军营里，也不到罗马居住。为了改变这种情形，君士坦丁决定修一座新城，把政治和军事中心移到那里，于是，一座以他名字命名的城市——君士坦丁堡诞生了。
为了确定城市的面积，君士坦丁亲自拿着长矛在地上圈画。圈画的范围之大，让他的随从们目瞪口呆。为了完成这一伟大工程，君士坦丁动用了超过19世纪的250万英镑价值的帝国财富，却仅仅修成了城墙、门廊和渡槽！由于建筑人才的缺乏，他命令各行省马上成立专业学校，培养建筑技术员，然后择优输送到建设基地。
六年后，这座具有优越地理位置和战略位置，横跨亚、欧两大洲的新城终于完工了。这里很快成为政治、贸易中心，而且是一座无法攻破的城市。因为圈在城中间的博斯普鲁斯海峡连接着黑海和地中海，在古代，没有哪一支海军可以同时封锁两个出海口，也就是说谁也不能彻底切断它的后勤补给线。不过这座庞大的城市带来了一个意料之外的后果：人口过多。为了养活这一大群妄自尊大的懒汉，帝国不得不把从埃及征收来的税金全部扔给了新都。
新都的落成对于帝国北、东两线的安全提供了巨大帮助，但对帝国的统一却产生了莫大的损害。罗马的政治中心地位丧失了，元老院成了摆设，原本就和东部有巨大差异的西部靠谁去控制？政治家搬走了，教会适时地填补了权力真空。那个如同鸡肋的耶路撒冷终于被抛弃了，基督教终于和犹太教彻底划清了界限，不用再共用一个朝圣地了。罗马教会的地位越来越高，罗马主教逐渐取得了号令四方的权利，教皇就要在这里诞生了。
如果备受君士坦丁宠爱的基督教会真心实意地帮他镇守西部，帝国还可以维持统一。可教会似乎根本没有感恩的心，不仅没有维护统一，反而给分裂的微弱小火浇了一桶油，让它熊熊燃烧了起来。
罗马帝国西部的人们性格比较粗放，善于打仗，似乎不爱思考抽象问题，主教们不论怎么布道，他们一概相信。东部正相反，在希腊文化中熏陶出来的人们喜欢独立思考，不愿意人云亦云。可这一思考就出了问题，主教们不是说只有一个神——上帝吗？那耶稣和圣母算什么？《圣经》似乎没有回答。另外，耶稣是上帝吗？他可以同耶和华等同起来吗？《圣经·新约》上说，耶稣在被钉上十字架时，曾经痛苦地仰天大喊：“我的上帝，我的上帝，你为什么离弃我？”后来他“被接到天上，坐在上帝的右边”。据此，耶稣不是上帝耶和华，应该很明显了。可是传统基督教会不这么认为，他们认为“圣父、圣子、圣灵”三位一体，不可分离。问题是，并不是每一个教民都这样认为，阿里乌斯就是其中的一个。
阿里乌斯，生于公元260年前后的非洲，是个希腊人，后来成了亚历山大里亚城的教会监督。在他之前，关于圣子与圣灵的永恒性问题已经在西亚和北非流行了数百年时间，后来因为基督教遭到迫害，才暂时沉寂了下来。阿里乌斯让它重新复活了。
阿里乌斯的观点大致是这样的：上帝，即圣父，是永恒的；上帝后来从虚无中创造了圣灵，即柏拉图所说的“罗格斯（Logos）”，通过圣灵，上帝创造了整个世界。圣子同样是上帝创造出来的，受圣父委托，按照圣父的意愿，用仁慈和爱心统治世界，完美的圣灵则充斥于他的灵魂。因为圣子与圣灵都是上帝事后创造出来的，所以他们的存在当然就不是永恒的，“三位一体”理论也就无从谈起。但是阿里乌斯的观点也有问题，在上帝创造了“罗格斯”之前，世界不存在吗？如果不存在，上帝待在什么地方？
阿里乌斯学识渊博，在生活上无可指摘，而且还曾慷慨地拒绝了登上教会最高宝座的机会。由于他的鼓吹，基督教历史上最大的异端派别——阿里乌斯派诞生了。现在想想，如果他当初接受了相当于教皇的位置，用自己的权威去感化教众，大概也就没有以后那么多麻烦了。
“三位一体”之争本来是基督教内部的理论之争，君士坦丁偏偏爱管闲事，非要把自己树立成宗教论争的调停人。
公元325年，君士坦丁将罗马大主教亚历山大、阿里乌斯等教会高级人员召集到尼西亚，就“三位一体”问题展开辩论。阿里乌斯派迫于压力作出重大让步，承认圣父和圣子是一体，并把它作为基督教的根本信条。获胜者从此被叫做“尼西亚教派”。尼西亚教派虽然获胜，但在他们中间又发生分歧，支持耶和华、耶稣、玛丽亚都是神的三神论者以及坚决认为只有一个神的塞贝里派。这两派后来成了天主教和东正教的鼻祖。不过这时候他们还比较团结，毕竟阿里乌斯派是他们共同的敌人。
公元328年，大主教为巩固胜利果实，委任嫡系的阿塔纳西乌斯到阿里乌斯教派的核心据点——亚历山大里亚城做主教。阿塔纳西乌斯不知道搞统一战线，反而借机报复，严酷地迫害异端分子，即便是前后五次被信众赶下台也绝不让步。尼西亚派的倒行逆施没有收到预期效果，反而刺激了“异端”的产生。普瓦蒂埃主教希拉里曾经这样描绘纷繁复杂的教派斗争：
“同样可悲，也同样危险的一件事是，人间有多少种观点就有多少种教义，有多少种思想倾向就有多少种宗教学说，有多少种错误就有多少种不敬神的缘由。因为我们全都随意制定信条，并随意对它进行解释。对本体同一说问题接连举行的宗教会议上，在这次会上被否定，下次会上又被接受，再下次会议又取消了。在那段令人痛心的日子里……（我们）不惜相互把对方撕成碎片，我们彼此成为对方毁灭的根源。”
善于思考，熟悉柏拉图观点的东部人对阿里乌斯派更亲近，不喜欢咬文嚼字、寻根究底的西方教士在辩论中总是处于下风。为了获得优势，他们把希望寄托在君士坦丁大帝的权力上。起初，君士坦丁还有耐心，又组织了几次会议，可尼西亚教派实在不争气，总是说服不了对方。君士坦丁一气之下，宣布如果再有人反对尼西亚会议的决议，将立即被流放。阿里乌斯首当其冲，被流放到一个遥远的省份。他的著作被明令销毁，私藏者将被判死刑。
不过君士坦丁没有主心骨，没几年他又宣布阿里乌斯派无罪，因为他的一个姊妹喜欢后者，更让他害怕的是，尼西亚教派居然不承认他的权威，想独立存在。不过阿里乌斯本人却没能胜利归来，因为他已经死掉了。为了补偿阿里乌斯派的损失、报复尼西亚派自不量力的狂妄，君士坦丁又把亚历山大、阿塔纳西乌斯等人流放到远方。他本人临死前的洗礼也是在阿里乌斯派主教的主持下完成的。
尘世君主无端卷进神学冲突，其后果是十分可怕的。当他支持尼西亚派时，阿里乌斯派信徒视他为异教徒，是犹大，是叛徒。当他调转船头时，又得罪了西部的尼西亚派信徒。君士坦丁的左右摇摆，显示他似乎已经看到了自己种下的苦果，但已经无法自拔。
君士坦丁大帝去世后，他的儿子们也没有改掉左右摇摆的毛病，基督教各派也因此卷入他的子侄们的内战。罗马帝国在世俗和宗教的纷争中一步步走向毁灭。
公元360年，帝国落到了君士坦丁的侄子、富于思考的哲学家尤利安手中。尤利安早年是位虔诚的基督徒，但在他的父兄受苦受难时，上帝并没有显灵。其本人还被一个冷酷的主教监管了很久。为此，他转到了基督教的对立面，重新信奉起希腊多神教，大肆迫害基督徒，还亲自撰写了一部攻击基督教的著作：《加佳利人的诡计》。但和过去历次迫害一样，它使得基督教会比以往更加强大。公元363年，尤利安在波斯战争中被长矛刺穿身亡。
一名普通官员约维安被军人们拥立为皇帝，但这位基督徒仅仅当政八个月便去世了。军人们又拥立瓦伦提尼安当了皇帝，他把罗马帝国平分为东、西两部分，自任西部皇帝，而封自己的弟弟瓦伦斯为东部的皇帝。在西部，瓦伦提尼安执行宗教宽容政策；而在东部，受希腊和埃及教士影响，瓦伦斯支持起了当时已经大大衰落，并且还分裂成了数个支派的阿里乌斯教派。对于尼西亚派教众，瓦伦斯明令他们必须服兵役，敢于反抗者要遭到鞭打。
继瓦伦斯之后出任东部皇帝的提奥多西则是三位一体学说的忠实信徒。在他的统治下，尼西亚教派的格里高利被选为君士坦丁堡大主教，阿里乌斯派被赶出东部地区。在公元395年，提奥多西曾经一度把罗马帝国重新统一，可当年他就死了。罗马帝国再次分裂，东部归了提奥多西的长子阿尔卡狄乌斯，西部给了幼子霍诺留。罗马帝国从此再没有统一。
伴随着帝国的分裂，原来尼西亚教派中的两端：三神论者以及塞贝里派开始新的争斗，并最终于公元1054年分裂为天主教和东正教。罗马帝国没能重新统一，他们的功劳很大。最初，东部教团占优势，但突然出现在欧洲大陆的匈奴人帮助了西部。他们对西罗马帝国的持续进攻让罗马大主教有了扬名立身的机会。利奥一世大主教成功地说服匈奴王阿提拉放弃进攻罗马，让西罗马帝国的皇帝们汗颜，只好乖乖地受教皇支配。在东部，君士坦丁大帝修建的新都阻止了匈奴人的铁骑，让东罗马帝国又苟延残喘了1000多年。东罗马的教会始终没有得到正面与蛮族斗争的机会。
