《九霄》游戏的初始共有15个门派，分正道、魔教、邪派和佛门四个阵营。玩家在50级之前不能加入门派。但各门派均会有大量的普通弟子、更大量的俗家弟子和极少量的核心弟子在各个城市中走动，且均会以十分鲜明的方式标明其所属门派。这些弟子会和玩家互动，向玩家发放任务。玩家通过与这些弟子交流可以获得相应门派的好感度。当玩家到达五十级之后，便可以选择好感度达标的门派进行拜师任务。拜师任务的难度视玩家资质（先天属性值）的优劣及与该门派所重视属性的吻合度而定，资质越好、吻合度越高，则任务越简单。拜师之后，玩家便可经由固定的任务学习门派功法（传功任务），获得门派的常规法器炼器图纸(炼器任务)。
门派功法分为普通功法和秘传功法，一般玩家通过任务所获得的均为普通功法。习得门派功法后，玩家可以在门派功法与初始功法之间选择，也可以二者兼修。若玩家与该门派中的某一NPC“有缘”，则会被收为亲传弟子，可经由任务获得区别于普通功法的秘传功法。以及该NPC的法器、法宝。同时，每个门派的第一名弟子称为“大弟子”，均会成为该门派某位NPC的亲传弟子。
除此之外，游戏中还有大量的野外门派和能够收徒的野外NPC。玩家拜入野外门派和野外NPC门下时同样需要进行拜师任务。拜入野外门派和野外NPC门下的条件除了前文所述之外，还需要与该门派中的某一NPC或该野外NPC“有缘”，或是满足其它一些特殊条件，即拜入野外门派和野外NPC门下的玩家均会成为亲传弟子。当拜入野外门派的玩家完成“开山门”任务之后，野外门派会向其他玩家开放，拜师规则变更为普通门派的规则。野外NPC会根据剧情的发展，做出是否开宗立派的决定。成为野外NPC的弟子的玩家若完成“开宗立派”任务，则会增加一个门派。
门派之间亦有关系。门派关系由门派关系点数决定。关系点数在游戏初始按照系统设定的世界观给出一个初始值，随后的发展则由玩家与门派NPC共同决定，玩家的所有涉及到门派的行为均有可能影响自身门派与某一门派的门派关系，但门派关系不会违反一些最基础的设定（如正道不会与魔教达到同盟、正道不会与正道达到死敌等等）。按照关系点数由低到高，门派关系分别为：死敌、仇恨、疏远、正常、友善、亲密、同盟。
一门一派家大业大，为了养活众多修为低下的弟子，则门派必须要有所经营。每个门派都会下辖“市镇”，初始为一处。市镇区别于城市，不归朝廷管辖，而是由各门派独立开设、经营、管理的。市镇中会有相应门派设立的店铺与采购点，同时还有大片的自由交易区供玩家自行交易，但交易所得须向门派上缴部分税款。
《九霄》中十五个初始门派为：
正道：峨眉派青城派昆仑派武当派
魔教：百蛮山血骨门离天阁赤身教
邪派：五台派竹山教乱战岭千机谷
佛门：北冥寺普陀山百花涧
其中，峨眉派在四川盆地以南，青城派在CD西北，昆仑派在西域南部的昆仑山麓，武当派在湖北武当山，百蛮山在西南苗疆的百蛮山阴风洞，血骨门在威海卫的天尽头，离天阁在潼关以东的华山之巅，赤身教在西域，五台派在山西五台山，竹山教在武夷山无尽竹海，乱战岭在关外的海西蛮荒之地，千机谷在东南方的海外夷州，北冥寺在极北处的北冥冰原，普陀山在舟山群岛，百花涧在南方的海外琼州。
