在更多的时候，军机处扮演了参谋本部的角色。道光朝平定张格尔之乱中，道光起用曾担任军机大臣的长龄在前线主持战事，同时以军机处在后方全盘策划。此战中，军机处一方面为用兵出谋划策，另一方面则从全国各省抽调兵力，组织后勤运输。在当时的情况下，从内地到边疆运输之难非今人所能想象。长龄发给皇帝的奏报，以六百里快马传送，从伊犁至京师还需一个月。军情紧急，在军机处主持之下，陕西、甘肃、黑龙江、吉林等省的旗兵及绿营官兵，被调至阿克苏集中。两万六千多只骆驼被征调，以运送粮草，另外又有大量马匹被征用。骆驼、马匹不足时，已经归顺的蒙古各部纷纷捐献驮马，帮助甚多。
在重要案件上，军机处能越过刑部，取得法律执行权。军机处审理案件，一是由军机大臣单独审讯，被审者押到内务府公所或步军统领衙门内接受审问。另一种则由军机大臣会同刑部审讯。此案涉及的都是当朝大员，故而交给军机大臣来处理。
和珅在军机处时热衷审案，因为通过审案，既可以对付自己的政敌，又可以保护自己的朋党。乾隆四十五年，云贵总督李侍尧被告发贪污腐化，和珅自告奋勇，前去云南审案，只因李侍尧是和珅的政治对手。实际上对于一些年迈的军机大臣来说，外出审案，鞍车劳累，疲于奔命，实在是苦不堪言。道光十五年，首席军机大臣文孚，因为去山东审案太苦，就以“耳聋健忘”为由，辞去首席军机大臣的职务。
军机大臣还可以推荐重要职位官吏，从六部尚书到各省督抚，乃至地方官员，由军机大臣开列名单，交给皇帝选择。每逢会试，主持考试的主考、阅卷等官员，也由军机大臣开列名单，再由皇帝定夺。
军机大臣可以利用推荐官吏人选的权力，举荐自己的人马，并排挤政敌。道光五年，蒋攸铦从直隶总督任上调入军机处，担任军机大臣。蒋攸铦入军机处后，道光对他恩宠有加，凡大事必征求其意见，首席军机大臣曹振镛就想将蒋攸铦弄出军机处。
此时恰逢两江总督有空缺，道光召集军机大臣商议该派谁担任。作为首席军机大臣，曹振镛得首先发言。曹振镛知道蒋攸铦刚由直隶总督任上调上来，去担任两江总督也合适，但由自己提出来，不免授人以排挤同僚的口柄，也会引起道光皇帝的怀疑，所以他不直接提名将蒋攸铦调任两江总督，而提名正忙于西北事务的川陕总督那彦成。
果然，这个提议被道光否决。道光道：“现在西北地区多事，那彦成不能调往两江。”说着又看了看曹振镛，希望他说出下一个人选，但曹振镛就是不说话。道光环视了一下军机大臣，看到蒋攸铦，思考片刻后对他道：“你历任封疆，现在调任两江总督正合适。”遂以蒋攸铦为两江总督。曹振镛的心思却被蒋攸铦看穿，下朝之后蒋攸铦冷笑道：“曹丞相智巧，当面排挤，不露声色，真可畏也。”
除了提供参考、处理军事、审理大案、推荐人事之外，军机大臣还有其他任务，如主持撰修方略，保管档案等。乾隆十四年，为了吹嘘征战准噶尔、大金川的功绩，经张廷玉奏请，乾隆特设方略馆，由军机处兼管。方略馆总裁以军机大臣兼任，下设满汉纂修多人，除了由翰林院咨送汉纂修一人外，其余均由军机章京兼任。
此后每逢大的战争结束，都要由方略馆纂修“方略”。方略馆以军机处所保存的战事档案为基础，炫耀乾隆的武功。方略馆选择熟悉军机处档案，文采过人的军机章京负责纂修。翰林院所选修订方略的人，也有军机处背景。如赵翼，考中探花之后入翰林院，被调到方略馆编撰《平定准噶尔方略》。军机处还监管内翻书房，也就是处理满汉文翻译事务。内翻书房设管理大臣一人，由满洲军机大臣兼任，办事官员抽调精通语言者担任。
修订方略、翻译文书之外，乾隆三十八年闰三月，军机处又承担了一个重要任务，这就是编修《四库全书》。乾隆以刘统勋、刘纶、于敏中、福隆安、裘曰修为办理《四库全书》正总裁，又以翰林院编修纪昀、军机章京陆锡熊为总办。
要编修《四库全书》，就要大量征集各地藏书，征集藏书的目的，是为了禁书，是谓“寓禁于征”。在查禁书的过程中，军机大臣扮演了不光彩的角色。军机处从全国各地抽调书籍，加以审核，拟定禁书书单。军机处所列禁书书单下放给各省督抚，按照书单查办。各省查出来的禁书都被运到军机处，由军机处派专人逐一登记，开列书单，然后再行销毁。王锡侯因《字贯》案被杀，他身前的十三种著作，被军机处列入“悖妄书目”，下令全国查禁销毁。各地的文字狱也由军机处加以审判。在审判过程中，对于这些冤案，军机大臣不敢澄清，而是依照乾隆的意思予以严惩。
伴君如伴虎，军机大臣也是份高风险的职业。军机处的奠基者张廷玉不过因为上书乾隆，请他对自己的配享太庙资格做个保证，就招惹的乾隆雷霆大怒，不得安生。讷亲在金川前线，久战无功，乾隆本来要让他去边疆充军赎罪，不想因为讷亲私底下的几句牢骚话而送掉了性命。
每日在皇帝的身边，军机大臣们无不谨慎。讷亲之后，乾隆最恩宠的大臣乃是傅恒。傅恒虽是乾隆的小舅子，在首席军机大臣的任上却是战战兢兢，如履薄冰，不敢有丝毫懈怠骄横之态。傅恒清晰地知道，皇帝如火般的恩宠，若不矜持点对待，瞬间会变成寒冰。但位极人臣之后，想要独善其身却也难了。乾隆重用傅恒，是因为他能干，会干，肯干，这有利于皇权，有利于统治。可看着傅恒的翅膀一天天硬了起来，乾隆也开始有点吃醋了。这吃醋，只是看着傅恒在大臣们的簇拥下，在主持军机处时如鱼得水的姿态，在心理上产生出的失落感罢了。
忧虑傅恒的权势过重，乾隆开始旁敲侧击，提醒傅恒。在内廷时，傅恒偶有小错，乾隆严词训斥，美其名曰“防微杜渐”。一日上朝，傅恒因故迟到，跌跌撞撞地跑入时，气喘吁吁。御前侍卫笑道：“相公身肥，所以喘息”。乾隆顺势开玩笑道：“不但身肥，只怕心儿也肥了。”“心肥”的潜台词就是胆壮、权重了。此言一出，傅恒“神气不宁者数日”。
对于乾隆“乾纲独断”的性格，傅恒洞然于心。成为军机处首席大臣后，为避免以往首席军机大臣一人入内廷见皇帝，给人专擅之感，傅恒请所有军机大臣一同觐见，此后所有军机大臣一起入见皇帝成为定制。对乾隆赏赐的黄带、四团龙补服、宝石顶、双眼花翎，他再三推辞，不敢佩戴，直到乾隆以不戴不符合礼制规定，才佩戴上。小心驶得万年船，谨慎乃是保住富贵的不二秘诀，深谙此中奥义的傅恒，小心翼翼地帮乾隆打点着江山，如此才在首席军机大臣位置上一坐二十余年。
军机大臣之中，能长期坐稳，安享富贵荣华的，不外谨慎持身，不结党营私。嘉庆朝担任了十几年首席军机大臣的庆桂，为人性格平和，在中枢数十年，规规矩矩，不敢有丝毫逾越，毫无过失，一口气干到了七十九岁才退休。当时人认为他过于谨慎，近于迂腐，可嘉庆却始终信任并重用他。
道光朝的首席军机大臣曹振镛，执政平和，为人中庸，被当时人嘲讽为“庸庸碌碌曹丞相”。曹振镛听到后苦笑道：“此时之庸碌颇不容易。”曹振镛主政的十四年间，以无为清静为目标，小心谨慎，如履薄冰。道光十五年时，曹振镛走到了最后，以八十一岁高龄死于任上。道光赐给他象征着文臣最高荣誉的“文正”谥号，有清一代，得“文正”谥号者八人。无疑道光喜欢曹振镛，并把他当作是可以依靠的人。曹振镛死后，道光在追悼词中夸奖他：“实心任事，体用兼优，外貌讷然。”
此后的潘世恩，更是深得曹振镛真传，该说话时就说话，该磕头时就磕头，该闭嘴时就闭嘴，得享高寿，终身平安，后世子孙文章都做得好，孙子潘祖荫还考中了状元，潘世恩被称为“三百年第一福气之人”。潘世恩的苏州同乡彭蕴章，在咸丰朝担任首席军机大臣，老前辈潘世恩的那套功夫学不来，干脆一言不发，官场人送外号“彭葫芦”。
反观军机大臣失势，不外跋扈张扬、结党自私、得罪权贵。跋扈张扬的典型就是和珅。从乾隆四十一年至嘉庆四年，和珅把持军机处二十三年，以军机大臣兼步军统领二十二年，兼管户部尚书十五年。此外还负责掌管吏部、户部、刑部，并兼管户部三库，理藩院、内务府、圆明园等重要事务，他还控制了崇文门税务监督一职。军权、财政权、用人权、刑法诉讼权，所有大权，和珅一把抓，权柄之重，前所未有。
貌似两代帝王对和珅的信任，都牢不可破，而富贵荣华将永伴，功名利禄会长随。臣子中也有忠良耿介之辈，看着和珅飞扬跋扈，遂责问嘉庆，为何不将他除掉。嘉庆急了，赶紧道：“和相公是朕的左右手，还要靠他办理四海事，你不可乱说。”
嘉庆还不时向和珅示以亲昵。和珅喜欢玩鼻烟壶，嘉庆亲手将他的鼻烟壶没收掉，劝告道：“为了国家大事，和相公你还是把烟戒了吧，身体重要。”当无人之时，嘉庆紧锁双眉，心中的怒火在燃烧，眼瞳中的刀光在闪烁，怒火与刀光之中的正是这权倾朝野的和相公。
嘉庆四年（1799年）正月初三上午，八十九岁的乾隆作诗《望捷》，期待着平息白莲教的消息早日传来，之后突然病发，于养心殿病逝。乾隆去世后，在颁布的料理丧事王公大臣名单上，和珅列在诸王之后，众大臣之首。这是嘉庆喂给和珅的定心丸，和珅果然被迷惑了，“且自喜依任如故”。
不料到了第二天，风云突变，和珅被革去军机大臣、九门提督等官职，被下令在宫内昼夜看守殡殿，不得随意出入，实际上已处于软禁状态。正月初八，嘉庆下旨革除和珅所有职务，下令刑部收监，又下令查抄家产。正月十八日，和珅收到白练一条，被赐自尽。
和珅死后，嘉庆对于臣子擅权一直严加警惕。嘉庆十年，军机大臣英和弹劾刘权之，被嘉庆视为越权而革职。
总体而言，军机大臣中虽然有权势过人如和珅者，却从来未能对皇权形成任何制约，更遑论威胁。军机处不是正式的机构，军机大臣不是正式的官衔，既可以说它有权，也可以说它无权。只有皇帝最信任的大臣，才能入军机处。而在军机处之中，军机大臣所处理的一切事物，都是皇帝交付的，他们只是皇权所操控的木偶，并不具备任何主动性。在军机处的历史上，从来没有出现过皇权与相权激烈对抗的现象，也从来没有军机大臣的权势嚣张到不可控制的程度，这样可以说是军机处最成功的地方。
三军机章京
“军机章京”亦称“小军机”。军机处设立之时并无军机章京，随着事务的增多，张廷玉与鄂尔泰在军机处办事时，开始携带得力助手来帮忙处理文书。雍正十年，张廷玉带内阁中书四人，鄂尔泰带内阁中书二人，帮助处理缮写等事宜，此时章京由军机大臣自己携带。随着事务的日益增多，军机章京也开始增多，并从内阁中书、笔帖式中挑选精干可靠人选作为章京。
在军机章京的选任上，雍正、乾隆两朝并无定制，都是军机大臣挑选可靠的内阁中书、笔帖式充任，具有一定的随意性。嘉庆朝初期规定，由军机处从六部、内阁挑选可靠人员保送为军机章京，但工部保送人员被录用者最少，因为工部与军机处工作的切合度最弱。
嘉庆四年又规定，嗣后由内阁、六部从中书、笔帖式中选择人品端正，年富力强，字画端正者，交给军机大臣带领引见，再由皇帝挑选。当年军机大臣带领引见的各部人员，有十五人被录用为章京，另有二十人按名次候补。此后每年引见的人员一般在十个左右，录用者有六七人。嘉庆十一年，又规定军机章京须经过考试，凡考试合格者才有资格带领引见。考试时，限时三刻交卷，字数须满三百，过时不交卷者立刻淘汰。此年考试题目是“勤政殿疏”，工部笔帖式董萼得了第一名。
军机章京在乾隆朝尚无人员定额，在嘉庆朝也正式确认满汉章京各十六人。嘉庆还作了一个特别的规定，即军机章京不用大员子弟。但实际操作中，大员子弟进入军机处担任章京的很多。道光朝又作了调整，大员子弟可以用作军机章京，又作了一个限定，即军机章京一旦官衔升到三品的，则回原先衙门上班，不必再在军机处兼职。
虽然位微，军机章京也有着许多一般官员所没有的荣耀。七品的军机章京可以戴朝珠、红帽罩，穿貂褂。戴朝珠是军机章京所享有的特权，自雍正七年军机处创设起，就得享此殊荣。而依照礼制，只有五品以上文官才可以挂朝珠。乾隆三十五年，军机章京准戴全红帽罩，准用红雨帽，这是三品以上大员的待遇。乾隆三十七年，又准章京穿貂褂。而依照规例，只有三品以上大员才可穿貂褂。
寒冬时分，章京们可以在衣服里穿被称为“军机坎”的衣服。“军机坎”衣襟开在右侧，衣长只及腰部，衣袖与肘部齐平。因为军机处上班，常早出晚归，夜间寒气逼人，故而章京们穿这种马褂御寒。军机章京每日里要做文书工作，所以马褂的袖口与肘部齐平，即使穿在补服里面也丝毫不妨碍写字。渐渐地这种衣服也开始流行到军机处外面，并从内穿改为外穿，形同马褂。
和军机大臣一样，军机章京也分满汉。五间值班房，两间为汉官，两间为满官，中间则为仆役纸匠。仆役所用为方桌，军机章京所用为长方小桌，沿窗排列，桌面皆粘蓝布，晚上点白蜡烛照明。值班房内陈设极为简单，只有桌子、椅子、炕及纸笔、砚台等物。
军机章京需要轮流值班，是为“上班”。“上班”的时间是早上八点到下午三点，共八个小时。军机处白天有十几个章京办公，晚上轮流安排人值夜班到凌晨四点。由于五更上朝，此前会有大量奏折递到军机处，早上也比较繁忙，排了两人值早班，大致从凌晨四点值到七点，每班两天。
军机章京中资格较老的称为“老班公”，资格较浅者称“小班公”。老班公执掌拟定谕旨事务，小班公则负责“随手档”事务。随手档者，每日依照时间地点，扼要登记皇帝谕旨与大臣奏折，使前后经过一目了然。至春节值班，无事时则在当日“随手档”上书“太平无事”。有事则书“太平有象”，遇到皇帝万寿节则书“万寿无疆”。
本来拟定谕旨是军机大臣的任务。军机处初创时，皇帝只召见首席军机大臣，当面传达意思，再由首席军机大臣拟定谕旨。
雍正朝时，张廷玉担任了五年首席军机大臣，他精通满汉文，记忆力又好，拟定谕旨一气呵成，毫不吃力。到了乾隆朝，由讷亲担任首席军机大臣。讷亲没有张廷玉那样的文学能力，但记忆力超强，每次乾隆单独召见后，均能将意思复述。讷亲转述意思给其他军机大臣之后，再由汪由敦来拟旨。对这个吃力不讨好的活儿，汪由敦叫苦不迭，但又不好推却。
讷亲被杀后，傅恒任首席军机大臣，他的记忆力没有讷亲好，乾隆单独接见时，有些话记不住。傅恒感到头痛，就请乾隆接见所有军机大臣，大家一起来记，但仍由汪由敦拟旨。汪由敦为了偷懒，也为了避免自己专擅的嫌疑，就将拟旨的活儿转给了军机章京。此后拟定谕旨遂成了军机章京的任务。