“行深般若波罗蜜多时”，此说观自在菩萨所修的法门。智慧，是甚深的。深浅本是相对的，没有一定的标准，但此处所说的深，专指体验第一义空的智慧，不是一般凡夫所能得到的，故名为深。《般若经》里，弟子问佛：深奥是何义？佛答以：“空是其义，无相、无愿、不生不灭是其义。”这空、无相、无愿——即空性，不是一般人所能了达的，所以极为深奥。十二门论也说：“大分深义，所谓空也。”
能“照见五蕴皆空”的，即是甚深般若慧。般若的悟见真理，如火光照显暗室，眼睛能见众色一样。五蕴，是物质精神的一切，能于此五类法洞见其空，即是见到一切法空。有的译本，在五蕴下加个“等”字，即等于下文所要讲的十二处、十八界、四谛、十二缘起等。空性，是要在具体的事实上去悟解，依有明空，空依有显，若离开了具体存在的事物，也不知什么是空了。所以佛经明空，总是带着具体事实的，如说五蕴空，十二处空等。蕴，是积聚的意思，即是一类一类的总聚。佛把世间法总分为五类：色、受、想、行、识。一切物质的现象，总摄为色，精神的现象，开为受、想、行、识四种，总名之曰五蕴。
色蕴的色，不是青黄等色，也不是男女之色。此色有二义：一、质碍义，二、变坏义。质碍义者：凡是有体积，占有空间位置的，如扇子有扇子的体积和扇子所占据的方位，钟有钟的体积和钟所占据的方位；扇子与钟都是有质碍的，两者相遇即相障碍而不能并容。变坏义是：有体积而存在的，受到另一质碍物的冲击，可能而且是终久要归于变坏的。有此二义，即名为色，即等于近人所说的物质。旧科学家所说物质最终的单元，依佛法也还是要变坏的。常人见到现存事物的表面，不了解事物内在的矛盾，于是设想物体最后固定的实体。其实，一切色法——物，自始至终即在不断地冲击、障碍，向着变坏的道路前进。
关于心理活动，佛把它分为受、想、行、识。心理现象不如物质现象容易被了知，最亲切的，要自己从反省的工夫中去理解。佛观察心理的主要活动为三类：一、受蕴：在我们与外境接触时，内心生起一种领纳的作用。如接触到可意的境界时，内心起一种适悦的情绪，这名为乐受；接触到不适意的境界时，内心起一种不适悦的情绪，即是苦受。另有一种中容的境界，使人起不苦不乐的感觉，此名舍受。二、想蕴，想是在内心与外境接触时，所起的认识作用，举凡思想上的概念以及对于外境的了解、联想、分析、综合都是想的作用。三、行蕴，此行是“造作”的意思，与外境接触时，内心生起如何适应、改造等的心理活动，依之动身发语而成为行为。行是意志的，以此执行对于境界的安排与处理。其他的心理活动，凡是受、想所不摄的，都可以包括在这行蕴里。四、识蕴，此也是心理活动，是以一切内心的活动为对象的。就是把上面主观上的受、想、行等客观化了，于此等客观化了的受、想、行，生起了别认识的作用，即是识蕴。识，一方面是一切精神活动的主观力，一方面即受、想等综合而成为统一性的。
这五蕴，是佛法对于物质、精神两种现象的分类。佛不是专门的心理学家或物理学家，佛所以要这样说，是使人由此了知五蕴无我。一般人总直觉地认为有一个自我存在，佛为指出自我是没有的，有的不过是物质与精神现象所起的协调作用而已。若离此五蕴，想找一实体的自我，是找不到的。身体是色，情绪上的苦乐感觉是受，认识事物的形相是想，意志上所起的欲求造作是行，了别统摄一切心理活动的是识，除此各种活动以外，还有什么是实体的自我呢？佛为破众生实我计执，故说五蕴。有些小乘学者以为佛说五蕴无我，我确是无的，而五蕴法是有情组织的元素，是实有的。这是不知佛意，我执虽稍稍除去，法执又转深，故说：“五蕴皆空。”五蕴中的自我固不可得，五蕴法的自身也不可得。
因为五蕴法也是由因缘条件而存在的，由此所起的作用和形态，都不过是关系的假现。如五蕴的某一点是真实的，那么，这就是我了。真实的自我不可得，故五蕴皆空。但这种假现的作用与形态，虽空而还是有的。如氢氧合成的水，有解渴、灌田、涤物等作用，有体积流动的形态，从此等形态作用上看，一般即认为是实有的。然若以甚深智慧来观察，则知任何作用与形态，都是依关系条件而假立的，关系条件起了变化，形态也就变化了，作用也就不存在了。事物若是有实体性，则事物应永远保持他固有的状态，不应有变化，应不受关系条件的变动。事实上，一切法都不是这样，如剥芭蕉一样，剥到最后，也得不到一点实在的。诸法的存在，是如幻不实的，需要在诸法的当体了知其本性是空，这才不会执为是实有了。
一分学者，以为我无而法有，这是因于智慧浅薄的缘故。在同一因缘法上，智慧深刻者，即能知其法空，所以说：“行深般若波罗蜜多时，照见五蕴皆空。”有的译本，译照见五蕴皆空为“照见五蕴等自性皆空”，自性就是含摄得不变、独存的实体性，此实体性不可得，故曰皆空，而不是破坏因缘生法。空从具体的有上显出，有在无性的空上成立，空有相成，不相冲突。这和常人的看法很不相同，常人以为有的不是没有，空是没有的不是有，把空和有的中间划着一条不可沟通的界限。依般若法门说：空和有是极相成的，二者似乎矛盾实是统一的。佛法是要人在存在的现象上去把握本性空，同时在毕竟空的实相中去了解现象界的缘起法。能这样的观察、体验，即得度一切苦。彻底地度苦，必须体验空性。了知一切法空，生死间的苦痛系缚，才能彻底解除。所以在说了“照见五蕴皆空”后，接着说“度一切苦厄”。
苦是苦痛，厄是困难。众生的苦痛困难，不外内外两种：属于内自身心的，如生、老、病、死等；属于外起的，如爱别离、怨憎会、求不得等。这一切的苦难，根源都在众生把自己看成有实体性而起，大至一国，小至一家，互相斗争，苦痛丛生，即都是由于不了我之本无，于是重自薄他，不惜牺牲他人以满足自己。我这样想这样做，你也这样想这样做，于是彼此冲突，相持不下，无边苦痛就都跟着来了。若知一切法都是关系的存在，由是了知人与人间是相助相成的，大家是在一切人的关系条件下而生活而存在，则彼此相需、彼此相助，苦痛也自不生了。物我、自他间如此，身心流转的苦迫也如此。总之，若处处以自我为前提，则苦痛因之而起；若达法性空、无我，则苦痛自息。菩萨的大悲心，也是从此而生，以能了知一切法都是关系的存在，救人即是自救，完成他人即是完成自己，由是牺牲自己，利济他人。个人能达法空，则个人的行动合理；大家能达法空，则大家行动合理。正见正行，自能得到苦痛的解放而自在。
以上是经的总纲，下面依此广释。
甲二 显义
乙一 正为利根示常道
丙一 法说般若体
丁一 修般若行
戊一 广观蕴空
己一 融相即性观──加行：“舍利子。色不异空。空不异色。色即是空。空即是色。受想行识。亦复如是。”
这是解释总标中“五蕴皆空”的。五蕴为什么是空的？欲说明此义，佛唤“舍利子”而告诉他。舍利子是华梵合璧的名词，梵语应云“舍利弗多”。“弗多”即子义，“舍利”是母名。印度有鸟，眼最明利，呼为舍利；其母眼似舍利，因名为舍利。舍利所生子，即曰舍利子，从母得名。舍利子在佛弟子中，智慧第一。本经是发挥智慧的，故佛唤舍利子以便应对。
佛明五蕴皆空，首拈色蕴为例。色与空的关系，本经用“不异、即是”四字来说明。不异即不离义，无差别义。色离于空，色即不成；空离于色，空亦不显。色空、空色二不相离，故说：“色不异空，空不异色。”有人听了，以为空是没有，色是有，今虽说二不相离而实是各别的，空仍是空，色仍是色。为除此种计执，所以佛接着说“色即是空，空即是色”，即表示空、色二不相离，而且相即。
佛法作如是说，有其特殊意义。印度的一分学者，以为涅槃与生死，烦恼与菩提，是不相同的两回事，离了生死才能证得涅槃，离了烦恼才能获得菩提。生死和烦恼是世间杂染法，涅槃、菩提是出世清净法，染净不同，何得相即？这种见地，是从他们的宗教体验而得来。若说他们都是骗人的，决不尽然，他们确是从某种体验，适应环境、文化而表现出来的。不过体验的境地，有浅深、有真伪。佛法的目的，在使人净除内心上的错误——烦恼，体验真理，得到解脱——涅槃。一分学者依佛所说去持戒修定净除烦恼，体验得“超越”现象的，以此为涅槃。于是，以为世间和涅槃，是不同性质的。在修行的时候，对于世间法，也总是远离它，放身山林中去，不肯入世作度生的事业。这种偏于自了的超越境，是不究竟的，所以被斥为沉空滞寂者。真正的涅槃空寂，是要在宇宙万有中，不离宇宙万有而即是宇宙万有的。
因此，修行也不同，即于世间利生事业中去体验真理，净化自己。古德说：“佛法在世间，不离世间觉。”觉悟即在世间法而了达出世法，由此大乘能入世度生，悲智双运。有所得的小乘，体验到偏于“超越”的，于是必然地走入厌离世间的道路。龙树菩萨在《智论》里，讲到“色不异空，空不异色；色即是空，空即是色”时，即以《中论》生死、涅槃无别去解说。大乘的体验，不妨说是“内在”的。论到宗教的体验，有人以为这是一种神秘经验，既称为神秘的，此中境界就不是常人所能了解。因之，经验的是否正确，也无从确论。现见世间一般宗教，他们所依经验而建立的神、本体等，各不相同。所见不同，将何以定是非？依佛法，这是可判别的，一方面要能洗尽一切情见，不混入日常的计执；另一方面要能贯彻现象而无所碍，真、俗二谛无碍的中道，即保证了佛法的究竟无上。佛法是贯彻现象与本体，也是贯通宗教与哲学，甚至通得过科学的，所以有人说佛法是科学而哲学的宗教。
从理论上说，色（一切法也如此）是因果法，凡是依于因缘条件而有的，就必归于空。如把因果法看成是有实自性的，即不成其为因果了。因法的自性实有，即应法法本来如是，不应再藉因缘而后生起；若必仗因缘而能生起，那法的自性必不可得。由此，一切果法都是从因缘生，从因缘生，果法体性即不可得，不可得即是空，故佛说一切法毕竟空。反之，果法从因缘有，果法的作用形态又不即是因缘，可从因缘条件有，虽有而非实有，故佛说一切法缘起有。可知色与空，是一事的不同说明，所以色即是空，空即是色。常人于此不了解，以为空是没有，不能现起一切有。不知诸法若是不空，不空应自性有，即一切法不能生。
这样，有应永远是有，无应永远是无。但诸法并不如此，有可以变而为无，无的也可由因缘而现为有，一切法的生灭与有无，都由于无自性毕竟空而得成立。性空——无不变性、无独立性、无实在性，所以一切可现为有，故龙树菩萨说：“以有空义故，一切法得成。”本经所说：“色即是空，空即是色。”即说明此空、色不相碍而相成的道理。经中接着说：“受想行识，亦复如是。”这是说：不但从色的现象说，色不异空，乃至空即是色；若从受的现象上说，也是“受不异空，空不异受；受即是空，空即是受”的。想与行、识，都应作如是说。空是一切法普遍而根本的真理，大至宇宙，小至微尘，无不如此，即无不是缘起无自性的。能在一法达法性空，即能于一切法上通达了。
己二 泯相证性观──正证：“舍利子。是诸法空相。不生不灭。不垢不净。不增不灭。是故空中无色。无受想行识。”
