1796年3月11日，拿破仑率领意大利军团向奥地利盘踞的意大利北部进发。对奥地利的两个主要战场中，莱茵战场明显比意大利北部战场面对更强大的奥军实力，因此难以快速突进。于是，拿破仑认为可先使法国的莱茵军团从正面牵制住奥地利军队，使其难以与撒丁王国军队联手，这样，意大利军团便可拿下撒丁军队，占领意大利北部地区。这时，奥军便是孤军一支，法国两大军团可以合围之势消灭在意大利的奥军，进而直捣奥地利首都维也纳。这样，不仅解除了奥地利对法国的威胁，而且，可以将法国新思想带到意大利北部地区，扩大法国的政治影响。
1796年4月9日，拿破仑的意大利军团越过阿尔卑斯山，突然出现在奥地利和撒丁王国军队面前。法军走的是阿尔卑斯山脉最险要的卡博地纳驿道，但也是最短的进军路线，所以，当法军突然出现时，奥军和撒丁军竟然来不及组织起有效防御。4月21日，法军在与撒丁军的作战中奠定胜局，同时也歼灭了奥地利的两支军团，拿破仑占领皮德蒙平原。4月28日，拿破仑与撒丁人在皮埃蒙特签订停战协议，5月15日，巴黎方面又与撒丁王国缔结最终和约。两次议和之后，法军从撒丁人那里得到了柯尼和亚历山大里亚两座最坚固的要塞；法军可以自由出入阿尔卑斯山隘口，其他国家军队一律不许通过；撒丁国王承诺从此不再与任何国家结盟，他还同意修改法国与撒丁两国边界，割让尼斯和萨伏依省给法国。至此，拿破仑的意大利军团使奥地利军队彻底陷入孤立。
拿破仑乘胜东进，一路将奥军追赶到波河。在这里，拿破仑身先士卒，跳入河中与士兵们一起强夺艾达河桥，开始了使他声名远播的“罗迪战役”。罗迪一战，奥军大败，急急向曼图亚方向逃跑。拿破仑此时已成为军团的英雄，士兵们亲切地称呼他为“小伍长”。拿破仑见全军士气正盛，于是号令军团向伦巴第的首府米兰进发。5月15日，当米兰人沿街欢迎法军的到来时，拿破仑在意大利人心目中已经成为解放者了。
占领米兰后，拿破仑又攻下了一些地区，于5月30日兵临曼图亚城下。曼图亚要塞设在波河和明乔河的交汇处，易守难攻，战略地位十分重要。奥军势在守住这个有“意大利锁匙”之誉的战略要塞，以阻止法军东进；而拿破仑也定要夺取它来控制意大利北部地区，进而打通向奥地利国内进军的道路。1797年2月2日，70多岁的老将军维尔姆泽率曼图亚守军向法军投降。为避免使老将军尴尬，年轻的拿破仑并未出席自降将手里接受宝剑的投降仪式。至此，曼图亚战役历时9个月终以法军获胜而硝烟散尽。当奥热罗奉拿破仑之命将缴获的60面奥军军旗献给督政府时，巴黎人民沸腾了，他们无不视拿破仑为民族英雄。
曼图亚大捷后，整个意大利北部地区都被法军占领。1797年2月19日，拿破仑在托伦堤诺与罗马教皇签订协议，教皇同意站在法国一边。随后，拿破仑挥师北上，于3月进入奥地利国境。一路上，法军所向披靡，4月初抵达累欧本。4月18日，拿破仑与奥地利代表签订累欧本停战协定，10月17日又签订了《坎波福米奥和约》，最终，奥地利承认法军对意大利北部地区、比利时和莱茵河左岸地区的占领。就这样，拿破仑以自己的意大利军团打败了强大的奥地利。
拿破仑取得的伟大胜利使督政府害怕起来，督政府要求握有重兵的拿破仑回到巴黎，接受下一个任命。1797年12月6日，拿破仑凯旋。随即，他接受对英作战总司令的任命，开始部署作战方案。拿破仑认为对付英国并不一定要远征其本土，当下应该攻占埃及、马耳他，以此来断掉英国通往中东和远东的海上生命线，进而撼动其在印度的统治地位。海上生命线被切断，英伦三岛将被彻底孤立起来，当然不攻自破。拿破仑的作战计划旋即被通过，督政府命他为法国东方军团总司令。虽然拿破仑的东征并未达到撼动英国海军的目的，但也取得了不菲的战果，尤其是在科学文化传播与探索方面取得了重大进展。
