由于我们的大脑边缘系统很难辨别恐慌因素的严重程度，所以，“新大脑”（即大脑皮质）的出现就为我们提供了一种必要的平衡，在一定程度上缓解了大脑边缘系统的不良影响，这给我们提供了更多更好的生存技能。正如我之前所描述的那样，作为人类“大脑”的最新组成部分，大脑皮质在更大程度上承担着思考性、分析性、理性和逻辑性的功能。这部分大脑一个非常重要的功能就是调节从大脑边缘系统传输过来的信号，解读原始的情绪和反应，确定其真实的严重程度。具体来讲，大脑皮质包含着一些十分重要的组织，其中一个就是前额皮质，因为前额皮质的主要功能就是平衡大脑边缘系统的冲动。就像一个公司的首席执行官同时指挥诸多分支机构和职能部门一样，大脑皮质能够同时分析大脑边缘系统对外界刺激因素做出的冲动性的、恐慌性的反应，看看这些反应是否合适，是否有必要。同时，它还能调节人们对快感的追求。所以，我们可以看到，随着人类的进化，随着人类文明和社会越来越发达，大脑皮质的功能也就显得尤为重要。它不再以非黑即白的绝对标准去评判外界不适因素是否会对人类生存构成威胁，因此缓和了生存本能的负面影响，让我们以更加灵巧的方式生存在这个世界上。
然而，要维持大脑边缘系统和大脑皮质之间的平衡，往往不是件容易的事。事实证明，这两部分不会互谅互让，它们之间的信息传递量并不是均等的，从旧大脑传递到新大脑的信号数量远远超过了从新大脑传递到旧大脑的信号数量。因此，就各自的力量而言，大脑边缘系统超过了大脑皮质。导致这种现象的部分原因可能是大脑边缘系统的进化时间比较早，能够让我们自发地、非常迅速地应对危险因素，而不必专门拿出时间来处理危险信号。曾几何时，当我们的生活经常出现危险因素时，大脑边缘系统的确会有益于人类生存，但我们知道，危险因素现在非常稀少。由于大脑边缘系统与大脑皮质之间的力量对比一直存在失衡，所以，大脑边缘系统，或者说我们的生存本能，就占据了上风，压倒了我们更理性的、能思考的大脑皮质。这就是本能反应往往优先于思考过程的原因所在，也解释了为什么大脑皮质难以控制住大脑边缘系统。这样一来，结果就可想而知了，我们必然会遭到生存本能的摆布，而且生存本能在现代生活中经常会出现反应过度的情况。
此外，还有一个重要的事实需要指出，即由于大脑边缘系统与交感神经系统具有更为直接的关联，其脉冲可以直接绕过大脑皮质，所以，我们经常发现自己的身体会莫名其妙地出现强烈的反应。比如，你有没有发现自己会突然心跳加速、身体发热或者出汗，当时不知道为什么，只是后来才找到原因？这种现象可能是因为你听到了别人说的某一句话，闻到了某一种气味，或者是被某种事物触发了对往事的回忆。请注意，当你出现本能反应的时候，你还没有意识到。所以，仅仅这些本能反应就足以给人体带来强烈的影响。
有几项研究分析了人类是否能够有效地调节大脑边缘系统传达出来的信息，其中比较有趣的是对于“饥饿反应”的研究，这种反应以大脑边缘系统的伏隔核（伏隔核也被称为“大脑的快感中心”）为中心向外辐射。在一项研究中，研究人员为一组女性分发了一种她们非常想吃的食品，并告诉她们运用自己的认知技巧来控制大脑边缘系统对这种食物的反应。所谓认知技巧，主要是刻意告诉自己不饿，不应该吃那种食物。结果表明，当她们强迫自己运用认知技巧时，其大脑皮质的前额皮质会受到刺激，从而产生理性的力量阻止她们的食欲。然后，研究人员借助正电子发射层析扫描技术（PET）对这些女性的大脑进行扫描，以观察内部的电子活动，结果不仅发现她们的前额皮质受到了刺激，而且她们的“快感中心”也受到了刺激。因此，虽然这些受访的女性告诉自己不要对这种食物感兴趣，她们的大脑边缘系统却并不买账。
还有一些人把冥想者作为研究对象，希望通过对这个人群的研究来考察一下人类是否能够有效地改变大脑边缘系统向大脑皮质输入的信息。毕竟，如果冥想者能够非常有效地控制自己的意识，那么可以合理地推测他们能够比较好地控制其大脑边缘系统对外界刺激因素的反应。有趣的是，一些研究表明，有经验的冥想者的确可以在一定程度上影响自己的岛叶皮质和杏仁核的结构。但即便如此，多数研究证明，冥想者需要付出很大的努力才能达到这样的效果，才能充分调节大脑边缘系统向大脑皮质输入的信息。
极端情况表明大脑边缘系统占据主导地位
大脑边缘系统对人类的影响力远远超过了大脑皮质的影响力。创伤后应激障碍（PTSD）这种极端的情况就能很好地说明这一点。最近这几年，随着很多参加过伊拉克和阿富汗战争的士兵陆续回国，这种疾病越来越为人熟知了。它恰如其分地说明了大脑边缘系统出错的后果：大脑皮质无法管理和控制大脑边缘系统的敏感性，也无法调节来自大脑边缘系统的信息，人们只得完全听从生存本能的摆布。科学家们研究了创伤后应激障碍对大脑不同区域的影响，结果发现老兵们的大脑皮质在控制大脑边缘系统的信息方面不像正常人那么有效，而大脑边缘系统的影响力更加强大，结果导致大脑在很大程度上失去了平衡和协调。
塔夫茨大学的丽莎·辛（Lisa Shin）博士领导的一个研究小组也发现了类似的现象。他们注意到，创伤后应激障碍患者的杏仁核往往存在反应过度的情况，而大脑皮质或者说前额皮质的反应能力则有所降低。这就意味着这些患者的大脑无法像正常大脑那样有效地处理某些需要用到逻辑和理性的情况。相反，他们主要是受到大脑边缘系统的驱使，生存本能也经常会受到刺激而发挥作用。其大脑皮质几乎陷入了瘫痪，无法主导人们对外界事物的反应方式。
另外一个例子就是人们对于当众发表演说的恐惧。得知自己患有癌症与当众演讲发表演说，哪一个更可怕呢？如果你问别人，肯定有很多人选择后者。虽然很多人心里也清楚自己对当众演说的恐惧感其实是不理性的，但当他们真正面对一大群听众的时候，就会不由自主地陷入极度紧张恐慌的地步。这些听起来可能不太符合我们的直觉，但如果考虑一下当众演说意味着什么就不会这么觉得了。当众演说就意味着自己必须接受别人的评判、想要获得别人的接受和认可，而且有可能遭到别人的否定。对于生存本能异常敏感的人而言，大脑边缘系统会把这些情况解读为对生命的终极威胁，从而对异常敏感的生存本能造成重大刺激，生存本能激发一系列强烈的本能反应，而由于人们的本能反应深深地根植于大脑边缘系统，所以，这就很好地解释了为什么大脑边缘系统压倒了具有逻辑推理功能的大脑皮质。
