2000年12月，仇和升任宿迁市代市长；2001年8月，又提升为宿迁市市委书记，仇和获得了更大的舞台。
面对经济落后的现实，他要求宿迁走一条超常规的发展模式——简而言之，就是先借钱将环境和基础设施搞好，然后全民招商，招商引资来的企业增多，税收多了，地价也会升值，再用土地出让金和税收还掉借款，再造更好的环境，以此达到滚动发展。
这条路径并不出奇，仇和的与众不同之处在于他的手段出奇强硬。比如，强制农民种植杨树；要求包括教师在内的每名财政供养人员扣除10%工资作为修路资金，每个农民每年强制出8个义务工，组成修路队；将城区9条市政道路承包给人事局等9个部门负责建设；将招商指标下达给各个单位，把原本专业“分工”的招商工作变异为各行业层层压指标的全民“包工”，要求三分之一的干部轮岗招商、三分之一离岗创业、剩下的三分之一照样把工作做完，副处级干部的任务是每年招商500万元，完不成任务的部门“一把手”免职……
十年宿迁路，仇和一直在医疗、教育等重要公共服务领域重手改革。尤其在2003年，宿迁强行变卖幼儿园和医院，走“民营化道路”，引发激烈争议。2003年7月12日至10月2日不到三个月时间，仇和三度被央视《焦点访谈》“关照”。
此后宿迁医改引发政界和学界的广泛关注，一时间前往学习、调研者无数，反对者斥之为“卖光式医改”，支持者却认为此举是制度性创新。
反对者以时任北大中国经济研究中心副主任的李玲教授为代表。2006年，李玲带领的调研组在一份《江苏省宿迁地区医改调查报告》中提出，宿迁的医改，通过公立医疗机构的转制，改变了政府直接办医的局面，通过引入社会资本，快速扩大了医疗资源，并形成了医疗市场的竞争格局，促使医疗机构引入企业经营机制，从而提高了医务人员的积极性，改善了医疗服务的质量，扩大了医疗服务项目，降低了挂号费、药品单价和检查项目单价。但是，医改的最重要目标——公共卫生发展和“看病贵”问题没有解决。相反，宿迁医改完全打破了原有的三级公共卫生网络和转诊体系，导致宿迁市医疗机构过度供给，进而通过诱导需求来消化，反而使老百姓医疗负担加重；乡村基层医疗队伍力量则遭到削弱，潜在医疗卫生问题令人担忧。
支持者则以同样来自北大中国经济研究中心的周其仁教授为代表。他认为，李玲的《报告》的问题在于作者带了太过明显的先入之见，“《报告》对宿迁医改否定性的评价，并没有以可靠的、合格的验证为基础”。2007年，周其仁在《宿迁医改的普遍意义》一文中提出，宿迁医改具备全国普及的意义。“宿迁医改真正办得好的地方，是把政府很有限的财力和管理精力，集中到公共卫生这个民间力量、市场机制难以发挥作用的地方。为了做到这一点，政府必须从‘办医院’的立场后撤。”
仇和在宿迁还做了一件少为人提及、但影响更为深远的大事：在干部人事制度上进行“任前公示”“公推公选”“勤廉公示”等具有政治改革性质的实验。1997年夏天，时任沭阳县委书记的仇和在一次县直机关和乡镇负责人会议上宣布，今后提拔的干部一律实施公示制，随即下发的一份《关于公示拟提拔干部名单的通知》中，列出了首批17名干部名单。这是全国首次干部任前公示。1999年，中组部到沭阳进行专题调研。2002年7月，中共中央下发的《党政干部选拔任用工作条例》中，明确规定了领导干部的任前公示制度。
2003年三四月份，仇和又选择宿豫县（现改为宿迁市宿豫区）进行干部选拔制度改革试点，对一个乡和一个镇分别进行乡党委书记和镇长的公推竞选。2003年7月，沭阳县一下拿出七个乡镇的行政“一把手”进行公推竞选——“公推竞选”后来被改称为“公推公选”，即通过各级党组织、干部群众推荐及个人自荐方式产生候选人，再由县委常委会投票表决确定三名正式候选人，然后候选人在乡镇人大代表面前演讲、答辩，最后由人大代表投票产生最终人选。
第二年，“公推公选”即在江苏全省范围内展开。2004年1月9日，金坛市的市长候选人吴晓东成为中国第一位公推公选的市长。同月，江苏省又组织公推公选了22名省管领导干部。
2005年1月，仇和在沭阳县再次试水一种名为“公推直选”的乡镇党委书记选拔模式，全乡镇所有党员一人一票，直接选出党委书记。这种比“公推公选”更进一步的“党内民主”形式再次开了先河。两年后，“公推公选”“公推直选”所体现的基层党组织领导班子成员由党员群众公开推荐与上级党组织推荐相结合的经验，写进了中共十七大报告。
在此期间，2004年7月，宿迁还推出勤廉公示制度，将党政主要干部资料在《宿迁日报》上公布，通过发放调查问卷、走访群众等形式，并结合纪检监察和组织部门掌握的人民来信综合问题，述廉官员必须对“点题”的内容做出重点说明和解释；述职述廉报告张贴公示七天后，再组织专人对公示者述职述廉情况进行民意测评。四个月后，江苏省纪委在宿迁召开全省领导干部勤政廉政公示工作现场会。第二年，这种“勤廉公示”的党内监督制度即在江苏全省全面推开。
仇和的强势作风和强力推动的各项改革，最早受到了《南方周末》的关注和报道。在那篇将仇和“最富争议的市委书记”的知名度从苏北一隅传响全国的报道中，配发的一张照片至今还让人历历在目：仇和梗着头，一脸倔强，独自快步走在前面，后面很远的距离才是一群面目不清的下属官员。
面对宿迁医改的种种看法，仇和不改初衷。他说：“市场经济是法无禁止即自由的经济”；对于他手段强硬的非议，仇和的回答轻描淡写，“我搞科研出身，科研重结果，不重过程，所以有时表现出急躁的情绪”；对于他决策时无论对于同僚的意见还是普通百姓的权益都不尊重的批评，他的回答更是直截了当：“西方在我国现在这个发展阶段时，在我国这种GDP时，哪里有人权呢？”
只重视结果而不考虑过程，只要自己认为是正确的决定，就利用手中职权强制实施，以只争朝夕的决心，实现压缩饼干式的超常规发展。仇和的这一风格自沭阳始，在宿迁发扬光大，并让他职务越升越高，权力越来越大——这个循环一直延续到他的仕途结束。
不管外界如何评价，以能吏面貌出现的仇和，给宿迁这个江苏省最年轻也最落后的市带来翻天覆地的变化。李玲等人的调查报告也注意到，“十五”（2001年-2005年）期间，宿迁生产总值、地方财政收入等五项主要经济指标增长幅度均居江苏省第一名，其中GDP由2000年的200亿元增加到2005年的387亿元。
2006年1月到2007年12月，获得擢升的仇和担任了近两年的江苏省副省长。这期间，仇和主要是在环境保护方面着力。2007年五六月间，太湖爆发蓝藻危机，仇和亲自担任太湖湖长。当年7月，苏南五市（苏州、无锡、常州、镇江、南京）的市长与仇和分别签订了《“十一五”太湖水污染治理目标责任书》。
在仇和主持下，江苏省政府出台了两份治理环境污染和节能减排的重要文件，其一是2006年10月印发的《全省化工生产企业专项整治方案》，仇和亲自担任专项整治工作领导小组组长，其成果是一年内全省关闭化工生产企业1934家。2007年11月，也就是他离开江苏之前一个月，仇和担任副组长的江苏省节能减排工作领导小组制定了《江苏省节能目标责任评价考核暂行办法》，明确规定，“对节能目标评价考核结果为未完成等级的市政府，予以通报批评，领导干部不得参加年度评奖等？？对未完成等级的企业，对企业负责人绩效考核实行‘一票否决’”。
但显然，在副省长这个副职任上，仇和要比大权在握的正职时低调得多。
