这种地方各自为政的混乱局面最终在普京任上得到了根本扭转。2000年5月13日，普京签署第849号总统令，批准了《俄罗斯联邦总统驻联邦区全权代表条例》。由此俄全国89个共和国、边疆区和州等联邦主体，按地域原则被划分为七个“联邦区”，每个联邦区任命一位总统全权代表。全权代表直接对总统负责，对地方各项政务有权进行监督。联邦区的设立本质上等于是给各地方政府头上安放一支可以实时对地方势力进行监督又不受其辖制的力量。这一举措使得地方势力过度膨胀、与中央离心离德的趋势得到了有效遏制。
而在2002年国情咨文中，普京对腐败官员发出了严厉警告。2003年开始全国开展了反腐败运动，清理了一大批贪官污吏和与黑社会勾结的警察。相对于常规化的查处，这样短期、集中式运动的好处在于，它可以产生更强的震慑力，从而避免一些人因相互袒护、掣肘使得执法行动流于表面。与此同时，根据普京的指示，俄经济发展和贸易部相继出台了100多项长期或短期的避免出现行贿受贿的举措，并在此基础上拟定了适用于整个政府机构的常态化的反腐制度，2004年3月成立了俄罗斯国家反腐败委员会。这些举措极大地遏制了腐败问题，重建了人民对于国家的信心。
除了诸侯政治（经济）与吏治腐败之外，经济寡头是制约俄国家行动力聚合的更为根本的障碍。巨量的财富与社会资源聚集在寡头手里所形成的影响力，使得政府对他们也常常无可奈何——叶利钦时代连俄海军核潜艇基地都曾被断过电。不单无可奈何，由于手中资源的不对等，事实上俄政府一度需要屈从于这些寡头的利益，即便是新自由主义经济学者、俄前总理盖达尔也坦言：“在高峰时，7~10个寡头才是（俄罗斯）真正的政府，他们可以随意撤换总理，推行有利于他们的经济政策。”
而另一方面寡头对经济资源的垄断是不受国家权力约束的，这使得市场经济下的“合理竞争”、“资源合理调配”统统成了空话。普京当政后的第五年即2004年，虽几经恢复国有企业也仅占到俄罗斯GDP的25%，而俄罗斯政府的税收绝大部分都来源于国企——国防、国家机器正常运作、社会保障等统统都源自这“25%”，这意味着占GDP总量75%的私企对国家并未承担起与其体量相称的作用，除了让少数寡头享受利润之外，它们并未让任何人获益。
在上任伊始普京就宣称：“那些有钱人不应当控制社会……寡头们不可以、也没有权力影响政府的决策。如果有人不喜欢这样，如果有人已经习惯了无政府主义，那我很抱歉，他们将必须遵守新的规则。”并发誓要“把寡头作为一个阶层消灭掉”。
不久之后，上面的话便开始得到了兑现。普京首先将矛头对准了古辛斯基和别列佐夫斯基，迫使两人流亡国外，这两人手中控制了大量的金融业及传媒机构。如果将其比作一场战争的话，普京的第一轮打击，就首先打掉了对方的交通枢纽以及广播大楼——金融业是稳定（也是扰乱）社会经济运行的根本，而传媒是稳定精神战场的根本。随后石油大亨阿列克斯普若夫、工矿业大亨波塔宁先后被起诉，而这场大戏的真正高潮则是2003年俄检察机关逮捕霍多尔科夫斯基。
当时作为尤科斯总裁的霍多尔科夫斯基只有40出头，他是1994年以来俄政府大肆贱卖国资的最大受益者之一，2003年凭借80多亿美元的个人资产被美国《福布斯》杂志列入全球十大富豪榜。霍氏同时也是公认的亲美派，其财团中的美国背景使他得到更多的国际支持，普京就任俄总统以后，霍多尔科夫斯基凭借雄厚的财力，积极不断地向政治领域渗透，在政府中寻求培植自己的代言人，向杜马三大反对党提供资金支持，霍氏甚至表示要向亲普京的统一俄罗斯党提供资金资助以此来换得该党不再支持普京（前文中曾提到在规范国企私有化问题上，普京一度被寡头势力所打压）。在2003年年底议会选举和2004年总统大选前夕，霍氏联合众多富豪计划在议会内组成自由派的多数派，要“推选自己的总理”，而霍氏则被富豪们推举为“合适的人选”。没过多久他又放出消息，声称将于2007年退出商界参加2008年的总统大选。
2003年10月25日俄总检察院逮捕了霍多尔科夫斯基，以“诈骗、逃税、伪造公文、侵占他人财产、拒不执行法院判决”等罪名对他提出刑事诉讼。这一行动等于是截断了俄议会内反对派的财源，阻止了寡头的代理人在选举中兴风作浪。霍氏的被捕引起了俄政府内的寡头代理势力的强力反弹，不久之后总统办公厅主任沃洛申向普京递交辞呈以示抗议。当时接替沃洛申位置的，就是俄现总理梅德韦杰夫。
压力不只是来自政府内部，俄罗斯金融界也以股市暴跌来回敬了总统，埃克森美孚和雪佛龙德士古等美国石油财团立即宣布中止了和尤科斯的合并谈判。面对国内与国际资本集团的压力与游说，普京表示“没有与商界对话的打算”——上一次做出类似表态是针对车臣武装分子。针对美国政府对此案的公开批评，俄外交部同样予以措辞强硬的回应。普京如此强硬的底气，很大一部分是来自于民意的支持，霍氏被捕后普京的民调支持率曾一路上升到80%，被受访者列为“当代俄国最伟大的领导人”，排名甚至在斯大林之前。这成了2004年普京成功连任总统的决定性因素。
2005年霍多尔科夫斯基最终被判刑，其名下包括尤科斯公司在内的一部分石油公司和银行以拍卖方式重新收归国有。当年一季度由于追缴尤科斯公司偷逃的税款竟使得国家财政盈余大幅增长，寡头经济对国家实力的侵蚀由此也可见一斑。
成功的政治往往是一种进三退二的游戏，这一次也不例外。事情有时就是这么巧，2005年3月17日清晨，俄罗斯的“私有化之父”，时任俄罗斯统一电力系统公司总裁的丘拜斯在前往公司的路上遇刺，不过他本人最终安然无恙，两天后实施这次刺杀的退役军官克瓦奇科夫被安全部门逮捕，被捕后克瓦奇科夫声称他的动机是因为对丘拜斯所作所为的长期不满。出人意料的是，消息一经放出公众几乎一边倒的站到了科瓦奇科夫一边，鲜有人去同情差点丢掉性命的“私有化之父”，很快舆论演化成了公众对多年来通过私有化运动大发横财的寡头们的声讨。面对如此的声浪，原本在霍多尔科夫斯基被判刑后就非常不安的新贵们更加紧张了。普京则不失时机的在3月24日专门会见了国内企业界代表，表示要“稳定所有制关系”，“不对所有制进行重新划分”，并且“建议”将之前私有化运动中相关违法活动的诉讼时效期从10年缩短为3年。这两条等于是给那些不太大的财阀吃了定心丸，后者在霍氏事件之后纷纷担心自己也将面临被清算的危险——当然，要让总统把“建议”变成“落实”，大伙自然就得收敛一下自己的贪欲，对政府也要配合一些。这一步“进三退二”使得普京在后面无需再继续搞强力弹压，就可以暂时摆平国内的寡头。
以霍多尔科夫斯基案为契机，最终政府掌握了超过50%的石油天然气生产。能源出口为俄罗斯提供了稳定的财政来源，同时在国际政治博弈中这也成了俄罗斯政府手中一张屡试不爽的牌。你可以说他不讲信用，但国家间的博弈最终只能落实在实力上。从某种意义上说，“核弹（军事力量）+石油”已经成了俄罗斯外交博弈中最重要的“武器”。
与此同时，普京显然汲取了前苏联时代的一个重要的教训——将意识形态安全作为一个战略问题来对待。在上世纪80年代后期，苏联社会的思想一直处于一种混乱且亢奋的状态：人们盲目地在否定乃至憎恶一切自己曾经信仰的东西。与此同时，任何坏消息都会在人们的头脑中被成倍的放大，而那些初听让人非常兴奋实则却经不起逻辑推敲的街头政治演说，却更易于被人奉为圭臬。而这一切很大程度是源于媒体的失控，在当时，一大批信奉西方自由主义的文化人在实际上控制了苏共的宣传系统。如当时主管宣传工作的雅科夫列夫，早在1973年他就在《文学报》上发表文章大肆批判苏联的爱国主义。相对于西方本国的学者，这些苏联同行们对西方的意识形态信仰表现的反倒更为极端和僵化，近似于一群“原教旨主义者”。在苏联解体前的那几年，各种对苏共历史不负责任的肆意歪曲、丑化乃至编造谣言的文章充斥在各类官方报刊上。
在苏联解体之后，众多媒体转而成为了金融寡头和海外资本的工具。与实体经济不同，传媒自身是没有实际产出的，但它却同样有自己的利益诉求，媒体获利只能通过广告等途径来实现，这意味从利益考虑，在资本时代是无法存在真正中立的媒体的——必然要依附于资本的控制者。在强调媒体监督时候人们往往忽略了另一个问题，谁来监督媒体？而另一方面，现代社会又是名副其实的传媒时代，媒体对社会生活的影响力空前强大，快节奏的生活中，一个新闻标题或者一副新闻配图就可能完全改变一个人对某一事件的认识。金融大鳄索罗斯就曾经说过，“一件事如果多数人认为它会发生，那它就一定会发生”（事实上在金融领域，通过有心的“爆料”来改变大盘走势从而让自己获利，这在全世界范围内都不是什么新鲜事）。而在上世纪90年代的俄罗斯，众多必然损害多数人利益的“改革措施”正是在媒体的包装之下获得了大众的支持，人们欢呼着埋葬掉了自己的未来，紧接着又忙不迭地为埋葬自己下一代未来的事情欢呼。
可以说，如果不对传媒业加以整肃，普京的一系列新政将寸步难行。2000年国家对别列佐夫斯基控制的公共电视台增股至51%，使之成为了国家控股的电视台；国资控股的俄天然气公司则利用债权控制了原属“桥”系的独立电视台。2001年，国有鲁克石油公司（Lukoil）对同属于别列佐夫斯基的另一家电视台TB-6提出经济诉讼，迫使其宣布倒闭。经过一系列的博弈之后，俄政府最终控制了俄国内最大的三家电视台、70%的广播电视和80%的报纸。2001年联邦政府颁布了《大众传媒法》，规定外资在俄传媒机构的持股比例不得超过50%。2002年普京又签署总统令，取消了叶利钦于1991年给予美国“自由欧洲”电台在俄罗斯境内活动的各种特权。
在一系列新政不断推行的同时，外部环境的变化又给普京带来了一个“意外惊喜”。2000年之后由于信息产业泡沫最终宣告破裂，国际油价和燃气价格开始大幅上涨，特别是2003年的伊拉克战争开始之后，原本这是美国企图借助石油美元保持美元霸权的举措，可无意间却让俄罗斯也成了最大的获益者之一。借这个机会，俄罗斯的财政实力得以大大增强。
当然，只有决策层拥有足够的意志以及判断力，机会摆到眼前才有被利用起来的可能。如果当初俄政府无所作为，那么油价上涨对俄罗斯而言只可能是进一步强化寡头的力量，从而让1992年以来俄罗斯所面临的重重问题进一步加剧。而再往深一层去想想，这或许也是以霍多尔科夫斯基为首的寡头与普京的矛盾会在2003年最终爆发的一个缘由。
财政的充溢使得多数俄国人都成了获益者，公费医疗与免费教育覆盖了全民，同时俄罗斯的房屋水电费价格也非常低，几乎忽略不计——在90年代私有化运动进入癫狂状态的时候，叶利钦最终还是保留下了苏联时代的社会福利体制的基本框架，但由于俄财政状况恶化，俄国的社保体制一度陷入瘫痪，就像一条干涸了的水渠一样。如今“水”又有了，那么“水渠”自然可以继续发挥作用。
对俄罗斯人而言真正的问题恐怕还是住房。在休克疗法之后，由于金融寡头的迅速崛起，以及前期国家土地被无序的拍卖，俄罗斯和其他很多国家一样，都曾经出现了严重的房地产泡沫，从2000年到2005年，俄罗斯的房价上涨了253%，到2006年又上涨了53.8%，其中莫斯科的房价在当时上涨了93%多。房价上涨带来的严重问题让很多俄罗斯人的生活难以为继。据当时统计，艰苦的住房条件和酗酒、吸毒一道成为了俄罗斯人婚姻破裂的三大主因。2007年经社会调查显示，60%的俄罗斯人表示急需住宅，俄罗斯卫生部与社会发展部在2007年7月13发布的统计数据显示俄罗斯人当前平均月薪水平是500美元（其实已经大为改善，2006年时这一数字仅为394.7美元），按照这个数字计算，一个俄罗斯人即便一辈子不吃不喝，他的总的收入依然买不到一所房子。针对这种情况，从2005年开始，普京在其第二个总统任期里开始了一系列的房屋的改革，俄罗斯政府应对措施并非是依靠低效率的间接的市场调控手段，而在采取更加直接的行政与法律手段。
针对俄罗斯房价最高的莫斯科市，俄联邦政府和莫斯科政府共同出资购置大概五千余英亩的土地，在这里规划出新的住宅区，由政府出面以低于当时市价60%的价格卖给莫斯科市民，请大家注意，这里所指的房屋不是单元房（Apartment），而是货真价实的单门独院的房子（House），这样一来政府就给了老百姓一个非常好的预期，由此莫斯科的房价整体性的回落60%。更为根本的解决途径是2005年出台的《房地产法》，由此公民的基本居住权有了明文的规定，垄断、哄抬价格等行为都被列入了违法的行列，莫斯科房价大幅回落其实很大程度上也是地产商慑于法律——霍多尔科夫斯基被判刑可是没多久。最终，也正是依靠法律，普京成功刺破了地产泡沫。除了改善了国民的生活质量以外，这也避免了俄国经济出现一个“堰塞湖现象”。
