蒙巴顿司令部内的秘密情报局
整个盟军司令部在战区的人事变化进一步影响了秘密情报局。1943年8月，英王乔治六世魅力十足的表弟，拥有敏锐政治触角的海军上将路易斯·蒙巴顿，出任东南亚盟军司令部最高司令。蒙巴顿给司令部带来了独特的活力和紧迫感，在他的领导下，该地区的情报搜集和秘密行动最终达到了前所未有的统一。1943年秋，蒙巴顿把新总部集中到了锡兰（今斯里兰卡）的康提。孟西斯认为斯蒂文里没有圆满地完成过任何公认的艰难任务，便趁此机会将其卸任。1943年8月，负责包括亚洲区域的陆军副部长贝丁顿准将希望杰拉德·威尔金森接任。但他却不认为“一个我方机构工作不力，困难重重，未来任重道远的地方”有多大吸引力[500]。接下来一个月，贝丁顿找到了一个符合秘密情报局一贯风格的候选人。在他的俱乐部里，他遇见了一名装甲兵，菲利普·鲍登·史密斯准将，或者叫“鲍吉”，“我们已认识多年了”，他“看起来非常苦恼沮丧。他告诉我（贝丁顿在回忆录中写道）有人说他年纪太大（当时他52岁），因而不能继续在坦克旅服役了，很快他就会丢掉工作”。贝丁顿提出打算让他“接管印度的情报局”，并将他引荐给孟西斯，“如果在两个月的艰苦训练中（因为是他以前从未接触过的工作）表现令人满意就同意派他接任”。同时，他还得通过军情五处的审查（表明此次招募并不完全靠的是老朋友间的交情）。通过培训之后，菲利普·鲍登·史密斯于1944年2月抵达印度。据贝丁顿描述，在那儿他“取得了巨大成功”[501]。1945年的一份人事报告（标志着秘密情报局稳步专业化进程中的另一创新）即使写得过于谨慎，对菲利普·鲍登·史密斯的工作也相当肯定。该报告给他作为“远东秘密情报局主管”时的表现打出了“满意”的成绩。总的说来，他“在困境中竭尽所能，不遗余力，掌管着一大片区域，在艰难的环境下频繁地坐飞机往返于各地，赢得了所有下属的好感和钦佩”。
秘密情报局还进行了另一个改进。蒙巴顿任命一位“直爽热诚”的船员，G.A.加农斯·威廉斯上尉为所有重要部门的负责人，负责协调司令部内部的所有秘密行动，包括秘密情报局、特别行动处、战略情报局及“政治作战”。加农斯·威廉斯有联合作战的丰富经验（1940年在蒙巴顿手下，他曾参与司令部的建立），在此岗位上十分称职。他没有任何特殊的情报员背景，却进入了秘密情报局，并且在1943年11月22日替鲍登·史密斯拟定了一份正式声明，揭示了秘密情报局对于自身使命认知的见解。该声明强调，鲍登·史密斯（不同于斯蒂文里）竭力使秘密情报局脱离军事化结构，“我们是一个独立的机构……只关心搜集从非正规渠道获得的情报，而情报局不会同这些情报来源有任何接触”。他在声明中写道：“我们只进行情报的搜集和发布，而不用对其进行校对。”秘密情报局的工作“并没有同其他情报机构重叠，我们尽可能避免同其他情报机构有牵连”。另外，“需要牢记的是我们为许多政府部门工作”，因此，我们不能“保证总是一接到通知就能马上处理一些特殊任务，因为我们现有的情报员可能有别的任务或者不适合执行这些特殊任务”。很显然就印度目前形势来看，加农斯·威廉斯认为“最重要的是停止一切机构间的争吵、嫉妒和诽谤”。其他机构很快也收到了这份声明。“东南亚盟军司令部最高司令蒙巴顿授权”加农斯·威廉斯“开除任何违反该声明的官员”。最终，加农斯·威廉斯进一步加强了秘密情报局在当地的自主权。“虽然东南亚盟军司令部内的秘密机构相互配合，但并不意味着这些机构不再具有个体性。在我担任主席的协调委员会里，机构停止了整合。这些机构的行动方针都是情报利己主义。”可能是考虑到美国机构以及其他英国机构，加农斯·威廉斯补充道，无论合作达到了哪种程度，“都并不意味着机构间可以互相交换秘密情报”。
在离开印度前的1943年12月23日，加农斯·威廉斯同孟西斯会面。孟西斯告诉了他自己给鲍登·史密斯的指令。秘密情报局在战区的行动实行“统一指示，分散执行”的方针。鲍登·史密斯接到命令要求他效力于盟军最高司令，但如果请求与“秘密情报局利益或政策相抵触时”，他有权向伦敦汇报。然而很明显有效控制权是掌握在谁手中。所有的政策或者情报请求都需要通过加农斯·威廉斯。另外，虽然鲍登·史密斯“行政上掌管着”所有的情报站和情报人员，但如果他“想要开除任何人”必须“征得加农斯·威廉斯的同意”。如果加农斯·威廉斯想要开除人，鲍登·史密斯只得“按他的意愿行事”，除非同他的观点“完全对立”，这时就只有交给孟西斯处理。孟西斯指示鲍登·史密斯“通过十四处（百老汇远东处）随时向我汇报你管理的这个机构的任何情况”，但“至关重要的问题你可以直接同我联系”，这些都反映了孟西斯直接参与秘密情报局管理的程度。
加农斯·威廉斯后来声称，他“在1943年10月接受了被认为是不可能完成的任务”。1944年1月抵达印度后，他发现“情报部门联络部（秘密情报局）和一三六部队（特别行动处）名声很不好”，他“需要经过长期的奋斗来消除军队和秘密机构间的相互厌恶，以及秘密机构间的相互猜忌”。而在战争末期，他宣称“在缅甸远至仰光的战斗应归功于情报机构，在那里，情报机构被作为整体使用和受控”。1945年8月25日，在给百老汇远东处控制中心的信中他写道：“曾在利比亚和北非运动中工作过的高级情报员声称，缅甸的秘密情报已远远超出了提供给亚历山大和蒙哥马利的情报。昨天我让斯利姆（盟军十四军的指挥官）来我的作战室，与他一道的还有基思·帕克（空军司令）和蒙巴顿，他们对我都很尊敬。”不管加农斯·威廉斯自己报告的成就是否如他所说那样辉煌，他的重点部门的确在战争的最后一年半时间里起到了作用，令秘密情报局、特别行动处和战略情报局三个部门配合更加紧密。
自1944年春天起行动开始增多[502]。在1944年5月至9月的“麻鸦一号”行动中，一名情报员兼无线电操作员从掸邦北部发回日军部队和补给活动的情报，得到了蒙巴顿的美国副将“醋·乔”·史迪威将军的赞扬。1944年2月（“打击”行动），四位情报员空降至位于曼德勒以北150英里的杰沙地区搜集当地日军机场的情报。在敌军后方，他们花了九个月时间共递交了74份报告（21份“A”级报告，53份“B”级报告），使领导该小组的缅甸军官晋升为士官长。“膨胀”行动中，一个由英国军官领导的五人情报小组于1944年11月29日空降至梅莫/曼德勒地区，以汇报日军部队和补给的活动情况，在那个地区这位英国军官赫赫有名。着陆时，他折断了脚踝，但仍然坚持背着60磅重的装备。日军开始怀疑他们的身份，但该小组在日军的重压下坚持工作，直到1945年3月无线电设备的电池耗尽才停止。
另一些行动则以失败告终。1943年12月，两名缅甸情报员（65538号和65539号）在缅甸西海岸的兰里岛登陆的“括弧”行动以悲剧收场。两名情报员在回程的路上，在离印度边境不远的地方同一小队日军度过了一个狂欢之夜，其间一名情报员吹嘘他在战前去印度的经历。当时没人作出反应。但隔天清晨，一名日本军官要求会见两人。在翻查两人的随身物品时，日军发现了65538号绑在大腿上的一张手绢里藏着一些印度卢比。“没有再费周章，日本军官用他随身携带的大棒狠狠地敲在他头上，65538号当即晕了过去。”日本军官接着再次用大棒敲击他的头部并将他击毙。如果这名日本军官好好思量一下审问65538号，那么另一名情报员很可能也会遭到不幸。但幸运的是，65539号成功地逃脱并回到了加尔各答。
不得不通过陆海空三种形式远距离组织开展行动带来的一系列管理问题，只有通过军队管理后勤才能得以解决。大体上，行动的形式由后勤、气候和地形决定，行动在理念上和数量上也变得越来越军事化。不能适应加快的行动节奏和扩大的行动范围，使格林和德雷奇在印度不如以前成功。传统的情报员单独行动被成组行动代替，这些情报员小组通常都具备军事经验（特别是在缅甸），以丛林为基地行动。在这方面同特别行动处类似。训练同样要求具有军事和海军技能。锡兰（今斯里兰卡）的Z训练营提供海军技能的培训。比如1944年2月由情报员登陆马来亚西海岸旁的小岛建立观察哨的“梭鱼”行动，此次行动遭遇了一连串灾难。八名情报员从亭可马里（斯里兰卡东北部港市）的英国海军基地乘潜艇出发，本打算在马来亚沿岸换乘平底帆船直达目的地，由于没有找到合适的帆船，只得放弃第一个计划。23点40分潜艇接到巡逻命令离开，第二个计划被迫取消。最终他们乘坐四艘装备有六天补给的折叠独木舟在2月23日成功登陆。“我们的登陆从一开始就饱受波折，在距登陆地点50码处我们挤进了小渔船。”他们决定中止行动，但潜艇“没有收到我们发出的信号，并在0527时刻（下潜），留下我们大白天划行在敌人海域”。当晚，“划行了两个半小时后，一艘独木舟几乎装满了水而所有手电筒也无法使用”，最终他们同潜艇取得了联系，被带回了锡兰，行动取消。在行动的事后分析中，折叠独木舟的不足引起了许多自我检讨，因为所有独木舟在离开加尔各答（距亭可马里1000英里）秘密情报局仓库以及装上潜艇前都经过了严格的检查。经过调查发现，在行动正式启动前所延误的这段时期，潜艇母舰上的军官曾乘坐这些独木舟同皇家海军女子服务团成员一起参加港口派对。很显然，这个意外事故并不属于行动计划的一部分。
