孟西斯也和外交部常务次官亚历山大·卡多根爵士建立了密切的关系。尽管他们在日常的聊天中，卡多根偶尔也会被他的喋喋不休激怒，但他们仍然不失为一对强有力的盟友。秘密情报局在整个第二次世界大战期间在维持自治制度方面一直得到支持便是证明（如果在外交部宽松的管辖之下）；至少从1942年开始的那种明确规定，特别行动处只是一个临时的战时组织，而秘密情报局在战后将会长期存在的保证已经写入了《布兰德报告》的结论中。这是他亲密的同僚们在回忆录中讲述孟西斯个人影响力的证据。1942年5月，在秘密情报局干了四十年之后，为了改善与外交部的关系，帕特里克·赖利回忆说，他“很快便忠诚于孟西斯了”，他声称，“没有哪个人可以与他密切合作而不对他表现出真正的尊重和深厚的感情”。有了作为孟西斯个人助手的十四个月经历，赖利承认，他“根本就没有干这个组织和行政管理的天赋，也不喜欢”，而且他“根本就没有办法对”他那互相对立的主要助手丹齐和维维安发号施令。不过，他也认为孟西斯对情报工作“相当具有眼光”，而且最重要的是，“在一个权倾一时的位置上，他基本上算是一个正直的人。在这样的位置上，要是换成了一个不正直的人，那后果可能会是灾难性的”。[607]
在战时的英国，男人们和女人们工作加班加点并不稀奇，而孟西斯像卡明一样，似乎已经非常投入到他的工作当中。据他的履职日记（除了1941年外，“二战”时期所有年份全都留存了下来）披露，在整个战争年代，他休过的假期没有一次长过偶尔遇到的长周末。1941年8月，他填了一份“保密电话设备”的专项申请——在他的家里安装一部防窃听电话。“无法从我的家里随便打到我的办公室，”他解释说，“我几乎就无法去请超过二十四小时的假。而现在，战争已经持续了将近两年，我有时也觉得需要长一点的放松时间。”在1943年至1945年期间担任过孟西斯个人助理的罗伯特·塞西尔宣称，“在战争期间，他很少离开过他的办公桌。部分的原因是为了在丘吉尔召见时能够及时成行。这种情况无论是白天还是晚上随时都有可能发生。卡多根提到了1942年11月的一件事，丘吉尔当时‘过于激动’，便在晚上十一点派人去请孟西斯。卡多根然后说道，孟西斯看起来十分疲惫，而且最好应该去休息一下。孟西斯‘承认他确实很疲倦，而且会去休息的’。可是，凌晨两点一刻时，丘吉尔打来电话又把他叫醒了，问了一个完全多余的问题……然后道了一声歉”[608]。在第二次世界大战期间，这种连续不断的工作负荷，整个情报机构的人都曾经历过。帕特里克·赖利指出，孟西斯个人办公室“配备了两名优秀的女职员：佩提格鲁小姐和琼斯小姐。她们忠心耿耿，谨小慎微，工作时间简直难以想象”。佩提格鲁小姐“身材高大，让人望而生畏”，琼斯小姐则“身材娇小，长得更好看，而且优雅而温柔……虽然她们在同一间办公室里工作了几年，但她们还是称呼对方佩提格鲁小姐和琼斯小姐”。[609]
在第二次世界大战期间，孟西斯几乎没有离开过伦敦。所以说，孟西斯在1942年底对“解放了的阿尔及尔作了短暂访问”似乎根本就不可能（尽管塞西斯的明确断言以及弗雷德里克·温特博特姆的讲述都是在“二战”之后很久的事）。温特博特姆的讲述有令人信服的翔实细节。他说，当孟西斯听说他的老对手乔治·罗宁从纳粹占领的法国逃出时，他亲自飞往阿尔及尔去迎接他。“里韦上校和乔治·罗宁，”温特博特姆继续讲述道，“在阿尔及尔的一座小房子那阳光明媚的屋顶上为斯图尔特·孟西斯和我摆上了丰盛的午宴。可上咖啡时，随之传来了一个噩耗：海军上将达兰在距离这里几百码远的家中被人枪杀。达兰在圣诞节前夕被杀害，但是，12月24日或25日却没有任何记载。孟西斯的日记显示，12月23日在伦敦有晚宴的预约，12月26日上午十点一刻在内阁战争办公室有一个预约。虽然里韦在他的日记中提到了12月12日与温特博特姆和英国官员共进午餐，但他没有提及圣诞前夕与孟西斯（或其他人）的约定。[610]”至于乔治·罗宁在阿尔及尔的出现，保罗·帕约在回忆录中说，他和罗宁是在1942年12月19日抵达英国的，并在百老汇会见了孟西斯，而且两人还于12月27日在伦敦会见了安德烈·德瓦夫兰。一份秘密情报局的电报证实，罗宁在12月27日在伦敦，并定于两天后飞往直布罗陀。阿尔及尔情报站没有任何迹象表明这位局长曾经到访。最后，一位曾于1942年至1943年间在阿尔及尔工作的秘密情报局幸存者（虽然是在很久之后接受采访的）也没有孟西斯访问阿尔及尔的任何记忆。从现有的证据来看，孟西斯在第二次世界大战期间仅有的国外出访是1944年10月前往那不勒斯和巴黎，以及12月对布鲁塞尔的访问。[611]
事实上，秘密情报局能在第二次世界大战中幸存下来，主要归功于政府代码与密码学校所做的工作极具价值，不可估量，在第二次世界大战中，为盟军决策和作战行动提供了大量代码破解和非常宝贵的“超级机密”无线电情报。因为政府代码与密码学校隶属于秘密情报局，其产品通过秘密情报局渠道进行分发（在首相需要时，则经常由孟西斯亲自出马）。问题是英国秘密情报局本身并不是一个非常称职或成功的情报机构，而是躺在布莱奇利庄园的功劳簿上自鸣得意地享受着无懈可击的优越性，直到第二次世界大战结束[612]。有人认为，这种快乐状态意味着秘密情报局在名义上仍将继续掌控政府通讯总部十个年头（因为政府代码与密码学校早在1946年已经名声赫赫）；而且，这也可以保证那个貌似对手——英国特别行动处即将寿终正寝；此外，在外交部的支持下，它能够阻止那种建立一个统一的英国情报机构的提议并由军事情报部门接管的企图。所有这一切都平稳地度过了。不过，如果认为秘密情报局的出现以及战后能够生存下来纯粹归因于布莱奇利庄园这只会下金蛋的天鹅，那就未免过于天真了。对于孟西斯来说，这可不是将无线电情报那只金蛋带给首相那么简简单单。这只天鹅同样也需要精心的呵护。很显然，如果不是对政府代码与密码学校内部组织实施宽松的管理，并在面对其他政府部门冲突时站在政府代码与密码学校一边，随时维护其利益，而且提供必要的行政和技术支持（技术支持由甘比尔——帕里的军情八处提供），那么，无线电情报组织就不可能像它最终那样发挥神奇的作用了。
这并不是说，在第二次世界大战期间，秘密情报局与无线电情报机构——它的非亲生子女——的关系就完全一帆风顺。但是，无论遇到什么样的困难和挫折，密码破译者及其同仁可能都体验到了百老汇的有效管理。很显然，孟西斯（正如他之前的辛克莱一样）很早就清醒地认识到政府代码与密码学校的重要性，并给它投入了各种资源（不只是布莱奇利庄园本身），并允许它在战争开始的前十八个月以指数级的速度扩张。（而且可以这么说，其招募方式无组织、无系统、无秩序，主要是根据个人关系以及为政府代码与密码学校服务的学校和大学网络。这正是秘密情报局遭人诟病的口实。）孟西斯打消了陆海空各军种情报机构两次试图从秘密情报局手中夺取政府代码与密码学校的尝试：一次是在1941年春季，另一次是在跨1941年和1942年的冬天。这两次主要都是由陆军情报局策动的，但孟西斯成功地辩驳说，政府代码与密码学校的工作（和秘密情报局本身一样）具有跨越不同情报组织的特性，所以，让任何一种军事情报机构来直接插手都是不切实际的。[613]
孟西斯在名义上是政府代码与密码学校的校长，而阿拉斯泰尔·丹尼斯顿，一位奥运会曲棍球球员，在第一次世界大战期间曾经在四十号房干过解码工作，自从1919年政府代码与密码学校成立以来一直是该校的业务负责人。到第二次世界大战开始，其行政管理由来自百老汇的官员根据一个联合监管委员会的指导意见来执行。该委员会由秘密情报局和政府代码与密码学校的代表组成。但这种繁琐的管理体制在战时需求和突然增长的各种压力下往往就会出现运转不灵的情况。1941年10月，在孟西斯陪同丘吉尔参观布莱奇利庄园后的几个星期，四位密码专家直接给丘吉尔首相写了一封信，反映由于人员短缺使他们的工作受到了严重延误的现状。“因为我们是一个非常小的科室，人员数量上的要求微不足道，”他们写道，“让最终负责我们业务的管理当局认清这里工作的重要性并迅速解决我们所提请求的必要性是非常困难的。”他们的要求主要是增加女性办事人员。不过，他们在信中也汇报说，有些至今还“享有兵役豁免权的熟练男职员”如今“容易被征召入伍”。密码专家声称，他们并“不知道由谁或哪个机构”来负责解决他们的“困难”，但他们明确要求豁免海军中校爱德华·特拉维斯（丹尼斯顿的副手）的兵役，他一直在“尽最大努力，尽一切可能帮助我们”。丘吉尔立即作出了指示，要求“当日采取措施”，对密码专家的“所有要求给予高度重视”。11月18日，孟西斯报告说，他们正在采取一切可能的措施。[614]
1942年12月，针对陆军部再一次声称要接管政府代码与密码学校，三军参谋长要求Y委员会（该委员会由孟西斯和陆海空三军情报机构的局长组成）研究无线电情报的行政管理问题。次年2月，孟西斯实施了一系列的改革，最终迎来了一段持续发展和改善时期。外交和商务密码分析从布莱奇利庄园剥离了出来，并迁往伦敦，由副局长（C）丹尼斯顿海军中校掌管，而业务范围更广的各军种情报工作仍然留在原地，由副局长（S）特拉维斯兼任，并单独负责布莱奇利庄园一切事务，只接受孟西斯和Y委员会的领导，而特拉维斯本人还身兼政府代码与密码学校的代表。1944年2月，特拉维斯被正式任命为政府代码与密码学校校长（包括外交和商务），而孟西斯则为该校的总监[615]。从第二次世界大战初开始，孟西斯就一直承受着要求对他控制之下的一切情报工作的行政管理进行整顿（从而提高工作效率）的不断压力。他可能没有像某些批评者（尤其是各军种情报机构的情报局局长）期望的那样迅速作出响应，可当他真的行动起来，他不仅动作果断，而且就整体而言也是非常有效的。孟西斯将丹尼斯顿降职并由特拉维斯取而代之，由此可以反映出，当需要对长期一起共事的同僚的工作能力作出艰难决定时，他也不会心慈手软。同样，他对瓦伦丁·维维安的处理也是如此。1943年3月，维维安从秘密情报局副局长降为一个副处长。1943年9月，同样的遭遇降临到了雷克斯·霍华德身上，空军准将皮克调任秘密情报局，负责行政管理，而其职位在霍华德之上。
